원고 (소송대리인 법무법인(유한) 바른 외 1인)

반포세무서장 외 2인 (소송대리인 법무법인 남산 외 1인)

2013. 7. 3.

1. 원고에게 한,

가. 피고 반포세무서장의 2011. 4. 13.자 2006년 종합소득세 59,282,071,050원의 부과처분 중 57,538,848,229원, 2007년 종합소득세 66,174,137,100원의 부과처분 중 41,207,940,524원, 2008년 종합소득세 29,413,481,760원의 부과처분 중 14,553,545,862원, 2009년 종합소득세 11,834,501,130원의 부과처분 중 66,111,052원, 2010년 종합소득세 3,030,107,530원의 부과처분 중 154,166,949원,

나. 피고 서초세무서장의 2012. 11. 19.자 2006년 종합소득세 가산세 36,858,782,220원의 부과처분 중 35,774,846,362원, 2007년 종합소득세 가산세 47,106,512,010원의 부과처분 중 29,345,561,031원, 2008년 종합소득세 가산세 17,799,317,980원의 부과처분 중 8,833,500,387원, 2009년 종합소득세 가산세 5,901,349,300원의 부과처분 중 99,533,004원,

다. 피고 서초구청장의 2011. 4. 13.자 2006년 지방소득세 9,614,085,320원의 부과처분 중 9,331,369,459원, 2007년 지방소득세 11,328,064,910원의 부과처분 중 7,055,350,156원, 2008년 지방소득세 4,721,279,970원의 부과처분 중 2,338,704,625원, 2009년 지방소득세 1,773,585,040원의 부과처분 중 16,564,406원, 2010년 지방소득세 303,010,750원의 부과처분 중 15,416,695원을

각 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 7/10은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

원고에게 한, ① 피고 반포세무서장의 2011. 4. 13.자 별지 부과처분 중 제1목록 기재 각 종합소득세 부과처분, ② 피고 서초세무서장의 2012. 11. 19.자 별지 부과처분 중 제2목록 기재 각 종합소득세 가산세 부과처분, ③ 피고 서초구청장의 2011. 4. 13.자 별지 부과처분 중 제3목록 기재 각 지방소득세 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 선주사업(금융기관으로부터 대출을 받아 선박을 구입하거나 건조하고, 그 선박을 용선하여 수익을 창출하는 사업)과 자동차해상운송사업(선주회사로부터 용선한 선박을 이용하여 하주와의 계약에 따라 수하물을 운송하고 그 운임을 수금함으로써 수익을 창출하는 사업)을 주로 영위하는 시도그룹의 실질적 경영자이다.

나. 시도그룹은 ① 선박을 소유하기 위하여 편의치적국인 라이베리아, 케이만군도 등에 설립된 특수목적법인(그 중 선박 1척의 소유 목적으로 설립된 특수목적법인은 이하 ‘단선회사’라 한다)들, 이들을 총괄 관리하기 위하여 각 단선회사들의 지분을 보유하고 소속 선박들의 용·대선 사업을 통해 용대선료를 주된 수입으로 하는 특수목적법인으로서 파나마에 설립된 시도홀딩(자동차운반선을 소유한 단선회사들의 지분 보유)과 시도탱커홀딩(탱커선박을 소유한 단선회사들의 지분 보유), ② 선박 신조 및 그에 필요한 선박금융의 조달 업무, 시도홀딩 및 시도탱커홀딩으로부터 선박관리업무를 위탁받아 선박을 관리하고 용·대선업무를 담당하는 시도쉬핑(홍콩, 재팬, 한국영업소), ③ 시도홀딩 등으로부터 자동차운반선을 대선하여 자동차해상운송사업을 하고, 그로 인한 운임을 주된 수입으로 하는 홍콩 법인인 시도카케리어서비스(Cido Car Carrier Service Ltd., 이하 ‘CCCS'라 한다)와 국내 에이전트인 유도해운 주식회사(이하 ’유도해운‘이라 한다), ④ 시도쉬핑홍콩의 에이전트로서 선용품의 수납, 선원들 관리 등 선박관리 업무를 위탁받아 수행하는 국내 법인인 시도상선, ⑤ 선원이나 시도그룹 소속 임직원들의 입출국 수속, 항공권 판매 등을 담당하는 국내 법인인 시도항공여행사, ⑥ 선박건조용 블록 제작회사로서 국내 법인인 대상중공업과 DSHI 등으로 구성되어 있다.

다. 서울지방국세청장은 2010. 10. 15.부터 2011. 3. 28.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고, 피고 반포세무서장, 서초구청장에게 아래와 같이 과세자료를 통보하였다.

라. 2011. 4. 13. 원고에게, ① 피고 반포세무서장은 2006년 종합소득세 96,140,853,270원(가산세 포함), 2007년 종합소득세 113,280,649,100원(가산세 포함), 2008년 종합소득세 47,212,799,740원(가산세 포함), 2009년 종합소득세 17,735,850,430원(가산세 포함), 2010년 종합소득세 3,030,107,530원(가산세 포함)을, ② 피고 서초구청장은 별지 부과처분 중 제3목록 기재 각 지방소득세를 각 결정·고지하였다.

마. 원고는 2011. 7. 7. 심판청구를 제기하였으나, 2011. 12. 28. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

바. 피고 서초세무서장은 2012. 11. 19. 당초 각 종합소득세 가산세 부과처분을 취소하고, 별지 부과처분 중 제2목록 기재 각 종합소득세 가산세를 재부과·고지하였다(이에 따라 각 종합소득세는 별지 부과처분 중 제1목록 기재와 같다. 이하 별지 부과처분 제1, 2, 3목록 기재와 같은 각 종합소득세, 종합소득세 가산세, 지방소득세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함), 을가 제1, 2, 14, 43호증(가지번호 포함), 을다 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 관한 판단

피고 반포세무서장, 서초세무서장은 “① 지방소득세 부과처분권자는 피고 반포세무서장이 아니므로, 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소청구부분은 피고적격이 없는 자를 상대방으로 하여 제기되었고, ② 종합소득세 부과처분이 취소되면 지방소득세 부과처분도 취소되므로, 지방소득세 부과처분을 별도로 다툴 실익이 없다.”고 주장한다.

살피건대, ① 지방소득세 부과처분 취소청구부분의 피고는 처분권자인 서초구청장으로 변경되었고, ② 지방소득세 부과처분은 별개의 과세처분이고, 종합소득세 부과처분이 취소되면 자동 취소되는 것이 아니므로, 위 피고들의 위 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 국내 거주자 해당성에 관하여

(가) 국내 비거주자성에 관하여

① 일본에서 사업기반을 잡은 후 1994. 7.경 가족과 함께 일본으로 이주한 점, 그후 일본에서 계속 가족과 함께 거주하면서 사업을 하고 자녀들을 학교에 보낸 점, 신조선발주, 선박금융조달, 용선계약 등 중요한 사업기반이 일본 소재 시도쉬핑재팬 등을 중심으로 형성되어 있는 점, 일본 거주자로서 소득세 등을 납부한 점, 일본과세당국으로부터 “2003. 3.경부터 2006. 3.경까지 일본 거주자이다.”고 판단받은 점, 일시 국내에 체류한 것에 불과하고, 국내에서 주요 사업을 관리하거나 주요 재산을 보유하지 않은 점 등을 고려할 때, 1994. 7.경부터 일본 거주자로 되었고, ② 일본과세당국에 의하여 일본 거주자로 판단된 기간 이후에는 국내 거주자성이 더욱 약화되었고, ③ 국내 거주자로 전환되었음을 인정할 만한 특별한 사정이 존재하지 않고, ④ 일본에 계속하여 1년 이상 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가졌으므로, 국내 비거주자에 해당한다 할 것이니, 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

(나) 조세조약상 일본 거주자 해당성에 관하여

(국내 거주자라 하더라도) ‘대한민국과 일본국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약’(이하 ‘한·일조세조약’이라 한다)에 의하면, 일본국 거주자에 해당하므로, 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 배당간주소득에 관하여

(가) 시도홀딩, 시도탱커홀딩은 실제 용대선사업을 하였으므로, 피지배법인 합산과세의 적용제외 대상에 해당한다 할 것이니, 이와 전제를 달리 한 종합소득세 부과처분은 위법하다.

(나) 시도홀딩과 시도탱커홀딩이 발행한 무기명주식에 질권이 설정되어 있으므로 배당이 불가능하고, 선박금융계약상 대출금 채무자인 단선회사가 얻은 소득은 금융기관의 승인 없이 배당 및 그 밖의 처분을 할 수 없으므로, 배당이 가능함을 전제로 이루어진 종합소득세 부과처분은 위법하다. 설령 질권에 귀속되는 배당청구권을 배당가능 유보소득으로 보더라도 금융기관에 상환된 질권의 피담보채무액을 초과하는 금액만을 배당가능 유보소득으로 산정하지 않은 종합소득세 부과처분은 위법하다.

(다) 시도홀딩 및 시도탱커홀딩은 선박소유의 위험을 분산시키기 위하여 별도의 법인으로 설립되었을 뿐 선주사업을 수행하는 동일한 경제적 실체이므로 당기순손익을 합산하여야 하는바, 2007년부터 결손이 발생하여 기존 회계연도의 수익과 상쇄됨으로써 실제 배당가능 유보소득이 없음에도 불구하고 미실현이익에 대하여 이루어진 종합소득세 부과처분은 실질과세의 원칙 및 과잉금지의 원칙에 위배되어 위법하다.

(라) ① 국제조세조정법 제17조 제1항 , 제2항 , 동 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23600호로 개정되기 전의 것) 제32조 제1항 , 제2항 에 의하면, 배당가능 유보소득을 산정할 때 특정외국법인에 대하여 내국인이 직간접적으로 보유하고 있는 지분을 모두 고려하여야 하는 점, 특정외국법인의 자회사에 대하여 피지배법인 합산과세를 적용배제하는 규정이 없는 점 등을 고려할 때, 피지배법인 합산과세 적용 여부는 지배기업(시도홀딩 및 시도탱커홀딩) 단위가 아니라 개별기업 단위로 판정해야 하는데도 연결재무제표를 기준으로 배당가능 유보소득을 산정하는 것은 조세법률주의에 위반되고, ② 내국인이 조세피난처에 설립된 외국법인의 주식 전부를 보유하고, 외국법인은 내국법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우 내국법인의 당기순이익이 100이고 외국법인에게 당기순이익이 없다면, 개별재무제표를 기준으로 할 때 외국법인의 배당가능 유보소득은 없으나, 연결재무제표를 기준으로 할 때 외국법인의 배당가능 유보소득이 내국법인의 당기순이익과 동일한 100이 되고, 내국법인의 당기순익에 대하여는 법인세가, 외국법인의 배당가능 유보소득에 대하여는 소득세가 부과되므로, 연결재무제표를 기준으로 배당가능유보소득을 산정하면 이중과세의 문제가 발생하고, ③ 단선회사는 고정시설인 선박을 통해 선주사업을 실제로 하고 있어 합산과세 적용제외 대상이므로, 시도홀딩 및 시도탱커홀딩의 연결재무제표를 기준으로 단선회사에 유보된 소득을 합산하여 이루어진 종합소득세 부과처분은 위법하다.

(3) 조선소, 윤활유 및 페인트 공급업체로부터 받은 수수료에 관하여

① 시도홀딩이나 단선회사는 선박건조계약 및 어드레스 커미션계약의 당사자인 점, ② 시도홀딩은 단선회사의 지주회사로서 원고에 대한 관계에서 별개의 법적 주체라 할 만한 형식적·실질적 실체를 갖고 있는 점, ③ 뉴브릿지가 지급받은 수수료는 금융기관에 노출되어 있지 않으나, 시도홀딩이나 단선회사가 지급받은 수수료는 금융기관에 노출되어 있고, 지출 및 운용에도 금융기관의 간섭을 받는 점 등을 고려할 때, 시도홀딩 및 단선회사가 지급받은 수수료는 시도홀딩 및 단선회사의 소득이므로, 원고의 소득임을 전제로 이루어진 종합소득세 부과처분은 위법하다.

나아가 뉴브릿지는 수수료를 지급받고 시도그룹의 선주사업에 재투자하기 위하여 일본인 가나모리가 고안한 시스템에 따라 설립된 회사인 점, 뉴브릿지가 지급받은 수수료는 전부 시도홀딩 또는 단선회사가 선박신조계약을 체결할 때 계약금으로 지급되거나, 시도쉬핑홍콩의 사무실, 시도쉬핑홍콩 직원들의 사택구입 등 시도그룹의 사업을 위하여 지출된 점, 소외 7의 영주권 취득비용이나 일본에 납부한 원고의 소득세 등은 원고가 뉴브릿지로부터 자금을 차용하여 지급하고 변제 중인 점 등을 고려할 때, 뉴브릿지는 원고와 별개의 법인격과 사업목적을 가진 법인이므로, 이와 전제를 달리 한 종합소득세 부과처분은 위법하다.

(4) 선박매매 중개수수료에 관하여

(가) 실제로 지급받지 않고 카스마리타임런던 계좌에 입금되어 사용된 점, 지급기한약정이 없는 점, 카스마리타임에게 지급요청을 한 적이 없는 점, 기타소득의 수입시기는 실제로 지급받은 날인 점 등을 고려할 때, 원고에게 귀속되었다고 보기 어려우므로, 원고의 소득임을 전제로 이루어진 종합소득세 부과처분은 위법하다.

(나) 카스마리타임이 시도그룹 소유 선박매매를 중개한 점, 원고는 카스마리타임에 귀속될 수수료를 분배받는 점 등을 고려할 때, 원고가 카스마리타임으로부터 받은 돈은 소득세법에서 규정한 소득에 해당하지 않고, (소득세법에서 규정한 소득에 해당하더라도) 사례금에 해당하므로, 사업소득임을 전제로 이루어진 종합소득세 부과처분은 위법하다.

(5) 배당소득에 관하여

소외 1 명의의 카스마리타임도쿄 지분은 시도쉬핑재팬의 일본인 직원 소유이므로, 원고가 실질주주임을 전제로 이루어진 종합소득세 부과처분은 위법하다.

(6) 부당무신고가산세에 관하여

① 피고에 의하여 주장되는 조치들(다단계 출자구조 및 명의신탁에 의한 국내 거주자 은폐, 국내 거주지 은폐, 국내의 직업 및 소득 은폐)은 국내 납세의무를 부담한다는 인식을 갖고 세무조사에 대비하기 위해서가 아니라, 사업상 필요 또는 회계법인의 자문에 따라 종전 국내 비거주자 요소를 유지 및 강화하기 위하여 이루어진 점, ② 피고들에 의하여 주장되는 조치들은 소득세법에서 피지배법인 유보소득에 대하여 과세할 수 있기 전에 이루어진 점 등을 고려할 때, 조세포탈 목적의 부정행위가 없었으므로, 이와 전제를 달리 한 가산세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 거주자, 배당간주소득, 부당무신고가산세에 관하여

(가) 주민등록지 등

1) 원고와 가족의 주민등록상 주소지는 서울 서초구 (주소 1 생략) ○○빌라302호(이하 ‘○○빌라’라 한다)로 되어 있다.

2) 원고는 1998. 12. 21. 주한 일본대사관에 재외국민으로 등록하였다. 원고는 2006. 4.경 일본인 거류증 및 외국인등록증을 반납하였다.

3) 시도쉬핑재팬 작성의 ‘평성 18년분 종합소득の원천징수표’에 의하면, 원고는 2006. 3. 31. 시도쉬핑재팬에서 퇴직한 것으로 기재되어 있다. 일본 동경도 미나토구장의 2006. 4. 26.자 ‘특별구민세·도민세 특별징수세액の변경등통지서’의 적요란에 의하면, 원고는 “퇴직으로 인하여 변경되었다.”(퇴직により변경しました)고 기재되어 있다.

4) 원고의 처인 소외 8은 일본인 거류증 및 외국인등록증을 갖고 있다.

5) 2007. 12. 13.자 CCCS의 연도별 법인신고서에 의하면, 원고와 소외 8의 주소는 ○○빌라로 기재되어 있다.

6) 서울 서초구 서초동 소재 △△△△△ (동호수 생략)(이하 ‘△△△△△ 주택’이라 한다)에 관한 입주자카드에 의하면, 원고, 소외 8, 원고의 자녀들인 소외 7, 소외 11이 입주자로 기재되어 있다.

(나) 주식양도 및 명의신탁계약서

1) 소외 8과 원고 사이에 2004. 5.경 체결된 시도홀딩 및 시도탱커홀딩의 주식양도계약서에 아래와 같이 기재되어 있다.

원고와 ‘Reid Services Ltd.’ 사이에 2004. 5.경 체결된 시도홀딩 및 시도탱커홀딩의 주식양도계약서에 아래와 같이 기재되어 있다.

2) 2004. 5. 31. 작성된 시도탱커홀딩 주식명의신탁계약서에 아래와 같이 기재되어 있다.

2004. 6. 11. 작성된 시도홀딩 주식명의신탁계약서에 아래와 같이 기재되어 있다.

(다) 세무자문

1) 홍콩의 PWC가 2004. 8. 24. 작성한 의견서에 아래와 같이 기재되어 있고, 이에 아래와 같이 보고서가 첨부되어 있다.

2) 삼일회계법인이 멜보로부터 의뢰받고 2007. 5. 15. 작성한 ‘Resident Issues(DRAFT)'에 아래와 같이 기재되어 있다

3) 삼일회계법인이 멜보로부터 의뢰받고 2007. 6. 15. 작성한 ‘MELBO INTERNATINAL LIMITED PERMANENT ESTABLISHMENT ISSUES SUMMARY(DRAFT)’에 아래와 같이 기재되어 있다.

(라) 일본 및 한국 국세청의 입장

1) 일본 국세청이 2011. 4. 13. 한국 국세청에 보낸 정보교환자료의 주요내용은 다음과 같다.

2) 서울지방국세청 소속 공무원인 소외 4가 2011. 3.경 작성한 ‘원고에 대한 거주자 보고서’에 아래와 같이 기재되어 있다.

(마) 일본에서의 납세현황

1) 시도쉬핑재팬은 1994년부터 2005년까지 원고에 대한 근로소득세를 원천징수·납부하였다. 원고는 1994년부터 2005년까지 일본에서 특별구민세 및 도민세를 납부하였다.

2) 일본과세당국은 2007년경 원고 및 시도쉬핑재팬에 대한 세무조사를 실시하였다. 원고는 자신의 소득세 및 시도쉬핑재팬의 법인세 합계 1,818,806,000엔을 수정신고납부하였다.

3) 소외 8은 2011년분 특별구민세 및 도민세를 납부하였다.

(바) 시도그룹 계열사 매출액 현황 등

1) 시도그룹 계열사의 매출액 현황은 아래 〈표1〉 기재와 같다.

2) 시도홀딩과 시도탱커홀딩의 재무제표의 명칭은 ‘시도홀딩(또는 시도탱커홀딩)과 자회사의 연결재무제표’[CIDO HOLDING(TANKERHOLDING) CO. AND SUBSIDIARIES CONSOLIDTED FINANCIAL STATEMENTS]이고, 자회사는 시도홀딩 또는 시도탱커홀딩의 종속회사인 단선회사이다. 시도홀딩의 연결손익계산서에는 수익계정으로 용선료, 시도탱커홀딩의 연결손익계산서에는 수익계정으로 용선료 및 운송료가 있다.

3) 뉴브릿지의 2007 사업연도부터 2010 사업연도까지 당기순이익은 아래와 같다.

(사) 품의서 등 내부문건

1) 기획관리팀의 소외 17은 2005. 11. 14. 아래와 같이 ‘시도쉬핑홍콩 주주변경에 대한 품의서’를 작성하고, 이에 아래와 같이 ‘CIDO STRUCTURE 검토(안)’을 첨부하였다.

2) 2005. 11. 28. 작성된 ‘시도상선 조직개편에 따른 삼일회계법인 검토 요약’에 아래와 같이 기재되어 있다.

3) 소외 17이 2006. 7. 3. 기안한 ‘홍콩 투자회사 설립에 대한 품의’의 2항 중 회사설립란에 ‘주주등록: 오아시스 홀딩(바하마)’이라고 기재되고 있고, 이에 첨부된 ‘투자회사 설립(안)’에 ‘1. 설립배경 (1) 자회사 주식매입을 통한 시도쉬핑홍콩/CCCS와 자회사 관계성 단절, 2. 회사개요 (2) 대표이사, 이사, 감사: 회장님과 연관성 단절된 차명 필요’라고 기재되어 있다.

4) 소외 17은 2007. 5. 28. 아래와 같이 ‘국내 자산 매각 관련 품의서’를 기안하였고, 원고는 같은 날 국내에서 이를 승인결재하였다.

5) 소외 19의 업무노트에 아래와 같이 기재되어 있다.

(아) 이메일

1) 소외 19는 2005. 11. 26. 소외 20에게 아래와 같이 메일을 발송하였다.

2) 소외 15는 2006. 9. 6. 소외 19, 소외 17에게 아래와 같이 메일을 발송하였다.

3) 소외 15는 2006. 10. 17. 아래와 같이 메일을 발송하였다.

이에 대하여 소외 20은 같은 날 아래와 같이 메일을 발송하였다).

4) 소외 15는 2007. 4. 25. 원고에게 아래와 같이 메일을 발송하였는데, 이에 첨부된 ‘투자이민과 Working VISA 비교’에 “한국에서의 비거주자 요건 중 가장 중요한 사항은 타국적 취득보다는 거소의 문제입니다. 즉, 홍콩에 집이 있고, 가족이 있고, 결정의 중심이 된다면 한국에서는 비거주자 요건이 확실해질 것입니다.”고 기재되어 있다.

5) 소외 6은 2007. 6. 7. 오노에게 아래와 같이 메일을 발송하였다.

6) 삼일회계법인 소외 20은 2008. 5. 19. 소외 21 등에게 아래와 같이 이메일을 발송하였다.

7) 소외 21은 2008. 5. 28. 소외 6에게 아래와 같이 이메일을 발송하였다.

8) 소외 15가 2009. 2. 20. 소외 17에게 보낸 이메일에 아래와 같이 기재되어 있고, 이에 첨부된 ‘국적선사 설립검토 보고’에 아래와 같이 기재되어 있다.

9) 소외 3은 2010. 6. 21. 소외 19, 소외 17에게 보낸 이메일에 “회장님의 의료보험을 시도상선에 유지시키는 방안입니다. 무급 휴직의 형태로 의료보험은 유지가 되어도 ‘비거주자’ 문제는 해결되지 않습니다.”고 기재되어 있다.

(자) 금융거래내역 등

1) 원고와 가족의 국내 금융거래내역은 별지 ‘원고일가 금융거래 내역’ 기재와 같다.

2) 원고는 1996. 8. 1.부터 2010. 6. 30.까지 시도상선의 직장가입자, 2010. 6. 30.부터 현재까지 지역세대주로 국민건강보험자격을 유지하고 있다.

(차) 국내외 체류일수 등

1) 원고와 가족들의 국내외 체류일수는 아래 〈표2〉 기재와 같다.

2) 원고는 2006년경부터 2009년까지 103회에 걸쳐 국내의 병의원이나 약국을 이용하면서 의료보험혜택을 받았는데, 당뇨 치료를 위하여 삼성의료원에, 허리질환 치료를 위하여 자신의 주치의가 있는 개인병원에 고정적으로 내원하였다. 2006년경부터 2009년경까지 소외 8은 153회, 소외 7은 64회, 소외 11은 63회에 걸쳐 의료보험혜택을 받았다.

(카) 원고 등 진술

1) 원고는 2010. 11. 9. 및 그 다음날 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.

원고는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

2) 소외 4는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

3) 소외 26은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

4) 소외 28은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

5) 히로카즈 마츠오는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

6) 소외 6은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

7) 소외 45는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

8) 소외 8은 2011. 1. 28. 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.

소외 8은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

9) 소외 15는 검찰조사에서 아래와 같이 진술하였다.

소외 15는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

10) 소외 32는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

11) 소외 49는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

12) 소외 20은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

13) 소외 50은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

14) 소외 46은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

15) 소외 19는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

16) 소외 19 및 소외 60은 2010. 10. 15. 세무조사에서 아래와 같이 확인서를 작성·제출하였다.

(2) 조선소, 윤활유 및 페인트 공급업체로부터 지급된 수수료에 관하여

(가) 계약서 등

1) 시도홀딩이 지정하는 회사(이하 ‘지정회사’라 한다)와 STX 조선해양이 2006. 3. 10. ‘선체번호 S-2036/38/40/41/42/43’에 관하여 체결한 중개수수료계약은 아래와 같다. 지정회사와 STX 조선이 선체번호 S-2026, S-2027, 2028, 2029, 2030, 2032에 관하여 체결한 중개수수료계약도 형식이 동일하다.

2) 시도홀딩이 2006. 9. 12. 현대중공업과 체결한 신조의향서에 ‘가격(조선소 반출기준 및 1% 어드레스 커미션을 포함하여): 선박당 92,192,000미국달러’라고 기재되어 있다.

3) 시도홀딩은 2006. 10. 25. 현대중공업과 아래와 같이 커미션계약을 체결하였다.

(나) 수수료 내역 등

1) 2005년부터 2010년까지 조선소, 윤활유 및 페인트 공급업체로부터 지급된 수수료 내역은 아래 표 기재와 같다.

2) 세무조사에서 확보된 ‘각 일자별 SPC 입출금 내역’에 “뉴브릿지가 2006. 12. 7. 시도쉬핑재팬에 세금 명목으로 1,831,600,000엔을 송금하였다”고 기재되어 있다.

3) 소외 5는 2009. 6. 24. 소외 6에게 아래와 같이 메일을 발송하였다.

(다) 원고 등 진술

1) 원고는 심판청구에서 “뉴브릿지의 계좌에서 시도쉬핑재팬의 계좌로 이체한 1,831,600,000엔으로 세금을 수정신고납부하였다. 뉴브릿지의 감사보고서에 시도쉬핑재팬에 대한 대여금으로 계상되어 있다”고 주장하였다.

원고는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

2) 소외 68은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

3) 소외 52는 검찰조사에서 아래와 같이 진술하였다.

4) 소외 69는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

5) 소외 70은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

6) 소외 54는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

7) 소외 53은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

8) 소외 5는 검찰조사에서 아래와 같이 진술하였다.

소외 5는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

9) 소외 28은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

10) 소외 45는 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

(3) 선박매매 중개수수료에 관하여

(가) 계약서

원고는 2009. 11. 21. 카스마리타임과 아래와 같이 커미션계약을 체결하였다.

(나) 입출금내역

1) 카스마리타임런던 계좌에서 시도그룹 선박매매 중개수수료가 입금된 내역은 아래와 같고, 입금된 돈이 사용된 내역은 (카스마리타임런던의 이사가 작성한) 별지 ‘회장님 USD 현금흐름표’ 기재와 같다.

2) 별지 ‘회장님 USD 현금흐름표’에 2009. 1. 21. ‘Cass Tokyo 배당금 115,673.80미국달러’라고 기재되어 있다.

(다) 소외 1 진술

소외 1은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

(4) 배당소득에 관하여

(가) 소외 1은 2007. 9. 4. 원고에게 “동경법인의 주식신탁합의서에 대한 초안이 나왔기에 송부하오니 참조하시고 회장님의 COMMENT를 부탁합니다”는 이메일을 보냈는데, 이에 첨부된 'DECLARATION relating to shares in Cass Maritime Tokyo Limited'에 “카스마리타임도쿄의 주식 100주의 소유자는 원고이고, 명의자는 소외 1이다.”고 기재되어 있다.

(나) 소외 1 등 진술

1) 소외 1은 서울중앙지방법원[2011고합1291, 2011고합1292(병합)] 에서 아래와 같이 진술하였다.

2) 소외 15는 검찰조사에서 아래와 같이 진술하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6호증, 제11 내지 14호증, 제18 내지 25호증, 제27 내지 34호증, 제37, 39, 40, 41, 43, 46, 47, 57, 62, 66호증, 을가 제3, 7, 8, 9, 11, 14호증, 제16 내지 34호증, 제40, 41, 42호증, 제44 내지 55호증, 제57 내지 73호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 국내 거주자 해당성에 관하여

(가) 국내 거주자성에 관하여

1) 거주자·주소·거소에 관한 소득세법 규정

거주자란 국내에 주소를 두거나 1년 이상의 거소를 둔 개인을 말한다[2006년 내지 2009년 종합소득세의 경우 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제1조 제1항 제1호 , 2010년 종합소득세의 경우 위 법률로 개정된 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 )].

주소는 국내에서 생계를 같이하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활환계의 객관적 사실에 따라 판정한다[ 소득세법 시행령(2006년 내지 2009년 종합소득세의 경우 2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 2010년 종합소득세의 경우 위 대통령령으로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항, 이하 같다]. 국내에 거주하는 개인이 계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 경우, 국내에 생계를 같이하는 가족이 있고 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것으로 인정되는 경우에는 국내에 주소를 가진 것으로 본다( 소득세법 시행령 제2조 제3항 ). 나아가 국외에 거주 또는 근무하는 계속하여 1년 이상 국외에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 경우, 외국국적을 가졌거나 외국법령에 의하여 그 외국의 영주권을 얻은 자로서 국내에 생계를 같이하는 가족이 없고 그 직업 및 자산상태에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라고 인정되지 아니하는 경우에는 국내에 주소가 없는 것으로 본다( 소득세법 시행령 제2조 제4항 ).

거소란 주소지 외의 장소 중 상당기간에 걸쳐 거주하는 장소로서 주소와 같이 밀접한 일반적 생활관계가 형성되지 아니한 장소를 말한다( 소득세법 시행령 제2조 제2항 ). 국내에서 거소를 둔 기간은 입국하는 날의 다음날부터 출국하는 날까지로 하나, 국내에 거소를 두고 있던 개인이 출국 후 다시 입국한 경우 생계를 같이하는 가족의 거주지나 자산소재지 등에 비추어 그 출국목적이 명백하게 일시적인 것으로 인정되는 때에는 그 출국한 기간도 국내에 거소를 둔 기간으로 본다( 소득세법 시행령 제4조 제1항 , 제2항 ). 나아가 국내에 거소를 둔 기간이 2과세기간에 걸쳐 1년 이상(183일 이상)인 경우에는 국내에 1년 이상 거소를 둔 것으로 본다( 소득세법 시행령 제4조 제3항 ).

2) 거주자 판단기준

위 규정의 내용 및 취지 등에 비추어, 거주자와 비거주자의 구분은 국내에 생계를 같이하는 가족 유무, 국내의 직업 및 소득현황, 국내에 소재하는 자산, 국내의 경제 및 법률관계 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

나아가 소득세법은 개인의 거주자성을 판정할 경우 국내에서의 객관적 생활관계를 종합적으로 고려하도록 정하고 있을 뿐 타국에서의 생활관계는 비교판정요소로 들고 있지 않은 점, 양국의 거주자성이 모두 인정될 경우를 대비하여 국가간에는 조세조약 등을 통한 해결을 도모하고 있는 점 등을 고려할 때, 국내에서의 생활관계를 토대로 국내 거주자인지를 판정하여야 한다( 대법원 1993. 5. 27. 선고 92누11695 판결 참조).

3) 이 사건에의 적용

가) 국내에 생계를 같이 하는 가족 유무

① 거주지: 원고는 1992년경 ○○빌라의 소유권을 취득하여 전입하였고, 2004년경 시도쉬핑 한국영업소 명의로 △△△△△ 주택의 소유권을 취득하여 이주한 점, 원고와 소외 8은 한국에 있을 경우 ○○빌라 또는 △△△△△ 주택에 거주한 점, ○○빌라와 △△△△△ 주택은 오로지 원고의 가족을 위한 생활공간으로서 생필품 및 가전집기들이 완비되어 있는 상태로 유지되고 있었던 점, 입국 후 대부분 △△△△△ 주택으로 귀가한 점, 주로 △△△△△ 근처 주유소에서 전용차의 주유가 이루어진 점, 원고가 국외에 있을 때는 소외 14나 소외 45가 집안청소, 화초에 물주기 등을 위하여 △△△△△에 출입한 점, 소외 7은 원고와 사이가 좋지 않아 소외 15, 소외 14 부부와 ○○빌라에서 생활하기도 하였으나, △△△△△ 주택에도 자신의 방이 마련되어 있었고, 그 방에 자신의 물건들이 일부 보관되어 있었던 점, 소외 11은 영국에서 대학교를 마치고 직장생활을 하였는데, 방학이나 휴가기간에 한국에 머무르는 동안 자신의 방과 물건들이 있는 △△△△△ 주택에 기거한 점, ② 원고의 출입국현황과 목적 등: 사업목적상 홍콩과 일본을 오갈 때 대부분 한국을 경유하여 일시 체류하다가 다시 출국한 점, 2003년부터 2010년까지 매년 짧게는 100일 남짓, 길게는 200일 가까이 한국에 거주한 점, ③ 소외 8의 출입국현황과 목적 등: 1994년경 원고를 따라 소외 7, 소외 11과 함께 일본으로 건너갔으나, 원고의 내조나 혈액암으로 투병 중인 모친을 간호하기 위하여 한국과 일본을 종종 왕래한 점, 국내체류기간이 2003년부터 2007년까지 매년 200일 이상이고, 2008년부터 2010년까지 매년 150일 이상인 점, 여러 나라들 중 한국에서 매년 가장 오랜기간 거주한 점, 원고와 동시에 국내에 체류하고 있던 기간이 2006년부터 2009년까지 각각 124일, 161일 104일, 127일인 점, 시도상선이 설립된 1995. 3.경부터 2005. 12.경까지 시도상선의 이사를, 2004. 5.경부터 2007. 12.경까지는 시도쉬핑 한국영업소 대표를 맡아 급여를 수령하고, 급여에 대한 세금을 납부한 점, 2006경부터 2009년까지 153회의 국내 의료보험혜택을 받은 점, ④ 소외 7의 출입국현황과 목적 등: 2004년경 일본에서 대학졸업 후 2004. 5.경 입국하여 2005. 11.경부터 2006. 11.경까지 공익근무요원으로 근무하고 신경정신과 관련 병원치료를 받다가 2007. 9.경 영국으로 유학을 떠난 점, 영국 유학기간 중인 2008년 국내 체류일수가 95일인 점, ⑤ 소외 11의 출입국현황과 목적 등: 일본에서 초중학교를 마치고 1997년경 영국으로 유학을 떠나 그곳에서 대학교까지 수료한 뒤 직장생활을 하고 있는데, 방학이나 휴가기간에는 한국으로 와서 지낸 점, 2006년부터 2009년까지 한국에서 지내는 동안 63회의 의료보험혜택을 받은 점, 국내 체류일수가 2004년 69일, 2005년 109일, 2009년 및 2010년 70일에 달하는 점 등을 고려할 때, 원고는 이 사건 과세기간 동안 국내의 동일한 생활공간에서 동일한 생활자금으로 생계를 같이한 가족이 있었던 것으로 봄이 타당하다.

나) 국내의 직업과 소득 현황

① 국내 사업기반 형성: 1995년경 부산에 시도상선을 설립하고, 2005. 11.경까지는 대표이사로서, 그 이후부터는 회장의 직함을 가진 사실상의 대표로서 시도상선을 운영한 점, 시도상선의 직원이 100명에 이르기도 한 점, 2004년 설립한 유도해운은 시도그룹 내 자동차해상운송사업의 중요업무를 전반적으로 수행하고 있는 점, 2007. 7.경 대상중공업을 설립하고 미래중공업을 인수하여 국내에서 선박부품제조업을 영위하고 있는 점, 2009년경 시도그룹 소속 임직원들의 출입국 전담 목적으로 시도항공여행사를 인수한 점 등을 고려할 때, 시도그룹의 국내 사업기반을 형성한 실질적 경영자이고, ② 경영활동의 내용: 유도해운 내의 회의실에서 유도해운 직원들을 상대로 유도해운과 CCCS의 인력배치 및 운영방향, 다른 자동차해상운송회사와의 업무제휴 등에 대한 간담회나 회의를 개최하거나, 배선계획, 선박 투입일정 등 운항업무에 관한 구체적인 사항 및 국내 계열사의 전반적인 업무체계, 회계법인 자문일정 등에 관한 전반적인 지시를 하고, 유도해운의 임직원을 포함한 국내계열사의 임직원들을 소집하여 합동회의를 주재하여, 해외 거래처들과의 조인식을 한 점, 유도해운 내에 따로 구획된 집무공간에서 구두로 혹은 서면결재로 국내외 계열사의 조직개편, 임직원의 승진에 관한 품의를 승인하거나, 인사업무에 대한 방향을 지시하는 등 그룹 운영의 전반적인 사항을 통제하고, 운항계획을 조정하는 등 세부적인 지시를 내리기도 한 점 등을 고려할 때, 국내에서 시도그룹의 전체업무를 통제하고 사업상 중요한 결정을 내린 것으로 봄이 타당하고, ③ 국내거주필요성: 국내 체류기간 동안 국내 조선소, 해운회사, 해운 브로커, 선박보험회사의 임원들 또는 해외 금융기관 및 거래처의 임원들과 만나 골프를 하거나, 당뇨 및 허리질환치료를 위하여 병원에 고정적으로 내원한 점, 국내에 주된 거주지가 있었던 점 등을 고려할 때, 시도그룹의 실질적 경영자로서 국내 계열사 관리, 국내 거래처와의 관계 유지 및 자신의 건강관리를 위하여 주된 거주지가 있는 국내에서 경영활동을 수행할 필요가 있었던 것으로 봄이 타당하고, ④ 국내 소득현황: 원고와 소외 8은 2004년부터 2007년까지 시도그룹의 국내 계열사에서 임원으로 근무한 대가로 급여를 수령하였으나, 그후 조세전문가에 조언에 따라 급여를 수령하지 않았다.

다) 국내에 소재하는 자산

① 자산 유무: 원고 및 가족은 2007년까지 자신들의 명의로, 2007년 이후에는 멜보를 통하여 국내에 상당한 자산(시도그룹 국내계열사 주식, 부동산)을 보유하고 있고, 원고는 자신의 명의로 골프회원권 2개, 뉴브릿지 명의로 골프회원권 2개를 보유하고 있고, ② 자산과 관련한 국내 경제활동: 원고와 소외 8은 자신들의 명의로 혹은 멜보를 통하여 보유한 국내계열사 주식을 행사하여 시도그룹 국내계열사에 대한 경영권을 행사하고, 원고는 자신의 명의로 보유한 골프회원권을 사용하여 국내 체류기간 동안 거래처와의 관계를 유지하고, 여가 및 사교활동을 하였다.

라) 국내 경제 및 법률관계

① 경제관계: 원고 및 가족은 국내 금융기관에 계좌를 개설하고 지속적으로 입·출금거래를 하였고, 원고와 소외 8은 국내에서 신용카드를 발급받아 사용하고, 시도그룹의 국내 계열사로부터 급여를 받아 소비활동을 하고, ② 법률관계: 원고와 소외 8은 국민건강보험가입자의 자격을 유지하고 소외 8과 국내 의료기관만을 이용하였고, CCCS의 연간 법인신고서, 국내 계열사 주식양도계약서 및 명의신탁약정서, 시도쉬핑재팬의 근로소득세 원천징수표, 일본 지방자치단체장이 발부한 지방세 변경통지서에 원고와 소외 8의 주소가 ○○빌라로 기재되어 있다.

마) 소결론

① 국내에 생계를 같이하는 가족이 있었던 점, 국내에서 시도그룹의 전체업무를 통제하고 사업상 중요한 결정을 내린 점, 주된 거주지인 국내에서 경영활동을 수행할 필요가 있었던 점, 국내 경영활동 및 사회활동에 필요한 국내 자산을 보유한 점, 국내에 형성된 경제관계 및 법률관계 등을 고려할 때, 원고는 이 사건 과세기간 동안 국내에 삶의 터전을 둔 것으로 봄이 타당하다.

② 한편 뒤에서 보는 바와 같이 원고는 1994년 가족과 함께 일본으로 건너 가 2004. 3.경까지 일본에서 가족과 생계를 같이 한 점, CCCS가 2005. 12.경 설립될 때까지 시도그룹의 주력사업은 선주사업인 점, 시도쉬핑재팬이 시도그룹의 선주사업의 주요한 부분을 수행한 점, 원고는 선주사업을 총괄하는 점, 원고는 2005년까지 일본과세당국에 소득세를 납부한 점, 일본과세당국은 “원고는 2006. 3.경까지 일본 거주자이다.”고 판단한 점, 피고 소속 조사공무원은 “원고는 2005년까지 일본 거주자이다.”고 판단한 점 등을 고려할 때, 원고가 2005년까지는 일본 거주자에 해당하는 것으로 볼 여지가 있다.

그러나 원고와 소외 8은 2004년부터 국내체류시 △△△△△ 주택에 거주한 점, △△△△△ 주택에 소외 7과 소외 11의 방이 있는 점, 소외 8은 모친 병간호 및 소외 7의 뒷바라지를 위하여 2004년부터 국내 체류일수가 상당히 늘어난 점, 소외 7은 2004. 5.경 입국하고, 2005. 11.경부터 2006. 11.경까지 공익근무요원으로 근무한 점, 소외 7은 2008년 영국유학기간 중 한국에만 체류하고 일본에는 전혀 머무르지 않은 점, 소외 11은 1997년부터 영국에서 유학생활 및 직장생활을 하고 있는데 방학 또는 휴가기간 중 한국에 체류하였으나, 일본에 거의 머무르지 않은 점, 2004. 5.경 설립된 유도해운이 자동차해상운송사업의 전반적 업무를 수행한 점, 유도해운이 CCCS의 주요 업무를 수행한 점, 원고는 유도해운의 집무실에서 시도그룹 전체에 대한 업무통제 및 중요한 결정을 내린 점, 원고는 2006. 4.경 일본국 거류증 및 외국인등록증을 스스로 반납한 점 등을 고려할 때, 2004. 5.경부터 원고와 가족들의 주된 주거지 및 원고의 사업의 중심지가 국내로 서서히 변경되다가, 2005. 12.경 CCCS가 설립되고 CCCS의 주요 업무를 유도해운이 수행하면서 2006년부터 원고의 사업중심지가 국내로 됨으로써, 국내에 주된 생활의 근거지를 두게 된 것으로 봄이 타당하므로, 일본 거주자에서 국내 거주자로 된 것으로 볼 수 있다.

③ 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 조세조약상 일본 거주자 해당성에 관하여

1) 한일조세조약의 내용 및 증명책임

한일조세조약 제1조, 제4조 제1항, 제2항에 의하면, 한일조세조약의 적용대상에 해당하는 일본 거주자인지는 일본의 세법에 따라 판단하고, 개인이 국내 거주자 및 일본 거주자에 해당하는 경우 ① 항구적 주거, ② 중대한 이해관계의 중심지, ③ 일상적 거소, ④ 국적, ⑤ 상호합의를 순차로 고려하여 거주지국을 판정한다. 나아가 국내 거주자인 납세의무자가 동시에 외국의 거주자에도 해당하여 조세조약이 적용되어야 한다는 점에 대하여는 이를 주장하는 납세의무자에게 그 증명책임이 있다( 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두3964 판결 참조).

2) 일본 소득세법상 일본 거주자 해당성

가) 일본 소득세법 제2조 제1항 제3호는 “거주자라 함은 국내에 주소를 가지거나 현재까지 계속해서 1년 이상 거소를 가지고 있는 개인을 말한다.”(거주자 국내に주소を유し、우は현재まで인き속いて일년이상거소を유する개인をいう)고, 동 시행령 제14조 제1항은 “국내에 거주하는 개인이 ① 계속하여 1년 이상 거주하는 것을 통상 필요로 하는 직업을 가졌거나, ② 일본 국적을 갖고 국내에 생계를 같이 하는 배우자 그 밖의 친족을 가진 경우, 그 밖에 직업 및 자산의 유무 등의 상황에 비추어 국내에 계속하여 1년 이상 거주하는 것으로 추측하기에 충분할 사실이 있을 경우 국내에 주소를 가진 것으로 추정한다.”(국내に거주することとなつた개인が차の각호のいずれかに해당する장합には、その자は、국내に주소を유する자と추정する。① その자が국내において、계속して일년이상거주することを통상필요とする직업を유すること, ② その자が일본の국적を유し、かつ、その자が국내において생계を일にする배우자その타の친족を유することその타국내におけるその자の직업급び자산の유무등の상황に조らし、その자が국내において계속して일년이상거주するものと추측するに족りる사실があること)고, 동 시행령 제15조는 “① 국외에 거주하는 개인이 국외에서 계속하여 1년 이상 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가졌거나, ② 외국의 국적이나 외국의 법령에 따라 당해 외국의 영주허가를 갖고, 국내에 생계를 같이하는 배우자 그밖의 친족을 갖지 않은 경우, 그밖에 직업 및 자산의 유무 등의 상황에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하는 것으로 추측하기에 충분한 사실이 없을 경우 국외에 주소를 갖고 있지 않은 것으로 추정한다.”(국외に거주することとなつた개인が차の각호のいずれかに해당する장합には、その자は、국내に주소を유しない자と추정する。① 일 その자が국외において、계속して일년이상거주することを통상필요とする직업を유すること, ② その자が외국の국적を유し우は외국の법령によりその외국に영주する허가を수けており、かつ、その자が국내において생계を일にする배우자その타の친족を유しないことその타국내におけるその자の직업급び자산の유무등の상황に조らし、その자が재び국내に귀り、주として국내に거주するものと추측するに족りる사실がないこと)고 각 규정하여, 국내 소득세법령상의 거주자 판정기준과 거의 유사하다.

나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 원고는 1994년경 가족과 함께 일본으로 건너가 동경도 미나토구 아자부 소재 ◁◁◁맨션에서 거주하다가 2000. 3.경부터 동경도 미나토구 아자부 소재 ▷▷▷▷▷맨션에 전입신고를 마치고 현재까지 이를 유지하고 있는 점, 일본 체류일수가 가장 많은 점, 소외 7은 초중고등학교 및 대학교를, 소외 11은 초중학교를 일본에서 졸업한 점, 1993년경 시도쉬핑재팬을 설립하고 선주사업을 본격적으로 시작한 점, 2004. 5.경 시도쉬핑홍콩을 설립하고 선주사업을 대부분 이관하려 하였으나, 시도쉬핑재팬의 임직원들이 홍콩으로 이주하는 것을 원하지 아니하여 이관하지 못한 점, 시도쉬핑홍콩으로부터 시도쉬핑재팬에 선주사업에 관한 권한이 포괄적으로 위탁된 점, 시도쉬핑재팬의 실질적 경영자로서 선주사업을 총괄하고 있는 점, 원고는 1998. 12.경 주한 일본대사관에 자신을 재외국민으로 등록한 점, 소외 8은 일본인 거류증과 외국인등록증을 그대로 갖고 있고, 지방세를 납부하여 온 점 등이 인정되기는 한다.

그러나 ① 일본에 생계를 같이 하는 가족 유무: 소외 8은 2004년부터 2007년까지 모친의 병간호와 소외 7의 뒷바라지를 위하여 일본 체류일수가 상당히 줄어든 점, 소외 7은 2004. 5.경 입국한 후 2007년(26일)을 제외하고는 일본에 체류하지 않은 점, 소외 7은 2008년경 영국유학기간 중 일본에 전혀 머무르지 않은 점, 소외 11은 1997년부터 영국에서 유학생활 및 직장생활을 하고 있는데 일본에 거의 머무르지 않은 점 등을 고려할 때, 원고는 2004. 4.경 이후 일본에서 가족과 생계를 같이 한 것으로 보기 어렵고, ② 일본에서 수행한 직업의 특성: 일본과 홍콩을 오고갈 때 한국을 대부분 경유하여 한국에서 얼마 간 머무르다 출국한 점, 2004. 5.경 설립한 유도해운에 마련된 집무공간에서 시도그룹 전체의 업무를 통제하고, 중요한 결정을 내린 점, 2007년부터 2010년까지 일본 체류일수가 183일에 미달하는 점, 원고는 세무조사에서 “해운업은 주로 이메일, 통신으로도 얼마든지 사업할 수 있습니다. 장소와는 크게 상관없습니다. 미국 큰 해운회사들도 대부분 그렇게 하고 있습니다.”고 진술한 점 등을 고려할 때, 선주사업을 운영하기 위하여 일본에 계속하여 1년 이상 거주할 것을 필요로 한다고 보기 어렵고(따라서 일본에 계속하여 1년 이상 거주할 것을 필요로 하는 직업을 가졌기 때문에 원고가 국내 비거주자라는 원고의 위 주장은 이유 없다), ③ 일본에 소재하는 자산: 예금 외에는 자기 명의의 자산이 없고, ④ 일본에서의 경제 및 법률관계: 원고 및 가족 명의로 개설된 일본 금융기관 계좌가 없는 점, 원고는 일본 과세당국에 2005년까지 소득세를 신고납부하다가 2006년부터 일본 비거주자임을 전제로 소득세를 신고하지 않은 점, 일본과세당국은 “원고가 2006. 3.경까지 일본 거주자이다.”고 판정한 점, 원고는 2006. 3. 31. 시도쉬핑재팬에서 퇴직한 점, 2006. 4.경 일본 거류증 및 외국인등록증을 스스로 반납한 점 등을 고려할 때, 원고는 2006. 4.경을 기준으로 생활의 근거지를 변경한 것으로 보이므로, 원고는 이 사건 과세기간 동안 일본 거주자에 해당하지 않는다.

따라서 일본 거주자에 해당함을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다

(2) 배당간주소득에 관하여

(가) 피지배외국법인 합산과세 적용제외에 관하여

1) 피지배외국법인(controlled foreign company) 과세제도에서 납세의무자의 과세소득은 어떠한 합산방식을 취하느냐에 따라 그 체계가 달리 구성된다. 현재 주요국의 피지배외국법인 과세제도에서 채택되고 있는 합산방식의 유형은 거래접근법과 실체접근법으로 분류할 수 있다. 거래접근법(transactional approach)은 피지배외국법인의 특정 형태의 거래 또는 소득의 종류에 착안하여 피지배외국법인의 소득 중에서 대상으로 정의된 특정소득을 뽑아 합산하는 과세방식으로 미국, 캐나다, 독일에서 채택되고 있다. 실체접근법(entity approach)은 일정한 요건에 따라 합산대상인 피지배외국법인과 그렇지 않은 피지배외국법인을 구분하고, 합산대상인 피지배외국법인의 소득의 종류를 불문하고 합산하는 방식으로 일본, 영국, 프랑스에서 채택되고 있다. 우리나라는 실체접근법을 채택하여 피지배외국법인의 거주지국이 조세피난처인지, 그리고 피지배외국법인이 실제 사업을 영위하는 것으로 볼 만한 형태가 없는지를 판단하여 이에 해당하면 피지배외국법인의 유보소득에 대한 납세의무자의 지분비율만큼을 합산과세의 대상으로 하는 구조로 운영되고 있다. 국제조세조정법 제18조 에 의하면, 피지배외국법인이 조세피난처에 사업을 위해 필요한 사무소, 점포, 공장 등의 고정된 시설을 가지고 있고(실체기준), 그 시설을 통해 사업을 실질적으로 하고 있는 경우(관리지배기준) 합산과세를 적용하지 않는다. 실체기준을 합산과세의 적용제외 기준으로 둔 이유는 정상적인 해외사업을 수행하려면 일정한 시설을 필요로 하기 때문이다. 관리지배기준은 피지배외국법인의 거주지국에서 스스로 사업의 관리, 지배 및 운영기능이 수행될 것을 요구하는 기준이다.

실체접근법에 의한 피지배외국법인 합산과세방식은 주로 조세피난처 결정 및 적용제외기준 판정이라는 2단계 방식에 따라 합산소득을 산정하지만, 적용제외기준을 충족하더라도 수동적 소득(능동적 경제활동 없이 얻는 소득으로서 이자소득, 배당소득, 사용료소득, 부동산소득이 이에 해당한다. 수동적 소득은 일반적으로 능동적인 사업활동 없이 얻을 수 있는 것이므로 거주지국의 위치에 따라 소득의 경제적 효과에 차이가 나지 않는다.)이나 조건부 능동소득(형식적 자본출자로 설립된 기지회사를 이용하는 얻는 소득으로서 중간적 소득이라고도 하는데, 무역회사, 용역회사, 금융회사, 보험회사가 얻는 소득이 이에 해당한다. 조건부 능동소득은 능동적 사업활동을 가장하여 소득을 조세피난처로 이전시킬 수 있는 경제적 특성이 있다.)과 같은 이동성 있는 소득을 창출하는 사업에 대해서는 해외에 설립할 경제적 합리성이 없는 것으로 간주하여 합산과세에 포함하고 있다. 국제조세조정법 제18조 제1항 제2호 는 수동적 소득을 창출하는 사업으로 주식, 출자지분 또는 채권의 보유, 지적재산권의 제공, 선박·항공기·장비의 임대, 투자신탁 또는 기금에 대한 투자를, 제18조 제1항 제1호 , 동 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22040호로 개정되기 전의 것) 제35조 제2항 은 조건부 능동소득을 창출하는 사업으로 도매업, 금융 및 보험업, 부동산업, 임대업, 특정사업서비스업(정보처리 및 컴퓨터운영관련업, 건축기술 및 엔지니어링서비스업 제외)을 각 규정하고 있다.

2) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 실체기준: 단선회사가 선박의 소유자이고(뒤에서 보는 바와 같이 선박은 고정된 시설에 해당하지 않는다), 시도홀딩 및 시도탱커홀딩은 단선회사의 지주회사로서 페이퍼컴퍼니일 뿐 거주지국에 사업을 수행할 수 있는 고정된 시설이 없는 점, ② 관리지배기준: 시도홀딩 및 시도탱커홀딩은 실질적으로 사업을 수행하지 않고, 시도쉬핑홍콩에게 선주사업을 포괄적으로 위탁한 점 등을 고려할 때, 시도홀딩 및 시도탱커홀딩이 고정된 시설을 통해 선주사업을 실질적으로 하고 있는 것으로 볼 수 없으므로, 이와 전제를 달리 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 주식의 입질, 배당금지약정과 피지배외국법인 합산과세 적용제외에 관하여

① 거주지국 과세주의(residency based taxation) 및 거주자에 대한 전세계소득 과세방식(worldwide taxation)을 채택한 국가에서 자국기업이 설립한 피지배외국법인의 소득에 대해 직접 과세권을 행사할 수는 없으나, 피지배외국법인의 역외유보소득에 대하여 국내 주주에 배당된 것으로 간주하여 과세하는 제도의 취지는 조세피난처에 가공의 자회사 등을 설립하고 이를 이용한 조세회피행위를 방지함으로써 조세피난처를 이용한 다국적 기업 등의 편법적인 영업활동을 규제하고, 해외진출기업의 정상적인 영업활동을 촉진시키는 데 있는 점에 비추어, 주식의 입질 또는 배당금지약정에 따라 간주배당과세가 불가능한 것으로 본다면 주주가 주식의 입질 또는 배당금지약정을 통하여 얼마든지 과세를 피할 수 있으므로 피지배외국법인 과세제도의 취지를 잠탈하게 되고, ② 국제조세조정법 시행령(2006년, 2007년 배당가능 유보소득은 2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 2008년 배당가능 유보소득은 2012. 2. 2. 대통령령 제23600호로 개정되기 전의 것) 제31조 는 특정외국법인의 거주지국에서 재무제표 작성시에 일반적으로 인정되는 회계원칙에 따라 산출한 처분전 이익잉여금을 기초로 잉여금조정, 공제 및 가산항목 반영 등의 과정을 거쳐 배당가능 유보소득을 산출하도록 규정하고 있을 뿐 실제로 배당이 가능할 것을 전제로 하지 않고, ③ 주식질권자는 주주 대신 배당청구권을 행사하여 피담보채권에 우선충당할 수 있을 뿐 배당청구권이 주식질권자에게 귀속되지 않고, ④ 배당금지약정을 체결한 경우 선박금융기관이 주주의 배당청구권을 대위행사할 수 있을 뿐 배당청구권이 선박금융기관에게 귀속되지 않으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(다) 배당가능 유보소득의 부존재에 관하여

① 탱크선이 PCC보다 위험이 높으므로 위험을 분산하기 위하여 PCC 소유회사의 지주회사인 시도홀딩과 탱크선 소유회사의 지주회사인 시도탱커홀딩을 별도의 법인으로 설립한 점, 시도홀딩과 시도탱커홀딩의 회계 및 회계감사를 구분하여 처리한 점 등을 고려할 때, 시도홀딩과 시도탱커홀딩의 손익을 합산하여 배당가능 유보소득을 산출할 수 없고, ② 국제조세조정법 제17조 제1항 은 사업연도별로 배당가능 유보소득을 산출하도록 규정하고 있고, ③ 피지배법인 과세제도는 해당 사업연도에 이미 발생한 배당가능이익에 대하여 조세피난처를 활용한 과세이연을 방지하기 위한 것이므로, 미실현소득 과세로 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(라) 연결재무제표 및 단선회사에 유보된 소득 합산과세 제외에 관하여

단선회사의 수익 및 비용이 직접 계상된 연결재무제표를 기준으로 시도홀딩과 시도탱커홀딩의 배당가능 유보소득을 산정하여 종합소득세 부과처분이 이루어진 점이 인정되기는 한다.

그러나 ① 조세법률주의위반 해당성: 국제조세조정법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23600호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항 은 “ 동법 제17조 제1항 의 규정에 의한 법인의 실제발생소득의 범위는 당해 법인의 본점 또는 주사무소가 소재하는 국가 또는 지역에서 재무제표 작성시에 적용되는 일반적으로 적용되는 회계원칙에 의하여 산출한 법인세차감전당기순이익을 말한다. 다만, 그 국가 또는 지역에서 일반적으로 인정되는 회계원칙이 우리나라의 기업회계기준과 현저히 다른 경우에는 우리나라의 기업회계기준을 적용하여 산출한 재무제표상의 법인세차감전당기순이익을 실제발생소득으로 본다.”고 규정하고 있는 점, 재무제표는 재무보고의 핵심적인 보고형태이고, 기업의 회계정보를 기업외부 이해관계자들에게 전달하는 주요수단인데, 재무회계에는 경영자 및 회계담당자에 의한 주관적인 판단과 예측 및 가정 등이 있을 수 있으므로, 이러한 자의적인 판단으로 재무제표를 작성하게 되면 추정의 오류 등으로 인하여 재무제표에 대한 신뢰성이 떨어지게 되는 점, 이에 따라 재무제표의 신뢰성을 확보하고 회계정보에 대한 이해가능성과 비교가능성을 증진시키기 위해서 재무제표를 작성하고 이해하는 데 있어 만족할 만한 기준이 되는 일정한 원칙을 ‘일반적으로 인정된 회계원칙’(Generally Accepted Accounting Principles)이라고 하는 점, 일반적으로 인정된 회계원칙에 따라 작성된 재무제표인지는 재무제표 작성시 적용된 회계기준이나 지침을 기준으로 판단하는 것이고, 연결재무제표나 개별재무제표는 일반적으로 인정된 회계원칙에 따라 작성된 재무보고의 결과물에 불과한 점, 시도홀딩 또는 시도탱커홀딩이 작성한 연결재무제표가 일반적으로 인정된 회계원칙에 따라 작성된 재무제표가 아니라고 볼 아무런 근거가 없는 점, 개별재무제표를 기준으로 배당간주 유보소득을 산정해야 하더라도 이는 과세표준 및 세액계산에 관한 문제이고, 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이므로( 대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조), 연결재무제표를 기준으로 산정한 세액계산이 정당한 세액의 범위 내에 있다면, 연결재무제표를 기준으로 배당가능 유보소득을 산정하여 이루어진 종합소득세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없는 점, 연결재무제표를 작성할 때 개별회사의 당기순이익과 당기순손실이 서로 차감되므로, 연결재무제표를 기준으로 산정한 배당가능 유보소득은 개별재무제표를 기준으로 산정한 배당가능 유보소득을 초과할 수 없는 점 등을 고려할 때, 조세법률주의에 위반되지 않고, ② 이중과세해당성: 연결제무제표는 법률적으로 별개의 기업이라도 경제적으로 상호밀접하게 연결되어 있는 기업집단이 존재할 경우 그들을 하나의 조직체로 간주하여 작성된 재무제표인 점, 연결재무제표는 개별 회사의 재무제표를 연결하여 작성되므로 동종 계정잔고를 집계한 뒤, 개별회사간 내부거래의 제거작업(개별회사간 채권·채무의 상계, 내부 미실현 이익·손실제거 등)을 거쳐야 하는 점, 개별재무제표의 단순합은 법적 형식에 따라 개별회사간 내부거래를 인정하고, 연결재무제표는 경제적 실질에 따라 개별회사간 내부거래를 부정하므로, 연결재무제표는 개별회사간 채권·채무, 내부 미실현 이익·손실을 제외하고는 개별제무제표의 단순합과 동일한 점, 지주회사와 종속회사의 연결재무제표가 작성되면 지주회사의 투자계정과 종속회사의 자본계정이 상계·제거되고, 지주회사와 종속회사의 내부거래도 모두 제거되므로, 종속회사가 당해 사업연도에 얻은 당기순이익만 남게 되는 점, 단선회사는 시도홀딩 및 시도탱커홀딩에 배당을 실시한 적이 없는 점, 원고는 세무조사에서 “단선회사의 손익을 집계한 것이 시도홀딩 및 시도탱커홀딩의 손익이 된다.”고 진술한 점, 시도홀딩 및 시도탱커홀딩의 연결재무제표 중 단선회사의 수익이 이중으로 계상되었음을 인정할 만한 자료가 없는 점 등을 고려할 때, 시도홀딩과 시도탱커홀딩의 연결재무제표는 단선회사의 영업실적을 집계한 것이므로, 이중과세의 문제가 발생하지 않고, 원고가 주장하는 사례는 모든 단선회사가 내국법인이므로 이 사건과 무관하고, ③ 단선회사의 합산과세 적용제외 대상성: ㉠ 피지배법인 합산과세 적용제외를 위한 실체기준은 조세피난처에 실제로 사업을 수행할 수 있는 물적 시설을 갖추었는지를 판정하기 위한 기준인 점, 국제조세조정법 제18조 제1항 의 문언상 피지배법인 합산과세가 적용되려면 조세피난처에 고정된 시설이어야 하는 점, 선박은 항행을 전제로 하므로 조세피난처에 고정된 시설이 아닌 점, 선박을 보유하고 있는 것만으로는 선주사업을 수행할 수 없는 점 등을 고려할 때, 선박은 고정된 시설이 아니고, ㉡ 선주회사는 실질적으로 선주사업을 수행하지 않고 시도쉬핑홍콩에게 포괄적으로 위탁하였으므로, 단선회사는 합산과세 적용제외 대상에 해당하지 않는다 할 것이니, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 조선소, 윤활유 및 페인트업체로부터 받은 수수료에 관하여

(가) 국세기본법(2006년 내지 2009년 수수료는 2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 2010년 수수료는 위 법률로 개정된 것) 제14조 제1항 에서 규정하는 실질과세의 원칙은 “소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다.”는 것이므로, 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 재산에 관한 소득은 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다( 대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두11948 판결 참조).

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 시도홀딩, 뉴브릿지, 일본 SPC의 실질주주가 원고인 점, 소외 5는 “뉴브릿지의 계좌가 원고의 개인계좌이고, 뉴브릿지에 입금된 돈 중 일부가 원고의 일본국 세금을 수정신고납부하는데 사용되고, 매직에이스와 멜보로 입금되어 홍콩 및 국내 자산 매입에 사용되었다.”고 진술한 점, 원고는 심판청구에서 “뉴브릿지 계좌에서 시도쉬핑계좌로 입금한 돈으로 일본국 세금을 수정신고납부하고, 뉴브릿지의 감사보고서에 시도쉬핑재팬에 대한 대여금으로 계상하였다.”고 진술한 점, 원고가 일본 과세당국에 추가로 납부한 세액과 뉴브릿지 계좌에서 시도쉬핑재팬 계좌로 이체된 금액이 거의 일치하는 점, 매직에이스와 멜보의 실질 주주가 원고인 점이 인정되기는 한다.

그러나 ① 조선소로부터 받은 수수료계약의 당사자가 시도홀딩 또는 단선회사인 점, 윤활유 및 페인트업체로부터 받은 수수료계약의 당사자를 알 수 없는 점(이에 따라 형사재판은 피해자 불특정을 이유로 이 부분에 관하여 공소기각판결을 선고하였다) 등을 고려할 때, 수수료가 원고에게 귀속되었다고 단정하기 어렵고, ② 당기순이익은 수익에서 비용을 차감하여 산정하는 점, 뉴브릿지는 페이퍼컴퍼니이므로 사실상 비용이 발생하지 않거나 거의 없는 점, 뉴브릿지가 수수료 수입만 있는 회사라면 당해연도까지의 수수료 누적액이 당해연도 당기순이익과 거의 일치해야 하는데도, 과월연도 및 당해연도 수수료 합계액과 당해연도 당기순이익이 현저히 다른 점, 원고는 “뉴브릿지에서 차용한 돈으로 일본국 개인소득세, 소외 7의 영주권 취득비용을 지급하고, 매직에이스 명의로 홍콩 아파트를 지급하였고, 감사보고서에 이를 기재하였다.”고 진술한 점 등을 고려할 때, 뉴브릿지의 감사보고서의 수익계정인 매출액에 원고에 대한 대여금이 포함된 것으로 보이고, ④ 원고, 소외 52, 소외 54, 소외 53, 소외 28, 소외 45의 진술에 비추어, 선박이 완성되어 용선료를 받을 때까지 선주는 사용할 자금이 없으므로 조선소로부터 받은 커미션으로 선박건조감독비용이나 선용품 등의 구입비용을 지출하는 해운업계의 관행이 있는 점, 원고는 뉴브릿지의 돈의 일부를 선박건조 관련 비용 및 홍콩 사무실 매입에 사용한 점, 소외 7의 영주권 취득비용 지출, 멜보를 통한 원고 일가의 국내 자산 매입, 매직에이스를 통한 홍콩 아파트 매입 및 인테리어 비용 지출 외에 나머지 수수료의 사용처를 알 수 없는 점, 뉴브릿지의 감사보고서의 수익계정인 매출액에 원고에 대한 대여금이 포함된 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 조선소, 윤활유 및 페인트 공급업체로부터 지급받은 수수료가 원고의 개인용도로 지출되었다고 단정하기 어려우므로, 앞서의 사정만으로 시도홀딩, 뉴브릿지, 일본 SPC에 입금된 수수료가 원고의 소득이라고 단정하기 어렵다 할 것이니, 원고의 위 주장은 이유 있다(이에 따라 원고에게 귀속된 소득임을 전제로 “동 수수료가 사업소득, ‘재산권에 관한 알선수수료’, 사례금, ‘외국법인으로부터 받은 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금’이라는 피고 반포세무서장, 서초세무서장의 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다).

(다) 이에 대하여 피고 반포세무서장, 서초세무서장은 “뉴브릿지에 입금된 수수료가 뉴브릿지에 귀속된 소득이라 하더라도 배당가능 유보소득에 해당하므로, 원고에 대한 배당간주과세가 가능하다.”고 주장한다.

살피건대, ① 뉴브릿지는 조세피난처인 파나마에 설립된 페이퍼컴퍼니인 이고, ② 원고가 뉴브릿지의 100% 실질주주이고, ③ 뉴브릿지와 시도홀딩, 시도탱커홀딩은 사업목적을 달리하는 점, 시도홀딩과 시도탱커홀딩의 연결재무제표에 뉴브릿지는 자회사로 기재되어 있지 않은 점, 시도홀딩의 손익계산서에는 용선료수익계정, 시도탱커홀딩의 손익계산서에는 용선료 수익계정과 운송료 수익계정이 있는 반면 뉴브릿지의 손익계산서에는 수익계정으로 매출액계정이 있는 점, 원고는 세무조사에서 “단선회사의 손익을 집계한 것이 시도홀딩 및 시도탱커홀딩의 손익이 된다.”고 진술한 점 등을 고려할 때, 뉴브릿지 명의계좌에 입금된 돈이 시도홀딩 및 시도탱커홀딩에 이중으로 계상될 가능성은 없는 것으로 보이기는 한다.

그러나 ① 뉴브릿지는 페이퍼컴퍼니이므로 사실상 비용이 발생하지 않거나 거의 없는데도, 과월연도 및 당해연도 수수료 합계액과 당해연도 당기순이익이 현저하게 다른 점에 비추어, 뉴브릿지의 손익계산서에 계상된 각 사업연도의 당기순이익이 뉴브릿지 명의 계좌에 입금된 각 사업연도 수수료를 기초로 산정되었다고 단정하기 어렵고, ② 소외 5는 이 법원에서 “매직에이스가 지급한 ●●●●● 아파트의 인테리어 비용 등은 CCCS와 뉴브릿지로부터, 멜보가 지급한 원고 일가의 국내 자산 양수대금, 대상중공업 및 서남중공업 인수자금은 뉴브릿지와 시도홀딩으로부터 각 차입형식으로 조달하였다.”고 진술한 점, 뉴브릿지의 손익계산서의 수익계정은 수수료가 아니라 매출액인 점 등을 고려할 때, 뉴브릿지에 수수료수익 외에 다른 수익이 있을 가능성을 배제할 수 있으므로, 뉴브릿지에 손익계산서에 계상된 당기순이익이 원고에게 귀속될 금액인지 알 수 없다 할 것이니, 위 피고들의 위 주장은 이유 없다.

(라) 따라서 조선소, 윤활유 및 페인트 공급업체로부터 받은 수수료에 관한 종합소득세 부과처분은 위법하므로, 원고의 위 주장은 이유 있다.

(4) 선박매매 중개수수료에 관하여

(가) 소득의 귀속주체에 관하여

카스마리타임과 원고는 선박매매 중개수수료 중 절반을 원고의 몫으로 합의한 점, 카스마리타임 계좌에 원고의 몫을 계속 보관함으로써 카스마리타임 계좌를 원고의 몫을 보관할 계좌로 묵시적으로 지정한 것으로 볼 수 있는 점, 카스마리타임 계좌에 입금된 선박매매 중개수수료를 카스마리타임도쿄 주식 취득, 소외 7의 영국 생활비, 과외비, 집세 등에 사용한 점, 카스마리타임이 소외 7에게 돈을 지출해야 할 특별한 이유가 없는 점, 원고는 자신 명의의 계좌로 자신의 몫을 송금받지 않고, 카스마리타임 런던계좌에 그대로 두는 방법으로 소득을 은닉하고, 소득세 신고를 하지 않은 점 등을 고려할 때, 카스마리타임런던계좌에 입금된 선박매매 중개수수료 중 절반은 원고에게 귀속된 것으로 봄이 타당하다 할 것이니, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 소득의 성격에 관하여

1) 독립된 자격에서 용역을 제공하고 받는 소득이 사업소득에 해당하는지 또는 일시소득인 기타소득에 해당하는지 여부는 당사자 사이에 맺은 거래의 형식·명칭 및 외관에 구애될 것이 아니라 그 실질에 따라 평가한 다음, 그 거래의 한쪽 당사자인 당해 납세자의 직업 활동의 내용, 그 활동 기간, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 활동이 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 한다( 대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결 참조). 나아가 ‘사례금’이라 함은 사무처리 또는 역무의 제공 등과 관련하여 사례의 뜻으로 지급되는 금품을 의미하는 것으로, 이에 해당하는지 여부는 당해 금품수수의 동기·목적·거래상대방과의 관계 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다( 대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 참조).

2) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 사업소득 해당성: 수수료계약의 당사자는 시도그룹의 선박회사와 카스마리타임인 점, 카스마리타임은 선박매매 중개사업자인 점, 시도그룹은 선주사업과 자동차해상운송사업을 영위하는 점, 원고는 시도그룹의 실질적 경영자인 점, 수수료 지급횟수가 6회에 불과한 점, 원고의 전체 소득에서 차지하는 비중이 크지 아니한 점 등을 고려할 때, 시도그룹의 실질적 경영자로서 카스마리타임에 선박매매 중개사업권을 부여하였을 뿐 자기의 계산과 책임하에 단독으로 또는 카스마리타임과 동업으로 선박매매 중개사업을 영위한 것으로 보기 어려우므로, 사업소득에 해당하지 않고, ② 사례금 해당성: 카스마리 타임에 선박매매 중개사업권을 부여한 것에 대한 사례의 뜻으로 지급된 금품이므로, 사례금에 해당한다 할 것이니, 원고의 위 주장은 이유 있다.

그러나 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 점, 사업소득과 사례금은 세율이 동일한 점, 피고는 선박매매 중개수수료 중 원고의 몫을 사업소득으로 보면서도 필요경비를 공제하지 않은 점, 사례금은 필요경비를 공제하지 않는 소득인 점 등을 고려할 때, 선박매매 중개수수료 중 원고의 몫을 사업소득이 아니라 사례금으로 보더라도 세액이 동일하므로, 결과적으로 선박매매 중개수수료 중 원고의 몫에 관하여 이루어진 종합소득세 부과처분은 적법하다.

(5) 배당소득에 관하여

소외 1은 원고와의 합의하에 선박매매 중개수수료를 보관하고 있는 카스마리타임런던 계좌에서 카스마리타임도쿄 명의의 계좌로 500만 엔을 송금하고, 카스마리타임도쿄의 주식 50%를 취득한 점, 카스마리타임런던이 500만 엔을 출자하고, 카스마리타임도쿄의 주식 50%를 취득한 점, 소외 1은 카스마리타임도쿄로부터 지급받은 배당금 을 스탠타드차타드 홍콩지점에 개설된 소외 1 명의의 계좌로 송금한 점, 소외 1은 이 돈을 원고의 몫으로 관리하면서 소외 7의 생활비 등으로 사용한 점 등을 고려할 때, 카스마리타임도쿄 주식 중 50%의 실질주주는 원고이므로, 그 배당금은 원고의 소득이다 할 것이니, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(6) 부당무신고가산세에 관하여

(가) 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제2항 제1호 , 동 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정되기 전의 것) 제27조 제2항 에 의하면, 이중장부의 작성 등 장부의 허위가장, 허위증빙 또는 허위문서(이하 ‘허위증빙등’이라 한다)의 작성, 허위증빙등의 수취(허위임을 알고 수취한 경우에 한한다), 장부와 기록의 파기, 재산을 은닉하거나 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐, 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급·공제받기 위한 사기 그밖에 부정한 행위로 납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 무신고한 과세표준이 있는 경우에는 무신고한 과세표준에 상당하는 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 40/100에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 다단계 출자구조 및 명의신탁을 통한 주주은폐: 원고는 단선회사의 지주회사인 시도홀딩 및 시도탱커홀딩을 설립하고, 자신 및 소외 8 명의로 보유하던 시도홀딩 및 시도탱커홀딩의 주식 100%를 조세피난처인 케이만 군도에 소재한 로펌인 Reid에 명의신탁한 점, 원고와 Reid 사이에 작성된 명의신탁계약서에는 수익의 이전이나 주식의 반환 등에 관한 내용만 있을 뿐 Reid가 금융위험을 부담하게 될 경우 해결방법에 관한 내용이 없는 점, 원고는 명의신탁자와 명의수탁자의 내부관계에 관하여 아무런 설명을 하고 있지 않고, 위와 같은 명의신탁을 행하고 있는 다른 선주회사에 관하여 별다른 예를 들지 못하고 있는 점, 시도홀딩 및 시도탱커홀딩의 주주는 당초 원고였는데, 2004년경에야 명의신탁이 이루어진 점, 기획관리팀의 소외 17이 작성한 ‘Our Review and Comments on the Draft Report'에 “시도홀딩과 시도탱커홀딩의 주식을 케이만 소재 로펌에 명의신탁한 것은 원고 일가의 한국 CFC issue 때문이다. 한국 국세청의 과세는 불가능하고, 케이만에는 상속세가 없다.”고 기재되어 있는 점, CCCS, 시도쉬핑홍콩, 멜보, 뉴브릿지는 선주회사가 아니므로 선박보유에 따른 위험분산과는 무관함에도 조세피난처 소재 법인을 통한 다단계 출자 및 명의신탁의 방법으로 원고 1인에게 종속되어 있는 점, 기획관리팀이 2005. 11.경 작성한 ’시도쉬핑홍콩 주주변경에 대한 품의서‘(“시도쉬핑홍콩에 존재하는 과세위험이 원고 및 시도홀딩으로 확대되는 것을 방지하기 위해 시도쉬핑홍콩의 주주를 원고에게 신설 SPC로 변환하고자 한다“는 내용)에 원고의 결재서명이 되어 있는 점, 소외 15가 2006. 10.경 소외 17에게 보낸 이메일에 ”[회장님 지시사항] 헤라 → 명의신탁할 것“이라고 기재되어 있는 점, 기획관리팀의 소외 19는 CCCS의 설립 추진 당시인 2005. 11.경 소외 20에게 보낸 메일에 ”원고가 지시하기를 CCCS의 주주가 될 SPC의 소재지를 바하마가 아닌 케이만으로 변경하라고 한다.“고 기재되어 있는 점 등을 고려할 때, 선주사업 분야에서 명의신탁 관행이 존재한다거나 원고의 명의신탁 목적은 단지 금융위험 분산을 위한 것이라고 보기 어렵고, 위와 같은 복잡한 지배구조는 원고의 지시에 따라 원고가 선주회사들의 주주임을 은폐하기 위하여 이루어진 것으로 봄이 타당하고, ② 해외계좌를 이용하여 수익을 관리하면서 재산보유사실 은닉: 원고는 카스마리타임으로부터 받은 소득을 카스마리타임런던의 계좌에 보관·관리하게 한 점, 소외 1 명의로 취득한 카스마리타임도쿄의 주식에 대한 배당소득을 홍콩에 개설된 소외 1 명의의 계좌로 지급받아 관리한 점 등을 고려할 때, 자신의 소득을 해외계좌에 유보하면서 타인 명의를 이용하여 거래를 하는 방법으로 과세관청의 추적을 현저히 곤란하게 하였고, ③ 비거주자 위장: ㉠ 원고는 2004년경 개인적으로 거주할 목적으로 △△△△△ 주택을 구입하면서 그 명의를 시도쉬핑 한국영업소로 한 점, △△△△△ 주택에서 가족과 함께 거주하던 중인 2005. 10.경 장모인 소외 12 명의로 임대차계약을 체결하고, 그후에도 주민등록상 주소지(○○빌라)를 변경하지 아니한 점, 소외 15가 홍콩 PWC의 자문결과를 토대로 2007. 4.경 원고에게 보낸 이메일에 ”한국에서의 비거주자 요건 중 가장 중요한 사항은 타국적 취득 보다는 거소의 문제입니다. 즉 홍콩에 집이 있고, 가족이 있고, 결정의 중심이 된다면 한국에서는 비거주자 요건은 확실해질 것입니다.“고 기재되어 있는 점 등을 고려할 때, 국내 비거주자로 가장하기 위하여 주소를 은폐하였고, ㉡ 기획관리팀이 작성한 문건에 ”홍콩 투자회사(멜보)가 소유권을 행사하나, 주주사인 오로라가 이를 제한할 수 있고, 오로라의 대표이사 및 주주는 회장님이므로, 회장님의 소유권은 지속적으로 유지됨“이라고 기재되어 있는 점, 기획관리팀이 2006. 7.경 작성한 ’투자회사설립(안)‘에 ”회사의 역할 - Cido의 자산관리 및 투자주체, Cido의 자회사의 지주회사: 주식소유“라고 기재되어 있는 점, 2008. 5.경 삼일회계법인의 직원이 ”당기부터 특수관계자 주석이 개정되어 최상위지배자를 공시하여야 하는데, 이 경우 원고가 최상위지배자로 되는지“ 문의하자, 소외 6은 자신의 상사에게 ”삼일에서 각 회사의 최상위지배자로 Mr.K를 넣고 싶어 안달입니다. 최상위지배는 멜보에서 끝내시라고 누차 말씀을 드렸지만, 말을 잘 안 듣는군요“라는 내용의 이메일을 보낸 점, 기획관리팀이 2007. 5.경 작성하여 원고의 결재서명을 받은 ’국내 자산 매각 관련 품의서‘에 ”홍콩의 투자회사(멜보)가 국내 회장님 부동산을 인수하여 회장님 개인 거주자 Issue 감소“라고 기재되어 있는 점, 소외 15는 멜보의 설립 무렵 기획관리팀의 소외 19에게 ”[회장님 지시사항] 한국 내 비거주자 요건 검토’라는 제목으로 “금번 멜보 설립과 더불어 주식을 이관하게 되는데, 주식이 전부 양수양도되면 한국 내 회장님과 사모님의 거주자 판정기준의 변동이 있는지, 그에 따른 체류일자는 180일 이상이어도 상관없는지, PE risk와 함께 상기 사항을 삼일회계와 가능하면 빨리 검토해 주게”라는 내용의 메일을 보낸 점 등을 고려할 때, 멜보는 애초부터 원고 일가의 국내 자산 처분 목적으로 설립된 법인으로, 원고는 국내 자산에 대한 지배권을 유지하되 소유자 명의를 감추어 국내 거주자성을 은폐하기 위하여 멜보에 국내 자산을 양도한 것으로 봄이 타당하고, ㉢ 시도상선은 2005. 11.경 원고의 대표이사 직함 및 소외 8의 이사 직함을 없애고 소외 45를 단독 대표이사로 유지하여 두는 내용을 담은 조직개편안을 마련하였고, 실제로 그 무렵 이와 같이 임원변경등기가 이루어졌는데도, 원고는 사실상 시도상선의 최고경영자로서 지배권 및 경영권을 계속 행사한 점, 당시 삼일회계법인의 검토를 거쳐 작성된 요약보고서에 “사장님의 경우 현재 비거주자 요건을 마련하는 관점에서 공식적으로 조직도 및 법인등기부상에 배제되는 것이 바람직하므로, 단순히 일상적인 경영권 행사(대표이사)와 무관하게 주주총회를 총괄하는 주주로서만의 ‘회장’ 직함을 사용하시는 것이 바람직”이라고 기재되어 있는 점, 소외 15가 2007. 5.경 원고 주재 회의의 내용을 정리한 자료에 “업무 관련차 찾아오는 사람: 팀장 및 담당임원선으로 이관하라. 회장님은 바쁘시고 현재 일본, 한국에는 연계성이 없는 것처럼 하고 계신다.”고 기재되어 있는 점, 기획관리팀의 소외 19는 2010. 2.경 담당회계사에게 회장실을 남겨 두어도 되는지에 관하여 는의한 점 등을 고려할 때, 원고는 국내 거주자성을 은폐하기 위하여 국내에서 업무를 수행한 사실을 감추었다.

위와 같은 사정들을 고려할 때, 원고는 재산을 은닉하거나 소득·수익·행위·거래를 조작 또는 은폐하는 부당한 방법으로 소득세의 과세표준을 신고하지 아니하였으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(7) 취소의 범위

(가) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다( 대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조).

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 위에서 본 바와 같이 조선소, 윤활유 및 페인트 공급업체로부터 지급된 수수료에 관한 종합소득세 부과처분은 위법하다. 한편 동 종합소득세 부과처분은 뉴브릿지에 유보된 수수료 액수를 확인하여야 취소의 범위를 정할 수 있으나, 이를 확인할 증거가 없으므로, 전부 취소하여야 한다.

이에 따라 정당세액을 계산하면, 별지 ‘조선소 및 윤활유, 페인트 수수료 과세제외’ 기재와 같으므로, ① 피고 반포세무서장의 2011. 4. 13.자 2006년 종합소득세 59,282,071,050원의 부과처분 중 57,538,848,229원, 2007년 종합소득세 66,174,137,100원의 부과처분 중 41,207,940,524원, 2008년 종합소득세 29,413,481,760원의 부과처분 중 14,553,545,862원, 2009년 종합소득세 11,834,501,130원의 부과처분 중 66,111,052원, 2010년 종합소득세 3,030,107,530원의 부과처분 중 154,166,949원, ② 피고 서초세무서장의 2012. 11. 19.자 2006년 종합소득세 가산세 36,858,782,220원의 부과처분 중 35,774,846,362원, 2007년 종합소득세 가산세 47,106,512,010원의 부과처분 중 29,345,561,031원, 2008년 종합소득세 가산세 17,799,317,980원의 부과처분 중 8,833,500,387원, 2009년 종합소득세 가산세 5,901,349,300원의 부과처분 중 99,533,004원, ③ 피고 서초구청장의 2011. 4. 13.자 2006년 지방소득세 9,614,085,320원의 부과처분 중 9,331,369,459원, 2007년 지방소득세 11,328,064,910원의 부과처분 중 7,055,350,156원, 2008년 지방소득세 4,721,279,970원의 부과처분 중 2,338,704,625원, 2009년 지방소득세 1,773,585,040원의 부과처분 중 16,564,406원, 2010년 지방소득세 303,010,750원의 부과처분 중 15,416,695원을 각 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 각 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]