실지거래가액이 확인되지 않는 건물 양도분을 기준시가로 과세한 처분의 당부

건물 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙이 없어 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세한 처분은 적법함

소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

소득세법 제96조 (양도가액)

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2007. 3. 15. 원고에 대하여 한 양도소득세 59,317,800원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 6. 12. 경산시 ○○동 ○○-6 공장용지 4,770㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 및 지상 ① 시멘트벽돌조 스레이트지붕 단층공장 1,624.98㎡, ② 단층기숙사 115.5㎡, ③ 시멘벽돌조 슬라브지붕 단층수위실 17.01㎡, ④ 시멘블록조 스레트 지붕 단층주택 70.56㎡, ⑤ 단층주택 68.4㎡, ⑥ 철근콘크리트 스레트 단층공장 672㎡, ⑦ 단층공장 202. 12㎡(이하 차례로 '이 사건 ①건물내지 ⑦건물'이라고 하고, 모두 합하여 '이 사건 건물'이라 한다)를 매매대금 3,895,000,000원에 ○○홀딩스 주식회사(이하 '○○홀딩스'라 한다)에 주택건설용지로 양도하였다.

나. 원고는 2006. 8. 31. 피고에게 이 사건 토지에 대하여는 기준시가에 의하여, 건물에 대하여는 실지거래가액에 의하되 건물가역을 0원으로 하여 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준예정신고를 하고, 별지 세액산출표 '당초신고'란 기재와 같이 양도소득세 287,609,490원을 납부하였다.

다. 피고는 2007. 3. 15. 원고의 양도소득과세표준예정신고를 검토한 다음, 이 사건 토지 및 건물의 취득시기가 1998. 12. 31.이 아닌 1988. 12. 31.이고, 이 사건 건물양도분에 대하여 건물의 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가격을 확인할 수 있는 객관적 증빙자료를 제출하지 못하였다는 사유로 이 사건 토지 및 건물의 가액을 각 기준시가로 양도차익을 산정하여 원고에 대하여 별지 세액산출표 '경정'란 기재와 같이 양도소득세 59,317,800원을 경정ㆍ고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 2호증의 각 1, 2, 갑 3호증의 1 내지 5, 을 1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 양도소득세 과세표준신고 및 자진납부계산서와 함께 피고에게 제출한 이 사건 계약서는 원고와 ○○홀딩스간에 작성한 진정한 매매계약서라고 할 것이어서, 이 사건 건물의 실지양도가액(0원)이 증빙서류에 의하여 입증된 경우에 해당함에도 불구하고, 이 사건 건물에 대하여 실지거래가액에 의하지 않은 채 양도 당시의 기준시가를 적용하여 양도소득세를 산정한 것은 위법하다.

(2) 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 토지의 취득가액을 491,061,960원으로 산정하였으나, 이 사건 토지의 취득 당시의 기준시가는 491,064,240원이므로 과소하여 부당하다.

(3) 피고가 제출한 이 사건 양도소득과세표준과 세액의 경정처분문서에는 이 사건 건물의 취득가액을 산정한 근거가 없으므로 위법하다.

나. 관련 법령

소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

소득세법 제96조 (양도가액)

소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비계산)

소득세법 제100조 (양도차익의 산정)

소득세법 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지)

소득세법 시행령 제164조 (토지ㆍ건물의 기준시가 산정)

소득세법 시행령 제177조 (양도소득과세표준과 세액의 통지)

국세징수법 제9조 (납세의 고지)

다. 인정사실

(1) 원고는 2004. 3. 10. 주식회사 ○○주택(이하 '○○주택'이라 한다)과 이 사건 토지와 건물을 매매대금 3,463,000,000원으로 정하고 계약금 176,750,000원은 같은 해 4. 8. 중도금 1,767,500,000원은 같은 해 7. 16. 잔금 1,518,750,000원은 같은 해 9. 16. 지급기일로 한 매매계약을 체결하였으나, ○○주택이 계약금만 지급하고 중도금, 잔금을 지급하지 않았다.

(2) ○○홀딩스는 2006. 6. 12. 원고가 ○○주택으로부터 받은 계약금 176,750,000원을 매매대금의 일부로 인정하는 조건으로 하되, 매매대금을 3,895,000,000원으로 정하여 변경매매계약을 체결하였고, 한편 이 사건 토지 및 건물에 관한 변경계약서(갑 3호증의5, 이하 '이 사건 계약서'라 한다)에 의하면 총매매대금을 3,895,000,000원으로 변경하면서, 수기로 '건물가는 0으로 총매매대금은 토지 평당 270만 원으로 산정함'이라고 기재되어 있다.

또한, 위 계약에서 원고와 ○○홀딩스는 이 사건 건물의 세입자들이 임대차계약기간의 만료일까지 명도하지 아니하므로, 등기이전과 동시에 지불할 잔금 중 2억 원을 명도이행보증금으로 하되, 원고와 ○○홀딩스의 공동 명의 계좌에 입금하기로 하였다.

(3) 원고는 2006. 6. 20. 이 사건 토지 및 건물에 대하여 2004. 3. 10.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마쳤고, 등기필증에 첨부된 검인계약서에는 매매대금 3,895,000,000원, 특약으로 '소유권이전 후 건물멸실 예정이므로 건물가액은 없는 걸로 한다'고 기재되어 있다.

(4) 원고와 ○○홀딩스는 2006. 6. 20. 이 사건 건물의 명도 이행보증금 2억 원을 원고와 ○○홀딩스의 공동 명의의 계좌에 입금하였고, 원고는 2007. 1. 4. 이 사건 건물의 임차인 박○자, 김○도, 배○숙 등을 상대로 한 건물명도 등 '청구소송에서 승소판결을 받은 다음, 2007. 9.경 이 사건 건물을 명도받아 철거를 완료하였다.

(5) 한편, ○○홀딩스가 2007. 5. 7. 피고에게 보낸 2006. 6. 12.자 변경계약서(을 2호증의1)는 이 사건 계약서 제1항 아래 '건물가는 0으로, 총매매대금은 토지 평당 270만 원으로 산정함'이라고 수기로 기재된 부분이 빠져있는 것 외에는 동일하다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 9호증의 1, 2, 갑 10호증의 1 내지 5, ○○홀딩스 주식회사에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 첫째 주장에 대하여

(가) 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다) 제96조 제1항은 법 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의한다고 규정하고, 같은 조 제2항은 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다고 규정하면서, 제6호에서 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 법 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우를 들고 있으며, 법 제97조 제1항은 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 규정하면서, 제1호 가목 단서에서 법 제96조 제2항 각 호외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가를 취득가액을 들고 있는바, 자산을 양도한 경우에 자산의 양도차익예정신고나 과세표준확정신고 시 실지거래가액을 증명하는 증빙서류의 제출이 없었던 경우 또는 그 신고 시 제출한 증빙서류에 의하여 취득가액 또는 양도가액 중 어느 하나만의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 한다.

(나) 먼저, 앞서 본 바에 의하면, ○○주택 및 ○○홀딩스는 이 사건 토지를 공동주택건설사업을 위한 부지로 사용하기 위하여 취득한 것인 점, 원고는 이 사건 건물의 세입자의 명도를 책임지기로 하고 매매대금 잔금 중 2억 원을 원고와 ○○홀딩스의 공동계좌에 입금한 점, 원고가 세입자들을 상대로 명도소송을 제기하여 승소판결을 받은 다음 2007. 9. 이 사건 건물을 철거한 점, 이 사건 계약서에 총 매매대금을 3,895,000,000원으로 정하면서, 위 대금의 산출근거로 건물가격 0원, 토지 평당 270만원이라고 기재되어 있는데다, 검인계약서에도 매매대금이 3,895,000,000원으로 기재되어 있을 뿐만 아니라 '소유권이전 후 건물멸실 예정이므로 건물가액은 없는 것으로 한다'고 특약사항이 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 건물의 가액을 0원으로 하여 ○○홀딩스에 양도하였다고 인정되고, 을 2호증의 1의 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하므로, 이 사건 건물의 양도 당시의 실제거래가액은 0원이라 할 것이어서 이 사건 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.

(다) 그러나, 원고가 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출하였다고 볼 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 건물에 대한 양도차익을 산정함에 있어 기준시가에 의하여 할 것이고, 따라서 이 사건 건물에 대하여 양도당시 및 취득 당시의 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정한 것은 적법하다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 결국 이유 없게 된다.

(2) 둘재 주장에 대하여

(가) 납세의무자가 세법의 규정에 의해 부담하는 납세의무를 확정짓는 절차로서 과세관청이 그 과세표준과 세액을 구체적으로 산출, 결정하게 되는 과정에 있어 과세청의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아니며(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 등 참고), 과세처분취소소송에 있어서 심리의 대상은 과세관청이 결정한 과세가액의 존부이고, 소송당사자는 사실심 변론종결 시까지 과세표준액 등의 존부 내지 범위에 관한 모든 자료를 제출하고 그 때까지 제출된 자료에 의하여 과세처분의 적법 여부를 심판해 줄 것을 주장할 수 있다(대법원 2004. 5. 14. 선고 2003두12615 판결 등 참고).

(나) 소득세법 시행령(2006. 9. 22. 대통령령 제19687호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제164조 제4항은 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득 당시의 기준시가는 '1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 X 취득당시의 시가표준액 ÷1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액'에 의하여 계산한 가액으로 하며, 이 경우 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 시가표준액을 말한다고 규정하고 있다.

이 사건에서 보건대, 이 사건 토지의 1990. 1. 1. 기준의 개별공시지가는 210,000원, 취득 당시의 시가표준액은 27,600원, 1990. 8. 30. 현재의 시가표준액은 60,400원, 1990. 8. 30. 직전에 결정된 시가표준액은 52,200원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 토지의 취득 당시의 기준시가를 계산하면 491,064,298원[4,770㎡ X210,000원X27,600원/{(60,400원÷52,200)÷2}]이 된다.

(다) 시행령 제164조 제5항은 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 의한 기준시가가 고시되기 전에 취득한 건물의 취득 당시의 기준시가는 '국세청장이 당해 자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 X 당해 건물의 취득연도ㆍ신축연도ㆍ구조ㆍ내용연수 등을 감안하여 국세청장이 고시한 기준율로 계산한 가액'에 의하여 계산한 가액으로 한다고 규정하고 있다.

을 4호증의 기재에 의하면, 피고가 이 사건 처분시 산정한 이 사건 건물의 취득 당시의 기준시가는 186,761,348원이고, 정당한 취득 당시의 기준시가는 185,879,540원이고, 구체적 내역은 아래 표와 같다(이 사건 ②건물의 신축연도가 1974년임에도 피고는 이 사건 처분 시 위 건물의 신축연도를 1975년으로 잘못 적용하여 산정하였다).

(라) 위에서 산정한 바에 따라 이 사건 토지의 취득 당시의 기준시가를 491,064,298원으로, 이 사건 건물의 취득 당시의 기준시가를 185,979,540원으로 산정하고, 이 사건 토지와 건물의 양도 당시의 각 기준시가에 따라 이 사건 토지 및 건물의 양도에 따른 정당한 세액을 계산하면 별지 세액계산표 '정당한 세액'란 기재와 같이 59,607,086원이 된다 할 것인데, 이 사건 처분에 따른 세액은 59,317,800원으로 정당한 세액에 미달하므로, 원고의 이 부분 주장도 결국 이유 없다.

(3) 셋째 주장에 대하여

국세징수법 제9조 제1항에 의하면 세무서장 또는 시장ㆍ군수가 국세를 징수하고자 할 때에는 납세자에게 그 국세의 과세연도ㆍ세목ㆍ세액 및 그 산출근거ㆍ납부기한과 납부장소를 명시한 고지서를 발부하여야 한다고 규정하고, 법 제114조 제6항, 시행령 제177조 제1항에 의하면 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 때에는 과세표준과 세율ㆍ세액 기타 필요한 사항을 납세고지서에 기재하여 서면으로 통지하여야 한다고 규정하고 있는바, 양도소득과세표준과 세액을 통지함에 있어 과세표준의 기재에 있어서 그 귀속연도와 과세표준만을 기재하면 족하고, 그 과세표준의 구체적 내용인 각 양도부동산의 양도차익까지 기재할 필요는 없다.

갑 1호증의1의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 이 사건 처분 시 납세고지서에 과세연도, 세목, 과세표준, 세액 및 그 산출근거 등을 명시하여 원고에게 통지한 사실을 인정할 수 있으므로, 피고로서는 적법한 납세고지서에 의한 통지를 하였다 할 것이고, 나아가 원고가 주장하는 바와 같은 이 사건 건물의 취득가액의 산정 근거를 밝히지 않았다고 하더라도 이 사건 처분이 절차상 위법하다고 할 수 없으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.