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서울행정법원 2009. 08. 12. 선고 2009구단2125 판결
실지거래가액 적용대상인 1세대3주택 계산시 장기임대주택도 포함됨[국승]
전심사건번호

조심2008서3144 (2008.11.19)

제목

실지거래가액 적용대상인 1세대3주택 계산시 장기임대주택도 포함됨

요지

3주택 이상을 소유하고 있는 경우 실지거래가액으로 양도가액 산정시 임대주택도 주택수에 포함되며, 비거주자의 판단은 국외이주관계나 국적관계, 국내체류기간, 가족의 국내체류, 국내에 보유한 자산의 내용 등을 고려하여 판단함

결정내용

결정 내용은 붙임과 같습니다.

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2008. 7. 9. 원고에 대하여 한 2005년 수시분 양도소득세 369,089,560원의 부과 처분을 취소한다.

이유

1. 처분의경위

가. 원고는 1987. 12. 30. 및 1988. 1. 21. 2차에 걸쳐 서울 ☆☆구 ○○동 6-2 대지 612㎡를 취득하여 1989. 10. 26.경 그 지상에 1-3층 근린생활시설 1,339,08㎡, 4-5층 주택 601.92㎡로 된 건물(연면적 합계 1,941㎡, '이 사건 건물'이라 하고, 이 사건 건물 중 4-5층 주택부분은 '이 사건 주택부분'이라 한다)을 신축하여 임대사업을 하여 오다가 2005. 6. 25. 이 사건 건물을 양도하였다.

나. 원고는 2005. 8. 27. 이 사건 건물의 양도에 따른 양도소득세과세표준신고를 하 면서 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1항 본 문에 의하여 기준시가(양도가액 2,959,554,000원, 취득가액 1,132,848,580원)에 의하여 양도차익을 산정하는 한편, 이 사건 건물 중 주택부분은 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제97조(이하 '이 사건 특례규정'이라 한다)에 의한 거주자의 장기임대주택에 대한 양도소득세감면 적용대상임을 전제로 그에 따라 감면세액으로 산정된 136,188,797원(근린생활시설과 주택부분을 안분하여 산출)을 공제 하여 산출된 결정세액 272,678,973원을 2005년 귀속 양도소득세로 신고, 납부하였다.

다. 그런데 피고는 2008. 7. 9. 이 사건 건물의 양도 당시 원고의 처인 정○○가 서 울 강남구 ★★동 253-3에 다세대주택 18호를 소유하고 있어 원고가 1세대 3주택 이 상 소유자에 해당한다는 이유로 구 소득세법 제96조 제1항 본문 단서 제7호에 의하여 주택부분에 대하여 실지 거래가액을 기준으로 양도차익(양도가액 4,096,256,840원, 취 득가액 1,567,950,818원)을 산정하는 한편, 원고가 비거주자에 해당한다고 보아 이 사건 특례규정의 적용을 배제하여 산출된 결정세액 585,671,121원에 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 83,335,187원을 가산하여 산출된 총결정세액 669,006.308원에서 원고가 기납부한 세액을 공제한 369,089,560원을 원고의 2005년 귀속 양도소득세로 추가로 경정하여 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고의 처가 임대주택용 다세대주택 18호를 보유하고 있기는 하나, 다주택 보유자에 대한 중과세를 규정한 구 소득세법 제104조 제1항 2의3호 및 그 시행령 제167 조의3에 의하면 1세대 3주택의 계산시 장기임대주택을 제외하도록 하고 있고, 구 조세 특례제한법 제97조의 제2항에 의하면 구 소득세법 제89조 제3호의 규정(1세대 1주택 비과세 규정)을 적용함에 있어 임대주택을 제외하도록 하고 있으므로 이와 같은 관련 규정에 비추어 보면, 원고의 처가 보유한 다세대주택도 1세대 3주택의 계산시 제외되어 이 사건 건물의 양도와 관련한 양도차익은 실지거래가가 아닌 기준시가에 의하여야 할 것임에도 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고는 이 사건 건물 이외에도 2001. 5.경 서울 성북구 정릉동 소재 상가를 구입하여 사업자등록을 하고 임대사업을 하여 왔고, 원고의 처 또한 장기임대주택을 소유하면서 사업자등록을 한 후 임대업을 하여 오고 있어 모두 1년 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가지고 있을 뿐만 아니라 국내에 50억 원 이상의 예금과 부동산을 보유하면서 납세의무를 다하여 온 점 등에 비추어 보면, 원고는 거주자에 해당한다고 할 것임에도 원고를 비거주자로 보아 이 사건 특례규정의 적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 원고가 양도한 이 사건 주택은 3년 이상 보유 2년 이상 거주한 주택으로 1세대 1주택 비과세 주택에 해당하므로 양도가액 중 6억 원은 비과세되어야 함에도 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 부적법하다.

나. 관련법령

별지관련법령기재와같다.

다. 판단

(1) 1세대3주택미만보유자로서기준시가로양도소득세를계산하여야하는지여부

살피건대, 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제89 조 제3호, 제96조 제l항 제7호, 같은 법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것) 제162조의2 제5항, 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호 로 개정되기 전의 것) 제97조 제2항의 입법목적, 그 내용이나 규정방식, 체제 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제97조 제2항은 임대사업자가 소유하는 거주주택이 1세 대 1주택으로서 비과세 대상에 해당하는 경우 임대주택으로 인하여 비과세 혜택을 받지 못하는 것을 방지하고자 그와 같은 경우에만 임대주택을 소유주택으로 보지 않는 것이 그 취지라 하겠으므로, 이는 구 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용하는 경우 에 한하여 임대주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다는 것으로 해석함이 타당 하고, 위 규정을 유추 또는 확장적용하여 구 소득세법 제96조 제1항 제7호, 구 소득세 법 시행령 제162조의2 제5항에 의하여 3주택 이상을 소유하고 있는 다주택 소유자에 게 실지거래가액으로 양도가액을 산정하는 경우에 있어서도 임대주택을 소유주택으로 보지 아니하는 것은 엄격해석의 원칙상 허용되지 아니한다(대법원 2007. 5. 10. 선고 2006두16182 판결 참조). 또한, 구 소득세법 제104조 제1항 제2의3호 및 그 시행령 제167조의3 제1항 제3호에서 1세대 3주택자에 대한 중과세율을 정하면서 1세대 3주택 여부를 판정함에 있어 장기임대주택을 제외하고 있다고 하더라도 위 규정의 입법목적, 그 내용이나 규정방식, 체제 및 앞서 본 법리에 비추어 보면 이는 중과세율의 적용 여부의 판정에 있어서만 적용되는 것일 뿐 이를 유추하여 구 소득세법 제96조 제1항 제 7호, 구 소득세법 시행령 제162조의2 제5항에 의하여 3주택 이상을 소유하고 있는 거주자에게 실지거래가액으로 양도가액을 산정하는 경우에 있어서도 임대주택을 소유주택으로 보지 아니하는 것으로 해석할 수는 없다.

그런데 이 사건 건물의 양도 당시 원고의 처인 정○○가 임대용 다세대주택 18호를 보유하고 있음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고는 처가 보유하는 위 다세대주택 18호를 포함하여 1세대 3주택 이상 보유자에 해당한다. 따라서 이 사건 주택의 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어서는 구 소득세법 제96조 제1항 제7호 및 그 시행령 제162조의2 제5항에 의하여 실지거래가액에 따라 양도차익을 산정하여야 할 것인바, 이 사건 처분은 이와 같은 법률의 규정에 따라 이루어진 것으로 적법하고, 결국 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다.

(2) 거주자로서이사건특례규정의적용대상인지여부

구 소득세법 제1조 제1호는 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인을 거주자로 규정하고 있고, 그 시행령 제2조 제3항 및 제4항에서는 계속하여 1년 이상 국내 또는 국외에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때 등 일정한 경우에 국내에 주소를 가진 것으로 보거나 주소가 없는 것으로 본다고 규정하고, 시행령 제4조 제3항에서는 국내에 거소를 둔 기간이 2과세기간에 걸쳐 1년 이상인 경우에는 국내에 1년 이상 거소를 둔 것으로 본다고 규정하고 있다.

그런데 당사자 사이에 다툼이 없는 사실과 갑 제4호증, 을 제2, 4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고와 그 자녀들은 1988. 9. 23. 국외이주신고를 하는 한편, 원고는 2005. 7. 8. 대한민국 국적을 상실하여 말소된 사실, 그 후 원고는 이 사건 건물의 양도 직전인 2005. 6. 8. 이 사건 건물 소재지를 국내 거소로 신고하였으나 출입국현황자료에 의하면 원고의 국내체류기간은 1998년과 1999년이 각 81일, 2000년 61일, 2001년 87일, 2002년 159일, 2003년 67일, 2004년 44일, 2005년 75일에 불과하고, 원고의 처인 정○○의 국내체류기간은 원고와 같거나 오히려 원고보다 적은 기간만 국내에 체류한 사실, 원고는 이 사건 건물과 정릉동 소재 상가를, 처인 정○○는 ★★동 소재 다세대 주택 18호를 소유하면서 이를 임대하여 얻는 임대소득과 금융소득 이외에 국내에 1년 이상 거주할 것이 통상 필요로 한다고 인정되는 직업을 가지지 않은 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없는 바, 위와 같은 원고의 국외이주 관계나 국적관계, 국내체류기간, 원고의 처나 가족의 국내 체재나 체류 여부, 국내에 보유한 자산의 내용 등을 앞서 본 관련법령의 규정에 비추어 보면, 원고를 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 거주자에 해당한다고 할 수는 없다.

따라서 원고는 비거주자에 해당하여 거주자의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정인 이 사건 특례규정의 적용대상이라고 할 수 없다고 할 것인 바, 이 사건 처분은 이와 같은 전제에서 이루어진 것으로 적법하고, 결국 원고의 이 부분 주장도 이유가 없다.

(3) 1세대1주택비과세대상인지여부

살피건대, 앞서 본 관련법령에 의하면 1세대 1주택 비과세 요건에 해당하기 위하여는 원고가 2년 이상 이 사건 주택에서 거주하여야 할 것인데, 원고가 이 사건 주택에서 2년 이상 거주하였다고 볼 아무런 자료가 없고, 오히려 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 건물의 양도 직전인 2005. 6. 8. 이 사건 건물 소재지를 국내 거소로 신고한 사실을 인정할 수 있을 뿐이다. 따라서 원고가 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 거주자라고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유가 없다.

3. 결론

그렇다면,원고의이사건청구를기각하기로하여주문과같이판결한다.

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