어민의 면세유 부정수급 확인을 위해 어민 및 어선 상황을 확인하여야 함에도 00이 이를 이행하지 않아 관리 부실의 책임이 있음.

면세유 관리에 대한 최종적인 책임을 지고 있는 00은 면세유류 구입카드 발급 서류 심사에 있어서 철저히 확인힐 필요가 있으며, 면세유류구입카드가 잘못 발급되었음에도 관리기관인 원고들이 알지 못하였다는 점은 원고들의 관리 소흘이 있었다는 것을 보여주는 것임

조세특례제한법 제106조의2

2015구합24293 부가가치세등부과처분취소

0000업00조합 외 7

00세무서장 외 2

2017.6.23.

2017.8.11.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고들에게 한 별지 1 표 기재 각 가산세 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고들의 지위

1) 원고들은 어업인과 수산물가공업자의 자주적인 00조직을 바탕으로 그 지위향상과 경쟁력 강화를 도모함으로써 어업인과 수산물가공업자의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 00업00조합법에 의하여 설립된비영리법인이다(00업00조합법 제1조, 제4조, 이하 00업00조합을 '00'이라 한다).

2) 원고들은 조세특례제한법과 농・축산・임・어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(이하 '특례규정'이라 한다)에 따라 어민이 어업에 사용하기 위한 석유류로서 부가가치세 등이 면제되는 면세유(이하 '면세유'라 한다)를 공급관리하는 업무를 수행하고 있다.

나. 국세청의 면세유 관리실태 점검 지시 및 이 사건 각 행위의 적발

1) 국세청은 어업용 면세유에 대한 기획점검을 실시한 결과 부정 유통 혐의가 있다고 보아, 2013. 9.경 피고들을 비롯한 전국 세무서장에게 관할 구역 내 소재하는 면세유 관리기관인 00에 대하여 면세유 관리실태 및 부정유통 혐의를 점검한 후 00이 면세유류 구입카드 등(출고지시서 포함)을 부정발급하거나 잘못 발급한 것이 적발될 경우 해당 00에 대하여 조세특례제한법 제106조의2 제11항 등 관련 규정에 따라 감면세액에 대하여 가산세를 추징할 것을 지시하였다.

2) 국세청이 각 일선 세무서장에게 지시한 구체적인 점검방법 및 유형별 조치현황은아래 표 기재와 같다.

3) 이에 피고들은 관할구역 내 어업용 면세유 관리기관인 원고들에 대하여 어업용면세유의 관리부실 여부를 점검한 결과, 원고들이 해외로 출국한 어민, 사망한 어민, 폐선된 어민의 명의로 출고지시서를 발급하거나, 선박검사를 받지 않은 선박에 대하여출고지시서를 발급한 경우(이하, 위 각 행위를 '이 사건 각 행위'라 한다. 이 사건에서는, 앞에서 본 바와 같은 국세청이 지적한 관리부실 유형 중 '계선이 공급받은 경우'는 포함되지 않았다)를 각 적발하였다.

4) 원고들이 2009년도부터 2012년도까지 해외로 출국한 어민 명의로 발급한 각출고지시서는 별지 2 제1항 표(이하 '이 사건 1 표'라 한다) 기재와 같고, 사망한 어민명의로 발급한 각 출고지시서는 별지 2 제2항 표(이하 '이 사건 2 표'라 한다) 기재와 같으며, 폐선된 어민 명의로 발급한 각 출고지시서는 별지 2 제3항 표(이하 '이 사건 3표'라 한다) 기재와 같고, 선박검사를 받지 않은 선박에 대하여 발급한 각 출고지시서는 별지 2 제4항 표(이하 '이 사건 4 표'라 한다) 기재와 같다(이하 일괄하여 '이 사건각 출고지시서'라 한다).

다. 피고들의 과세처분

1) 피고들은 원고들의 이 사건 각 행위가 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의2 제11항 제2호(이하 '이 사건가산세 부과 규정'이라 한다)에서 규정한 '관련 증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리부실로 인하여 어민에게 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하거나 어민 외의 자에게 면세유류 구입카드 등을 발급한 경우'에 해당한다고 보아, 아래 2)항 기재와 같이 각 가산세 부과처분(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

2) 피고 00세무서장은 2014. 3. 3. 원고 00군00에게 별지 1 제1항 표와 같이, 2014. 4. 1. 원고 0000에게 별지 1 제2항 표와 같이, 원고 CCC00에게 별지 1 제3항 표와 같이 각 '귀속'란 기재 귀속년도의 각 '세목'란 기재 세목에 대해 각 '세액'란 기재 금원을 가산세로 징수하였고, 피고 FF세무서장은 2014. 5. 12. 원고 EE00에게 별지 1 제4항 표와 같이, 2014. 6. 1. 원고 FF북부00에게 별지 1 제5항 표와 같이, 2014. 6. 16. 원고 GG00에게 별지 1 제6항 표와 같이, 원고 HH00에게 별지 1 제7항 표와 같이 각 '귀속'란 기재 귀속년도의 각 '세목'란 기재 세목에 대해 각 '세액'란 기재 금원을 가산세로 징수하였으며, 피고 DD세무서장은 2015. 1. 5. 및2015. 2. 1. 원고 DD시00에게 별지 1 제8항 표와 같이 각 '귀속'란 기재 귀속년도의각 '세목'란 기재 세목에 대해 각 '세액'란 기재 금원을 가산세로 징수하였다.

라. 전심절차

원고 0000, CCC00, 00군00은 2014. 5. 1., 원고 EE00은 2014. 6. 11., 원고 FF북부00은 2014. 6. 23. 조세심판원에 위 원고들에 대한 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2014. 7. 29. 모두 기각되었고, 원고 GG00, HH00은 2014. 7. 10. 조세심판원에 위 원고들에 대한 이 사건 각 처분의취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2014. 10. 8. 모두 기각되었으며, 원고 DD시00은 2015. 3. 2. 조세심판원에 원고 DD시00에 대한 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2015. 10. 13. 모두 기각되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제 1 내지 9호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들의 주장

가. 이 사건 가산세 부과 규정의 해석에 관한 주장

다음과 같은 점들을 고려하면, 피고들이 원고들에게 이 사건 가산세 부과 규정에의해 가산세를 부과하기 위해서는, 원고들이 관련 증거서류를 제대로 확인하지 않아면세유 공급대상이 아님에도 출고지시서를 잘못 발급하거나, 어민 외의 자에게 출고지시서를 발급하여 '해당 면세유가 부정유통'되는 결과가 실제로 초래되어야 하고, 피고들은 해당 면세유가 부정유통되었음을 입증하여야 한다. 어민들이 어업에 면세유를 정상적으로 사용하였다면 단순히 출고지시서 발급에 절차상 하자가 있다는 점 만으로는 이 사건 가산세 부과 규정이 적용될 수 없고, 이 사건 각 출고지시서에 의해 공급된 면세유는 모두 어업용으로 사용되었다.

① 이 사건 가산세 부과 규정은 면세유 부정유통을 방지하기 위하여 부정유통에개입한 면세유류 관리기관인 조합들에게 제재를 강화하기 위하여 2001. 12. 29. 법률제6538호로 신설된 것이다. 납세자의 납세협력의무 해태에 대한 제재로 부과되는 일반적인 가산세와 달리, 면세유의 관리라는 공적인 관리책임을 농어민의 00조합에 부여하고 관리부실에 대한 책임 내지 제재로서 부과하는 것이므로, 이 사건 가산세 부과규정의 요건은 위와 같은 입법취지를 고려하여 제한적으로 해석되어야 한다.

② 어민의 경우 구 조세특례제한법 제106조의2 제9항에 따라 면세유를 어업용외의 용도로 사용한 경우에만 면제된 세액에 가산세를 추징하도록 하고 있으므로, 이사건 가산세 부과 규정도 면세유가 어업용 외의 용도로 사용된 경우에만 한정하여 적용되어야 한다.

나. '관리 부실'의 판단 기준에 관한 주장

피고들이 이 사건 각 처분의 주된 근거로 삼은 유류공급 사업요령(이하 '사업요령'이라 한다)은 원고들의 내부 규정에 불과하고, 법규성이 인정되지 않아 사업요령에서정하고 있는 절차를 위반하였다고 하여 이 사건 가산세 부과 규정의 '관리 부실' 행위에 해당한다고 볼 수 없다.

다. 가산세 면제의 정당한 사유가 있다는 주장

세법상 가산세는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우 이를 부과할수 없는데, 원고들은 이 사건 각 출고지시서를 발급하면서 어민이 제출한 서류(위판증명서류, 선박출입항신고서 등)를 통해 어업경영사실을 확인하고 발급하였고, 이를 의심할 만한 사정도 있지 않았으므로, 이 사건 가산세 부과 규정에 따라 가산세를 부과할수 없다.

라. 이 사건 각 행위 유형별 구체적 주장

1) 해외로 출국한 어민 명의로 출고지시서 발급(이 사건 1 표)사업요령 제23조에 의하면, 선장, 기관장, 사무장 또는 선주의 배우자 또는 직계가족이 선주로부터 위임받아 면세유를 신청할 수 있는바, 어민이 해외로 출국한 경우,선장, 기관장, 사무장의 직계가족 등에게 면세유 신청권한을 위임해서 어업용 면세유를신청하였고, 원고들은 위임장, 수임인의 신분증 사본 등을 통해 위임여부를 확인한 후,출고지시서를 발급하였다. 업무를 처리하는 담당자의 업무미숙이나 실수로 인하여, 출고지시서 중 어민의 인적사항란 성명에 위임인의 이름이 표시되지 않고 어민 명의로 출고지시서가 발급된 것일 뿐이고, 원고들은 위임장, 수임인의 신분증 사본 등을 확인하였다. 또한 출고된 면세유는 어업용으로 실제 사용되었으므로, 이 사건 가산세 부과규정이 적용될 수 없고, 원고들에게는 위와 같이 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

2) 사망한 어민 명의로 출고지시서 발급(이 사건 2 표)어민이 사망한 경우 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항 등에 따라 30일 이내에 원고들에게 이를 신고하여야 하는데, 그 상속인들이 이를 신고하지 않고 피상속인의 등록 선박으로 조업을 계속하는 경우 원고들은 어민의 사망사실을 알 수 없고, 사망한 어민 명의의 위임장을 제출해 출고지시서를 발급신청하면 출고지시서를 발급할 수 밖에 없었다. 또한 출고된 면세유는 어업용으로 실제 사용되었으므로, 이 사건 가산세 부과 규정이 적용될 수 없고, 원고들에게는 위와 같이 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

3) 폐선된 어민에 대한 출고지시서 발급(이 사건 3 표)어민이 어선법 제19조 제1항에 따라 어선의 등록을 말소하더라도, 그 변동사항을 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항에 따라 원고들에게 신고하지 않는 이상, 원고들은 이를 확인할 수 없고, 원고들이 사무실에서 출고지시서를 발급한 후, 어민들이 사무실 외의 급유소, 주유소 등에서 선박에 주유하기 때문에 원고들은 출고지시서 상의선박과 실제 주유되는 선박의 이동을 확인할 수 없다. 폐선이 되면 어민들이 대체선박을 구해 이에 대한 새로운 어업면허를 받으려면 상당한 시일이 소요되므로, 폐선 명의로 면세유를 공급받는 경우가 있는데, 이 경우 원고들은 어업경영사실을 확인할 수 있는 서류를 확인하고 출고지시서를 발급하였다. 또한 어민들은 출고지시서로 공급받은면세유를 어업 목적으로 실제 사용하였으므로, 이 사건 가산세 부과 규정이 적용될 수없고, 원고들에게는 위와 같이 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

4) 선박검사를 받지 않은 선박에 대한 출고지시서 발급(이 사건 4 표)선박안전법상 정기검사의 경우 선박검사증서에 그 시기가 표기되나, 일부 어민들이 이러한 검사를 받지 않고 조업을 하는 경우가 있고, 선박검사증서의 내용이 변경되거나 선박시설의 개조 등으로 인한 임시검사의 경우 원고들은 어민들이 이러한 임시검사를 받았는지 여부를 확인할 수가 없다. 위 양자의 경우 모두 원고들은 어민들로부터 어업경영사실을 확인할 수 있는 서류를 확인한 후 출고지시서를 발급하였고, 이에 따라 출고된 면세유는 어업용으로 실제 사용되었으므로, 마찬가지로 이 사건 가산세부과 규정이 적용될 수 없고, 원고들에게는 위와 같이 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

3. 면세유 관련 규정의 체계 및 내용

가. 법령의 체계농어촌의 경제적 안정을 지원하기 위한 목적에서 농어업용으로 사용되는 유류에 대하여 교통세 등을 면제하는 특례규정은 조세특례제한법이 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되면서 위 법 제106조의2에 신설되었고, 이 사건 가산세 부과 규정은 조세특례제한법이 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되면서 신설되었다. 그 위임에 따라 대통령령인 특례규정이 제정되었고, 특례규정 제27조는 면세유의 공급절차 및 면세유류판매업자의 환급신청절차 등 세부사항을 다시 국세청 고시에 위임하고 있으며, 이에 따라 '농・임・어업용면세유 공급절차 및 면세유류판매업자의 환급(면제)신청에 따른 감면세액의 환급절차 등' 고시(이하 '국세청장 고시'라 한다)가 제정되었다.

또한 특례규정 제26조에 의하여 어업용 면세유 제도의 감독기관으로 지정된 구 농림수산식품부(현 해양수산부)는 훈령으로 '어업용 면세유류 공급 및 사후관리 요령'(이하 '공급관리요령'이라 한다)을, 공급관리요령 제4조에 의하여 면세유류 관리기관으로 지정된 00은 내규로 '사업요령'을 각 제정하였다. 위 관계 법령에 따라 어업용 면세유 제도가 운영되고 있다.

나. 이 사건 각 출고지시서 상 면세유 공급대상통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 어업 또는 수산물 자숙・건조장 운영업에 종사하는 자가 연근해 및 연안구역 어업용 선박에 사용할 목적으로 사용하기 위하여 원고들과 같은 면세유류 관리기관인 조합을 통하여 공급받는 석유류에 대해서는 조세특례제한법 및 특례규정에 따라 부가가치세 등이 면제된다(조세특례제한법 제106조의2 제1항 제1호, 특례규정 제14조 제3호, 제15조 제1항 제1호 가.목, 이하, 위 규정에의해 면세유를 공급받을 수 있는 자를 '어민'이라 한다). 이 사건 각 출고지시서는 어민에 대하여 발급되었다.

다. 어민에 대한 면세유 공급절차의 개관조세특례제한법 등 관련 법령 규정에 따라 면세유가 어민에게 공급되는 절차는 아래 도면 <어업용 면세유 공급 흐름도> 표시와 같다.

원고들과 같은 00이 정유사와 면세공급계약을 체결하면, 정유사는 저유소에 과세로 석유류를 공급하고, 저유소는 00의 급유소, 직영주유소 및 공급대행 주유소에면세로 유류를 공급한다. 00은 어민에게 면세유를 판매하는데, 먼저 어민에게 출고지시서를 발급하고, 어민으로 하여금 00의 급유소, 직영주유소 또는 공급대행 주유소에 위 출고지시서를 제시하여 면세유를 공급받도록 한다.

라. 출고지시서 신청 및 발급 절차

1) 조세특례제한법, 특례규정, 공급관리요령에 따른 출고지시서 등 신청 및 발급절차 일반구 조세특례제한법 제106조의2 제3, 4항, 구 특례규정(2013. 2. 15. 대통령령 제24369호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제2호에 의하면, 어민이 면세유를 공급받기 위하여는 00에 ① 선박 및 시설의 보유 현황과, ② 어업경영 사실을 대통령령이 정하는 바에 따라 신고한 후 00로부터 출고지시서를 발급받아야 하고, 선박 및 시설의 취득・양도 또는 어민의 사망 등으로 그 신고 내용에 달라진 사항이 있으면 그 사유 발생일로부터 30일 이내에 그 변동을 신고하여야 한다. 00은 구 조세특례제한법 제106조의2 제6항에 따라 어민 등의 선박 및 시설의 보유 현황, 어업경영 규모등을 고려하여 출고지시서를 발급하여야 하고, 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항에 따라 면세유 관리업무를 효율적으로 수행하기 위해 행정기관 등에 사망자료 등을 요청할 수 있다.

구 특례규정 제15조의3 제3, 5항에 의하면, 어민이 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항에 따라 신고 또는 변동내용을 신고하는 경우 국세청장이 고시하는 신고서, 변동신고서에 의하되, 위와 같은 신고를 할 때에 신규구입 선박 등의 경우 그 구입을증명할 수 있는 서류(선박등록증 또는 어업허가증)를 첨부하여야 하고, 00장은 이를 확인하고 날인하여야 한다. 구 특례규정 제15조의3 제4항에 의하면 00장은 위 신고 또는 변동내용 신고를 받거나 지방자치단체로부터 선박 등의 말소 및 변경 등에 관한사항을 통보받으면 그 내용을 확인하여 면세유류관리대장에 기재하여야 하고, 필요시선박 등의 사용 여부 및 기종, 규격, 사용유종, 엔진번호, 시간계측기 등을 직접 확인하고 기재하여야 한다. 또한 구 특례규정 제20조 제2항은 00은 어민으로부터 농림수산식품부장관이 정하는 바에 따라 최근 어업을 영위하는지를 확인할 수 있는 서류를 제출받은 후 출고지시서를 발급할 수 있다고 규정하고 있고, 구 공급관리요령(2013. 2.25. 농림수산부식품부훈령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조는 이때 '어업을 영위하는지를 확인할 수 있는 서류'로 '1 수산물판매사실을 증명할 수 있는 도매,소매 및 중개업자 등에 대한 판매, 출하량 등 판매서류 사본', '2. 선박안전 조업규칙 제15조에 의한 선박출입항신고서'를 들고 있다. 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항, 구 특례규정 제15조의3 제3, 5항에 따른어민의 신고양식은 구 국세청장 고시(2014. 3. 10. 국세청 고시 2014-8호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조, 제1항 제3호, [별지 제4호 서식]으로, 별지 3 서식 기재와 같고, 구 조세특례제한법 제106조의2 제6항, 구 특례규정 제16조 제2호에 따라 교부되는 출고지시서 양식은 구 국세청장 고시 제10조, [별지 제10호 서식]으로 별지 4 서식기재와 같다.

2) 이 사건 각 출고지시서 발급 절차구 조세특례제한법 제106조의2 제4항은 '농어민 등이 면세유를 공급받으려면 면세유류 관리기관인 조합으로부터 대통령령으로 정하는 면세유류 구입카드 또는 출고지시서를 발급받아야 한다'고 규정하고 있고, 이에 따라 구 특례규정 제16조는 '면세유류구입카드' 발급 대상이 되는 농어민과, '출고지시서' 발급 대상이 되는 농어민을 구분하고 있으며, 이 사건에서의 어민들은 구 특례규정 제16조 제2호에 따라 출고지시서(또는 구입권)에 의해서만 면세유를 공급받아야 한다.

한편 원고들은 구 사업요령(2012. 10. 5. 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 규정된'면세유류 공급카드1)'를 이용하여 면세유 공급대상이 되는 어민과, 연간공급배정량을 관리하였는데(구 사업요령 제17조), 어민들은 면세유류 공급카드의 발급을 신청할 때,구 사업요령 제20조 내지 제22조에 따라 선박등 보유 및 영어사실을 신고하고, 관련 증빙서류를 제출하여야 하며, 원고들은 어민들의 선박 및 시설의 보유현황과 영어사실에 대하여 면세유류 관리대장을 작성한 후, 어민이 출고지시서의 발급을 요청할 때마다 이러한 면세유류 공급카드를 제시받아 확인하고 출고지시서를 발급하는 등으로, 면세유 및 면세유 공급대상 어민 등을 관리하고 있다. 이러한 면세유류 공급카드는 구 조세특례제한법 제106조의2 및 구 특례규정 제16조 제1호에서 규정하고 있는 '면세유류구입카드'와 달리 그 자체만으로는 면세유를 구입・결제할 수 있는 기능은 없다.

마. 면세유 사용 관련 제재규정

1) 관할 세무서장의 어민에 대한 제재

관할 세무서장은 어민이 구 조세특례제한법 제106조의2 제4항에 따라 발급받은 출고지시서로 공급받은 석유류를 어업용 외의 용도로 사용한 경우(구 조세특례제한법제106조의2 제9항), 어민이 아닌 자가 제4항에 따라 출고지시서를 발급받거나, 어민 또는 어민이 아닌 자가 어민으로부터 출고지시서 또는 이를 통해 공급받은 면세유를 양수받은 경우(구 조세특례제한법 제106조의2 제12항), 위 각 규정에 따라 감면세액에 가산세를 더하여 추징하여야 한다.

2) 관할 세무서장의 00에 대한 제재관할 세무서장은 면세유류 관리기관이 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 출고지시서를 발급하는 경우 또는 이 사건 가산세 부과 규정에 정한 경우 위 규정에 따라 가산세를 징수하여야 한다(구 조세특례제산법 제106조의 제11항).

3) 00의 어민에 대한 제재어민이 ① 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항에 따른 신고를 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 하거나 변동신고를 하지 않은 경우, ② 같은 조 제4항에 따라 발급받은 출고지시서와 이에 따라 공급받은 면세유를 타인에게 양도한 경우, ③ 같은 조제9항에 따라 감면세액의 추징 사유가 발생한 경우 해당 어민은 면세유류 관리기관이 그 사실을 안날로부터 2년간(구 조세특례제한법 제106조의2 제9항에 따른 추징세액을2년이 경과한 날까지 납부하지 않은 경우 이를 납부하는 날까지) 면세유를 사용할 수 없고(구 조세특례제한법 제106조의2 제10항), 면세유류 관리기관은 구 조세특례제한법제106조의2 제9항, 제11항, 제12항에 정한 사유가 발생하였음을 알았을 때에는 출고지시서의 발급 및 사용을 즉시 중지시키고, 그 사실을 관할 세무서장에게 알려야 한다(구조세특례제한법 제106조의2 제18항).

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단

원고들의 주장에 따라 이 사건 가산세 부과 규정이 '해당 면세유가 부정유통' 되었을것을 요건으로 하는지 여부를 먼저 판단하고, 구 사업요령에 정한 절차를 위반한 것이 이 사건 가산세 부과 규정의 '관리 부실'이 되는지 여부에 대하여 판단한 다음, 이 사건 각 행위 유형별로 이 사건 가산세 부과 규정에 의하여 가산세를 부과할 수 있는지 여부를 살펴보기로 한다.

가. 이 사건 가산세 부과 규정의 해석

앞서 든 각 증거에 면세유 관련 규정의 체계 및 내용을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 가산세 부과 규정은 출고지시서 발급요건을 갖추지 못한 자에게 출고지시서를 발급하거나, 관련 절차를 위반하여 출고지시서를 발급함에 따라 발생할 수 있는 면세유 부정유통의 소지를 사전에 없애고자 하는데 그 입법취지가 있고, 면세유가 실제 부정유통 되었음을 전제로 감면된 세액에 대한 가산세를 징수하기 위한 것이 아니다. 따라서, 원고들이 '증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리를 부실하게 하였다'고 인정되는 행위로 인하여 ① 어민에게 출고지시서를 잘못 발급하거나, ② 어민 외의 자에게 출고지시서를 발급한 경우, 피고들은 원고들로부터 이 사건가산세 부과 규정에 따라 가산세를 징수할 수 있고, 이와 같이 발급된 출고지시서에 따라 공급된 면세유가 실제 부정유통 되었는지 여부는 과세요건으로 고려되지 않는다.

따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

1) 이 사건 가산세 부과 규정은 그 문언 상 크게 ① 면세유류 관리기관인 조합의'관련 증거서류를 확인하지 아니하는 등의 관리 부실'과, ② 이에 따라 '농어민등에게 면세유류 구입카드 또는 출고지시서를 잘못 발급 또는 농어민 등 외의 자에게 면세유류구입카드 또는 출고지시서를 발급'이라는 두 가지 과세요건으로 이루어졌을 뿐이다. 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조)는 조세법률주의의 원칙상, 이 사건 가산세 부과 규정의 문언에 '해당 면세유류 구입카드 또는 출고지시서에 의하여 공급된 면세유의 부정유통'을 포함하여 확장해석하는 것은 위 법리에 반한다.

2) 물론 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 할 수는 있으나(대법원 2008. 2. 15.선고 2007두4438 판결 등 참조), 아래와 같은 이 사건 가산세 부과 규정의 입법취지,관련 규정의 체계 및 내용을 종합적으로 고려하여 보면, 위 법리에 따르더라도 '해당면세유의 부정유통' 이 이 사건 가산세 부과 규정의 과세요건에 당연히 포함된다고 해석할 수 없고, 또한 피고들이 이 사건 가산세 부과 규정에 따라 원고들에게 가산세를 징수하기 위해서 해당 면세유가 부정유통 되었다는 점까지 입증하여야 한다고도 볼 수 없다.

3) 먼저 조세특례제한법 제106조의2가 규정하는 면세유 제도는 어업기계 또는 선박 및 시설에 사용할 목적으로 공급되는 석유류에 대해서 부가가치세 등을 감면함으로써 관련 비용을 절감시켜 어민의 소득증대를 지원하는 한편, 어업기계 또는 선박 및 시설의 보급을 촉진하여 어업생산성을 제고함과 동시에 어촌 노동력 부족현상에 대비하는 데 그 입법취지가 있으므로(헌법재판소 2010. 12. 28. 선고 2009헌바171 결정 참조), 이러한 면세유 제도가 제대로 정착되어 위와 같은 입법취지를 달성하기 위해서는 면세유 제도에 관한 조세특례제한법 등 관련 규정에 따라 면세유의 공급 및 사용 등에 대한 적정한 관리가 이루어질 필요가 있다.

4) 그래서 구 조세특례제한법은 어민들을 조합원으로 하여 구성된 원고들을 면세유류 관리기관으로 지정하고, 원고들에게 출고지시서 발급 권한, 적정한 업무의 처리를위해 행정기관 등에 어민의 사망자료 등을 요청할 수 있는 권한 뿐만 아니라, 구 조세특례제한법 제106조의2 제9항, 제11항 및 제12항에 따른 추징사유가 발생하였을 때 어민들에게 출고지시서의 발급 및 사용을 중지시킬 수 있는 권한까지도 부여하고 있다.

원고들은 이러한 권한을 구 조세특례제한법 등 관련 규정에 따라 충실히 행사하여야한다. 면세유가 구 조세특례제한법 등 관련 규정에 위반하여 유통되거나 사용되는 것을 사전에 차단하고 투명한 면세유 유통・사용질서를 확립하기 위해서는 원고들이 조세특례제한법 등 관련 규정을 위반하여 이러한 권한을 적절히 행사하지 않거나 잘못 행사하였을 때 이를 제재할 수 있는 수단이 필수적이고, 여기에 조세특례제한법 제106조의2 제11항의 입법취지가 있는 것이다. 따라서 원고들의 이러한 의무 위반으로 인하여 면세유가 실제 부정유통 되었는지 여부는 이 사건 가산세 부과 규정의 과세요건에 포함된다고 할 수 없다. 이렇게 해석하는 것이, 원고들이 '거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 면세유류 구입카드 등을 발급한 경우', 이에 따라 공급된 면세유가 어떻게 사용되었는지 묻지 않고 관련 가산세를 징수하는 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제1호와도 균형이 맞다.

5) 만약 어민 등에게 공급된 면세유가 부정유통되었을 것을 이 사건 가산세 부과규정의 요건으로 보게 되는 경우, 이미 공급된 면세유의 부정유통 여부는 이를 확인하기가 매우 어려운 점에 비추어 볼 때, 원고들과 같은 면세유류 관리기관이 관련 법령에 정해져 있는 절차를 위반하여 출고지시서를 발급하더라도, 이를 제재하기가 매우 어렵게 되어 이 사건 가산세 부과 규정의 입법취지를 충분히 달성할 수 없게 된다.

6) 원고들은 어민이 면세유를 어업에 사용한 이상 면제된 세금을 추징하지 않는 구 조세특례제한법 제106조의2 제9항과의 균형상 이 사건 가산세 부과 규정에서도 부정유통의 결과 발생이 과세요건이 되어야 한다고 주장한다. 그러나 위 규정과 구 조세특례제한법 제106조의2 제1항 제1호, 제3항 및 구 특례규정 제15조 제1항, 제15조의3의 내용과 형식에 비추어 보았을 때, 어민은 면세유류 관리기관으로부터 자신이 신고한 선박 등에 사용하는 용도로만 면세유를 공급받아 이를 사용할 수 있고 신고하지 않은 선박 등에 대한 면세유 사용은 어업 영위의 목적으로도 허용되지 않으므로(광주고등법원 2014. 11. 27. 선고 2014누6059 판결, 대법원 2015. 3. 12. 선고 2014두46942판결 참조), 위 규정이 원고들의 위와 같은 주장에 대한 근거가 될 수 없다. 이에 더하여 구 조세특례제한법은 어민이 면세유를 어업용으로 사용하였는지 묻지 않고 선박 등 보유현황에 대한 신고를 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 하거나 그 변동신고를 하지 않은 경우 면세유 사용을 금지하고 있고(구 조세특례제한법 제106조의2 제10항 제1호), 어민이라도 다른 어민으로부터 면세유류 구입카드 등을 양수하거나 이에 따라 공급받은 석유류를 양수한 경우, 그 사용목적을 불문하고, 해당 면세유에 대하여 감면세액과 가산세를 추징하도록 하고 있다(구 조세특례제한법 제106조의2 제12항).

나. 구 사업요령의 위반과 '관리 부실'

구 사업요령은 구 조세특례제한법 제106조의2, 구 특례규정, 구 공급관리요령의 순차적인 위임에 따라 제정되어, 면세유류 공급업무의 수행에 필요한 세부요령을 규정하고 있어 일반・추상적인 성질을 가지고 있다. 구 사업요령이 면세유류 공급과 사후관리에 필요한 세부적인 사항들을 규정하기 위하여 원고들이 마련한 내부적인 업무처리기준으로서 행정규칙에 해당하기는 하지만, 상위 법령을 구체화하여 면세유류 공급 및 사후관리의 방법, 절차 등에 대하여 합리적인 기준을 가지고 규정하고 있으므로, 원고들은 이를 준수하여 면세유를 공급・관리하여야 하고, 이를 위반하여 출고지시서 등을 발급한 경우, 이는 이 사건 가산세 부과 규정의 '관리 부실'이 있었는지 여부를 판단할 때 당연히 고려되어야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2008두21669 판결 참조). 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

다. 이 사건 각 행위 유형별 판단

1) 관련 법리가) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다. 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사정을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두13831 판결 등 참조).

나) 그리고 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않지만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등참조).

2) 판단이하에서는 이 사건 가산세 부과 규정에 대한 앞서 본 해석을 전제로, 관련 법령 및 법리에 비추어 이 사건 각 행위 유형별로 이 사건 각 처분이 적법한지 살펴본다.

㈎ 해외로 출국한 어민 및 사망한 어민 명의의 출고지시서 발급⑴ 앞서 든 각 증거, 갑 제14 내지 21호증, 을 제11호증의 각 기재, 이 법원의 II시청과 00시청에 대한 각 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 보태면, 다음의각 사실 및 사정을 인정할 수 있다.

① 구 조세특례제한법 및 구 특례규정에 어민이 타인에게 출고지시서 발급절차 등을 위임하여 면세유를 공급받을 수 있다는 규정은 없다. 다만 구 공급관리요령 제18조가 '조합은 반드시 법령에 따른 공급대상자(어민)에게 면세유를 공급하여야 한다. 다만, 낙도벽지 소재 어민 등 00지도경제대표이사가 위임이 불가피한 것으로 정하는 경우에 한하여 타인에게 유류인수권한의 위임을 허용할 수 있다'고 규정하고 있고, 이에 따라 구 사업요령 제23조는 어민은 타인에게 면세유류 공급카드를 양도하거나, 유류 인수권한을 위임하지 못하고, 예외적으로 다음 각 호의 1에 해당하는 경우 이를 위임할 수 있다고 규정하면서, 제3호에 '선장, 기관장, 사무장 또는 선주의 배우자 또는 직계가족이 선주로부터 위임받아 공급받고자 할 때'를 들고 있다.

② 어업용 면세유 수급에 있어 출고지시서는 유류 인수권한을 부여한 증표에 해당하므로, 이와 같이 어민의 위임을 받아 출고지시서를 발급받는 것은 매우 예외적으로 이루어지는 것이고, 출고지시서를 발급할 때 본인임을 확인하는 절차는 면세유의 관리에 있어 면세유류 공급카드나 출고지시서를 타인에게 양도하는 경우를 사전에 차단하여 부정유통을 막기 위한 핵심적인 사항이므로, 원고들로서는 관련 규정에 따라 본인여부 확인 절차를 준수하여 출고지시서를 발행하여야 한다.

③ 구 사업요령에 의하면, 원고들은 면세유류 공급카드를 제시받고 출고지시서를 발급할 때, 본인 여부를 확인하고 신분증을 복사하여 출고지시서 뒷면에 첨부하여야 하고(다만 어업인 사진이 구매사업정보시스템에 등록되어 출고지시서에 인쇄되는 경우 신분증 생략 가능), 수임인에게 출고지시서를 발급할 때는 수임인에게 구 사업요령 제23조 제3호에서 정한 신분이 있음을 전제로, 출고지시서 오른편 하단 인수확인자 명의를 수임인으로 기재하고(별지 4 서식 참조), 위임장, 위임받은 자의 신분증 사본, 가족관계증명서 등을 첨부하여 출고지시서를 발급하여야 한다(구 사업요령 제35조제1항, 제2항). 또한 원고들은 필요시 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항에 따라 행정기관 등에 사망자료나 출국자료를 요청할 수도 있다.

④ 먼저 해외로 출국한 어민들 명의의 출고지시서 발급에 관하여 본다. 이사건 1 표 기재 이 사건 각 출고지시서는 모두 출고지시서 오른편 하단 인수확인자 명의가 해외로 출국한 어민의 이름으로 기재되어 발급되었다. 이 사건 1 표 기재 이 사건 각 출고지시서와 관련하여, 원고 EE00, FF북부00, GG00, HH00은 위임장, 위임받은 자의 신분증 사본, 가족관계증명서등을 전혀 제출하지 못하였고, 나머지 원고들은 이 사건 소를 제기한 후 2년이 경과한 2016. 11. 3.자 준비서면에서 당시위임관계를 확인하였다고 주장하면서 일부 위임장, 신분증 등을 제출하였으나, 먼저 원고 0000은 문충도 어민 명의로 발급한 출고지시서 관련 위임장만 제출하였고, 그 위임장의 수임인에게 구 사업요령 제23조 제3호에 정한 신분이 확인되지 않으며(위임관계가 공란 또는 직원으로 표시되어 있다), 위임일자도 기재되어 있지 않고, 수임인의신분증도 첨부되어 있지 않다. 원고 00군00도 윤성근 어민 명의로 발급한 출고지시서 관련 위임장만 제출하였으나, 그 위임장의 수임인에게 구 사업요령 제23조 제3호에 정한 신분이 확인되지 않고, 첨부된 수임인의 신분증 사본이 위임장 작성일자 이후발급된 것이다. 원고 DD시00, CCC00도 위와 같이 제출한 위임장, 신분증은 대부분 아래와 같이 신분증발급일이 위임장작성일보다 늦거나, 신분증발급일자가 확인되지 않았다.

⑤ 다음으로 사망한 어민들 명의의 출고지시서 발급에 관하여 본다. 이 사건 2 표 기재 이 사건 각 출고지시서는 모두 출고지시서 오른편 하단 인수확인자 명의가 사망한 어민의 이름으로 기재되어 발급되었다. 이 사건 2 표 기재 이 사건 각 출고지시서 관련하여, 원고들은 수임인이 제출한 서류에 의해 위임관계를 확인하고 발급한 이상 '관리 부실'은 없었다는 취지로 주장하나, 관련 위임장, 위임받은 자의 신분증 사본, 가족관계증명서 등을 전혀 제출하지 못하였다.

⑥ 원고들은 이 사건 1, 2 표 기재 이 사건 각 출고지시서 관련 위탁판매실적서, 개인별위탁판매내역, 조업여부확인서 등을 제출하면서 위 각 출고지시서에 따라공급된 면세유가 실제 어업에 사용되었으므로 위 각 출고지시서가 잘못 발급된 것이아니라고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고들이 관련 서류들에 대한 검토를 소홀히하여 이 사건 각 출고지시서를 본인 아닌 자에게 발급한 이상 그에 따라 공급된 면세유가 부정유통 되었는지 여부는 이 사건 각 처분의 적법여부를 판단할 때 고려되지 않는다.

⑵ 이를 종합하면, 원고들은 해외로 출국한 어민이나 사망한 어민 명의의 이사건 1, 2 표 기재 이 사건 각 출고지시서를 발급할 때 본인확인 절차를 철저히 하여위임관계 등을 확인한 후 출고지시서를 발급하였어야 하는데도 위임장, 수임인의 신분증 등의 증거서류 등을 제대로 확인하지 않는 등으로 관리를 부실하게 하였고, 이에 따라 이 사건 1, 2 표 기재 이 사건 각 출고지시서를 잘못 발급하였다고 충분히 인정할 수 있으며, 그와 같은 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유는 보이지 않는다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

㈏ 폐선된 어민에 대한 출고지시서 발급

⑴ 앞서 든 각 증거들, 을 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태면, 다음의 각 사실 및 사정을 인정할 수 있다.

① 어선의 소유자나 일정 선박의 소유자는 구 어선법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조에 따라 어선원부에 어선을 등록하여야 하는데, 이와 같이 등록을 한 어선이 멸실・침몰・해체 또는 노후・파손 등의 사유로 어선으로 사용할 수 없게 되면 30일 내에 그 등록의 말소를 신청하여야 한다(구 어선법 제19조 제1항). 이를 폐선이라 한다. 등록이 말소된 어선의 소유자는 지체 없이 그 어선에 붙어 있는 어선번호판을 제거하고 그 어선번호판과 선박국적증서를 관할 행정청에 반납하여야 한다(구 어선법 제19조 제3항).

② 앞서 본 바와 같이 원고들은 어민들의 선박등보유현황과 영어사실을 확인하고 해당 선박을 명시하여 출고지시서를 발급하여야 하고, 이때 선박등 보유현황을 확인하기 위해 선박등록증 등을, 영어사실을 증빙하기 위해 판매, 출하량 등 판매서류사본, 선박출입항신고서 등을 제출받아야 한다(구 조세특례제한법 제106조의2 제3, 4항, 구 특례규정 제15조의3 제3, 5항, 구 공급관리요령 제15조). 그리고 구 조세특례제한법 제106조의2 제18항에 의하여 원고들에게는 이러한 확인 절차를 통해 어민에게구 조세특례제한법 제106조의2 제9항, 제11항, 제12항에 따른 감면세액 추징 등의 사유 발생을 알았을 때는 출고지시서의 발급 및 사용을 중지시킬 수 있는 권한이 부여되어 있다. 또한 구 조세특례제한법 제106조의2 제5항, 구 특례규정 제17조 제2, 3, 6항에 의하면, 어민은 선박에 조업사실 및 조업시간을 자동으로 측정할 수 있는 시간계측기 또는 선박프리패스시스템용 송신기를 부착하고, 사용실적을 확인하여 00장에게 매 반기 마지막 달의 다음달 말일까지 이러한 장치의 사용명세를 기록한 사용실적신고서를 제출하여야 한다. 그런데 폐선의 경우에는 이러한 측정기를 장착할 수 없으므로, 원고들이 사용실적신고서만 정기적으로 제출받아 확인하였다면, 해당 선박의 실제 사용여부를 쉽게 확인할 수 있었다.

③ 그런데 원고 EE00의 경우, '00길' 어선은 2008. 5. 14. 선박 등록이 말소되었는데도, 2009. 1. 5.부터 2009. 12. 28.까지 44회에 걸쳐 면세유를 구입하였고,'00' 어선은 2007. 11. 21. 선박 등록이 말소되었는데도, 2009. 8. 17.부터 2009. 11.6.까지 9회에 걸쳐 면세유를 구입하였으며, '00' 어선은 2006. 8. 17. 선박 등록이 말소되었는데도, 2009. 1. 13.부터 2009. 11. 24.까지 18회에 걸쳐 면세유를 구입하였고, '000' 어선은 2010. 11. 4. 선박 등록이 말소되었는데도, 2011. 2. 24.부터 2011. 10.28.까지 6회에 걸쳐, 2012. 2. 9.부터 2012. 10. 2.까지 5회에 걸쳐 면세유를 구입하였다. 원고 FF북부00의 경우, '00호' 어선은 2010. 11. 8. 선박 등록이 말소되었는데도, 2011. 2. 28.부터 2011. 7. 26.까지 6회에 걸쳐 면세유를 구입하였고, '00호' 어선은 2010. 12. 23. 선박등록이 말소되었는데도 2011. 2. 10.부터 2011. 10. 25.까지 7회에 걸쳐, 2012. 2. 28.부터 2012. 10. 29.까지 10회에 걸쳐 면세유를 구입하였다. 원고GG00의 경우, '제000호' 어선은 2009. 7. 31. 선박 등록이 말소되었는데도, 2009.8. 31.부터 2009. 12. 28.까지 6회에 걸쳐 면세유를 구입하였다. 원고 CCC00의 경우 '00' 어선은 2008. 12. 9. 선박 등록이 말소되었는데도, 2009. 1. 5.부터 2009. 4.13.까지 15회에 걸쳐 면세유를 구입하였다. 원고 0000의 경우 '00' 어선은 2008.12. 12. 선박 등록이 말소되었는데도, 2009. 3. 9.부터 2009. 5. 15.까지 5회 걸쳐 면세유를 공급받았다.

④위와 같이 폐선을 대상으로 각 출고지시서가 발급된 횟수, 기간 등에 비추어 보면, 원고들은 위 관계 법령에서 규정하고 있는 절차를 제대로 준수하지 않고,최초 면세유류 공급카드를 발급할 때 위 각 서류를 확인한 뒤(구 사업요령 제21조 제1항), 이후에는 어민들이 이러한 절차로 발급된 면세유류 공급카드를 제시하면 선박등 보유현황 또는 해당 선박의 영어사실을 확인하지 않거나 그 확인을 소홀히 한 채 출고지시서를 발급하였던 것으로 보인다.

⑤ 가사 어민들이 폐선 사실을 신고하지 않아 원고들이 이를 알지 못한 것이라 하더라도, 원고들은 어민들로부터 정기적으로 위와 같은 서류를 제출받고, 출고지시서를 발급할 때 법정 요건을 확인하여 해당 선박의 실제 운행 여부를 판단할 수 있었다. 그런데도 위와 같이 선박의 등록이 말소된 이후 어민 등이 원고들로부터 해당선박에 대해 몇 년에 걸쳐 수십회 면세유를 공급받았다면, 원고들이 관련 서류에 대한확인의무를 소홀히 한 채 출고지시서를 발급한 것이라고 추단된다.

⑥ 또한 이 사건 3 표 기재 각 출고지시서에 기하여 대부분의 경우 해당 면세유는 급유소를 통해 공급되었는데, 이러한 급유소는 정규 급유시설을 갖춘 당해 조합의 주된 유류공급 시설 및 장소(구 사업요령 제3조 제3호)로서, 원고들의 소유로 원고들이 설치, 관리하는 시설이다. 구 사업요령 제33조 제2호는 급유소 직원은 '출고지시서상에 명시된 선명과 실제 주유하는 어선이 동일한지 여부를 확인하여야 한다'고규정하고 있으므로, 원고들로서는 이와 같은 확인절차를 통해 폐선에 출고지시서가 발급되는 것을 방지할 수 있었다.

⑵ 이를 종합하면, 원고들은 면세유류 공급카드를 제시받고 이 사건 3 표 기재 이 사건 각 출고지시서를 발급하면서 어민의 선박보유현황 및 영어사실 여부에 대하여 확인하지 않았거나, 이와 같은 확인을 소홀히 한 채 선박등록이 말소된 어선에대하여 이 사건 3 표 기재 이 사건 각 출고지시서를 잘못 발급하였다고 인정할 수 있고, 그와 같은 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유는 보이지 않는다. 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

㈐ 선박검사를 받지 않은 선박에 대한 출고지시서 발급⑴ 관련 규정선박소유자는 선박을 최초로 항해에 사용하는 때 또는 선박검사증서의 유효기간이 만료된 때에는 국토해양부장관(현 해양수산부장관)의 검사를 받아야 한다{구 선박안전법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항}.

선박검사증서의 유효기간은 5년이다{구 선박안전법 제16조 제1항, 구 선박안전법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항}. 이를 정기검사라 한다. 선박소유자는 정기검사와 정기검사의 사이에 구 선박안전법 시행규칙(2013. 3. 24. 해양수산부령 제1호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조가 정하는 바에 따라 중간검사를 받아야 하고, 중간검사에 합격한 선박에 대하여는 선박검사증서의 검사기록에 그 검사결과가 기재된다(구 선박안전법 제9조). 또한 선박소유자는 선박시설에 대하여 개조 또는 수리를 행하거나, 용도를 변경하는 등의 일정한 경우 임시검사를 받아야 한다{구 선박안전법 제10조, 구 선박안전법 시행규칙 제21조, 구 어선법 제21조 제1항 제4호, 구 어선법 시행규칙(2013. 3. 24. 해양수산부령 제1호로 개정되기 전의 것) 제47조}. 이와 같은 정기검사, 중간검사 및 임시검사의 검사내역은 선박검사증서에 모두 기재되고(구 선박안전법 제8조 제2항, 제9조 제3항, 제10조 제2항),한편 선박검사증서가 없는 선박이나, 선박검사증서등의 효력이 정지된 선박은 항해에사용될 수 없다(구 선박안전법 제17조 제1항). 선박소유자 등이 구 선박안전법 제15조제2항을 위반하여 임시검사를 받지 않고, 선박의 길이, 너비, 깊이 또는 선박의 용도를 변경하거나, 구 선박안전법 제17조 제1항을 위반하여 선박검사증서 등이 없거나 선박검사증서 등의 효력이 정지된 선박을 항해에 사용한 경우 또는 구 선박안전법 제84조제1항 제6호를 위반하여 선박검사증서등에 기재된 항해와 관련한 조건을 위반하여 선박을 항해에 사용한 때에는 형사처벌의 대상이 되고(구 선박안전법 제84조 제1항 제4호 내지 6호), 구 어선법 제21조에 따른 어선검사를 받지 않고 어선을 항행 또는 조업에 사용하여도 형사처벌의 대상이 된다(구 어선법 제44조 제1항 제4호).

(2) 판단① 앞서 든 증거, 을 제12호증의 기재, 이 법원의 선박안전기술공단에 대한사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 보태면, 다음의 각 사실 및 사정을 인정할 수 있다.

㉮ 선박검사를 받지 않은 선박은 항해에 사용될 수 없기 때문에 어민은구 사업요령에 따라 면세유류 공급카드를 발급받을 때 원고들에게 선박검사증서 사본을 제출하여야 하고(구 사업요령 제21조 제1항 제1호 라.목), 면세유류 공급카드의 유효기간은 발급일로부터 어업면허증(어업허가증, 어업신고증) 상의 유효기간과 선박검사증서상의 유효기간(중간검사 미수검 선박의 경우에는 중간검사를 받아야 하는 검사시기의 최종만료일) 중에 일찍 도래하는 기일이 만료일이 된다(구 사업요령 제22조 제5항 제1호). 원고들은 면세유류 공급카드를 제시받고 출고지시서를 발급할 때 면세유류공급카드의 유효기간의 경과 여부를 확인하여야 한다(구 사업요령 제35조 제1항 제3호). 따라서 정기검사나 중간검사의 경우 그 기간이 주기적이고, 선박검사증서 및 이에 따라 유효기간이 정해지는 면세유류 공급카드를 통해 그 만료일을 쉽게 확인할 수 있는데도, 원고들이 정기검사나 중간검사의 유효기간을 도과한 선박에 대하여 출고지시서를 발급하였다면 이는 확인절차의 의무를 소홀히 한 것이므로, 이 사건 가산세 부과규정의 '관리 부실'에 해당한다.

㉯ 한편 임시검사의 경우, 법령에 규정된 사유가 발생하였을 때 선박소유주 등이 선박검사를 신청하여 관할 행정청으로부터 검사를 받아야 하는 것이므로, 원고들로서는 해당 어민의 신고가 있기 전까지는 임시검사를 받았는지 여부를 즉각적으로 파악하기 어려울 수 있다. 그러나 다음과 같은 사정 즉, ⓐ 이 사건 4 표 기재 각출고지시서에서 임시검사를 받지 않은 것이 문제가 된 선박들은 국세청 및 피고들이2013. 9.경 실시한 부정유통혐의자료 기획점검 과정에서 선박안전기술공단에 대한 조회 등의 간단한 절차를 통해 모두 확인이 된 점, ⓑ 원고들은 면세유의 관리업무를 수행하면서 면세유류 공급카드, 출고지시서 발급 등의 사전・사후관리감독에 철저를 기하여야 하고, 발급한 면세유류 공급카드의 유효기간 등을 확인하기 위해 연 1회 이상 발급대상별 제출 서류의 적정성을 점검하여야 하며, 면세유류 취급업무 담당직원 및 어업인을 대상으로 어업용도외 사용방지를 위한 교육을 정기적으로 실시하여야 하는 점(구 사업요령 제50조 제1, 2, 3항), ⓒ 이와 같은 과정을 통해 어민에게 구 조세특례제한법 제106조의2 제9항, 제11항, 제12항에 따른 감면세액 추징 등의 사유 발생을 알았을 때는 출고지시서의 발급 및 사용을 중지시킬 수 있는 점(구 조세특례제한법 제106조의2 제18항), ⓓ 이러한 관련 규정의 내용에 비추어 볼 때, 원고들은 정기적으로 선박안전기술공단에 대한 조회 등을 통해 임시검사를 받지 않은 선박 등에 대하여 면세유가 공급되지 않도록 사전, 사후에 적극적으로 관리감독을 할 의무가 있는 점, ⓔ 그런데 원고들이 이 사건 각 처분의 대상기간인 2009년도부터 2012년도까지 이러한 조치를 취하였다는 점을 인정할 만한 자료는 전혀 없는 점, ⓕ 또한 임시검사를 받지 않은 선박의 경우, 정기검사, 중간검사 등의 과정을 거치면서 임시검사를 받지 않은 사실이 적발될 수 있고, 원고들은 어민이 면세유류 공급카드의 유효기간 만료 등의 사유로 선박검사증서를 다시 제출하였을 때 선박검사의 변동내역 및 검사기록을 통해 수검시기 및 수검여부를 파악할 수 있으며, 면세유 공급 자료와의 비교를 통해 해당 선박이 검사를 마치지 않은 채 면세유를 공급받았는지 여부를 확인할 수 있는 점 등에 비추어보면, 임시검사의 경우에도, 원고들이 관련 법령에 따른 확인의무를 제대로 준수하였다고 보기 어렵다.

② 이를 종합하면, 임시검사를 포함하여 정기검사, 중간검사를 받지 않은 선박은 항해에 사용될 수 없고 이에 대한 면세유의 공급도 금지되는데, 원고들은 이 사건 4 표 기재 이 사건 각 출고지시서를 발급하면서 선박검사증서의 유효기간 및 그 내용을 확인하지 않았거나, 이와 같은 확인을 소홀히 하는 등으로 선박검사를 받지 않은 어선에 대하여 이 사건 4 표 기재 이 사건 각 출고지시서를 잘못 발급하였다고 인정할수 있고, 그와 같은 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유는 보이지 않는다. 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.