서울고등법원 2016.12.6.선고 2016누37500 판결

가. 원고 A대학교 산학협력단(이하 '원고 협력단'이라 한다)은 피고가 2004년 발주한 '마린바이오21 사업' 중 'C 연구개발 사업'(이하 '이 사건 사업'이라 한다)을 수주하였고, 원고 B은 A대학교 지구환경과학부 교수로서 이 사건 사업을 수행한 연구단 단장이다. 피고는 한국해양과학기술진흥원(이하 '진흥원'이라 한다)에 이 사건 사업의 과제 기획, 평가 등에 관한 업무를 대행하게 하였다.

나. 이 사건 사업은 '현대인의 대표적인 3대 질환(대사성 질환, 면역 · 퇴행성 질환, 감염성 질환) 치료제 개발을 위한 독창적인 신약 후보물질 및 신기술을 개발하여 2013년까지 8개 이상 기술이전 하는 것을 최종목표로 하였고, 그 단계별 목표는 다음과 같다.

(1) 1단계(2004~2006년) 해양천연물 시약 유효물질 개발 및 특허출원 해양생물 자원의 확보 및 해양 추출물 라이브러리 구축 인체 및 병원균 유전자 정보와 질환 발병 및 예방 기전에 기초한 해양천연물 대량 검색법 구축 대량검색, 해양천연물 정제 및 구조 결정을 통한 생리활성물질 개발 유효 해양생물 양식 · 배양 기술 개발 및 대량 채집 해양천연물 활성유도체 합성

(2) 2단계(2007~2009년) 해양 천연물 신약 선도물질 개발

- 질병 관련 단백질구조에 기초한 천연물과 합성유도체 화합물 라이브러리 구축

- 질병유전자 정보를 이용한 선도물질의 생체 내(in vivo) 약리활성 평가

- 질병 기전에 기초한 선도물질의 최적화

· 전임상시험을 위한 선도물질 대량 확보 기술 개발

(3) 3단계(2010~2013년) 세계적 신약 후보물질 개발 및 기술이전 해양생물 양식 · 배양을 통한 유용 천연물 대량 확보선도물질의 대량 합성

- 선도물질 전임상시험(독성, 안정성)을 통한 신약 후보물질 개발

- 산업화를 위한 기술이전

다. 이 사건 사업은 1단계(유효물질 개발) 및 2단계(선도물질 개발)까지는 큰 문제없이 진행되었으나, 3단계의 2차년도(2011년) 연구개발에 대한 진흥원의 중간평가 결과 '연구단 구성 체계 불명확', '연구결과 작성시 데이터 누락', '전임상을 위한 후보물질 대량합성 미완료', '작년도 평가의견 반영 부실' 등을 이유로 심층평가 대상으로 분류되어 2012. 1. 19. 심층평가가 이루어졌는데, 위 심층평가 결과 60.7점(100점 만점)이라는 낮은 점수가 나왔고, 다음과 같은 사항 등이 종합의견으로 제시되었다.

- 연구목표를 달성 가능한 수준으로 수정하고, 연구비 축소

- 현재의 연구결과로 당초 목표인 8개의 기술이전(licensing out)은 도달 불가능해 보이므로, 연구체계를 혁신하고 도달 가능한 목표를 재설정 현 단계에서 discovery 수준의 연구를 중단하고, 가능성 있는 후보물질(예: CMDD3571(당뇨), CMDD4813(지방간) 등을 대상으로 연구자가 선정에 집중하여 연구계획 및 연구진을 전면 재구성하며, 예산을 축소하여 이 물질들의 기술이전에 필요한 소요 연구비만을 지원

- 후보물질 대량 확보 방안 및 그 경제성에 관한 구체적인 자료 제시 요망

라. 이에 진흥원은 원고 협력단에 기술이전 목표를 '2개 이상'으로 하향조정해 주면서 지금까지 진행한 기초연구 중심 전략을 지양하고, 이제는 마지막 3단계에 접어든 만큼 경제성 등을 고려한 가시적 성과를 도출하기 위한 선택과 집중에 힘쓰고 이를 위해 연구단 구조를 개편할 것을 촉구하였다. 그러나 원고 협력단의 2012년도 연구개발 실적 역시 평점 60.71점에 그쳤다.

마. 진흥원은 2013. 4. 5. 원고 협력단과 사이에 이 사건 사업 마지막 연도(2013. 1. 1.~2013. 12. 31.) 연구개발에 관하여 연구개발비(당해연도) 2,089,000,000원(전액 정부 출연금)으로 하여 연구개발 협약을 체결하였는데, 그 최종목표는 '대사성 질환, 면역 · 퇴행성 질환, 감염성 질환 치료제 개발을 위한 독창적인 신약 후보물질 3종을 개발하여 2013년까지 2개 기술이전' 하는 것이었다.

바. 이 사건 사업 기간(2004. 10. 1.~2013. 12. 31.) 동안 이 사건 사업에 별지 연도별 협약금액 기재와 같이 총 32,683,546,000원의 정부출연금이 사용되었다. 사. 이 사건 사업이 2013. 12. 31. 종료된 후 진흥원은 이 사건 사업에 대한 최종평가를 위해 해당 분야 전문인력을 위원으로 한 평가위원회를 구성하였는데, 평가위원회는 2014. 3. 7. 다음과 같은 사유 등으로 원고 협력단의 연구개발결과에 대하여 최종평가 점수 57.67점으로 '실패' 판정을 하였다(해양수산 연구개발사업 운영규정 제39조 제1항은 전문기관의 장은 중간평가 및 단계평가 결과 60점 미만에 해당하는 연구개발과제에 대해서는 연구개발을 중단시킬 수 있다고 규정하고 있고, 해양수산 연구개발사업 관리지침 제36조는 연구개발과제에 대한 최종평가 결과 60점 이상의 과제(계획된 최종 기술개발목표를 달성하였으며, 그 결과물의 활용 가능성이 높은 과제)를 '성공과제'로, 60점 미만의 과제(계획된 최종 기술개발목표를 달성하지 못한 경우)를 '실패과제 1)로 규정하고 있다.

- 3대 질환(대사성, 면역 · 퇴행성, 감염성 질환) 치료제 개발을 위한 독창적인 신약 후보물질 및 신기술 2건 이상 기술이전 성과 목표에 대한 실적을 제시하지 못함

원고 협력단이 제시한 기술이전 1건의 성과도 해양 와편모조류의 대량 생산기술로 당초 계획한 혁신적인 신약 후보물질의 기술이전은 아니고, 벤처기업을 통해 출시한 시제품도 해양천연물 혈류개선제(기능성 식품)로 신약 후보물질로 보기 어려움

- 후보물질 개발을 위한 독성시험, 전임상시험이 제대로 이루어지지 않음 최종목표 달성을 위한 중요한 기반 구축인 선도물질 대량 확보 기술개발도 미흡 3종의 후보물질을 제시하였으나, 그 물질조차도 실질적으로 전임상시험에 들어갈 수 있는 물성을 가진 것이 별로 없음 IND(investigational new drug, 임상시험허가)를 위한 기본 제출 자료로 유효성을 증명하기 위해서는 이 화합물의 적응증에 해당하는 실험동물 모델에서 약효가 증명되어야 하나, 원고 협력단이 제시한 3종의 후보물질 중 항감염제 후보물질인 CMDD6971의 경우 실험동물에서의 약효가 증명되지 못한 상태에서 기초 독성시험이 수행되어 전임상 후보물질로서의 가능성이 의심됨

- 이 사건 사업의 중요한 성과로 제시할 수 있는 해양추출물에 대한 정보관리와 실물관리가 제대로 되어 있지 않아 라이브러리(DB) 구축 미흡

아. 이에 대하여 원고 협력단은 2014. 4. 7. '이 사건 사업의 연구목표에는 IND 용GLP 시험(후보물질의 임상시험허가용 전임상 자료를 얻기 위해 약사법 등 관련 법령에서 규정된 엄격한 요건에 맞추어 GLP에 따라 수행되는 전임상시험2)) 수행은 포함되어 있지 않음에도, 진흥원의 평가위원회는 GLP 시험을 통한 후보물질 개발 여부를 평가기준으로 삼아 원고 협력단의 연구개발결과를 평가함으로써 불공정한 평가가 이루어졌고, 원고 협력단은 3종의 독창적인 신약 후보물질을 개발하고 2건의 신기술을 기술이전하여 이 사건 사업의 최종목표를 달성하였다'는 등의 취지로 주장하면서 위 평가결과에 대하여 이의신청을 하였으나, 해당 분야 외부전문가로 구성된 진흥원의 이의신청검토위원회 위원들은 2014. 4. 24. '원고 협력단은 평가위원회 위원들이 GLP 시험을 통한 전임상 자료 여부를 평가기준으로 삼아 이 사건 사업의 연구목표 달성 여부를 판단하였다고 주장하나, 평가위원회의 최종평가 기준은 "후보물질 개발 여부"였는데, 원고 협력단이 주장하는 이 사건 사업의 연구목표를 기준으로 판단해도 후보물질 선정단계에 도달하였다고 판단할 근거가 미흡하고, 기술이전 2건의 달성 여부와 관련하여서도 원고 협력단이 제시한 자료와 주장을 수용하더라도 최종목표 달성시기(2013. 12. 31.)까지 기술이전 달성에는 실패한 것으로 판단되는바, 3종의 후보물질 도출 및 2개물질의 기술이전에 실패하여 전체 연구목표에 도달하지 못한 것으로 평가되고, 원고 협력단이 주장하는 g 수준의 선도물질 생산으로는 in vivo 효능평가도 어려워 선도물질 대량 확보도 미흡하다'는 이유 등을 들어 만장일치로 위 이의신청을 기각하였다.

자. 그 후 진흥원은 2014. 5. 28. 위 실패 판정에 따른 후속조치로 원고 협력단에 대한 현장수행실태를 점검한 결과, '계획된 최종 기술개발 목표를 달성하지 못했으나, 연구내용에 있어 기술개발, 특허, 논문 등의 확보는 비교적 잘 되어 있어 성실히 수행하였다고 판단된다'며 '성실수행'으로 판정하면서도, 점검항목별 세부 검토의견에서는 '3종의 후보물질 관련하여 효능에 관한 논문화가 이루어지지 않았고, 당초 연구목표에서 제시된 신약 후보물질 용도로 개발되지 않고 식품 또는 건강기능식품의 용도로 시제품이 출시되었으며, 이 사건 사업을 통한 해양생물자원 등에 관한 관리가 미흡하고, 기술 이전 협상 성과가 없었다'는 등의 문제점을 다수 지적하였다.

차. 이어 진흥원은 과학기술기본법 제11조의2 제1항에 따른 참여제한 및 사업비 환수에 관한 사항을 심의하기 위하여 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2015. 12. 22. 대통령령 제26729호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제5항에 따라 제재조치 평가단을 구성하였는데, 제재조치 평가단은 2014. 6. 27. ① 위 현장수행실태 점검 결과 비록 '성실수행'으로 판정되기는 하였으나, 세부 검토의견을 보면 대부분 문제점을 지적하고 있는 등 실질적으로 부정적 평가요소가 많은 점, ② 연구과제의 관리가 미흡하여 향후 이를 활용하기 어려울 것으로 예상되는 점, ③ 성실수행 평가점수도 70점 만점에 44점에 불과한 점(불성실수행 기준점은 41점) 등을 고려하여, 만장일치 의견으로 이 사건 사업이 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 실패한 연구개발과제로 결정된 경우에 해당한다고 판단하고, 원고 협력단에 대한 최종연도 정부출연금의 70%(1,462,300,000원) 환수처분 및 주관연구책임자인 원고 B에 대한 2년의 참여제한 처분을 의결하였는바, 원고 협력단이 2014. 7. 21. 위 제재조치 평가단의 평가결과에 대하여 이의신청을 하였으나, 이의신청 검토위원회 역시 2014. 8. 7. 만장일치로 위 이의신청을 기각하였다.

카. 이에 따라 피고는 2014. 9. 24. 국가과학기술법 제11조의2, 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제27조에 의하여 '최종평가 결과 실패'를 사유로 이 사건 사업의 주관연구기관인 원고 협력단에 대하여 최종연도 정부출연금의 70%(1,462,300,000원) 환수처분을 하고, 주관연구책임자인 원고 B에 대하여 참여제한 2년(2014. 9. 24.~2016. 9. 23.)의 처분을 하였다(이하 통칭하여 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 7 내지 17, 25호증, 을 제1 내지 5, 10, 11호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 제1심 법원의 진흥원에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 원고 협력단은 3종의 독창적인 신약 후보물질을 개발하고, 2건의 신기술을 기술이전하여 이 사건 사업의 최종목표를 달성하였음에도, 진흥원의 평가위원회는 이 사건 사업의 연구목표에 포함되어 있지 않던 IND용 GLP 시험 수행을 통한 전임상 자료 여부를 중요한 평가기준으로 삼아 원고 협력단이 GLP 시험을 수행하지 않았음을 이유로 이 사건 사업의 최종목표를 달성하지 못하였다고 보고 원고 협력단의 연구개발결과에 대한 점수를 낮게 책정하여 이 사건 사업을 '실패'로 판정하였으나, 이는 잘못된 평가기준에 의한 것인바, 이 사건 처분은 위와 같이 잘못된 평가위원회의 평가결과를 기초로 이루어진 제재조치 평가단의 심의결과를 그대로 반영한 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다.

(2) 설령 진흥원 평가위원회의 평가기준에 오류가 없어 이 사건 사업을 '실패'한 사업으로 본다고 하더라도, 진흥원의 원고 협력단에 대한 현장수행실태 점검결과 '성실 수행'으로 판정되었고, 원고 협력단의 연구개발결과에 대한 최종평가 점수는 57.67점으로 '실패과제' 중 '성실실패'에 해당하므로, 이 사건 사업은 과학기술법 제11조의2 제1 항 제1호 소정의 연구개발의 결과가 '극히 불량'한 경우에 해당하지 않는다.

(3) 설령 이 사건 사업의 최종평가 결과가 과학기술법 제11조의2 제1항 소정의 제재조치 대상에 해당한다고 하더라도, 이 사건 사업 기간 동안 원고 협력단은 최종평가를 제외하고는 매해 성공과제의 기준점수인 60점 이상의 평가점수를 받아오다가 이례적으로 최종평가에서 단 한차례 60점 미만인 57.67점을 받았을 뿐이고, 위 평가점수는 위 기준점수에 겨우 2.33점 미달한 점, 원고 B이 연구비를 횡령하거나 불성실하게 연구를 수행한 사실이 없는 점, 원고 협력단은 연구지원비 등으로 예산의 대부분을 집행하는데, 원고 협력단에 대한 위 환수처분으로 인해 소속 직원들의 급여 지급이 정지되는 등 그 운영이 마비될 상황인 점, 원고 B이 수행하는 연구는 대부분 국가지원 연구개발사업을 통해 이루어지는데, 원고 B에 대한 위 참여제한 처분으로 2년간 국가지원 연구개발사업 참여가 제한되면 상당 기간 연구활동이 제한될 수밖에 없어 해당 기간 동안 과학자 자격을 박탈하는 것과 다름없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분은 원고들에게 지나치게 가혹하여 재량권 일탈·남용에 해당한다.

나. 진흥원 평가위원회의 평가기준에 오류가 있었는지 여부

(1) 인정사실

(가) 이 사건 사업은 해양천연물 전체를 대상으로 하여 특정 질환의 치료에 효과가 있는 신약 후보물질을 찾는 연구개발사업인바, 이 사건 사업에 기초한 일반적인 신약 개발 과정은 다음과 같다.

(나) 당초 이 사건 사업에 기초한 C 개발의 단계별 연구내용에 의하면, 1단계 (2004~2006년) 유효물질 개발, 2단계(2007~2009년) 선도물질 개발, 3단계(2010~2013년) 후보물질 개발, 4단계(2014~2016년) 전임상시험, 5, 6단계 임상시험 및 신약판매허 가신청 순으로 계획되어 있었는바, 이 사건 사업은 후보물질을 개발하는 3단계까지의 연구개발, 즉 해양생물자원에서 널리 신약의 유효물질을 탐색하여 라이브러리를 구축하고, 질환동물 모델에서 효능을 입증한 선도물질을 개발한 후, 개발된 선도물질에 대해 포괄적인 개념의 druggability(후보물질에 필요한 물리·화학적 성질, 생물학적, 독성학적 성질 및 안정성 검사) 검증 과정(non-GLP 시험을 의미함)을 거쳐 후보물질을 선별하는 단계까지의 연구개발을 목적으로 하고 있었다.

(다) 그런데 원고 협력단은 2011. 3. 18. 진흥원과 사이에 2011년도 연구개발 협약을 체결하면서 2012년도 2/4분기부터 1개 후보물질에 대한 GLP 시험을 시도해보겠다는 계획을 밝혔고, 이에 기초하여 2011. 11. 22. '100억 원의 연구지원비 지원을 전제로 2012년도 4/4분기부터 GLP 시험을 수행하고, 120억 원의 연구지원비 지원을 전제로 2013년도에 임상시험 허가신청을 하겠다'는 내용의 연구계획서를 진흥원에 제출하였으나, 진흥원의 연구계획 수정·보완 요청에 따라 2012. 3. 21. '2012년도 연구계획에서 GLP 시험 부분을 삭제(2013년도 계획으로 연기)하고 이를 약물적합성 평가로 대체'하는 내용의 수정된 연구계획서를 제출하였는바, 최종적으로 2012. 6. 11. 원고와 진흥원 사이에 연구개발비를 1,903,000,000원으로 하여 체결된 2012년도 연구개발 협약에 첨부된 연차(단계)실적계획서상의 2012년도 연구개발 추진계획에는 GLP 시험이 제외되어 있다.

(라) 이후 원고 협력단은 다시 2012. 11. 30. '62.6억 원의 연구지원비 지원을 전제로 2013년도 4/4분기에 GLP 시험을 수행하겠다'는 내용의 연구계획서를 진흥원에 제출하였으나, 신청 연구비가 과다하다는 취지의 진흥원의 수정·보완 요청에 따라

2013. 1. 18. '신청 연구지원비를 25.4억 원으로 감축하고, GLP 시험 일정이 제외된 연구개발 추진계획'이 첨부된 수정 연구계획서를 제출하였는바, 최종적으로 2013. 4. 5. 원고와 진흥원 사이에 연구개발비를 2,089,000,000원원으로 하여 체결된 2013년도 연구개발 협약에 첨부된 연차(단계)실적계획서상의 2013년도 연구개발 추진계획에는 GLP 시험 일정이 없다.

(마) 신약 후보물질에 대한 GLP 시험을 위해서는 비임상시험 전문기관인 CRO에 대한 시험의뢰 비용 및 후보물질 생산대행 업체인 CMO(Contract Manufacturing organization)에 대한 후보물질 생산비용이 발생하는바, 1개의 신약(합성신약) 후보물질에 대한 GLP 시험 비용은 약 12~17억 원 정도가 소요된다.

[인정근거] 갑 제5, 23 내지 25, 27 내지 53, 55 내지 59, 64호증의 각 기재, 당심 증인 D의 증언, 변론 전체의 취지

(2) 판단

(가) 위 인정사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 앞서 본 일반적인 신약 개발 과정에 의할 때, 일반적으로 GLP 시험은 선도물질을 대상으로 하는 것이 아니라, 질환동물 모델에서 효능이 검증된 선도물질 중 독성, 안정성 등의 검증과정, 즉 non-GLP 시험을 통과하여 선별된 후 보물질을 대상으로 수행되는 것으로 보이는 점, ② 그런데 이 사건 사업은 후보물질에 대한 GLP 시험에 들어가기 이전에 위와 같은 신약 후보물질을 개발하는 단계까지를 연구개발의 목적으로 하고 있으므로, 피고가 이 사건 사업의 공고 당시 3단계 (2010~2013년) 목표로 명시한 '선도물질 전임상시험(독성, 안정성)을 통한 신약 후보물질 개발'은 GLP 시험이 아니라 'non-GLP 의미의 전임상시험을 통한 후보물질 선정'을 의미하는 것으로 판단되는 점, ③ 이 사건 사업의 공고 당시 명시된 3단계(2010~2013년) 목표에는 그 외에도 '산업화를 위한 기술이전'이 있는데, 통상 이 사건 사업과 같이 해양천연물로부터 신약 후보물질을 개발하여 제약회사 등으로의 기술이전을 전제로 하는 연구의 경우, 일반적으로 기본적인 약리작용, 효능평가 및 전임상독성 연구(GLP급) 데이터가 제대로 갖춰지지 않고서는 기술이전이 다소 어려운 면이 있기도 하나, GLP 시험을 전제로 하지 않은 기술이전도 충분히 가능한 점, ④ 원고 협력단이 진흥원과 사이에 2011년도 연구개발 협약을 체결하면서 위와 같은 이 사건 사업의 공고 내용과는 달리 2012년도에 GLP 시험을 추진하기로 계획하기도 하였으나, 앞서 본 바와 같이 최종적으로 2012년도 및 2013년도 연구개발 추진계획에는 GLP 시험이 제외된 것으로 보이는 점, ⑤ 앞서 본 1개의 신약(합성신약) 후보물질에 대한 GLP 시험 비용을 감안할 때, 2012년도 및 2013년도 연구개발 협약상의 연구개발비로는 GLP 시험을 수행할 수 없었을 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 사업의 연구목표에는 신약 후보물질에 대한 임상시험허가용 전임상 자료를 얻기 위해 수행하는 GLP 시험은 포함되어 있지 않다고 봄이 상당하다.

(나) 나아가 진흥원 평가위원회 위원들이 이 사건 사업의 연구목표에 GLP 시험이 포함된 것으로 오인하여 원고 협력단이 GLP 시험 기준에 따른 전임상 자료를 통한 후보물질 개발 및 기술이전을 하지 않은 것으로 판단함으로써 원고 협력단의 연구개발 결과에 대한 평가점수를 낮게 책정하였는지 여부에 관하여 본다.

1) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 진흥원은 제1심 법원의 사실조회에 대하여 '전임상시험 수행은 이 사건 사업의 최종목표 달성을 위한 필수사항이고, 따라서 연구개발결과에 대한 평가항목 중 "연구목표 달성도", "연구수행 과정의 적절성", "연구개발 성과의 우수성" 평가시 반영하여야 할 중요한 요소'라고 회신한 점, ② 실제로 진흥원 평가위원회 일부 위원들이 원고 협력단의 연구개발결과를 '실패'로 판정한 주요 사유에는 '전임상자료 미흡', '후보물질 개발을 위한 전임상시험이 제대로 이루어지지 않음', 'IND를 위한 기본 제출 자료로 유효성을 증명하기 위해서는 이 화합물의 적응증에 해당하는 실험동물 모델에서 약효가 증명되어야 함', 'GLP 시스템에서 (전임상시험을) 한 것인가에 대해 표시할 것' 등이 포함되어 있는 점, ③ 그런데 원고 협력단은 이 사건 사업의 2단계까지 개발된 선도물질에 대해 non-GLP 의미의 전임상시험은 수행한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 진흥원 평가위원회 위원들이 이 사건 사업의 연구목표에 GLP 시험이 포함되어 있는 것으로 오인하고 이를 전제로 원고 협력단의 연구개발결과를 평가하였다고 볼 여지가 있어 보이기는 한다.

2) 그러나 위 기초사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정

되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 진흥원 평가위원회 평가결과에는 '원고 협력단이 3종의 후보물질을 제시하였으나, 그 물질조차도 실질적으로 전임상시험(GLP 시험을 의미하는 것으로 보임)에 들어갈 수 있는 정도의 물성을 가진 것이 별로 없음', '원고 협력단이 제시한 3종의 후보물질 중 항감염제 후보물질인 CMDD6971의 경우 실험동물에서의 약효가 증명되지 못한 상태에서 기초 독성시험이 수행되어 전임상 후보물질로서의 가능성이 의심됨' 등의 의견이 제시되어 있는 점, ② 원고가 '이 사건 사업의 연구목표에 포함되어 있지 않은 GLP 시험 수행 여부를 평가기준으로 삼은 것은 잘못이다'라고 주장하면서 위와 같은 진흥원 평가위원회의 평가결과에 대해 이의신청을 하자, 이를 심의하기 위해 해당 분야의 외부전문가로 구성된 진흥원의 이의신청검토위원회는 '평 가위원회의 최종평가 기준은 (GLP 시험 수행 여부가 아니라) 후보물질 개발 여부였는데, 원고 협력단이 주장하는 이 사건 사업의 연구목표를 기준으로 판단하더라도 이 사건 사업에서 과제로 제시한 독창적인 신약 후보물질 선정 단계에 도달하였다고 판단할 근거가 미흡하다'는 등의 사유를 들어 만장일치로 위 이의신청을 기각한 점, ③ 진흥원 평가위원회 위원들이 원고 협력단의 연구개발결과에 대해 '전임상자료가 미흡하거나 전임상시험이 제대로 이루어지지 않았다'는 의견을 제시하기는 하였으나, 평가위원들은 위 전임상시험이 GLP 시험인지 non-GLP 시험인지 구분하지 않고 있어 평가위원들이 언급한 전임상시험이 GLP 시험을 의미하는 것인지 명확하지 않아 보이는 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 사정들만으로는 진흥원 평가위원회 위원들이 이 사건 사업의 연구목표에 GLP 시험이 포함된 것으로 오인한 상태에서 이를 전제로 원고 협력단의 연구개발결과를 평가함으로써 그 평가기준에 오류가 있었다고 단정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3) 게다가 진흥원 평가위원회는 원고 협력단의 연구개발결과를 평가함에 있어 '전임상시험 수행 여부'만을 판단 근거로 삼은 것이 아니라, 이에 더하여 앞서 본 바와 같이 '독창적인 신약 후보물질 개발 및 기술이전에 대한 실적을 제시하지 못하여 이 사건 사업의 최종 목표 달성 실패', '최종목표 달성을 위한 중요한 기반인 선도물질 대량 확보 기술개발 미흡', '분리한 성분 구조의 라이브러리(DB) 구축 미흡' 등의 사유를 종합하여 최종평가점수 57.67점으로 이 사건 사업에 대하여 '실패' 판정을 한 것이므로, 앞서 본 제1심 법원의 진흥원에 대한 사실조회결과만으로는 원고 협력단이 전임상 시험을 수행하지 않았다는 점이 진흥원 평가위원회 '실패' 판정의 결정적인 원인이 되었다고 단정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(다) 따라서 진흥원 평가위원회 위원들이 이 사건 사업의 연구목표에 포함되어 있지 않던 GLP 시험 수행 여부를 평가기준으로 삼아 원고 협력단의 연구개발결과를 평가한 결과 원고 협력단이 GLP 시험을 수행하지 않았다는 이유로 그 평가점수를 낮게 책정하였다는 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.다. 이 사건 사업의 최종목표 달성 여부

위 기초사실을 비롯한 위 인정사실들을 종합하면, 이 사건 사업의 최종 목표는 '3종의 독창적인 신약 후보물질을 개발하고, 산업화를 위해 2013년까지 2건의 기술이전'을 하는 것이었는데, 원고 협력단은 이 사건 사업에서 연구목표로 제시한 독창적인 신약 후보물질 선정 단계에 도달하지 못하였고, 2013. 12. 31.까지 신약 후보물질을 제약 회사 등에 단 1건도 기술이 전하지 못하였으므로, 이 사건 사업의 최종목표를 달성하였다고 볼 수 없다(원고들이 이 사건 사업 성과라고 주장하는 '해양 와편모조류 대량생산 기술'은 위 물질을 대량생산하는 기술에 해당할지언정 이 사건 사업에서 당초 계획한 독창적인 신약 후보물질을 제약회사 등에 기술이전한 것으로 볼 수 없고, 이 사건 사업 기간이 지난 후에 벤처기업에 기술이전하였다는 해양천연물 혈류개선제 역시 기능성 식품 수준의 것일 뿐 독창적인 신약 후보물질로 보기 어려울 뿐 아니라 위 기술이전이 목표 시한인 2013년까지 이루어진 것도 아닌바, 원고들이 제출한 증거들만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다).

따라서 이 사건 사업의 최종목표를 달성하여 처분 사유가 존재하지 않는다는 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. '연구개발의 결과가 극히 불량하여 실패한 연구개발과제로 결정된 경우'에 해당하는지 여부

(1) 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제1호는 '중앙행정기관의 장은 소관 국가연 구개발사업에 참여한 기관, 단체, 기업, 연구책임자 · 연구원 또는 소속 임직원에 대하여 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 연구개발과제로 결정된 경우 5년의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있고, 이미 출연하거나 보조한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있으며, 다만 연구개발을 성실하게 수행한 사실이 인정되는 경우에는 참여제한 기간과 사업비 환수액을 감면할 수 있다'고 규정하고 있다.

위 제재규정의 체계와 내용 등에 비추어 볼 때, 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 실패한 연구개발과제로 결정된 경우에는 비록 연구개발을 성실하게 수행한 것으로 인정되더라도 위 규정에 따른 참여제한 및 출연금 환수 제재가 가능하고, 연구개발의 성실한 수행은 단지 임의적 감면 사유에 불과하다.

한편 국가연구개발사업에 따른 연구개발이 당초 계획에 따라 적정하게 이루어졌는지에 대한 판단은 고도의 과학기술상의 전문적인 판단을 요하므로, 연구개발 결과를 평가함에 있어 전문인력으로 구성된 위원회를 구성하여 평가를 거치고, 그 평가결과에 대한 이의신청에 따라 재심절차까지 거쳐 연구개발의 결과가 극히 불량하여 실패한 연구개발과제로 판단하였다면, 위 판단이 사실적 기초가 없다거나 사회통념상 현저히 부당하다는 등 현저히 재량권의 범위를 일탈한 것이 아닌 이상 이를 위법하다고 볼 수 없다(대법원 1992. 4. 24. 선고 91누6634 판결 등 참조).

(2) 위 기초사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고 협력단은 사업 기간 내에 이 사건 사업의 연구목표에서 제시한 독창적인 신약 후보물질 개발 및 산업화를 위한 기술이전을 하지 못하여 최종 목표 달성에 실패하였을 뿐만 아니라, 최종목표 달성을 위한 중요한 기반인 선도물질 대량 확보 기술개발도 미흡하였고, 분리한 성분 구조의 라이브러리(DB) 구축도 제대로 하지 않은 점, ② 이 사건 사업 종료 이후 원고 협력단은 해당 분야 전문인력으로 구성된 진흥원 평가위원회 평가 결과 이 사건 사업에 관하여 최종평가 점수 57.67점으로 '실패' 판정을 받았고, 위 평가는 이 사건 사업의 최종목표 미달성 등 객관적 사실에 기초한 것인 점, ③ 앞서 본 바와 같이 원고 협력단의 연구개발결과에 대한 진흥원 평가위원회의 평가기준에 어떠한 오류가 있다고 보기 어려운 점, ④ 위 최종평가에 대한 원고 협력단의 이의신청이 해당 분야 외부전문가로 구성된 진흥원 이의신청 검토위원회 만장일치로 기각된 점, ⑤ 제재조치 평가단도 이 사건 사업이 연구개발 결과가 극히 불량하여 실패한 연구개발과제에 해당하는 것으로 판단하였고, 이에 대한 이의신청도 만장일치로 기각된 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 사업이 연구개발 결과가 극히 불량하여 실패한 연구개발과제에 해당한다고 판단한 것이 위법하다고 보기 어렵다.

(3) 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

마. 제재가 과도하여 재량권 일탈·남용에 해당하는지 여부

(1) 제재적 행정처분이 재량권의 범위를 일탈하였거나 남용하였는지 여부는 처분사유로 된 위반행위의 내용과 그 위반의 정도, 당해 처분에 의하여 달성하려는 공익상의 필요와 개인이 입게 될 불이익 및 이에 따르는 제반 사정 등을 객관적으로 심리하여 공익 침해의 정도와 그 처분으로 인하여 개인이 입게 될 불이익을 비교 · 교량하여 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2011두31635 판결 등 참조).

(2) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 대통령령인 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제27조 제1항 제1호는 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 과제로 결정된 경우의 참여제한 기간을 '3년'으로 정하고 있고, 같은 규정 제27조 제11항 [별표 5] 제1호는 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 과제로 결정된 경우의 사업비 환수기준을 '해당 연도 출연금 전액 이내'로 정하고 있는데, 피고는 원고 협력단이 연구개발을 성실하게 수행한 것으로 인정하여 과학기술기본법 제11조의2 제1항 단서에 따라 참여제한 기간을 '2년', 사업비 환수금액을 '최종연도 정부출연금의 70%로 감경해 준 점, ② 이 사건 사업에 약 10년에 걸쳐 32,683,546,000원의 정부출연금이 지급되었음에도 최종목표인 산업화를 위한 신약 후보물질 및 신기술의 기술이전이 단 1건도 이루어지지 못하였고, 연구 성과를 다른 연구에 활용하기 위해 필요한 라이브러리 작업도 제대로 이루어지지 않은 점, ③ 진흥원은 원고 협력단의 연구개발결과에 대한 2011년 심층평가 이래 위와 같은 결과를 우려하여 원고 협력단에 연구전략 및 연구체계 개선 등을 지속적으로 요청하였음에도 원고 협력단은 지적된 문제를 제대로 해결하지 못하여 이후 사업연도에서 계속 낮은 평가를 받았고, 결국 이 사건 사업이 최종목표를 달성하지 못한 채 실패로 끝난 점, ④ 국가연구개발사업을 수주하여 거액의 정부출연금을 사용하고도 연구개발 결과가 극히 불량하여 연구개발과제가 실패로 끝난 경우 연구개발사업에 참여한 단체와 연구책임자에 대하여 제재를 가함으로써 국가연구개발사업의 적정한 수행과 정부출연금의 엄정한 집행을 도모해야 할 공익상의 필요가 큰 점, ⑤ 원고 협력단에 대한 위 환수처분 금액은 원고 협력단에 지급된 이 사건 사업 총 연구개발비(32,683,546,000원)의 약 4.47% 수준에 불과한 점, ⑥ 원고 B에 대한 위 참여제한처분은 2년간 국가연구개발사업에 참여하는 것을 제한하는 것일 뿐 그 밖의 연구활동 등 대학교수로서의 본연의 업무수행을 제한하는 것은 아닌 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 처분으로 달성하고자 하는 공익 목적이 원고들이 그로 인하여 입게 될 불이익보다 결코 가볍다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분이 비례의 원칙에 반하거나 재량권을 일탈·남용한 위법한 처분이라고 볼 수 없다.

(3) 따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 모두 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.