서울행정법원 2016.2.4.선고 2014구합75049 판결

가. 원고 A대학교 산학협력단(이하 '원고 협력단'이라고 한다)은 피고가 2004년 발주한 "마린바이오21 사업" 중 "C 연구개발 사업"(이하 '이 사건 사업'이라고 한다)을 수주하였고, 원고 B은 A대학교 지구환경과학부 교수로서 이 사건 사업을 수행한 연구단 단장이다. 피고는 한국해양과학기술원(이하 '진흥원'이라고 한다)에 이 사건 사업의 과제 기획, 평가 등에 관한 업무를 대행하게 하였다.

나. 이 사건 사업은 "현대인의 대표적인 3대 질환(대사성 질환, 면역 · 퇴행성 질환, 감염성 질환) 치료제 개발을 위한 독창적인 신약 후보물질 및 신기술을 개발하여 2013년까지 8개 이상 기술이전"하는 것을 최종목표로 하였고, 그 단계별 목표는 다음과 같다. 1) 1단계(2004~2006년) 해양천연물 시약 유효물질 개발 및 특허출원 해양생물 자원의 확보 및 해양 추출물 라이브러리 구축 인체 및 병원균 유전자 정보와 질환 발병 및 예방 기전에 기초한 천연해양물 대량 검색법 구축 대량검색, 해양천연물 정제 및 구조결정을 통한 생리활성물질 개발

- 유효 해양생물 양식 · 배양 기술 개발 및 대량 채집

- 해양천연물 활성유도체 합성

2) 2단계(2007~2009년) 해양 천연물 신약 선도물질 개발질병 관련 단백질구조에 기초한 천연물과 합성유도체 화합물 라이브러리 구축 질병 유전자 정보를 이용한 선도물질의 생체 내(in vivo) 약리활성 평가질병 기전에 기초한 선도물질의 최적화

- 전임상시험을 위한 선도물질 대량 확보 기술 개발

3) 3단계(2010~2013년) 세계적 신약 후보물질 개발 및 기술이 전 - 해양생물 양식 · 배양을 통한 유용 천연물 대량 확보선도물질의 대량 합성 선도물질 전임상시험(독성, 안정성)을 통한 신약 후보물질 개발

- 산업화를 위한 기술이전

다. 이 사건 사업에 대한 진흥원의 2011년도 중간평가 결과 "연구단 구성체계 불명확", "결과 작성시 데이터 누락", "전임상을 위한 후보물질 대량합성 미완료", "작년도 평가의견 반영 부실" 등을 이유로 심층평가 대상으로 분류되어 2012. 1. 19. 심층평가가 이루어졌다. 위 심층평가 결과 60.7점(100점 만점)이라는 낮은 점수가 나왔고 다음사항 등이 종합의견으로 제시되었다.

- 연구목표를 달성 가능한 수준으로 수정하고 연구비 축소 현재의 연구결과로 당초 목표인 8개의 기술이전(licensing out)은 도달 불가능해 보이므로 연구체제를 혁신하고 도달 가능한 목표를 재설정 현 단계에서 discovery 수준의 연구를 중단하고, 가능성 있는 후보물질[예: CMDD 3571(당뇨), CMDD 4813(지방간) 등을 대상으로 연구자가 선정]에 집중하여 연구계획 및 연구진을 전면 재구성하고 예산을 축소하여 이 물질들의 기술이전에 필요한 소요 연구비만을 지원

라. 이에 진흥원은 원고 협력단에 기술이전 목표를 "2개 이상"으로 하향조정해 주면서 지금까지 진행한 기초연구 중심전략을 지양하고 이제는 마지막 3단계에 접어든 만큼 경제성 등을 고려한 가시적 성과를 도출하기 위한 선택과 집중에 힘쓰고 이를 위해 연구단 구조를 개편할 것을 촉구하였다. 그러나 원고 협력단의 2012년도 연구개발 실적 역시 평점 60.71점에 그쳤다.

마. 진흥원은 2013. 4. 5. 원고 협력단과 사이에 이 사건 사업 마지막 연도(2013. 1. 1.~2013. 12, 31.) 연구개발에 관하여 연구개발비(당해연도) 2,089,000,000원(전액 정부 출연금)으로 하여 연구개발 협약을 체결하였는데, 그 최종목표는 대사성 질환, 면역. 퇴행성 질환, 감염성 질환 치료제 개발을 위한 독창적인 신약 후보물질 3종을 개발하여 2013년까지 "2개" 기술이 전하는 것이었다.

바. 이 사건 사업 기간(2004. 10. 1.~2013. 12. 31.) 동안 이 사건 사업에 별지 연도별 협약금액 기재와 같이 총 32,683,546,000원의 정부출연금이 사용되었다.

사. 이 사건 사업이 2013. 12. 31. 종료된 후 진흥원은 원고 협력단의 연구개발결과를 평가하면서 종합 평점 57.67점으로 "실패" 판정을 하였다.

아. 피고는 2014. 9. 24. 국가과학기술법 제11조의2, 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제27조에 의하여 "최종평가결과 실패"를 사유로 주관연구기관인 원고 협력단에 대하여 최종연도 정부출연금의 70%(1,462,300,000원) 환수처분을 하고 주관연구 책임자인 원고 B에 대하여 참여제한 2년(2014. 9. 24.~2016. 9. 23.)의 처분을 하였다(이하 통칭하여 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~3, 7호증, 을 제1~5, 10, 11호증(가지번호 포함), 이 법원의 진흥원에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 최종목표 달성 여부

갑 제44~54호증, 을 제4, 5, 11, 12호증(가지번호 포함), 이 법원의 진흥원에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이 사건 사업 최종목표는 독창적인 신약 후보물질을 산업화를 위하여 2013년까지 기술이전(건수는 당초 8건 이상에서 2건으로 하향조정되었다)하는 것이었는데, 원고 협력단은 2013. 12. 31.까지 신약 후보물질을 제약회사 등에 단 1건도 기술이 전하지 못하였으므로, 연구개발사업의 최종목표를 달성하였다고 볼 수 없다(원고들이 사업 성과라고 주장하는 '해양 와편모조류 대량생산 기술'은 위 물질을 대량생산하는 기술에 해당할지언정 독창적인 신약 후보물질을 제약 회사 등에 기술이전한 것으로는 볼 수 없고, 이 사건 사업 기간이 지난 후에 벤처기업에 기술이전하였다는 해양천연물 혈류개선제 역시 기능성 식품 수준의 것일 뿐 신약 후보물질을 제약회사 등에 기술이전한 것에 해당하지 아니하며, 원고들이 내세운 위 기술이전이 목표 시한인 2013년까지 이루어진 것도 아니다).

따라서 사업 최종목표를 달성하여 처분 사유가 존재하지 않는다는 원고들 주장은 이유 없다.

나. 전임상시험 요부

갑 제44~54호증, 을 제4, 5, 9, 11, 12호증(가지번호 포함), 이 법원의 진흥원에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, ① 전임상시험은 새로 개발한 신약 후보물질을 사람에게 사용하기 전에 동물에게 사용하여 부작용이나 독성, 효과 등을 알아보는 시험을 말하는데, 이 사건 사업은 그 공고 당시부터 '선도물질 전임상시험(독성, 안정성)을 통한 신약 후보물질 개발과 산업화를 위한 기술이전'을 3단계(2010~2013년) 목표로 명시하고 있었던 사실, ② 2011년 이후 원고 협력단의 연구개발 실적이 저조하여 이 사건 사업 최종목표가 결국 신약 후보물질 "8개 이상 기술이전"에서 "2개 기술이전"으로 하향조정되었고 이에 따라 연구비가 이 사건 사업 공고 당시 계획보다 감액되기는 하였으나, 최종목표가 "8개 이상 기술이전"일 당시 2012~2013년도 연평균 연구비는 6,000,000,000원으로 계획되어 있었는데 최종목표가 "2개 기술이전"으로 하향 조정되어 당초 계획된 목표의 25% 수준이 되었음에도 연구비는 당초 계획된 연구비의 25% 수준을 넘어 약 35% 수준에 달하는 2,089,000,000원이 지원된 사실, 3 신약 후 보물질 도출을 위한 전임상시험(독성 및 안정성 시험, GLP) 수행시 약 1억여 원의 시험수수료가 소요되는 사실, ④ 이 사건 사업과 같이 천연물로부터 신약 후보물질을 개발하여 제약회사로의 기술이전을 전제로 하는 연구의 경우 일반적으로 기본적인 약리작용, 효능평가 및 전임상독성 연구(GLP급) 데이터가 제대로 갖춰지지 않고서는 기술이전이 어려운 사실, 6) 원고 협력단이 2013년도 연구개발 협약을 체결하기 위해 진흥원에 제출한 제약사들의 기술이 전 의향서에서도 제약사들이 전임상시험 데이터가 제대로 갖추어질 것을 전제로 기술이전을 받을 의향이 있음을 밝히고 있는 사실, ⑥ 원고 협력단이 제출하여 2013년도 연구개발 협약에 첨부된 연차(단계)실적 계획서에도 그 연구내용에 별지 2013년도 연구개발 추진계획 기재와 같이 독성 시험, 대사 안정성 검증 등이 포함되어 있고 2012년 6월 협약 후 수정된 3단계 로드맵에도 2013년 4분기에 전임상시험을 시행하는 것으로 계획되어 있는 사실을 인정할 수 있다.

이에 의하면, 비록 위 2013년도 연구개발 추진계획에 전임상시험이라는 용어 자체가 명기되어 있지는 않다고 하더라도, 이 사건 사업은 공고 당시부터 "전임상시험(독성, 안정성)'을 통한 신약 후보물질 개발이 사업 목표의 하나로 명기되어 있었고, 기술이전 목표 건수가 8건 이상에서 2건으로 하향조정되고 이를 반영하여 연구비가 일부 감축되었다고 하여 그 지원된 연구비 규모 등에 비추어 사업 목표 달성을 위해 당연히 요구되는 전임상시험(독성, 안정성)이 면제된 것으로는 볼 수 없으며, 원고 협력단이 2013년도 연구개발 협약 당시 제출한 연차(단계)실적 계획서에도 그 사용 용어에 불구하고 전임상시험(독성, 안정성)을 의미하는 시험이 내포된 것으로 볼 수 있으므로, 전임상시 험(독성, 안정성)의 시행은 "독창적인 신약 후보물질의 산업화를 위한 기술이전"이라는 최종목표 달성을 위하여 2013년에도 여전히 필수적으로 요구되는 것이었다고 보아야 한다.

따라서 2013년도 연구개발 협약상 전임상시험이 요구되지 않았음에도 진흥원 평가위원들이 이를 오해하였다는 원고들 주장도 이유 없다.다. '연구개발의 결과가 극히 불량하여 실패한 연구개발과제로 결정된 경우'에 해당하는지 여부

과학기술기본법 제11조의2 제1항 제1호는 '중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업에 참여한 기관, 단체, 기업, 연구책임자 · 연구원 또는 소속 임직원에 대하여 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 연구개발과제로 결정된 경우 5년의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있고 이미 출연하거나 보조한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있으며, 다만 연구개발을 성실하게 수행한 사실이 인정되는 경우에는 참여제한 기간과 사업비 환수액을 감면할 수 있다'고 규정하고 있다.

위 제재규정의 체계와 내용 등에 비추어 볼 때, 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 실패한 연구개발과제로 결정된 경우에는 비록

연구개발을 성실하게 수행한 것으로 인정된다고 하더라도 위 규정에 따른 참여제한 및 출연금 환수 제재가 가능하고, 연구개발의 성실한 수행은 단지 임의적 감면 사유에 불과할 뿐이다.

국가연구개발사업에 따른 연구개발이 당초 계획에 따라 적정하게 이루어졌는지에 대한 판단은 고도의 과학기술상의 전문적인 판단을 요하므로, 연구개발 결과를 평가함에 있어 전문인력으로 구성된 위원회를 구성하여 평가를 거치고 그 평가결과에 대한 이의신청에 따라 재심절차까지 거쳐 연구개발의 결과가 극히 불량하여 실패한 연구개발과제로 판단하였다면, 위 판단이 사실적 기초가 없다거나 사회통념상 현저히 부당하다는 등 현저히 재량권의 범위를 일탈한 것이 아닌 이상 이를 위법하다고 볼 수 없다(대법원 1992, 4, 24. 선고 91누6634 판결 등 참조).

갑 제9, 11~13호증, 을 제4, 5호증(가지번호 포함), 이 법원의 진흥원에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, ① 원고 협력단은 사업 기간 내에 전임상 시험(독성, 안정성)을 통한 신약후보물질 개발 및 산업화를 위한 이술 이전을 하지 못하여 최종목표 달성에 실패하였을 뿐만 아니라, 최종목표 달성을 위한 중요한 기반인 선도물질 대량확보 기술개발도 미흡하였고, 분리한 성분 구조의 라이브러리(DB) 구축도 제대로 하지 않은 사실, ② 이 사건 사업 종료 후 전문인력을 위원으로 한 평가위원회가 구성되었는데 평가위원회는 위 사실 등에 기초하여 이 사건 사업에 대하여 최종평가 점수 57.67점으로 하여 "실패" 판정을 한 사실(해양수산 연구개발사업 운영규정 제39조 제1항은 전문기관의 장은 중간평가 및 단계평가 결과 60점 미만에 해당하는 연구개발과제에 대해서는 연구개발을 중단시킬 수 있다고 규정하고 있다), ③ 이에 대하여 원고 협력단이 이의신청을 하였으나 이의신청 검토위원회 심의위원들은 만장일치로 위 이의신청을 기각한 사실, ④) 진흥원은 위 실패 판정에 따른 후속조치로 원고 협력단 측에 대한 현장수행실태를 점검하였고, 과학기술기본법 제11조의2 제1항에 따른 참여제한 및 사업비 환수에 관한 사항을 심의하기 위하여 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2015. 12. 22. 대통령령 제26729호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제5항에 따라 제재조치 평가단을 구성한 사실, ⑤ 제조조치 평가단은 2014. 6. 27. 위 현장수행실태 점검결과 성실수행으로 판정되기는 하였으나 개별의견을 보면 대부분 문제점을 지적하고 있는 등 실질적으로 부정적 평가요소가 많은 점, ○ 연구과제의 관리가 미흡하여 향후 이를 활용하기 어려울 것으로 예상되는 점, Ⓒ 성실수행 평가점수도 70점 만점에 44점에 불과한 점(불성실수행 기준점은 41점) 등을 고려하여, 심의위원들의 만장일치 의견으로 이 사건 사업이 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중 앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 실패한 연구개발과제로 결정된 경우에 해당한다고 판단하고 원고 협력단에 대한 최종연도 정부출연금의 70%(1,462,300,000원) 환수처분과 주관연구책임자인 원고 B에 대한 2년의 참여제한 처분을 의결한 사실, ⑥ 위 제재조치 평가결과에 대하여 원고 협력단이 이의신청을 하였으나 이의신청 검토위원회 심의위원들 역시 만장일치로 위 이의신청을 기각한 사실을 인정할 수 있다.

위와 같이 원고 협력단은 전문인력으로 구성된 위원회 평가 결과 이 사건 사업에 관하여 최종평가 점수 57.67점으로 "실패" 판정을 받았고 위 평가는 최종목표 미달성 등 객관적 사실에 기초한 것인 점, 원고 협력단이 받은 57.67점은 연구개발을 중단시킬 수 있는 매우 낮은 점수에 해당하는 점, 위 최종평가에 대한 이의신청이 심의위원들의 만장일치로 기각된 점, 제재조치 평가단 심의위원 전원이 이 사건 사업이 연구개발 결과가 극히 불량하여 실패한 연구개발과제에 해당하는 것으로 판단하였고 이에 대한 이의신청도 심의위원 전원의 만장일치로 기각된 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 사업이 연구개발 결과가 극히 불량하여 실패한 연구개발과제에 해당한다고 판단한 것이 위법하다고 보기 어렵다.

피고의 위 판단이 위법하다는 원고들 주장도 이유 없다.

라. 제재가 과도하여 재량권 일탈.남용에 해당하는지 여부

제재적 행정처분이 재량권의 범위를 일탈하였거나 남용하였는지 여부는 처분사유로 된 위반행위의 내용과 그 위반의 정도, 당해 처분에 의하여 달성하려는 공익상의 필요와 개인이 입게 될 불이익 및 이에 따르는 제반 사정 등을 객관적으로 심리하여 공익침해의 정도와 그 처분으로 인하여 개인이 입게 될 불이익을 비교교량하여 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2011두31635 판결 등 참조).

대통령령인 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제27조 제1항 제1호는 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 과제로 결정된 경우의 참여제한 기간을 "3년 으로 정하고 있고, 같은 규정 제27조 제11항, [별표 5] 제1호는 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 과제로 결정된 경우의 사업비 환수기준을 "해당 연도 출연금 전액 이내로 정하고 있는데, 피고는 원고 협력단이 연구개발을 성실하게 수행한 것으로 인정하여 과학기술기본법 제11조의2 제1항 단서에 따라 참여제한 기간을 "2년, 사업비 환수금액을 "최종연도 정부출연금의 70%"로 감경해 준 점, 이 사건 사업에 약 10년에 걸쳐 32,683,546,000원의 정부출연금이 지급되었음에도 최종목표인 산업화를 위한 신약 후보물질 기술이전이 단 1건도 이루어지지 못하였고 연구성과를 다른 연구에 활용하기 위해 필요한 라이브러리 작업도 제대로 이루어지지 않는 점, 진흥원은 2011년 심층평가 이래 위와 같은 결과를 우려하여 원고 협력단에 연구전략 및 연구체계 개선 등을 지속적으로 요청하였음에도 원고 협력단은 지적된 문제를 제대로 해결하지 못하여 이후 사업연도에서 계속 낮은 평가를 받았고 결국 연구개발사업이 최종목표를 이루지 못한 채 실패로 끝난 점, 국가연구개발사업을 수주하여 거액의 정부출연금을 사용하고도 연구개발 결과가 극히 불량하여 연구개발과제가 실패로 끝난 경우 연구개발사업에 참여한 단체와 연구책임자에 대하여 제재를 가함으로써 국가연구개발사업의 적정한 수행과 정부출연금의 엄정한 집행을 도모해야 할 공익상의 필요가 큰 점, 원고 협력단에 대한 위 환수처분 금액은 원고 협력단에 지급된 이 사건 사업 총 연구개발비 (32,683,546,000원)의 약 4.47% 수준에 불과한 점, 원고 B에 대한 위 참여제한처분은 2 년간 국가연구개발사업에 참여하는 것을 제한하는 것일 뿐 그 밖의 연구활동 등 대학 교수로서의 본연의 업무수행을 제한하는 것은 아닌 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 처분으로 달성하고자 하는 공익목적이 원고들이 그로 인하여 입게 될 불이익보다 결코 가볍다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 처분이 비례의 원칙에 반하거나 재량권을 일탈 · 남용한 위법한 처분이라고 볼 수 없다. 제재가 지나치게 가혹하여 이 사건 처분이 재량권 일탈·남용에 해당한다는 원고들 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들 청구는 모두 이유 없으므로 이를 받아들이지 않는다.