2. 항소비용은 원고가 부담한다.

예비적 : 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2011. 10. 11. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 1,586,715,900원의 부과처분 중 2006 사업연도 법인세 결정시 한 3,505,201,000원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분과 관련된 법인세 942,260,720원을 취소한다.

가. 원고의 주식 양수 및 양도

1) 원고는 2005. 1. 1.경 서울 OO구 OO동 0-0서 CC 호텔을 운영하는 주식회사 DDD(이하 'DDD'이라 한다)과 사이에 CC 호텔의 주차장 관리대행계약을 체결하고 주차장업을 영위하고 있는 법인이다.

2) 원고는 2006. 12. 13. 특수관계에 있는 DDD로부터 DDD 소유의 EE실업 주식회사(이하 'EE실업'이라 한다) 주식 251,720주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 1주당 51,200원에 양수하였다(이하 '이 사건 주식 양수'라 한다).

3) 한편, 원고는 2009. 8. 10. 특수관계에 있는 FF산업 주식회사(이하 'FF산업'이라 한다)에게 원고 소유의 이 사건 주식을 포함한 EE실업 주식 314,720주를 1주당 41,152원에 양도하였다(이하 '이 사건 주식 양도'라 한다).

나. 피고의 조세 부과처분

1) OO지방국세청장은 2010. 12. 7.부터 2011. 1. 17.까지 원고의 2006 ~ 2009 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하였는데, 원고가 이 사건 주식을 DDD로부터 고가로 양수하였다고 보아 2006 사업연도 법인세 결정 시 법인세법상 부당행위계산부인 규정에 따라 상속세 및 증여세법에 의한 보충적 평가액(1주당 37,275원)과 원고의 취득가액(1주당 51,200원)의 차액인 3,505,201,000원 = (51,200원 - 37,275원) ×251,720주 을 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분함과 동시에 같은 금액 상당액을 손금산입하고 △유보로 소득처분하고, 원고가 DDD에게 주차대행 서비스 등의 용역을 공급하고 주차대행용역비에 대한 공급대가 등 21억 9,900만 원 가량을 매출누락하였다는 등의 내용을 포함하여 원고의 관할세무서인 피고에게 과세자료를 통보하였다.

2) 피고는 2011. 4. 1. 원고에 대하여 위와 같이 통보받은 내용을 기초로 2006 사업연도 법인세 22,757,090원을 경정・고지하였고(이하 '2006 사업연도 법인세 부과처분'이라 한다), 이와 함께 2006년부터 2009년까지의 부가가치세를 부과하는 처분을 하였다.

3) 또한 OO지방국세청장은 원고가 특수관계자인 FF산업에게 이 사건 주식을 포함한 EE실업 주식 314,720주를 양도한 것과 관련하여, 이 사건 주식에 대한 기존의 손금산입(△유보)을 추인하는 절차로서 3,505,201,000원의 익금산입(유보)하는 세무조정을 하고, 원고의 1주당 양도가액 41,152원이 상속세 및 증여세법에 의하여 평가한 1주당 가액 47,398원보다 낮아서 저가양도에 해당한다는 이유로 저가양도금액 1,965,867,008원을 익금산입하였으며, 기타 적출내용을 포함하여 원고의 관할세무서인 피고에게 과세자료를 통보하였다.

4) 피고는 2011. 10. 11. 원고에 대하여 위와 같이 통보받은 내용을 기초로 하여 2009 사업연도 법인세 1,586,715,900원을 경정・고지하였다(이하 '2009 사업연도 법인세 부과처분'이라고 한다).

다. 원고의 이의신청 및 조세심판청구

1) 2006 사업연도 법인세 등 부과처분에 대하여

가) 원고는 2011. 7. 15. 피고의 2006 사업연도 법인세 부과처분과 2006년부터 2009년까지의 부가가치세 부과처분에 대하여 '2006년부터 2009년까지의 매출을 누락한 것이 아니므로 법인세와 부가가치세는 모두 취소되어야 하고, 원고가 2006. 12. 13. DDD로부터 이 사건 주식을 양수한 것이 부당행위계산부인 대상인 고가양수에 해당하지 아니한다'는 취지로 주장하면서 OO지방국세청에 이의신청을 하였다.

나) OO지방국세청장은 2011. 9. 29. 원고가 매출을 누락한 것이 아니므로 2006년부터 2009년까지의 부가가치세 부과처분의 과세표준과 세액을 경정하고, 2006 사업연도 법인세 부과처분에 관한 원고의 주장 내용은 이유 없으며, 원고의 이 사건 주식의 양수는 고가양수에 해당하므로 이에 관한 원고의 주장 내용도 이유 없다는 취지의 결정을 하였다.

다) 이에 원고는 2012. 1. 4. 피고의 2006 사업연도 법인세 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 그 심판 도중이던 2013. 2. 14.경 있었던 조세심판관회의에서 피고가 2011. 10. 20. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 1,586,715,900원의 부과처분 중 일부 세액의 감액을 구하는 청구취지를 추가하겠다는 내용으로 의견진술을 하였으나, 조세심판원은 2013. 3. 7. 다음과 같은 이유로 원고의 심판청구를 각하하였다.

○ 피고가 원고의 각 사업연도 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하거나 익금산입 또는 손금불산입하면서 그에 따른 소득처분을 하는 것은 법인세 과세처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 바로 과세처분의 효력이 바로 발생하는 것이 아니므로 과세관청의 위와 같은 결정을 바로 불복청구의 대상이 되는 처분이라고 볼 수는 없다. 따라서 피고가 이 사건 주식의 시가와의 차액을 부당행위계산 부인규정을 적용하여 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분한 것은 과세관청의 선행적 절차에 불과하여 그로 인하여 원고에게 어떠한 구체적인 납세의무를 발생시키는 것이 아니므로 이 사건 소득처분을 불복청구의 대상이 되는 처분이라고 보기는 어렵다 할 것이어서, 이 사건 심판청구는 심리대상에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

○ 한편, 원고의 대리인은 2013. 2. 14. 조세심판관회의에서 피고가 2011. 10. 20. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 1,586,715,900원의 부과처분 중 일부 세액의 감액을 구하는 청구취지를 추가하겠다고 의견진술하였으나, 원고가 위 법인세의 부과처분에 대하여 2011. 12. 29. 이미 심판청구를 제기하여 조세심판원이 조세심판결정을 통지(조심 2012서551, 2012. 11. 21.)한 바 있으므로 중복청구에 해당한다 할 것이어서 이 또한 부적법한 청구로 판단된다.

2) 2009 사업연도 법인세 부과처분에 대하여

한편, 원고는 2011. 12. 29. 피고의 2009 사업연도 법인세 부과처분 중 '이 사건 주식 양도와 관련된 법인세 539,026,300원, 증권거래세 12,876,420원' 부분에 대하여 이 사건 주식의 양도가액을 상속세 및 증여세법에 따라 산정함에 있어서 EE실업이 계약해지로 받은 계약금 85억 원이 익금에서 제외되어야 한다고 주장하면서 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2012. 11. 21. 원고의 청구를 인용하는 결정을 하였다.

라. 원고의 이 사건 소의 제기

원고는 2013. 5. 30. '피고가 2006. 4. 1. 이 사건 주식의 양수를 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 보아 2006 사업연도 법인세 결정 시 3,505,201,000원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분은 위법하여 취소되어야 하거나, 피고가 2011. 10. 11. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 1,586,715,900원의 부과처분 중 2006 사업연도 법인세 결정시 한 3,505,201,000원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분과 관련된 법인세 942,260,720원 부분은 위법하므로 취소되어야 한다'는 취지로 주장하면서 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 7호증, 갑 제22호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부

가. 이 사건 소 중 주위적 청구 부분의 적법 여부

1) 원고는 이 사건 주위적 청구로 '피고가 2011. 4. 1. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 결정시 3,505,201,000원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분의 취소'를 구하고 있음에 대하여, 피고는 원고가 취소를 구하는 소득처분은 행정소송의 대상이 되지 않으므로 부적법하다고 본안전 항변을 한다.

2) 조세소송의 소송물은 정당세액의 존부라 할 것이므로, 부당행위계산 부인으로 법인의 소득금액에 변동이 있어서 세액 또한 변동이 있으면 이를 다투는 것은 당연하다할 것이지만, 과세관청이 그 사업연도의 행위계산을 부당행위계산이라 하여 부인하였다 하여도 그 부인의 효과가 그 사업연도의 소득금액의 다과에는 영향을 미치지 않는 경우라면 그 사업연도에는 이를 다툴 수 없고 그 부인의 효과가 나타나는 사업연도에 이르러 다툴 수밖에 없고(대법원 1997. 11. 28. 선고 96누14333 판결 참조), 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 참조).

3) 이와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 피고는 원고의 이 사건 주식 양수가 고가양수에 해당한다고 보아 2006 사업연도 법인세 결정시 법인세법상 부당행위계산부인 규정에 따라 상속세 및 증여세법에 의한 보충적 평가액과 원고의 취득가액의 차액인 3,505,201,000원을 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분함과 동시에 동액 상당액을 손금산입하고 △유보로 소득처분하였고, 원고가 FF산업에게 이 사건 주식을 양도한 2009 사업연도에는 이 사건 주식에 대한 기존의 손금산입(△유보)을 추인하는 절차로서 3,505,201,000원의 익금산입(유보)하는 세무조정을 하였는바, 특수관계자로부터의 주식의 고가양수에 따른 부당행위계산부인의 효과가 원고의 2006 사업연도 소득금액의 다과에는 영향을 미치지 않으므로 원고로서는 2006 사업연도 법인세 부과처분을 이 사건 주식 양수가 고가양수가 아니라는 이유로 다툴 수 없고, 부인의 효과가 나타나는 2009 사업연도 법인세 부과처분에 대하여 비로소 이를 이유로 다툴 수 있을 뿐만 아니라, 피고가 원고의 2006 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 부당행위계산부인에 따른 3,505,201,000원을 익금에 산입함과 동시에 같은 금액을 손금에 산입한 것은 법인세 과세처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 구체적인 납세의무를 부담하게 된다거나 현실적으로 어떤 권리침해 내지 불이익을 받는다고 할 수 없고, 따라서 위 익금산입 및 손금산입한 처분은 항고소송의 대상인 행정처분이라고 할 수 없으므로, 원고의 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

나. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분의 적법 여부

1) 원고 및 피고의 주장 내용

원고는 이 사건 예비적 청구로 '피고가 2011. 10. 11. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 1,586,715,900원의 부과처분 중 2006 사업연도 법인세 결정시 한 3,505,201,000원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분과 관련된 법인세 942,260,720원의 취소'를 구하고 있음에 대하여, 피고는 원고의 예비적 청구가 제소기간을 도과하였거나 전심절차를 거치지 않아 부적법하다고 본안전 항변을 한다.

2) 관련 법리

조세소송의 전심절차를 거침에 있어서, 각기 독립한 별개의 처분에 대하여는 별도로 전심절차를 거쳐야 하는 것으로서, 세금의 종류, 과세연도 등이 달라 과세처분이 별개인 경우뿐만 아니라, 과세연도를 달리하는 동일 세목의 조세 부과처분의 경우에도 비록 납세의무자와 과세대상이 동일하고 그 쟁점이 같다고 하더라도 별도의 전심절차를 거쳐야 하고, 어느 하나의 과세처분에 대하여 전심절차를 거쳤다 하여 다른 과세처분에 대하여 바로 소를 제기할 수는 없다(대법원 2006. 12. 7. 선고 2005두4106 판결, 대법원 1998. 12. 22. 선고 97누1563 판결, 대법원 1990. 4. 13. 선고 89누1414 판결 등 참조). 다만 행정소송이 전심절차를 거쳤는지 여부를 판단함에 있어서 전심절차에서의 주장과 행정소송에서의 주장이 전혀 별개의 것이 아닌 한 그 주장이 반드시 일치하여야 하는 것은 아니고, 당사자는 전심절차에서 미처 주장하지 아니한 사유를 공격방어방법으로 제출할 수 있는 것이며(대법원 1984. 6. 12. 선고 84누211 판결, 1988. 2. 9. 선고 87누903 판결 참조), 행정소송법 제21조와 제22조가 정하는 소의 변경은 그 법조에 의하여 특별히 인정되는 것으로서 민사소송법상의 소의 변경을 배척하는 것이 아니므로, 행정소송의 원고는 행정소송법 제8조 제2항에 의하여 준용되는 민사소송법 제235조에 따라 청구의 기초에 변경이 없는 한도에서 청구의 취지 또는 원인을 변경할 수 있는 것이다(1999. 11. 26. 선고 99두9407 판결 참조).

3) 이 사건 소 중 예비적 청구 부분의 제소기간 준수 여부에 대한 판단

위 인정사실에 의하면, 원고는 2011. 12. 29. 피고의 원고에 대한 2009 사업연도 법인세 부과처분에 관하여 행정심판을 제기하여 2012. 11. 21. 무렵 그 결정을 받은 후, 제소기간인 90일이 경과한 후인 2013. 5. 30.에 이르러서야 이 사건 소를 제기한 사실을 알 수 있는바, 결국 이 사건 소는 그 제소기간이 경과되어 제기된 것으로서 부적법하다.

4) 2006 사업연도 법인세 부과처분에 대한 행정심판사건이 이 사건 소의 전심절차에 해당하는지 여부

가) 청구취지 추가에 관하여

원고는 피고의 2006 사업연도 법인세 부과처분에 대한 행정심판사건에서 2013. 2. 14.경 '2009 사업연도 법인세 부과처분 중 이 사건 주식양수와 관련된 부분의 법인세의 취소를 구하는 청구취지를 추가하겠다'는 의견을 진술하였으나, 위 인정사실에 의하면, 피고는 2011. 10. 11. 원고에게 2009 사업연도 법인세 부과처분을 하였고 원고도 그 무렵 이를 알게 되었던 사실을 알 수 있는바,원고가 부과처분이 있음을 안 날로부터 90일의 행정심판 청구기간 내에 2009 사업연도 법인세의 부과처분에 관하여 행정심판 청구를 하지 아니하다가, 그 청구기간이 경과한 후에야 청구의 기초가 동일하지 아니한 2006 사업연도 법인세 부과처분에 관하여 제기된 행정심판절차에서 2009 사업연도 법인세 부과처분을 다투는 취지의 청구취지를 추가하는 것만으로는 적법한 행정심판을 제기한 것으로 볼 수는 없다.

나) 소득처분에 대하여 다투었던 점에 관하여

(1) 원고는, 원고가 2006 사업연도 법인세 부과처분에 관하여 제기된 행정심판절차에서 피고가 2011. 4. 1. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 결정 시 3,505,201,000원의 익금산입 또는 손금불산입한 각 소득처분에 대하여 다툰 사실이 있으므로, 그 심판결정 이후에 위 소득처분에 따른 조세의 부과처분이 있었다 하더라도 따로 위 부과처분에 대하여 전심절차를 거쳐야 하는 것은 아니므로 이 사건 소 중 예비적 청구 부분은 적법하다는 취지로 주장한다.

(2) 조세처분에 대한 취소소송의 제기에 앞서 심사청구 등 행정불복신청을 필요적으로 거치도록 규정한 취지는 처분청으로 하여금 스스로 재고・시정할 기회를 갖게 함과 아울러 상급 행정청에게는 감독권에 기한 시정의 기회를 주며, 또 대량적이고 반복적인 조세분쟁사건을 이 전심단계에서 걸러지게 하고 분쟁의 사안내용을 미리 정리하게 하여 법원의 부담을 덜어주려는 데에 있는 것이므로, 납세자가 이러한 행정불복전치요건을 적법하게 거쳤는지의 여부는 위와 같은 전치제도설정의 취지를 충분히 고려하여 판단하여 할 것이고, 비록 독립하여 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없는 행정행위3)에 대하여도 그 행정행위로 인하여 납세의무가 성립・확정되고 필연적으로 이에 대한 부과처분이 뒤따를 것이 예견되는 경우라면, 납세자가 그 행정행위에 불복하여 불복절차를 거쳐 그 당부에 관한 실질적인 심리판단을 거친 경우에는 특별한 사정이 없는 한 필연적으로 뒤따를 것이 예견되는 부과처분의 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 보아야 할 것이므로, 실제로 조세의 부과처분이 있다 하더라도 위 부과처분에 대한 불복전치절차를 거친 것으로 보는 것이 타당하고, 위 부과처분에 대하여 다시 불복절차를 거쳐야 한다고 볼 것은 아니라 할 것이다(대법원 1991. 12. 24. 선고 90누10216 판결, 대법원 1993. 1. 19. 선고 92누8293 전원합의체 판결 등 참조).

(3) 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고가 2006 사업연도 법인세 부과처분에 관하여 제기한 행정심판절차에서 피고의 2006 사업연도 법인세와 관련한 익금산입 또는 손금불산입한 각 소득처분에 대하여 불복한다는 내용으로 다툰 사실, 그런데 위 행정심판절차에서 원고가 다툰 소득처분은 과세처분의 선행적 절차에 불과하고 원고에게 어떤 납세의무를 발생시키는 것이 아니라고 하여 불복청구의 대상이 되는 처분이라고 보기 어렵다는 이유로 원고의 심판청구를 각하하였던 사실을 알 수 있는바, 위 행정심판절차에서의 각하결정은 정당한 것으로 보이고, 원고가 2006년 사업연도 법인세 부과처분에 관하여 제기된 행정심판절차에서 위 각 소득처분을 다투었던 적이 있다는 사정만으로는 위 행정심판절차가 2009 사업연도 법인세 부과처분에 관하여도 행정청에게 시정의 기회를 주고 분쟁의 사안내용을 정리한다는 조세분쟁사건의 전심으로서 기능을 하였다거나 원고가 적법한 전심절차를 거친 것으로 보기는 어렵다고 할 것이고, 따라서 이 부분에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

5) 소결

따라서 이 사건 소 중 예비적 청구 부분은 어느 모로 보나 부적법하다.

3. 가정적 판단

가. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분에 관한 전심절차에 관하여

1) 원고가 명시적으로 주장하고 있지는 아니하지만, 위 인정사실에 의하면, 원고는 2011. 7. 15. 피고의 2006 사업연도 법인세 부과처분 등에 대하여 이 사건 주식의 양수는 고가양수에 해당하지 아니한다는 취지로 주장하면서 OO지방국세청에 이의신청을 하여 소득처분의 부당성에 대하여 다툰 사실이 있고, 이 부분에 관한 이의신청이 기각되자, 2012. 1. 4. 피고의 2006 사업연도 법인세 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으며, 그 심판 도중이던 2013. 2. 14.경 있었던 조세심판관회의에서 피고가 2011. 10. 20. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 1,586,715,900원의 부과처분 중 일부 세액의 감액을 구하는 청구취지를 추가하겠다는 내용으로 의견진술을 하기도 하였으나, 조세심판원은 2013. 3. 7. 소득처분은 불복의 대상이 되는 처분에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 심판청구를 각하하였던 사실을 알 수 있는바, 위와 같은 일련의 불복 과정에 비추어 보면, 원고가 소득처분에 대하여 불복한 취지에는 그에 필연적으로 뒤따를 것이 예견되는 조세 부과처분의 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 볼 여지가 있다고 할 것이다.

2) 이와 같이 보는 경우라면 이 사건 소 중 예비적 청구 부분은 부과처분에 대하여 따로 전심절차를 거치지 않아도 제기할 수 있는 경우에 해당하므로 적법한 것이 된다할 것이지만, 본안에 관하여 아래에서 살피는 바와 같이 원고의 이 부분 청구는 이유 없다.

나. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분에 관한 본안 판단

1) 원고의 주장 내용

원고와 DDD이 이 사건 주식의 적정한 공정가치를 산정하기 위하여 많은 노력과 시간을 투자하였고, 회계법인에서 평가한 내용과 같이 이 사건 주식에 경제적 실질가치를 반영하기 위하여 부동산 가격을 적정하게 참작하여 시가에 근접한 금액으로 거래가격을 결정했을 뿐이며, 인위적인 고평가로 인하여 조세를 포탈하거나 감소시킬 의도가 없었으므로, 이 사건 주식 양수가 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않음에도 불구하고, 피고가 이 사건 주식의 양수를 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 보아 2006 사업연도 법인세 결정시 3,505,201,000원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분은 위법하여 취소되어야 하거나, 피고의 2011. 10. 11.자 2009 사업연도 법인세1,586,715,900원의 부과처분 중 2006 사업연도 법인세 결정시 한 3,505,201,000원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분과 관련된 법인세 942,260,720원 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 관계 법령

별지 4 기재와 같다.

3) 인정사실

가) 원고는 1996. 3. 1. 서울 OO구 OO동 0-0에서 주차장운영업을 영위하기 위하여 설립된 법인으로서 원고의 주식 중 50.6%를 GGG가, 49.4%를 HHH가 보유하고 있는데, GGG와 HHH는 부부이다.

나) DDD은 1999. 12. 16. 원고와 동일한 장소에서 호텔업을 영위하기 위하여 설립된 법인인데, 그 주식 중 63.57%를 III이, 13.01%를 원고가, 4.81%를 GGG가 각 보유하고 있다.

다) 원고는 2006. 12. 13. 위와 같이 특수관계에 있는 DDD로부터 DDD이 보유한 EE실업의 주식 251,720주를 12,888,064,000원(1주당 51,200원)에 양수하였다.

라) 원고는 이 사건 주식을 양수할 당시 1주당 순자산가액을 평가하면서 EE실업이 보유 중이던 서울 OO구 OO동 소재 부동산들[별지 1, 2, 3 토지 및 건물 내역]에 대하여 건물은 장부가액 대비 111% 상당, 토지는 공시지가 대비 132.7% 상당으로 각 평가하여 전체 부동산 가액은 공시지가 대비 141% 상당액으로 평가한 금액을 기준으로 하였다.

마) 한편 DDD은 2006. 11. 25. JJ회계법인으로부터 EE실업의 최대주주소유주식의 1주당 평가액은 51,168원이라는 내용의 평가의견을 제출받았는데, 위 평가의견서에는 아래와 같은 내용의 기재가 있다.

○ 가격 평가의뢰 목적 : 주식 양도양수 당사자간 매매가격 협상용

○ 가격평가 목적 : 평가의뢰 목적에 따라 가능한 시가를 반영하여 평가하였으나, 주식 양도양수 당사자 사이의 가격협상에 참고할 자료에 불과할 뿐, 국세 등의 신고납부용이나 제3자에 대항할 목적으로 평가한 자료가 아님을 전제로 평가함

○ 부동산의 시가 반영 내용

- OO동 0-0 소재 부동산의 시가 적용 방법 : 향후 매각예정가액(850억 원)으로 매각될 것이 확실하다는 가정하에 시가로 적용하였으며, 추후 실지 매각가액이 변동될 경우 1주당 실질가치도 변화될 수 있다는 점에 대하여 거래당사자 사이의 양해가 필요함

- OO동 0-0, 0-0, 0-0 소재 부동산의 시가 : 각 부동산의 정확한 시가를 반영하기 위해서는 감정기관의 평가가 선행되어야 할 것이나, 평가목적이 거래 당사자 간 가격협상에 있으므로 거래당사자 간에 공시지가와 실거래가격의 차이에 대한 공감대가 형성된다면 불필요한 감정수수료 지출을 절감한다는 취지로 이해하여, 건물은 장부가액과 실지거래가격과의 차이가 크지 않으므로 장부가격을 적용하고, 토지는 공시지가와 실거래가격의 차이가 크게 발생하는 것이 일반적이기는 하나 개별토지의 특성에 따라 천차만별이고 정확한 차이는 공개된 자료가 없어서 알 수 없기 때문에 건설교통부 발표자료 중 일부 시도별, 이용상황별 공시지가 현실화율(2003년 기준)에 발표된 서울지역 상업용 공시지가 현실화율 80.02%를 참고하여 2006년의 공시지가 대비 실거래가 비율 120~125% 상당을 시가로 적용함(공시지가 대비 실거래가율도 거래 당사자간 공감대 형성이 필요한 내용으로 120~125% 상당에서 협의가 이뤄진다면 무리가 없다고 생각되므로 쌍방협의가 필요한 부분임)

○ 1주당 가격평가시 부동산의 시가적용 문제를 제외한 부분은 상속세 및 증여세법상 비상장주식의 기준시가 산출방법을 적용함

바) 원고는 2009. 8. 10. 특수관계에 있는 FF산업에게 원고 소유의 이 사건 주식을 포함한 EE실업 주식 314,720주를 12,951,357,440원(1주당 41,152원)에 양도하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 7호증, 갑 제9 내지 15호증, 갑 제18, 19, 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

4) 판단

가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조 제2항은 부당행위계산부인에 관한 '제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율・이자율・임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다'고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 (2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제89조에서는 시가의 범위를 규정함에 있어서, 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고, 시가가 불분명한 경우에는 ① 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액, 주식 등을 제외한다), ② 상속세 및 증여세법의 규정을 준용하여 평가한 가액의 순서로 산정한 가액에 의하여 부당행위계산부인 규정을 적용하도록 하고 있는바, 부당행위계산부인의 규정을 적용함에 있어서의 '시가'라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것으로서(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006두8648 판결 참조), 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환 가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있다(대법원 1991. 4. 12. 선고 90누8459 판결 참조).

나) 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실에서 살핀 바와 같이, ① 원고는 특수관계에 있는 DDD로부터 이 사건 주식을 양수하였다가 역시 특수관계에 있는 FF산업에게 이 사건 주식을 양도하였던 점, ② 원고가 DDD로부터 양수한 이 사건 주식에 관하여 원고와 DDD이 임의로 정한 가격 외에는, '특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격'이나 '당해 거래와 유사한 상황에서 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격'이 있다고는 보이지 아니하는 점,

③ DDD의 의뢰에 따라 JJ회계법인이 작성한 EE실업의 주식 평가는 국세 등의 신고납부를 위한 것이 아니라 주식 양도양수 당사자간 매매가격 협상용으로 작성된 것에 불과한 점, EE실업이 보유한 일부 부동산에 관한 매매예정가액을 그대로 시가로 인정하였고, 그 밖에 EE실업이 보유한 부동산의 정확한 시가를 반영하거나 확인하기 위한 감정기관의 평가 등을 거치지 않았던 점, 이 사건 주식의 양수 당시와는 다른 시점의 전체 서울지역 상업용 부동산에 대한 공시지가 현실화율을 기준으로 임의로 공시지가 대비 실거래가 비율을 산출한 것에 불과한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 주식의 시가를 정확히 반영한 것이라고 볼 수 없는 점, ④ 그 밖에 달리 이 사건 주식의 양도・양수가격이 적정하다고 볼 만한 자료가 없는 점 등을 종합하면, 원고가 주장하는 1주당 금액이 이 사건 주식의 객관적 교환가치라거나 공신력 있는 감정기관의 감정 가격을 기준으로 한 것이라고 볼 수는 없다. 따라서 피고가 이 사건 주식의 시가가 불분명하다고 보아 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호의 규정에 따라 상속세 및 증여세법상 평가액을 기준으로 이 사건 주식의 가치를 산정하고 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 적법하다.

5) 소결

위에서 살핀 바와 같이 원고의 이 사건 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것이나, 제1심이 이를 각하한 판결에 대하여 원고만이 항소한 이 사건에서 이 법원이 제1심보다 원고에게 불리한 판결을 할 수는 없다 할 것이므로, 위 예비적 청구 부분에 대하여도 제1심과 같이 이를 각하함이 상당하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소를 각하한 제1심 판결은 정당하다 할 것이므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.