나이스정보통신 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 1인)

마포세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 동인 담당변호사 김현희 외 2인)

2016. 3. 11.

1. 피고가 2013. 11. 1. 원고에 한, 별지1 ‘이 사건 처분 내역’ 각 표 기재 각 부가가치세 부과처분 중 2005년 제1기 내지 2008년 제1기 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/5은 피고가, 나머지는 원고가 각 부담한다.

피고가 2013. 11. 1. 원고에 한, 별지1 ‘이 사건 처분 내역’ 각 표 기재 각 부가가치세 및 법인세 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 5. 12. 설립되어 밴(VAN, Value-Added Network) 서비스(가맹점의 신용카드 또는 현금영수증 등의 결제 정보를 신용카드 회사 또는 국세청에 전달하여 신용카드 조회, 결제승인 및 대금 정산 등의 업무를 처리할 수 있도록 네트워크를 구축ㆍ제공하고 매출전표를 수거ㆍ보관하는 서비스, 이하 ‘밴 서비스’라 한다) 제공 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 영위하였다.

나. 소외 1은 2000년 8월경부터 2012년 9월경까지 원고의 법인사업부 본부장 및 전무이사로 근무하면서 가맹점 영업, 대리점 관리 등을 총괄하였고, 소외 2는 2001년 7월경부터 2010년 3월경까지 원고의 법인사업부 법인영업팀 대리 및 팀장으로 근무하면서 가맹점 영업, 대리점 관리, 정산 업무 등을 담당하였다. 이들은 별지2 ‘범죄사실’ 기재와 같이 한국 미니스톱 주식회사(원고와 2003년 12월경 밴 서비스 계약을 체결한 가맹점, 이하 ‘미니스톱’이라 한다)에 대하여 재계약 지원금 30,000,000원, 통합동글 싸인패드 지원금 227,500,000원, 현금영수증 밴 수수료 841,552,185원과 주식회사 엔젤인포(원고 회사와 밴 서비스 계약을 체결한 가맹점에 대한 거래승인 및 관리를 대행하고 원고로부터 관리수수료를 지급받는 원고의 대리점, 이하 ‘엔젤인포’라 한다)에 대하여 가맹점수수료 863,569,159원, 한국인삼공사 전산프로그램 지원과 관련하여 70,000,000원(위 각 금액을 통틀어 ‘이 사건 지급금액’이라 한다)을 각 지급하여야 한다는 명목으로 원고로부터 위 금액을 지급받아 이를 편취하였다[이에 관하여 형사 유죄 판결{ 서울서부지방법원 2014. 1. 16. 선고 2013고합235, 246, 278, 305, 340, 367, 390, 391(병합) 판결 , 서울고등법원 2014. 7. 11. 선고 2014노399 판결 }이 선고되어 확정되었다, 이하 ‘관련 형사판결’이라 한다].

다. 피고는, ① 이 사건 지급금액과 관련하여 원고가 상대방으로부터 교부받은 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 해당 매입세액을 불공제하고, ② 각 해당 사업연도 법인세 산정시 이 사건 지급금액을 손금불산입하며, ③ 원고가 영위하는 사업이 통신업이므로 원고의 기계장치와 대여단말기에 대해서 4년이 아닌 8년의 기준내용연수가 적용되어야 한다는 이유로 감가상각비 약 8,317,145,000원(이하 ‘이 사건 감가상각비’라 한다)을 손금불산입하여, 2013. 11. 1. 원고에 별지1 ‘이 사건 처분 내역’ 각 표 기재 각 부가가치세 및 법인세를 경정ㆍ고지하였다(이하 부가가치세 부과처분을 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하고, 법인세 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하며, 위 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지3 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 부과제척기간에 대하여

1) 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제26조의2 제1항 제1호 는 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’을 국세 부과제척기간으로 정하고 있고, 같은 항 제3호 는 이에 해당하지 않는 일반적인 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있다.

2) 2005년 제1기 내지 2008년 제1기 각 부가가치세 부과처분과 관련하여

가) 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법제26조의2 제1항 제1호 가 정한 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다( 대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 참조).

나）을 제6호증의 기재만으로는 원고에게 허위의 세금계산서를 발급한 거래처(엔젤인포 및 주식회사 위저드핑, 이하 ‘거래처’라 한다)가 위 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하였다고 보기 어렵다. 오히려 을 제7 내지 9호증의 각 기재에 의하면, 영등포세무서장이 이 사건 처분 이후인 2014. 11. 27.경 엔젤인포에 가공자료에 의한 부가가치세 신고ㆍ납부를 이유로 환급을 위하여 부가가치세를 감액 경정한 사실, 삼성세무서장이 2015. 1. 5.경 위저드핑의 부가가치세 신고ㆍ납부의 내용이 가공 자료임을 이유로 가산세 부과처분을 한 사실을 각 인정할 수 있는데, 이에 비추어 보면, 거래처가 허위의 세금계산서로 부가가치세를 신고ㆍ납부하였음을 알 수 있고, 직권으로 부가가치세액 경정 등이 이루어진 것으로 보아 거래처가 스스로 경정청구를 하여 이를 환급받았다고 보기도 어렵다. 달리 거래처가 관련 부가가치세를 면탈하였다고 볼 증거가 없다.

또한 앞서 본 바와 같이 원고는 허위의 각 세금계산서에 따른 공급금액에 부가가치세를 더한 금액을 거래처 명의 계좌로 송금하였고, 실행위자는 그 중 공급금액에 해당하는 돈만을 편취하였다. 즉 원고는 거래처가 위 각 세금계산서에 관하여 매출세액을 신고ㆍ납부하도록 부가가치세를 지급한 것이다.

다) 위와 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 거래처가 부가가치세를 신고ㆍ납부할 것으로 믿고 해당 금액을 거래처에 지급하였으므로, 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 볼 수 없다. 이 점을 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 5년의 부과제척기간이 경과하여 부과된 2005년 제1기 내지 2008년 제1기 각 부가가치세 부과처분은 위법하다.

3) 2005년 내지 2007년 귀속 각 법인세 부과처분과 관련하여

가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 및 제3호 의 내용과 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청은 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데 있다. 그렇다면 여기서 말하는 ‘부정한 행위’에는 납세의무자 본인의 부정한 행위뿐만 아니라, 납세의무자가 스스로 관련 업무의 처리를 위탁함으로써 행위영역 확장의 이익을 얻게 되는 납세의무자의 대리인이나 이행보조자 등의 부정한 행위도 다른 특별한 사정이 없는 한 포함된다( 대법원 2015. 9. 10. 선고 2010두1385 판결 참조).

나) 앞서 본 바와 같이 소외 1, 소외 2(이하 2인을 통틀어 ‘실행위자’라 한다)가 허위의 세금계산서를 수취한 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 가 정한 부정한 행위에 해당하고, 위 행위는 실행위자가 원고의 직원으로서 회사 담당 업무를 처리하는 과정에서 이루어진 것이므로, 위 규정을 적용할 때 납세자의 행위로 봄이 타당하다.

다) 이에 대하여 원고는, 관련 형사판결에서 원고가 실행위자로부터 사기를 당한 피해자임이 밝혀졌으므로, 이들의 행위를 원고의 행위로 평가하는 것은 가혹하다는 취지로 주장하나, 원고가 피해자라는 것은 원고와 실행위자 사이의 문제일 뿐, 대외적으로 실행위자가 원고를 대리하여 한 업무 처리의 효력이 원고에게 미치지 않는다고 볼 수는 없다.

나. 이 사건 감가상각비 손금 산입 가부

1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제 10423호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항 은 ‘고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상한 경우에 한하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’라고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제2호 는 감가상각자산의 내용연수 및 상각률과 관련하여 ‘…감가상각자산(…) 구조 또는 산별·업종별로 기획재정부령이 정하는 기준내용연수(이하 "기준내용연수"라 한다)에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 기획재정부령이 정하는 내용연수범위(이하 "내용연수범위"라 한다) 안에서 법인이 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 "신고내용연수"라 한다)와 그에 따른 상각률’을 적용하도록 하면서, 단서에서 ‘신고기한 내에 신고를 하지 아니한 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률로 한다’라고 정하고 있다. 법인세법 시행규칙 제5조 제3항 [별표6] 은 한국표준산업분류상 ‘통신업’의 기준내용연수를 ‘8년’으로, 내용연수범위를 ‘(6년~10년)’으로 각 규정하고 있다.

2) 한국표준산업분류(2007. 12. 28. 통계청 고시 제2007-53호, 이하 ‘한국표준산업분류’라 한다)는 Ⅰ. 3. 바. 2) 가)항에서 생산단위의 산업 활동은 그 생산단위가 수행하는 주된 산업 활동(판매 또는 제공되는 재화 및 서비스)의 종류에 따라 결정된다고 하면서, 통신업에 대하여는 ‘일반 대중이나 다른 사업체를 위하여 … 기타 통신시설에 의하여 …비음성 전달 요소를 전기식 또는 전자식 방법에 의하여 송달하는 전기통신업을 말한다.’라고 정의하고 있고, ‘정보서비스업’에 대하여는 ‘자료처리 및 데이터베이스 구축, 웹 및 서버호스팅 스트리밍 서비스를 제공하거나 인터넷 정보매개 서비스 및 기타 방식의 정보제공 서비스 활동을 말한다.'라고 정의하고 있다. 한국표준산업분류(2000. 1. 7. 통계청 고시 제2000-1호, 이하 ’구 한국표준산업분류‘라 한다)도 통신업은 위와 같이 정의하고, ’정보처리 및 기타 컴퓨터 운영 관련업‘에 관하여는 ’고도의 전문지식과 훈련을 받은 인적자본이 서비스생산의 주요 투입요소이며 장비와 원료는 핵심요소가 아니다‘라고 밝히면서, 전산자료 처리서비스를 제공하는 ’자료 처리업(7231)‘, 1차 자료를 수집 및 조합하여 일정 포맷에 따라 가공된 정보를 컴퓨터에 수록하여 주문에 따라 자동응답전화, 온라인, 디스켓 등의 전자매체로 제공하는 산업활동인 ’데이터베이스 및 온라인 정보제공업(72400)‘ 등을 포함시키고 있다.

3) 통신업은 사업자가 가입자 등에게 통신시설을 제공하고 그 시설을 이용하여 가입자들이 서로 전달하고자 하는 비음성 전달 요소 등을 송달하는 것이 주된 업무이고, 정보서비스업은 사업자가 정보를 제공하는 것이 주된 업무이다. 앞서 본 사실 및 증거와 갑 제3 내지 8호증, 을 제1 내지 3, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 및 한국표준산업분류상의 ‘통신업’과 ’정보처리 및 기타 컴퓨터 운영 관련업‘ 내지 ‘정보서비스업’의 분류구조와 체계, 밴 서비스의 특성 등에 비추어 보면, 이 사건 사업은 한국표준산업분류상 ‘통신업’에 해당한다고 봄이 타당하다.

① 원고는 회사 홈페이지에 ‘전산시스템 및 네트웍을 구축하여 전자결제서비스를 제공하는 회사’라고 회사 소개를 하였고, 사업보고서에서도 이 사건 사업을 ‘부가통신사업’으로 지칭하였다. 구 한국표준산업분류상 ‘부가통신업(64292)’은 ‘컴퓨터에 의하여 데이터베이스 및 기타 정보를 검색 및 송수신할 수 있는 온라인 통신 및 검색망을 운영하는 산업활동으로서 ’통신업(64)‘에 포함된다.

② 밴 서비스는 가맹점의 신용카드 또는 현금영수증 등의 결제 정보를 신용카드 회사 또는 국세청에 전달하여 신용카드 조회, 결제승인 및 대금 정산 등의 업무를 처리할 수 있도록 네트워크를 구축ㆍ제공하고 매출전표를 수거ㆍ보관하는 서비스임은 앞서 본 바와 같다. 원고는 가맹점과 단말기 공급계약 내지 서비스이용계약을 체결하고 신용카드 회사와 거래승인 중계 계약을 체결한 다음 가맹점에 단말기 및 네트워크를 제공하여 가맹점 고객으로 하여금 신용카드 회사 등으로부터 카드승인을 받을 수 있도록 하는 서비스를 제공한다. 그 과정에서 카드승인을 요청하려는 고객의 카드 정보가 신용카드 회사에 전송되고, 신용카드 회사로부터 카드승인 정보가 가맹점에 전달되는 것은 사실이나, 이는 신용카드 거래 성사를 위한 수단으로 보인다. 원고가 비씨카드 주식회사(이하 ‘비씨카드’라 한다)와 사이에 체결한 ‘거래승인 중계 계약서’ 제2조 제3항은 제공되는 ‘서비스’에 관하여 ‘원고가 비씨카드의 가맹점으로부터 전송 받은 거래승인 요청에 대한 동 정보를 비씨카드에게 전송하여 비씨카드가 행한 거래승인 여부를 가맹점에 통보(…)하거나 비씨카드를 대신하여 원고가 행하는 대행승인을 말한다’라고 하여 같은 취지로 계약서를 작성하고 있고, 이는 다른 신용카드 회사와의 거래에서도 마찬가지일 것이다.

③ 원고가 신용카드 거래에서 카드 위조나 카드 사고를 방지하기 위하여 불량 거래정지자 정보를 제공함으로써 신용카드 거래의 신속성과 정확성을 증대시키는 역할을 수행하였다고 하더라도, 위 불량 거래정지자 정보는 원고가 개별 신용카드 회사로부터 제공받은 것이고, 이를 다시 가맹점에 제공하는 것이므로, 위 사정만으로 원고가 정보를 독자적으로 수집, 축적, 가공, 처리, 제공하는 업무를 하고 있다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 객관적인 자료가 제출된 것이 없다. 구 한국표준산업분류상 ’정보처리 및 기타 컴퓨터 운영 관련업‘의 지표인, 고도의 전문지식과 훈련을 받은 인적자본을 서비스생산의 주요 투입요소로 한다고 볼 근거도 없다.

④ 신용카드 거래금액 및 신용거래, 체크거래, 안심클릭거래 등 거래시 제공되는 정보의 종류에 따라 거래승인 중계수수료의 액수가 달라지는데, 거래승인 단가의 크기, 거래의 안전도 등의 영향을 받는 것으로 보일 뿐, 거래승인 단가가 커질수록 수수료는 오히려 적어지는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 수행한 정보처리 등 업무의 양이나 그 경중에 따라 액수에 차이가 발생하는 것이라고 보기는 어렵다.

⑤ 원고가 신용카드 회사와의 업무 위임계약에 의하여 신용카드 가맹점 모집, 단말기 설치 및 관리, 신용카드 거래 승인, 전표수거 및 보관 등의 업무를 수행하고 있다고 하더라도, 위 업무 외에 신용카드 발급 및 신용 제공 등을 포함한 신용카드 회사의 전반적인 업무를 대행한 것으로 보기는 어려우므로, 이 사건 사업이 신용카드 회사의 산업활동인 ‘금융 및 보험업’에 해당한다고 볼 수는 없다.

⑥ 원고가 이 사건 사업의 산업활동 분류에 관하여 문의한 결과 통계청이 각각의 주된 활동에 따라 ‘컴퓨터시스템 통합자문 및 구축 서비스업(62021)’, 호스팅 및 관련서비스업(63112)‘로 분류될 수 있다고 회신한 것은 사실이나, 위 회신 내용 중에 ’귀하의 질의의 경우 사업체가 수행하는 주된 경제 활동을 파악하는 데 필요한 정보가 불충분하여 사업체의 주된 활동을 파악할 수 없으나, …‘라는 내용이 포함되어 있고, 통계청이 제3의 밴 서비스 사업자 등의 질의에 대하여 위 회신과는 달리 밴 서비스 제공 사업을 다른 산업으로 분류하는 회신을 하기도 한 점에 비추어 보면, 원고에 대한 회신이 이 사건 사업에 관한 통계청의 명확한 의견 표명이라고 볼 수는 없다.

⑦ 갑 제7, 8호증의 각 기재에 의하면, 원고가 가맹점들과 사이에, 60개월 동안의 단말기 공급계약, 또는 3년 동안의 서비스 이용계약을 각 체결한 사실이 있음은 인정할 수 있으나, 위 계약기간이 곧바로 단말기의 내용연수에 해당한다고 볼 수는 없다. 사업자별로 감가상가비를 편의에 따라 산입하는 것을 방지하기 위하여 개별 산업활동의 특성을 전반적으로 고려하여 내용연수의 범위를 정한 법인세법 시행규칙 별표6의 기준이 지나치게 부당하여 효력이 없다고 볼 사정이 없는 한 이를 적용하여야 할 것인데, 그러한 사정을 인정할 객관적인 자료가 제출된 것이 없다.

4) 따라서, 이 사건 사업이 통신업에 해당하는 것을 전제로 원고의 기계장치와 대여단말기 등에 대해서 8년의 기준내용연수를 적용한 이 사건 법인세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다. 이 사건 사업이 정보서비스업{제8차 한국표준산업분류(2000. 1. 7. 통계청 고시 제2000-1호)의 ‘정보처리 및 기타 컴퓨터 운영 관련업’} 또는 금융 및 보험업에 해당함을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

(별지 생략)