소멸시효 완성 예금이 이월결손금의 보전에 충당되었는지 여부

해당 사업연도의 자본금과적립금조정명세서상 관련 내용의 기재 여부는 이월결손금 보전 충당에 영향을 미치지 않음.

법인세법 제18조

2015구합57499 법인세경정거부처분취소

주식회사 □□□□

남대문세무서장

2016. 9. 21.

2016. 10. 21.

1. 피고가 2014. 2. 6. 원고에게 한 2008 사업연도 귀속 법인세 2,486,589,525원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 3. 31. 피고에게 2008 사업연도 귀속 법인세 신고시 원고와 원고 고객간 예금거래에서 발생한 예금반환채무 중 최종거래일로부터 상사소멸시효 기간인 5년이 경과한 예금반환채무 상당액 22,435,332,954원(이하 '이 사건 돈'이라 한다)을 익금에 산입하여 법인세를 신고・납부하였다.

나. 원고는 2011. 12. 2. 피고에게, 이 사건 돈에 대응하는 고객의 채권이 소멸시효기간 경과로 소멸하였다고 하더라도 법인세법상 이를 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙・확정되었다고 볼 수 없으므로 이 사건 돈을 익금에 산입한 것은 잘못이라는 등의 이유로 2008 사업연도 귀속 법인세 중 5,608,833,230원을 환급해달라는 취지의 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 2. 6. 원고의 감액경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2014. 5. 9. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2014. 12. 17. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

라. 한편 피고는 이 사건 소송계속 중이던 2016. 8. 23. 직권으로 원고의 2008 사업연도 귀속 법인세 중 1,631,132,471원을 감액경정 하였는데(이하 '피고의 당초 감액경정청구 거부처분 중 피고가 직권으로 취소한 부분을 제외한 나머지 감액경정청구 거부처분을 '이 사건 처분'이라 한다), 이는 이 사건 돈 중 원고가 고객에게 소멸시효기간 진행 중 이자를 지급함으로써 그 진행이 중단된 것으로 확인된 12,488,974,851원을 익금에서 제외하고, 여기에 세무조정 결과와 원고의 2007 사업연도 귀속 법인세 일부가 감액경정됨에 따라 후속 사업연도에 영향을 미친 부분을 반영한 것이다.

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지.

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 돈 중 피고가 시효의 진행이 중단되었다고 본 12,488,974,851원을 제외한 나머지 9,946,358,103원은 원고의 2007 사업연도까지 공제되지 아니한 이월결손금에 전액 충당되어 익금에 산입될 수 없으므로, 이 사건 처분 중 2008 사업연도 귀속 법인세 2,486,589,525원(= 9,946,538,103원 × 법인세율 25%)에 대한 경정청구 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다

다. 판단

1) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제18조 제8호 및 같은 시행령 제18조 제1호는 채무의 소멸로 인한 부채의 감소액 중 각 사업연도의 과세표준 계산에 공제되지 아니한 이월결손금의 보전에 충당된 금액을 익금에 산입하지 않도록 규정하고 있다.

그런데 갑 제14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고에게는 1998 사업연도에 2,179,969,784,569원의 결손이 발생한 사실, 원고는 1999 사업연도부터 2003 사업연도까지 5년간 매해 각 사업연도의 소득금액에서 이월결손금을 공제하였고 당시까지 공제되지 아니하고 남아있는 이월결손금은 1,644,564,058,405원이었던 사실, 원고는 2007 사업연도에 자산수증이익 4,378,893,192원을 위 나머지 이월결손금의 보전에 충당한 사실, 한편 이 사건 돈 중 피고가 시효의 진행이 중단되었다고 확인한 12,488,974,851원을 제외한 나머지 9,946,358,103원에 해당하는 고객의 예금반환채권은 예금거래의 최종거래일로부터 5년이 경과한 사실을 인정할 수 있는바, 결국 원고의 2008 사업연도 현재 최종적으로 남아있는 이월결손금은 1,640,185,165,243원이라할 것인데, 이 사건 돈 중 9,946,358,103원은 상사소멸시효 기간 5년이 경과함으로써시효로 소멸한 부채의 감소액에 해당하므로 위 최종 이월결손금의 보전에 충당될 수 있다.

원고가 이 사건 제3회 변론기일에서 2015. 12. 17.자 준비서면의 진술을 통해 이 사건 돈 중 9,946,358,103원을 위 최종 이월결손금의 보전에 충당한다는 의사를 표시한 사실은 이 법원에 현저하므로, 결국 위 9,946,358,103원은 원고의 2008 사업연도 소득금액의 계산에 있어 익금에 산입되지 아니한다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2)-가) 피고는 먼저, 원고가 감액경정청구 당시 이 사건 돈이 시효로 소멸하였다고만 주장하였을 뿐 '자본금과 적립금조정명세서'의 제출을 통해 위 9,946,358,103원을 이월결손금의 보전에 충당한다는 의사를 표시한 바 없으므로, 이 사건 처분은 적법하다는 취지로 주장한다.

살피건대, 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사・확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서도 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다. 따라서 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이므로, 감액경정청구를 함에 있어 개개의 위법사유에 대하여 모두 주장하여야 하는 것은 아니고, 감액경정청구 당시 주장하지 아니하였던 사항도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있고(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조), 이러한 법리는 해당 세목의 확정방식이 신고납세방식이거나 부과과세방식이거나를 불문하고 적용된다 할 것이다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두13425 판결, 대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등의 사실관계 참조). 한편 법인세법 시행규칙 제82조가 별표 서식으로 규정하고 있는 '자본금과 적립금조정명세서'는 납세자와 과세관청의 업무상 편의를 위해 미리 정해둔 서식에 불과할 뿐, 납세자가 위 서식에 의하여 의사표시를 하지 아니하였다고 하더라도, 그 의사표시의 효력이 없다고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

나) 피고는 다음으로, 원고는 조세심판원에 심판청구를 하면서 위 9,946,358,103원이 위 최종 이월결손금의 보전에 충당되었다는 주장을 한 적이 없으므로 위 주장은 전심절차를 거친 적이 없고, 원고의 2008 사업연도 법인세에 대한 경정청구기간이 이미 경과하였거나 법인세 부과제척기간이 이미 도래하였으므로, 결국 원고의 위 주장은 각하되어야 한다고 주장한다.

행정소송법 제8조 제2항이 준용하는 민사소송법에는 당사자가 고의 또는 중대한 과실로 공격방어방법을 뒤늦게 제출함으로써 소송의 완결을 지연시키려고 할 때 법원이 그 공격방어방법을 결정으로 각하할 수 있다는 규정(제149조)만이 존재할 뿐이고, 그 밖의 사유로 당사자가 제출한 소송상의 주장을 각하할 수 있는 근거규정은 존재하지 아니하므로, 법원은 피고가 주장하는 사정으로 원고의 위 주장을 각하할 수 없다.

피고의 위 주장을 본안 판단을 함에 있어서 원고의 위 주장을 이유 없는 것으로 판단해 달라는 취지로 선해하여 보건대, 행정소송이 전심절차를 거쳤는지 여부를 판단함에 있어서 전심절차에서의 주장과 행정소송에서의 주장이 전혀 별개의 것이 아닌 한 그 주장이 반드시 일치하여야 하는 것은 아니고, 당사자는 전심절차에서 미처 주장하지 아니한 사유를 공격방어방법으로 제출할 수 있고(대법원 1999. 11. 26. 선고 99두9407 판결 등 참조), 한편 납세자가 경정청구 당시 주장하지 아니하였던 공격방어방법을 경정청구기간 내 또는 법인세 부과제척기간 내에 주장하여야 한다고 볼 만한 아무런 근거가 없으므로, 피고의 위 주장 역시 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.