조심2010전0416 (2010.06.25)

공장건물을 미등기양도자산으로 보고 과세한 처분은 적법함

미등기양도자산 여부를 판단함에 있어서만 수용을 원인으로 한 소유권의 이전을 제외할 합리적인 이유가 없고, 공장건물에 대한 사용승인을 득하여 소유권보존 등기를 경료할 수 있었음에도 불구하고 곧바로 이를 이행하지 않고 양도한 경우에 해당하므로 미등기양도자산에 해당됨

구 소득세법 제104조 제1항

구 소득세법 제88조 제1항

2010구합2123 양도소득세부과처분취소

고□□

○○○세무서장

2011. 5. 26

2011. 6. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

원고가 2009. 12. 14. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 215,905,200원 부과처분 중 98,667,244원을 초과하는 부분을 취소한다.

1.처분경위

가. 원고는 2002. 4. 24. 가정용 살균 및 살충제 제조업을 사업목적으로 하여 '3A COM'이라는 상호로 사업자등록을 마치고, 2002. 7. 23. 공장부지로 사용하기 위하여 별지 부동산의 표시 기재 각 토지(이하 '이 사건 각 토지'라고 한다)에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 2002. 5. 25. 음성군수로부터 중소기업창업지원법 제21조의 규정에 의하여 이 사건 각 토지 위에 공장을 건축하는 내용(준공예정일 : 2002. 11. 30,)의 창업사업계획 승인을 받았는데, 당시 음성군수는 원고에게 최종 건축물의 사용승인을 얻고 기계 장치의 설치를 완료한 날로부터 2월 이내에 공장설립 완료서를 제출하여야 한다는 조건을 부가하였다.

다. 그 이후 원고는 2002. 8. 26. 음성군수로부터 이 사건 각 토지 위에 공장건물을 건축하기 위하여 건축허가를 받아 2002. 8. 28. 착공하였다가 2002. 12.경 공사를 중단하였고, 2006. 7.경 공사를 재개하여 2006. 8. 31.에서야 일반철골조 단층 공장 1,193.01㎡와 화장실 15㎡(이하 '이 사건 공장건물'이라고 한다)의 건축을 완료한 다음 2006. 9. 18. 사용승인을 받았으나 이 사건 공장건물에 대한 소유권보존등기는 하지 않았다.

라. 한편, 이 사건 각 토지의 소재지인 충북 BB군 CC면 일대가 충북 DD군 EE면과 함께 2005. 12. 23. 혁신도시 후보지로 최종 선정되었고, 2006. 10. 30. 택지개발촉진법에 의하여 혁신도시 건설을 위한 택지개발예정지구로 지정 ・ 고시(건설교통부 고시 제2006-449호)되었다가, 2007. 3. 19. 공공기관 지방이전에 따른 혁신도사건설 및 지원 에 관한 특별법에 의하여 충북 혁신도시 택지개발지구로 지정 ・ 고시(건설교통부 고시 제2007-80호)되었다.

마. 2008. 10. 27. 이 사건 토지 및 공장건물이 대한주택공사에 수용되었고, 원고는 이 사건 공장건물 및 그 외 지장물에 대한 보상금 합계 567,106,650원(이 사건 공장건물 부 분 : 511,500,000원, 그 외 지장물 부분 : 55,606,650원)을 수령하였다. 원고는 2009. 3. 31. 이 사건 공장건물의 양도가액을 511,500,000원, 취득가액을 204,640,000원, 필요경비를 12,573,790원으로 하여 양도가액에서 취득가액 및 필요경비를 뺀 294,286,210원을 양도차익으로 계산한 다음 여기에 양도소득세율 100분의 36을 적용하여 산출된 85,071,063원을 피고에게 이 사건 공장건물에 대한 양도소득세로 신고하는 한편 조세특례제한법에 의하여 과세이연신청을 하였다.

바. 피고는 2008. 10.경 원고에 대한 양도소득세 조사결과 원고가 사업자등록 후 기계 장치를 설치하여 제품을 생산하거나 판매한 사실이 없다는 이유로 원고의 과세이연신청을 불허하였고, 2009. 12. 14. 이 사건 공장건물의 취득가액을 193,710,000원으로, 필요경비를 6,900,000원으로 각 수정한 다음 이 사건 공장건물이 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제3호의 '미등기양도자산'에 해당한다고 보아 100분의 70의 세율을 적용하여 산출한 세액에 신고불성실 및 납부불성 실 가산세를 합한 215,905,200원을 2008년 귀속 건물분 양도소득세로 경정 ・ 고지하였다 (이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 1. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2010. 6. 25. 기각결정을 받았다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 갑 제6호증(가지변호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증 내지 을 제10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 부동산투기 등을 억제하기 위한 소득세법 제1항 제3호의 입법취지에 비추어 보면, 구 소득세법 제104조 제1항 제3호에서 말하는 '미등기양도자산'에서의 '미등기'란 소유권이전등기를 하지 않은 경우만을 말하고 소유권을 원시취득하고도 소유권보존등기를 하지 않은 경우는 포함되지 않으며, '양도'의 개념 역사 매매 등과 같이 자의적으로 소유권을 이전하는 경우만 포함된다고 해석하여야 하므로, 이 사건과 같이 수용으로 인한 소유권의 이전은 구 소득세법 제104조 제1항 제3호의 '미등기양도자산'에 해당되지 않는다.

(2) 그렇지 않더라도 원고는 이 사건 공장건물의 신축공사에 착수하였다가 자금난으로 공사를 중단하였고, 이후 음성군에서 공장을 완공하지 않으면 사업계획승인이 취소될 수 있다는 통보를 받아 공사를 재개하여 이 사건 공장건물에 대하여 준공을 하고 사용승인을 받았던바, 이 사건 공장건물의 부지가 충북 혁신도지 부지로 편입됨으로써 이 사건 공장건물도 수용 후 철거가 예정되어 있어서 이를 등기할 필요가 없다고 판단하였을 뿐만 아니라 음성군 담당공무원도 원고에게 소유권보존등기를 할 필요가 없다고 설명 해 주어 소유권보존등기를 하지 않은 하지 않은 것으로서, 원고가 이 사건 공장건물을 등기하지 않은 데에 부동산투기나 조세회피 목적이 없었으므로 이 사건 공장건물은 양도소득세가 중과되는 미등기양도자산에서 제외되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단

(가) 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제104조 제3항은 "'미등기양도자산'이라 함은 제94조 제1항 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다."고 규정하고, 같은 조 제1항 제3호는 이러한 미등기양도자산에 대하여는 양도소득과세표준의 100분의 70이라는 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 통상 "자산의 취득"이라 함은 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 것으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상 ・ 무상의 모든 취득을 포함한다고 할 것이다. 따라서 구 소득세법 제104조 제1항 제3호에 규정된 "미등기양도자산"과 관련하여, 이 사건 공장건물처럼 원고가 이를 신축하여 원시취득한 경우라고 하더라도 같은 조 제3항에서 말하는 "자산의 취득"임이 명백하고, 원고의 주장처럼 원시취득의 경우에는 이를 자산의 취득에서 제외하여야 한다고 볼 수 없으며, 또한 소유권이전등기 뿐만 아니라 소유권보존등기를 하지 아니한 채 양도하는 경우에도 미등기양도자산에 포함된다고 봄이 상당하므로, 이 부분에 대한 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(나) 또한 소득세법 제88조 제1항에 의하면, "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정되어 있고, 여기에는 자산의 취득자가 스스로 양도하는 임의양도만을 가리키는 것이 아니라 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 기한 수용과 같이 자산의 취득자의 의사에 기하지 아니한 강제양도의 경우도 이에 해당된다고 할 것이다(대법원 1995. 4. 11. 선고 94누8020 판결 참조). 따라서 이 사건 공장건물에 대한 소유권보존등기를 경료하지 않은 상태에서 수용에 따른 소유권의 이전도 양도에 해당함이 명백하고, 원고의 주장처럼 구 소득세법 제104조 제1항 제3호의 '미등기양도자산' 여부를 판단함에 있어서만 수용을 원인으로 한 소유권 의 이전을 제외할 합리적인 이유가 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 하는 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 대한 판단

(가) 미등기양도자산에 대하여 양도소득세를 중과한다고 한 취지는 자산을 취득한 자가 양도 당시 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 이를 양도함으로써, 양도소득세 등의 각종 조세를 포탈하거나 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급없이 전전매매하는 따위의 부동산투기 등을 억제, 방지하려는데 있다고 할 것이므로, 애당초 그 자산의 취득에 있어서 양도자에게 자산의 미등기양도를 통한 조세회피목적이나 전매이득취득 등 투기목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 책임을 양도자에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우, 즉 부득이한 사정이 인정 되는 경우에는 구 소득세법 제104조 단서, 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 법률 제 22034호로 개정되기 전의 것) 제168조 제1항 각 호의 경우에 준하여 양도소득세가 중과 되는 미등기양도자산에서 제외된다고 할 것이다(대법원 2005. 10. 28. 선고 2004두9494 판결 등 참조).

(나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에서 살피건대, 갑 제5호증, 갑 제6호증의 각 기재에 의하면, 원고는 이 사건 공장건물을 신축한 후 취득세를 납부하였고, 이 사건 공장건물이 수용된 이후 양도소득세를 자진 선고한 사실을 인정할 수 있으나, 한편 앞 서 든 증거들을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 이 사건 공장건물에 대한 건축허가를 받아 착공하여 소방시설 및 화장실을 제외한 대부분의 공사를 이미 완료한 상태에서 공사를 중단한 후 그로부터 4년여 동안 방치하였고, 이 사건 토지가 혁신도시 후보지로 최종 선정된 이후 공사를 재개하여 2006. 9. 18. 이 사건 공장건물을 완 공한 다음 사용승인을 받았으나, 그로부터 이 사건 공장건물이 수용되기까지 2년 1개월 동안에 이 사건 공장건물에 대한 소유권보존등기를 경료하지 않았을 뿐만 아니라 공장운영에 필요한 기계 장치 등을 전혀 설치하지 않은 점, ② 원고가 이 사건 공장건물 건축공사를 재개하기 전인 2005. 12.경 이 사건 공장건물 소재지인 충북 BB군 CC면 일대가 혁신도시 후보지로 최종 선정되었으므로, 원고는 그 무렵 이 사건 공장건물이 신축되더라도 곧 수용될 것으로 예상할 수 있었음에도 불구하고 이 사건 공장건물 건축공사를 재개하여 공사를 완료하였으며, 이 사건 토지가 대한주택공사에 수용되면서 이 사건 공장 건물에 대하여는 완공된 현황대로 평가가 이루어져 보상금이 지급되었던 점, ③ 원고는 음성군수로부터 공장건물 건축을 완료하지 않을 경우 공장등록을 위한 창업사업계획승인이 취소될 수 있다는 공문을 받고 부득이 그 취소를 막기 위해서 공장 신축공사를 재개했다고 주장하지만, 원고에 대한 공장등록을 위한 창업사업계획승인이 취소되지 않기 위하여는 공장건물의 사용승인을 얻는 것 외에 기계・장치의 설치를 완료하고 사업계획의 내용을 충실히 이행한 뒤 2월 이내에 공장설립 등의 완료신고를 해야 하는데, 원고는 이 사건 공장건물 완공 후부터 수용당시까지 2년 1개월 동안에 이 사건 공장건물에 기계・장치를 설치하여 실제 공장을 가동한 바가 없을 뿐만 아니라 공장설립 등의 완료신고를 하지도 않은 점, ④ 원고는 이 사건 토지가 수용되면 어차피 이 사건 공장건물도 함께 수용 되어 철거될 것으로 생각하여 소유권보존등기를 마치는 것은 부질없는 것이라고 생각하였고, 음성군 담당공무원도 이 사건 공장건물이 수용되면 철거될 것이 분명한데 소유권 보존등기를 하여야 할 이유가 없다고 설명을 주었기 때문에 이 사건 공장건물에 대한 소유권보존등기를 하지 않은 것이라고 주장하나, 음성군 담당공무원이 원고에게 이 사건 공장건물의 소유권보존등기를 하지 않아도 된다는 취지로 설명하였다는 원고 주장을 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 장차 이 사건 공장건물처럼 수용이 예정되어 있는 건물에 대하여 소유권보존등기를 하지 않아도 된다고 보아야 할 아무런 법률적 근거도 없는 점, ⑤ 결과적으로 원고는 이 사건 공장건물의 미등기로 말미암아 등록세 등을 납부하지 않게 된 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 공장건물에 대한 사용승인을 득하여 소유권보존 등기를 경료할 수 있었음에도 불구하고 곧바로 이를 이행하지 않은 것은 구 소득세법 제 104조 제3항에 규정된 "자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 것"으로 봄이 상당하고, 앞에서 일부 인정된 원고 주장에 부합하는 사실만으로는 원고에게 조세회피나 부동산투기 목적이 없었다거나 이 사건 공장건물의 취득등기를 하지 못할 부득이한 사정이 있었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거도 없다.

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한 다.