토지와 건물의 양도가액이 불분명한지 및 건물의 취득가액에 대한 판단

계약당시 토지대금과 건물 대금이 명백히 구분되어 있어 객관적 교환가치를 반영하였다고 보이고, 건물의 취득가액은 원고가 복식부기기장 의무자이므로 세무상 취득가액에서 감가상각비를 차감한 금액임

1. 피고가 2009. 5. 6. 원고에 대하여 한 양도소득세 432,835,420원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용 중 감정비용은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

주문과 같다(소장의 2009. 5. 30.은 2009. 5. 6.의 오기로 보인다).

1. 처분경위

가. 원고는 1995. 7. 5. 용인시 수지읍 AA리 1088-4 대 119㎡, 같은 리 1088-5 대 2,537㎡를 822,200,000원에 취득한 후, 위 각 토지에 대하여 합병, 분할 절차를 거친 다음 일부 토지를 매도하고 잔여토지로서 같은 리 1088-5 대 1,314㎡, 같은 리 1088-17 대 196㎡(이하 잔여토지를 '이 사건 토지'라 한다)를 소유하고 있었다.

나. 그 후 원고와 원고의 동생인 조병일은 각 1/2 지분으로 이 사건 토지 중 같은 리 1088-5 지상에 지하 2층, 지상 10층의 오피스텔 4,931.91㎡(이하 '이 사건 건물'이 라 한다)를 신축하였다.

다. 원고와 조병일은 2007. 3. 5. 이 사건 토지 및 건물을 모두 주식회사 BB씨앤디(이하 'BB'이라 한다)에게 합계 6,700,000,000원(건물부분 부가가치세 400,000,000원 포함시 7,100,000,000원)에 양도하였고, 2007. 4. 3. BB 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

라. 원고는 2007. 4. 30. 이 사건 토지의 취득가액을 실지거래가액 467,440,512원, 양도가액을 실지거래가액 2,700,000,000원으로, 이 사건 건물의 취득가액을 기준시가 1,8 13,995,688원, 양도가액을 실지거래가액 2,000,000,000원(= 4,000,000,000원 ÷ 2)으로 양도소득세과세표준 예정신고를 하였다.

마. 피고는 2008. 9. 8.부터 2008. 10. 7.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과 이 사건 토지의 취득가액 467,440,512원에 대해서는 실거래가액이 확인되어 신고내용 대로 인정하였으나 양도가액에 대해서는 이 사건 건물의 양도가액과 구분이 불분명한 것으로 보아 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서를 적용하여 이 사건 토지 및 건물의 총 매매대금을 양도 당시 이 사건 토지의 기준시가로 안분 계산(이하 '안분계산 방식'이라 한다)한 금액 3,682,958,543원으로 양도가액을 산정하고, 이 사건 건물에 대하여는 취득가액을 981,4 08,180원, 양도가액을 1,508,520,728원으로 산정하여 2009. 5. 6. 원고에게 양도소득세 432,835,420원을 결정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 2009. 6. 30. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2009. 12. 30. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 7, 8호증, 을 제1, 2, 8, 9, 10호증(각 가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가. 원고주장

1) 원고와 BB은 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매계약을 체결할 당시 전체 매매대금은 6,700,000,000원으로, 그 중 이 사건 토지의 매매대금은 2,700,000,000원, 이 사건 건물의 매매대금은 4,000,000,000원으로 구분하여 정하고 이에 따라 매매계약서에도 이를 구분하여 기재하였으며, 이 사건 건물 공유자간에 대금도 위 구분에 따라 수령하였다. 결국 이 사건 토지의 매매대금은 당사자의 자유로운 의사에 의해 산정된 것으로 이 사건 양도는 토지와 건물의 가액구분이 분명한 경우에 해당함에도 그 가액 구분이 불분명하다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 이 사건 건물의 취득가액은 장부상 2,663,251,498원으로 기재되어 있으나 이는 시공사의 부도와 원고 등이 직접 공사를 수행하면서 영수증을 제대로 수령하지 못하였기 때문으로 실제 취득가액은 50억 원을 상회하므로, 위 장부상 취득가액을 기준으로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이사건토지와건물의가액구분이분명한지여부에관한판단

과세관청이 양도차액을 산정함에 있어 통상 과세의 근거로 삼고 있는 매매계약서상에 기재된 총 양도대금은 실지거래가액이라고 인정하면서도 그 안에서 토지와 건물로 구분된 각 부동산의 거래가액은 이를 부인하고 거래가액이 불분명하다고 하기 위하여는 그 거래가액이 현저히 부당하다는 등 그 불분명한 사유에 관하여 충분한 주장과 증명이 있어야 한다(대법원 1980. 11. 11. 선고 80누429 판결 등 참조).

피고가 이 사건 토지와 건물의 거래가액이 6,700,000,000원인 사설은 다투지 아니하고 있으므로, 이 사건의 쟁점은 거래가액의 현저한 부당이 인정되는지 여부이다.

앞서 든 증거, 갑 제6, 9, 10, 11, 12, 13, 14호증, 을 제5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고 및 조병일과 BB이 매매계약서를 작성할 때 이 사건 토지와 건물의 매매대금을 각 2,700,000,000원, 4,000,000,000원으로 구분기재한 사실, 이에 따라 BB이 원고와 조병일의 계좌로 매매대금을 입금한 사실, ② 양도 당시 이 사건 토지의 공시지가는 2,793,500,000원, 이 사건 건물 중 원고의 1/2지분 해당액(이하 '이 사건 건물지분'이라 한다)의 기준시가는 1,144,203,120 원인 사실, ③ 이 사건 건물은 1998년 사용승인된 이후 2007. 3. 5. 위 매매계약일까지 약 9년이 경과된 건물인데 BB은 위 매매계약 3일 후 이 사건 건물을 철거하기로 하는 도급계약을 체결한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면 이 사건 토지 및 건물의 매매대금이 일부 부당하다고 볼 여지는 있다. 그러나 다음 항에서 인정하는 바와 같이 이 사건 건물의 신축당시 예상 취득가격이 5,279,051,000원 정도인 점, 계약 당시 이 사건 토지 대금과 이 사건 건물 대금이 명백히 구분되어 있는 점, 이 사건 건물은 신축일로부터 9년 정도 경과한 10층 오피스텔로 양도 당시 안전상의 문제로 철거가 필요하였다고 볼 수 있는 자료가 없는 점 등에 비추어, 위 인정사실과 위 인정사실에 의해 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 통상 토지나 건물의 공시지가나 기준시가는 그 거래가액보다 낮게 정해지는데 이 사건 토지의 매매대금으로 기재된 2,700,000,000원은 그 공시지가보다도 낮은 금액이고, 이 사건 건물지분의 매매대금으로 기재된 2,000,000,000원은 그 기준시가에 비하여 약 2배 가까이 높은 금액인 점, ② 양도 당시의 기준시가 등에 비추어 보면, 이 사건 토지의 양도 당시 객관적인 교환가치는 매매대금인 2,700,000,000원을 초과할 것으로 보이는데 원고와 BB이 이 사건 토지대금을 이처럼 과소하게 정할만한 특별한 사정이 엿보이지 않는 점, ③ 또한 원고에게는 이 사건 토지와 건물의 매매대금을 정함에 있어 토지의 양도대금을 가급적 적은 금액으로 정함으로써 토지의 양도차익이 적게 산정되는 경우에는 양도소득세의 부담이 줄어드는 이익이 있는 점, ④ BB은 이 사건 토지와 건물의 양수로 인해 취득세 및 등록세를 부담하게 되는데 지방세법 제111조 제 5항, 같은 법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의2 제1항에 의하면 법인의 경우 법인이 작성한 원장, 보조장, 출납전표, 결산서에 의해 취득가격이 증명되는 취득에 대해서는 사실상의 취득가액을 취득세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있고 등록세의 경우도 이와 마찬가지여서, 법인사업자인 BB으로서는 이 사건 토지의 가액을 낮게, 건물의 가액을 높게 기재하여도 아무런 불이익이 없고, 오히려 건물의 경우 시간에 따라 가치가 감소하여 감가상각비 명목으로 비용 계상을 할 수 있는 자산이어서 건물의 가액을 높게 기재하면 감가상각비도 그에 비례하여 계산되어 법인세 부담을 줄일 수 있는 이익이 있었던 점만으로는 이 사건 토지 및 건물의 매매대금이 거래가액으로 현저히 부당하다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

그렇다면, 토지와 건물의 거래 가액 구분이 불분명하다는 이유로 이 사건 토지 및 건물의 총 매매대금을 양도 당시 이 사건 토지의 기준시가로 안분 계산한 금액으로 양도금액을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 이사건건물의취득가액에관한판단

원고는, 피고가 이 사건 건물의 취득가액에 대해서 원고의 장부를 기준으로 인정한 2,663,251,498원은 이 사건 건물의 취득 당시 표준건축비인 5,285,000,000원에 도 미치지 못하는 금액으로 실제 취득가액을 반영하지 못하였다고 주장한다.

감정인 박CC의 취득가액 감정결과에 의하면, 이 사건 건물의 설계도면을 기초로 예정가격 작성기준(회계예규 제2200.04-160-6, 2009. 9. 21.)에 따라 계산한 결과 이 사건 건물의 신축당시 예상 취득가격이 5,279,051,000원으로 계산된 점은 인정된다.

그러나 한편, 앞서 든 증거, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 이 사건 건물의 취득당시 기준시가는 2,075,577,526원이었던 사실, ② 원고는 이 사건 건물 임대사업을 하면서 작성한 대차대조표에 이 사건 건물의 취득가액을 2,663,251,498원으로 계상한 사실, ③ 원고는 위 취득가액을 기준으로 임대소득 계산시 감가상각비로 700,435,137원을 공제받은 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실 및 관계 법령 등의 내용에 비추어 보면, ① 원고는 위 임대사업 시 장부를 비치하여야 하는 복식기장 의무자인 점, ② 원고의 종합소득세 과세표준신고에 대한 심리과정에서 위 대차대조표에 기재된 취득가액은 검증이 이루어진 점, ③ 표준건축비가 실제로 지급된 비용으로 바로 인정될 수는 없는 점, ④ 원고는 위 대차대조표에 계상된 취득가액 이외에 추가로 지급한 비용에 대한 자료를 제출하지 못하고 있는 점, ⑤ BB은 이 사건 건물을 취득할 당시 이미 이 사건 건물을 철거할 계획이었던 점 등이 인정된다.

따라서 원고가 복식기장 의무자로서 대차대조표에 계상하였을 뿐만 아니라 이를 기초로 세무신고한 이 사건 건물의 장부상 가액에서 감가상각액을 공제한 1,962,81 6,361원(= 2,663,251,498원 - 700,435,137원)을 이 사건 건물의 취득가액으로 보고 계산한 피고의 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 소결

결국 이 사건 토지 및 건물의 양도가액을 실지거래가액인 아닌 기준시가로 안분 계산한 금액으로 산정한 이 사건 처분은 위법하고, 정당한 세액에 대한 증명이 없으므로 이 사건 처분 전부가 취소되어야 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.