서울고등법원 2011. 10. 19. 선고 2010누41842 판결

마. 원고는 이 사건 부동산 양도에 관하여 양도소득세 신고를 하지 않았는데, 피고는 2008. 7. 15. 원고에 대하여 이 사건 부동산 양도가액을 869,693,020원으로, 취득가액을 285,141,057원으로 보아 산정한 2003년 귀속 양도소득세 207,248,725원을 부과할 예정이라는 취지로 과세예고 통지를 하였다 원고는 과세예고 통지에 관하여 피고에게 과세전적부심사 청구를 하였고, 피고는 2008. 10. 13. 이 사건 부동산 실지 양도가액을 원고가 주장하는 580,000,000원으로 인정하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 결정하기로 하였으나, 양도일자가 2003. 1. 30.이라는 주장은 채택하지 않는다는 취지로 결정하였다.

바. 피고는 이 사건 부동산 양도에 관하여 양도대금을 청산한 날이 분명하지 아니하여 양도시기를 소유권이전등기 접수일인 2003. 7. 25.로 보아야 하므로 1세대 1주택 특례가 적용되지 않는다는 이유로 2008. 10. 24. 원고에게 양도가액을 580,000,000원, 취득가액을 187,579,811원1)으로 하여 산정한 132,836,290원을 2003년 귀속 양도소득세로 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

사. 원고는 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2009. 4. 16. 기각되었다.

O 제3쪽 3-4째 줄 [인정근거]에 "을 제2, 7, 17, 24호증 각 기재"를 추가한다.

2. 이 사건 처분이 적법한지 여부

가. 원고 주장

1) 원고는 2002. 12. 27. 소외 회사와 이 사건 부동산에 관하여 매매대금 5억 8,000만 원에 매매계약을 체결하였는데, 계약금 5,000만 원은 지급받았고, 잔금을 대신하여 3,000만 원 임차보증금 반환채무와 XX엔터테인이 부담하는 5억 원 근저당권부 채무 또는 원고가 부담하는 같은 액수 보증채무를 소외 회사가 인수하기로 하여 2003. 1. 31. 근저당권자인 우리은행 OO역지점과 채무인수를 마쳤다. 따라서 이 사건 부동산 양도시기는 대금을 청산한 날인 2003. 1. 31.로 보아야 하므로 이 사건 부동산 양도에 관하여는 '1세대 1주택 특례'가 적용되어 양도소득세가 부과되어서는 아니 된다.

2) 피고는 이 사건 처분 당시 양도차익을 계산할 때에 양도가액을 실지거래가액에 의하였으므로 취득가액 역사 실지거래가액에 의하여야 한다. 원고가 1980. 6. 26. 토지를 취득한 후 건물을 신축하였으므로 이 사건 부동산 중 토지 부분은 실제 매매가액, 건물 부분은 실제 공사비로 취득 당시 실지거래가액을 산정하여야 한다. 설령 실제 매매가액이나 실제 공사비를 알 수 없다고 할지라도 이러한 경우 매매사례가액, 감정가액을 먼저 확인하여야 하는데도 피고는 이러한 절차 없이 만연히 환산가액을 적용하여 취득가액을 산정하였으므로 취득가액 산정에 위법이 있다.

3) 피고는 2004년경 과세자료해명을 하면서 모든 과세자료를 제출하였고, 당시 피고는 원고가 한 해명을 받아들여 과세 대상이 아니라는 대외적 의견표명을 하였는데도 다시 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호 원칙에 위배된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다

다. 판단

1) 1세대 1주택 특례가 적용되는지 여부

가) 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전 것, 이하 같다) 제89조 제3호, 소득세법 시행령(2002. 3. 30. 대통령령 제17555호로 개정되기 전 것, 이하 같다) 제154조 제1항, 제155조 제1항, 소득세법 시행령 부칙(2002. 3. 30. 대통령령 제17555호로 개정된 것) 제1항, 제3항에 의하면, 2002. 3. 30. 소득세법 시행령 개정에 의하여 1세대 1주택인 사람이 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득하여 일시적으로 2주택이 된 경우에 종전 주택을 일정한 기간 내에 양도할 경우에는 1세대 1주택 특례를 적용받을 수 있는 기간, 즉 1세대 2주택 보유 허용기간이 2년에서 1년으로 단축되었는데, 경과규정에 의하여 위 개정 시행령 시행 당시 종전 1세대 2주택 보유 허용기간 2년이 종료하지 않은 경우 2003. 3. 30. 이전에 종전 주택을 양도한 경우에는 종전 규정에 따라 1세대 1주택 특례가 적용되어 양도소득세가 부과되지 않는다.

따라서 원고는 위 개정 시행령 시행 당시 l세대 2주택(이 사건 부동산과 서울 서초구 XX동 000-0 3층 근린생활시설 및 주택)에 해당하고, XX동 000-0 건물은 2001. 6. 1. 취득하여 보유 허용기간 2년이 종료하지 않았으므로 유예기간인 2003. 3. 30. 이전에 이 사건 부동산을 양도한 경우에만 1세대 1주택 특례를 적용받게 된다.

나) 소득세법시행령 제162조 제l항은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도 시기는 다음 각 호 경우를 제외하고는 당해 자산 대금을 청산한 날로 한다고 규정하면서 그 제1호에서 '대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부・등록부 또는 명부 등에 기재된 등기・등록접수일 또는 명의개서일'이라고 규정하고 있다. 대금청산일 이란 원칙적으로 거래대금 전부를 지급한 날을 의미한다(대법원 1989. 7. 11. 선고 88누8609 판결 등 참조).

다) 갑 제2, 6, 7, 10호증, 을 제7호증 각 기재에 의하면 다음과 같은 사실은 인정 된다.

이 사건 부동산에 관한 2002. 12. 27 부동산매매계약서(이하 '이 사건 매매계약서' 라 한다)에는 ① 매매대금 5억 8천만원, ② 계약금 5천만원은 2002. 12. 27. 지급, ③ 잔금 5억 3천만원 2003. 5. 28. 지급은 은행 융자금으로 승계한다 라고 기재되어 있고 이 매매계약서를 2003. 6. 16. 서울특별시 서초구청장이 검인하였다. 소외 회사는 2002. 12. 31. 원고에게 5,000만 원을 송금하였다 원고, 소외 회사와 XX엔터테인 사 이에 2003. 1. 31. 작성된 협약서에는 "이 사건 부동산에 관한 세입자 보증금 3천만 원 과 우리은행 OO역지점 대출금 5억 원 채무는 매수인이 승계하는 것으로 매매계약 잔금지급에 갈음한다 는 내용이었고 우리은행 OO역지점이 입회인으로 기재되어 있다. 소외 회사가 2003. 2. 작성한 이행각서에는 5억 원에 대하여 소외 회사가 채무 이행의무를 다할 것을 우리은행 OO역지점에 약속한다 는 내용이 있다.

그러나 갑 제4, 6, 17, 18호증, 을 제1, 7, 14, 16, 19호증 각 기재에 변론 전체 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면 2003. 1. 31. 원고와 소외 회사가 한 매매대금이 청산되었다고 보기 어렵다.

① 이 사건 매매계약서에 "잔금 5억 3,000만 원은 은행융자금으로 승계한다"고 되어 있어 원고 주장 인수채무 5억 원과 금액이 다르다. 매매대금 지급에 갈음하여 원고 주장 채무를 인수하기로 하였다고 하더라도 그 인수일은 2003. 5. 28 이다.

② 2003. 1. 31 소외 회사가 임차보증금 반환 채무 3천만 원과 대출금 채무 5억 원을 잔금 지급에 갈음하여 인수하기로 하였다 하여도 채무를 인수하기로 약속한 것뿐이고, 그 약속을 이행하여 실제로 채무를 인수하여야 잔금 지급에 갈음하는 급부를 한 것이므로, 그 날(채권자와 채무인수 계약을 하거나 채권자가 채무인수를 승낙한 날)이 잔금 청산일이 된다.

소외 회사가 위 채무를 인수하였다거나 상환하였다는 자료가 없다.

③ 이 사건 부동산에 관한 위 각 근저당권 피담보채무는 2003. 1. 31. 기준으로 647,200,000원으로 협약서에 기재된 5억 원을 초과한다.

④ XX엔터테인은 2003. 3. 17부터 2004. 6. 15.까지 우리은행 OO역지점에 위 각 근저당권 피담보채무와 관련한 이자 등을 계속 지급하였다.

⑤ 원고가 2003. 7. 작성한 '간이과세자 부가가치세 확정신고서'에는 XX엔터테인에 대한 임대차보증금이 2억 원으로 기재되어 있다

⑥ 원고가 2008. 10. 작성한 '양도소득과세표준 기한 후 신고'에는 이 사건 부동산의 양도일자를 2003. 5. 28.로 기재하였다.

⑦ 원고는 2008. 피고가 한 현지확인 당시, 2002. 12. 31. 5,000만 원, 2003. 4. 7. 1억 6,000만 원을 지급하고, △△우정 보증금 2,000만 원, XX엔터테인 보증금 2억 5,000만 원, XX엔터테인 피해보상액 1억 5,000만 원 채무를 승계하는 것으로 양도대금을 지급하였다고 구두 소명한 바 있다.

따라서 이 사건 부동산 양도는 '대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우'에 해당 하므로 피고가 이 사건 부동산 양도시기를 소유권이전 등기접수일인 2003. 7. 25.로 본 것은 정당하다. 원고 주장은 이유 없다.

2) 취득가액 산정이 위법한지 여부

가) 을 제2 내지 5호증 각 기재에 의하면 피고는 과세전적부심사 결정 과정에서 원고 청구를 일부 받아들여 이 사건 부동산 양도에 관하여 양도가액을 등기접수일인 2003. 7. 25. 기준시가인 869,693,020원보다 낮은 실지거래가액 580,000,000원을 적용 하여 양도소득세 과세표준과 세액을 정하기로 결정하였고, 이에 따라 피고는 이 사건 처분 당시 양도가액은 실지거래가액인 580,000,000원, 취득가액은 환산가액인 187,579,811원으로 하여 과세표준 266,326,368원으로 산정하고 그에 따라 고지세액은 132,836,291원으로 결정한 사실이 인정된다.

소득세법 제96조 제1항, 제97조 제l항 제1호 가목, 다목 규정에 의하면 부동산을 포함한 제94조 제1항 제1호 및 제2호 규정에 의한 자산 양도가액과 취득가액은 당해 자산 양도 내지 취득 당시 기준시가에 의하고, 다만 소득세법 제96조 제1항 단서 각호 에서 정한 자산을 양도하는 경우에 예외로 실지거래가액을 기준으로 양도가액과 취득가액을 산정하여야 한다. 이 사건 부동산 양도는 소득세법 제96조 제1항 단서 각 호에서 정한 예외 사유에 해당하지 않는다. 따라서 양도차익을 계산할 때에 이 사건 부동산 양도 내지 취득 당시 기준시가에 의하여야 한다.

을 제24호증 기재에 의하면 기준시가에 의할 경우 이 사건 부동산 양도가액은 863,963,990원, 취득가액은 279,417,593원인 사실이 인정되고, 과세표준은 피고가 이 사건 처분 당시 산정한 266,326,368원보다 높은 400,814,708원이 된다.

따라서 피고가 132,836,291원을 고지세액으로 결정한 것은 정당한 세액 범위 내이므로 결과적으로 정당하다.

나) 설령 실지거래가액에 따라 이 사건 부동산 양도에 관한 양도소득세를 산정할 수 있다고 보더라도 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 적법하다.

소득세법 제100조 제1항, 제114조 제5항, 소득세법 시행령 제176조의2 제1항, 제3항 각 규정에 의하면, 양도가액을 실지거래가액에 의하므로 취득가액도 실지거래가액에 의하는 경우, 장부 기타 증빙에 의하여 당해 자산 취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없다면 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차로 적용하여 취득가액을 결정하여야 한다.

이 사건 부동산에 관하여 취득 당시 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부・매매계서・영수증 기타 증빙서류가 전혀 없다(원고는 2004년 과세자료 해명을 하면서 피고에게 실지거래가액을 산정할 수 있는 자료를 제출하였는데 피고가 이를 제대로 보관하지 않아 실지거래가액을 산정할 수 없게 되었다는 취지로 주장하나, 원고가 2004년 피고에게 실지거래가액을 산정할 수 있는 자료를 제출하였다는 사실을 증명할 아무런 증거가 없다).

취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없으므로 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차로 적용하여 취득가액을 결정하여야 한다. 이 사건 부동산에 관하여 소득세법 시행령 제176조 제3항 제1, 2호에서 정한 매매사례가액, 감정가액을 확인할 자료가 없으므로 취득가액은 소득세법 시행령 제176조의2 제2항에 규정한 산식[양도당시의 실지거래가액 x (취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가)]에 따른 환산가액에 의하여야 한다.

따라서 피고가 위와 같은 환산가액에 의하여 이 사건 부동산 취득가액을 187,579,813원으로 산정 한 것은 정 당하다.

다) 원고 주장은 어느모로 보나 이유 없다.

3) 신뢰보호 원칙에 위배되는지 여부

원고가 2004년 피고로부터 양도소득세 신고를 받을 당시, 피고가 원고가 한 해명을 받아들여 비과세하기로 대외적인 의견표명을 하였다는 사실을 인정할 아무런 증거가 없다. 이 사건 처분은 신뢰보호 원칙에 위배되지 않는다.

3. 결론