[2] 특별부가세 면세요건에 해당하는지 여부의 판단 기준 시기 및 법령이 전문 개정된 경우, 전문 개정 전 부칙 규정이 소멸하는지 여부(적극)

[3] 정리회사가 자기 나름의 해석에 의하여 특별부가세가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지는 오해에 불과하고, 그 밖에 특별부가세 납부의무를 게을리한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 한 사례

[2] 특별부가세는 자산의 양도에 의하여 과세요건이 성립하는 법인세의 일종으로서 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 면세요건에 해당되는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 할 것이고, 또 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과 규정도 모두 실효된다고 보아야 한다.

[3] 정리회사가 자기 나름의 해석에 의하여 특별부가세가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지는 오해에 불과하고, 그 밖에 특별부가세 납부의무를 게을리한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 한 사례.

원심은, 구 조세감면규제법중개정법률(1986. 12. 26. 법률 제3865호로 개정된 것, 이하 '1차 개정법'이라 한다)은 '도시재개발법에 의하여 결정된 사업계획에 따라 건축한 건물 및 그에 부수되는 토지를 당해 사업시행자가 양도함으로써 발생하는 소득'에 대하여는 특별부가세를 면제한다는 구 조세감면규제법(위 법률로 개정되기 전의 것, 이하 '구법'이라 한다) 제58조 제1항 제2호 를 삭제하여 그 시행일인 1987. 1. 1.부터 적용하게 하면서( 부칙 제1조), 다만 위 제58조 의 개정 규정은 "이 법 시행 후 최초로 도시재개발법에 의하여 사업시행의 인가를 받은 자가 양도하는 분부터 적용한다."고 규정하였는데( 부칙 제10조 제2항), 그 후 1988. 12. 26. 법률 제4021호로 개정된 구 조세감면규제법과 1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 구 조세감면규제법은 구법의 면제규정이나 1차 개정법 부칙 제10조 제2항의 경과규정에 대하여 아무런 규정을 두지 아니하였고, 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되어 1994. 1. 1. 시행된 구 조세감면규제법개정법률(이하 '4차 개정법'이라 한다)은 특별부가세 등의 감면규정을 통합하여 제63조 의 하나의 조문으로 규정하면서, 그 부칙 제7조에서 특별부가세에 관하여는 동법 시행일(1994. 1. 1.) 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고, 부칙 제16조 제1항에서는 위 개정법 시행 전에 양도한 경우에는 종전의 규정에 의하도록 규정하는 한편, 같은 조 제2항에서는 위 개정법 시행일 후 양도하는 경우에도 종전의 규정에 의하여 특별부가세 등을 계속하여 감면받을 수 있는 경우를 제1호에서 제7호까지 한정적으로 열거하였으나 구법 제58조 제1항 제2호 는 열거하고 있지 않으며, 1차 개정법 부칙 제10조 제2항의 규정에 대하여 별도의 경과규정을 두지 아니하였던 점, 이에 주식회사 우성건설(이하 '정리회사'라 한다)이 이 사건 특별부가세 신고 당시 구 조세감면규제법의 관련 규정이 3차례 개정되고 1993. 12. 31.에는 전문 개정까지 되었지만 1차 개정법 부칙 제10조 제2항의 효력 여부에 관하여 별도의 경과규정을 두고 있지 아니한 점에 비추어 전문 개정 이후에도 그 효력이 그대로 존속되는 것으로 보고, 1차 개정법 시행일(1987. 1. 1.) 이전에 사업시행인가를 받은 정리회사의 경우에는 구법 제58조 제1항 제2호가 적용되어 특별부가세가 면제되는 것으로 해석할 여지가 있었던 점, 정리회사가 특별부가세 신고를 한 당시에 바로 피고가 면제사유에 해당하지 않는 것으로 인정하여 특별부가세를 부과하였더라면 가산세 액수가 그다지 크지 않았을 것이라는 점, 정리회사가 재개발사업 시행인가를 받을 당시의 법령에는 특별부가세가 면제된다고 규정되어 있어서 장차 특별부가세를 납부하지 않아도 된다고 신뢰하고 있었던 점, 정리회사가 관련 법규정을 자기에게 불리하게 해석하여 특별부가세를 신고·납부하지 않았다는 이유로 가산세를 부과하는 것은 지나치게 가혹한 것으로 보이는 점 등의 사정을 종합하여 보면, 정리회사가 이 사건 부동산의 양도에 따른 특별부가세 납부의무를 제대로 알지 못한 것이 무리가 아니어서 그 의무의 이행을 기대할 수 없었다고 인정되므로, 정리회사가 그 납부의무를 게을리한 데에 정당한 사유가 있다고 판단하였다.

그러나 특별부가세는 자산의 양도에 의하여 과세요건이 성립하는 법인세의 일종으로서 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 면세요건에 해당되는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 할 것이고 ( 대법원 1995. 3. 24. 선고 94누6871 판결 , 2001. 7. 27. 선고 99두8268 판결 등 참조), 또 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과 규정도 모두 실효된다고 보아야 할 것인데 ( 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 참조), 이 사건 부동산의 양도로 인한 특별부가세에 적용되어야 할 근거 법령인 4차 개정법이 전문 개정된 법률로서 1차 개정법 부칙 제10조 제2항에 관한 경과규정이나 구법 제58조 제1항 제2호 를 계속 적용한다는 특별한 규정을 둔 바가 없으므로, 종전의 1차 개정법 부칙 제10조 제2항은 전문 개정 법률인 4차 개정법의 시행으로 실효되었다고 보아야 할 것이고, 따라서 그 부칙 제10조 제2항의 효력이 그대로 존속되어 이 사건 부동산의 양도로 인한 특별부가세가 감면된다고는 볼 수 없는 것이다. 그럼에도 불구하고 정리회사가 자기 나름의 해석에 의하여 특별부가세가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지는 오해에 불과하고, 그 밖에 특별부가세 확정신고를 한 때로부터 1년이 경과한 후에 피고가 미납부가산세의 부과처분을 함으로써 그 가산세 금액이 커졌다든지 또는 사업시행인가 당시에는 정리회사가 특별부가세가 면제될 것이라고 신뢰하였다든지 하는 등의 사정만으로는 정리회사가 그 납부의무를 게을리한 데에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.

따라서 이와 다르게 판단한 원심판결에는 가산세의 부과에 있어 정당한 사유에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 다투는 상고이유의 주장은 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 주문과 같이 판결한다.