토지와 건물의 양도가액이 불분명한 경우 기준시가로 안분계산한 가액으로 과세

원고가 토지와 건물을 양도하면서 토지에 대하여는 피고가 토지와 건물의 양도가액의 구분이 불분명하다고 보아 이 사건 토지 및 건물의 총 매매대금을 양도당시 토지의 기준시가로 안분계산한 금액으로 양도가액을 산정한 것은 부당하다는 원고의 주장은 이유 없어 기각하기로 함.

소득세법 제96조양도가액소득세법 제100조양도차익의 산정부가가치세법 시행령 제48조의 2 과세표준의 안분계산

1. 이 사건 소 중 피고가 2005.12.7 원고에 대하여 한 2001년도 귀속 양도소득세 32,649,970원의 부과처분 중 28,585,960원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 청구 부분은 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2005. 12. 07. 원고에 대하여 한 양도소득세 32,649,970원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1988.9.13. ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 공장용지 3,489㎡, 같은 리○○번지 대지42㎡를,1999.1.18. 같은 리 ○○번지 공장용지 합계 1,646㎡,같은 리○○번지 대지 486㎡(이하 위 각 토지를 모두'이 사건 토지'라 함)를 각 취득한 후 1999.1.경부터 1999.4.경까지 이 사건 토지상에 공장 및 근린생활시설 1,193.2㎡(이하 '이 사건 건물'이라 함)를 신축하였다.

나. 그 후 원고는 2001.11.30. 이 사건 토지 및 건물을 모두 소외 주식회사 ○○○○○○(이하'소외 회사'라 함)에게 양도하고 같은 날 이 사건 토지의 취득가액을 실지거래가액 5,260만 원, 양도가액을 실지거래가액 7,650만 원으로, 이 사건 건물의 취득가액을 기준시가 229,643,581원, 양도가액을 기준시가226,893,800원으로 양도소득세과세표준 예정신고를 하였다.

다. 피고는 2005.9.12.부터 2005.11.3.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과 이 사건 토지의 취득가액 5,260만 원에 대해서는 실거래가액이 확인되어 신고내용대로 인정하였으나 양도가액에 대하서는 이 사건 건물의 양도가액과 구분이 불분명한 것으로 보아 구 소득세법 제100조 제2항,제114조 제2,4항, 구 부가가치세법 시행령 제 48조의 2 제4항 제1호를 적용하여 이 사건 토지 및 건물의 총 매매대금을 양도 당시 이 사건 토지의 기준시가로 안분 계산(이하 '안분계산 방식'이라 함)한 금액 152,723,000원으로 양도가액을 산정하여 2005.12.7. 원고에게 2001년 귀속 양도소득세 32,649,970원을 결정고지하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 대해 이의신청을 거쳐 국세청장에 대해 심사청구를 하였고 국세청장은 위 심사청구에서 '피고가 이 사건 토지 양도가액을 산정하면서 건물 기준시가에 해당 부가가치세를 가산하지 않고 계산한 결과 그 양도가액이 6,851,000원 과다하게 계산되었다'는 이유로 원고 일부 인용 결정을 하였고. 피고는 위 결정에 따라 2006.5.29. 양도소득세 4,064,012원을 감액경정하는 처분을 하였다(이하 위 2005.12.7.자 당초처분 중 감액되고 남은 부분을 '이 사건 처분'이라 함)

〔인정근거〕 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1,2,갑2,3,5호증,을1호증의1, 변론 전체의 취지

2. 당초처분 중 28,585,960원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 청구 부분의 적법 여부

직권으로 살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고가 2005.12.7. 원고에 대하여 한 당초처분 중 양도소득세 28,585,960원(32,649,970-4,064,012원)을 초과하는 부분은 피고의 감액경정결정에 의하여 소멸하였으므로, 이 부분에 대하여 취소를 구하는 것은 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고와 소외 회사는 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매계약을 체결할 당시 전체 매매대금은 2억 8,880만 원으로, 그 중 이 사건 토지의 매매대금은 7,650만 원, 이 사건 건물의 매매대금은 2억 1,150만 원으로 구분하여 정하고 이에 따라 매매계약서나 소외 회사의 이사회 의사록에도 이를 구분하여 기재하였다. 결국 이 사건 토지의 매매대금은 당사자의 자유로운 의사에 의해 산정된 것으로 이 사건 양도는 토지와 건물의 가액구분이 분명한 경우에 해당함에도 그 가액구분이 불분명하다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 가사 이 사건 토지 및 건물의 가액구분이 불분명하다 해도, 이 사건 양도소득세를 계산함에 있어서 전체 매매대금인 2억 8,800만 원을 토지와 건물의 각 기준시가 비율에 따라 안분하여 계산해야 하는데, 피고는 이 사건 건물에 대하여는 원고가 신고한대로 기준시가를 기준으로 양도소득세를 계산하면서 이 사건 토지에 대하여만 안분 계산방식으로 양도가액을 산정한 결과 이 사건 건물 및 토지의 양도가액 합계가 실매각대금 2억 8,800만 원을 초과하게 되었다.

따라서 이 사건 처분은 소득세법 제100조 및 실질과세원칙을 위반한 위법한 처분으로 취소되어야 한다

나. 관계 법령

별지 관계 법령과 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 분명한지 여부

살피건대 갑 6호증, 갑 7,8호증의 각 1,2 갑 10호증의 각 기재에 의하면, 원고와 소외 회사가 매매계약서를 작성할 때, 또 소외 회사가 이사회 의사록을 작성할 때 이 사건 토지와 건물의 매매대금을 각 7,650만 원, 2억 1,150만원으로 구분기재한 사실은 인정된다.

그러나 한편 갑 3호증,을 1호증의 2, 을 2,3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 ① 양도 당시 이 사건 토지의 기준시가는 256,157,400원, 이 사건 건물의 기준시가는 226,893,800원인 사실, ② 원고가 세무조사과정에서 피고 소속 공무원에게 "부동산 매매계약서상 토지와 건물을 구분한 것은 어떤 장부나 기준으로 한 것은 아니며 소외 회사에서 요구하는 방법에 따라 구분하였다"고 확인서를 작성해 준 사실이 인정되는바. 위 인정사실 및 관계 법령 등의 내용에 비추어 보면, ① 통상 토지나 건물의 기준시가는 그 거래가액보다 낮게 정해지는데 이 사건 건물의 매매대금인 2억 1,150만 원은 그 기준시가에 상응하는 정도의 금액으로 정해졌으나. 이 사건 토지의 매매대금으로 기재된 7,650만 원은 당시 기준시가의 29.8%정도에 불과하고, ② 양도 당시의 기준시가 등에 비춰보면, 이 사건 토지의 양도 당시 객관적인 교환가치는 매매대금인 7,650만 원을 훨씬 초과할 것으로 보이는데 원고와 소외 회사가 이 사건 토지 대금만을 이 처럼 과소하게 정할 만한 특별한 사정이 엿보이지 않는 점, ③ 또한 원고에게는 이 사건 토지와 건물의 매매대금을 정함에 있어 토지의 양도대금을 가급적 적은 금액으로 정함으로써 토지의 양도차익이 적게 산정되는 경우에는 양도소득세의 부담이 줄어드는 이익이 있는 점, ④ 소외 회사는 이 사건 토지와 건물의 양수로 인해 취득세 및 등록세를 부담하게 되는데 구 지방세법 제 111조 제5항 동법시행령 제82조의 2 제1항에 의하면 법인의 경우 법인이 작성한 원장, 보조장, 출납전표, 결산서에 의해 취득가격이 입증되는 취득에 대해서는 사실상의 취득가액을 취득세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있고 등록세의 경우도 이와 마찬가지여서, 법인사업자인 소외 회사로서는 이 사건 토지의 가액을 낮게, 건물의 가액을 높게 기재하여도 아무런 불이익이 없고, 오히려 건물의 경우 시간에 따라 가치가 감소하여 감가상각비 명목으로 비용 계상을 할 수 있는 자산이어서 건물의 가액을 높게 기재하면 감가상각비도 그에 비례하여 계산되어 법인세 부담을 줄일 수 있는 이익이 있었던 점이 인정된다.

따라서 원고가 신고한 이 사건 토지의 매매대금은 형식적으로는 이 사건 건물의 매매대금과 구분되어 있지만 그러한 구분은 실제 거래가액을 반영했다기보다 원고와 소외 회사의 필요에 의해 자의적으로 정해진 것으로 보이고, 나아가 그 구분이 객관적 타당성을 현저하게 잃었다고 판단되는바, 이러한 경우까지 토지와 건물의 가액 구분이 분명하다고 보아 원고의 신고내용만을 기초로 양도소득세를 과세한다면 그것이 오히려 실직과세원칙에 반하는 결과가 될 것이므로, 원고와 소외 회사가 임의로 작성한 서류들만을 기초로 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 분명하다고 주장하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 건물의 양도가액 역시 안분계산 방식에 의해야 하는지 여부

원고는 피고가 이 사건 건물의 양도가액에 대해서는 원고가 신고한 내용대로 인정을 하면서 이 사건 토지의 양도가액은 이 사건 토지 및 건물의 실매각대금을 토지및 건물의 기준시가 비율로 안분계산하여 산출한 결과 피고가 인정한 이 사건 토지 및 건물의 양도가액의 합계액은 실매각대금인 2억 8,800만 원을 초과하게 되어 실질과세원칙에 위배된다는 취지로 주장한다.

살피건대, 원고 주장과 같이 피고가 이 사건 건물에 대해서는 원고의 신고 내용대로 기준시가에 의해 양도가액을 산정하고, 이 사건 토지에 대해서만 안분계산 방식에 따라 실지거래가액을 기준으로 양도가액을 산정한 사실은 앞서 인정한 바와 같고 을 제 1호증의 1의 기재에 의하면, 위와 같이 계산한 결과 이 사건 토지 및 건물의 양도가액의 합게액이 실지거래가액인 총매각대금 2억 8,800만 원을 초과하게 된 점은 인정된다.

그러나 양도소득세는 원칙적으로 구 소득세법 제96조 제1항에 따라 기준시가에 이해 양도가액 및 양도차익을 계산하도록 되어 있지만 납세자가 실지거래가액을 밝혀서 그에 기초해 신고하는 경우 원칙적으로 그 신고에 의해 양도소득세를 계산하는 것이어서 양도가액을 기준시가로 신고할 것인지 실지거래가액으로 신고할 것인지는 원칙적으로 납세자의 선택의 문제에 달려 있으며 다만 세무서장 또는 지방국세청장은 소득세법 제 114조 제2,4항에 따라 그 신고내용에 탈루 또는 오류라 있을 때만 과세표준과 세액을 경정할 뿐이다.

이 사건에 돌아와 보건대, 앞서 인정한 바와 같이 원고는 이 사건 건물에 대해서는 기준시가로 양도가액을 신고하면서 이 사건 토지에 대해서만 실지거래가액으로 신고하였고, 피고는 이 사건 건물에 대한 신고부분은 기준시가원칙에 따라 정당하다고 보고 신고내용대로 양도가액을 산정하고 이 사건 토지에 대한 실지거래가액 신고부분에는 탈루 또는 오류가 있다고 보아 관계 법령에 따라 양도가액을 경정한 것이므로, 피고가 이 사건 건물의 양도가액을 안분계산 방식으로 계산하지 않고 원고의 신고 내용에 따라 기준시가를 기준으로 계산한 것은 정당하고 결과적으로 양도가액의 합계가 실 매각대금을 초과하게 되었다 하더라도 이는 원고의 신고내용에 따른 결과일뿐 그것을 이유로 이 사건 처분에 하자가 있다고 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

○ 소득세볍(2000.12.29. 법률 제 6292호로 개정된 후 2001.12.31. 법률 제 6557호로 개정되기 전의 것)

제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)

또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제96조(양도가액)

① 제 94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지 거래가액에 의한다.(개정 2000.12.29)

제 100조(양도차익의 산정)

①양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하영 매매사례가액, 감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액.감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액.감정가약.환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액,감정가액.환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.(개정1999.12.28. 2000.12.29)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (개정 2000.12.29)

③양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정.경정 및 통지)

①납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

②납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한자 또는제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제 3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제 96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조의 2(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되어 2006.02.09 대통령령 제19330g로 개정되기 전의 것)

④사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서"건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정ㅇ하는 바에 의한다.(개정2000.12.29)

1. 토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서"기준시가"라한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및 토지등의 평가에 관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.