수도권외지역 본사이전기업 임시특별세액감면은 이전후 업종 추가여부와 무관함

수도권 외 지역으로 본사를 이전한 법인이 이전 후에 새로운 영업을 개시하여 사업을 확장하고 추가적인 수입을 거두는 것이 이 사건 임시특별세액감면의 취지에 반하다고 보기는 어려운 점

조세특례제한법 제63조의 2

2013구합651 법인세부과처분취소

주식회사 AAA

천안세무서장

2013. 11. 6.

2013. 12. 4.

1. 피고가 2010. 8. 5. 원고에게 한 2006사업연도 법인세 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2007사업연도 법인세 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2008사업연도 법인세 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2010. 8. 5. 원고에게 한 2006사업연도 법인세 OOOO원, 2007사업연도 법인세 OOOO원, 2008사업연도 법인세 OOOO원, 2009사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1985. 5. 25. 설립된 회사로 OO시 OO구 OO동 823-30번지에 본사를 두고 주택신축판매업 등을 영위하다가, 2001. 3. 26. 본사를 OO시 OO동 40-3번지로 이전하였다.

나. 원고는 2006사업연도부터 2009사업연도까지 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것. 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제63조의2에 의한 임시특별세액감면(이하 '이 사건 임시특별세액감면'이라 한다)을 신청하여, 2006사업연도 귀속분 OOOO원, 2007사업연도 귀속분 OOOO원, 2008사업연도 귀속분 OOOO원, 2009사업연도 귀속분 OOOO원의 법인세를 감면받았다.

다. 대전지방국세청장은 2010. 8. 16.부터 2010. 9. 24.까지 원고에 대하여 법인세 정기조사를 실시한 후 그 조사 결과에 따라, ① 원고가 '주택의 연면적'을 기준으로 신고한 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목 소정의 주택신축판매법인이 양도한 '주택에 부수되는 토지'(이하 '이 사건 주택부수토지'라 한다)를 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제60조의2 제5항 제1호에 따라 '건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적'으로 제한한 다음, 이를 초과하는 면적에 관한 양도차익을 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목 금액(이하 '이 사건 감면대상과세표준'이라 한다)에서 공제하고(이하 이 부분의 당부를 '이 사건 제1쟁점'이라 한다), ② 원고가 본사 이전 후 카자흐스탄 현지에 설립한 자회사인 BBB Co Ltd AS에 건설 원자재를 수출하여 발생한 수익금액을 이 사건 감면대상과세표준에서 제외하며(이하 이 부분의 당부를 '이 사건 제2쟁점'이라 한다), ③ 2009사업연도 이 사건 임시특별세액감면과 관련하여 2009사업연도의 과세표준에 피합병법인 결손금이 포함된 금액을 기준으로 산정한 2009사업연도의 이 사건 감면대상과세표준을 2009사업연도의 과세표준을 상한으로 하여 절삭하는(이하 이 부분의 당부를 '이 사건 제3쟁점'이라 한다) 등의 조정을 거쳐, 아래 <표1>기재와 같이 이 사건 임시특별세액감면액을 다시 산정하고, 이를 기초로 아래 <표2>기재와 같이 2006~2009사업연도 각 법인세액을 산정하여, 피고에게 법인세 등 경정내역을 통보 하였다.

<표1 : 2006~2009사업연도 경정 감면세액 산정 내역> - 판결문 3~4쪽 참조

<표2 : 2006~2009사업연도 경정 법인세액 산정내역> - 판결문 4쪽 참조

라. 이에 따라 피고는 2011. 8. 1. 원고에 대하여, 2006사업연도 법인세 OOOO원, 2007사업연도 법인세 OOOO원, 2008사업연도 법인세 OOOO원, 2009사업연도 법인세 OOOO원을 경정 고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

마. 이에 불복하여 원고는 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2012. 11. 12. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적 주장

가) 이 사건 제1쟁점 관련

개정 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 것. 이하 '개정 조세특례제한법'이라 한다)은 부칙에 '종전 제63조의2 규정에 의한 감면요건을 충족하여 세제혜택을 받고 있는 법인에 대하여는 종전의 규정을 적용한다'는 내용의 경과규정을 두고 있었던 반면에, 개정 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정된 것. 이하 '개정 조세특례제한법 시행령'이라 한다)은 개정 과정에서 이 사건 주택부수토지에 관한 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항이 삭제되었음에도 부칙에 삭제된 규정에 관한 아무런 경과규정을 두고 있지 않았다. 따라서 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항이 경과규정 없이 폐지된 이후부터는 이 사건 주택부수토지의 산정에 있어 더 이상 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항이 적용될 수는 없고, 그 취지 및 규정내용이유사한 법인세법 시행령 제92조의2 제4항이 준용되어야 한다. 그런데 2006사업연도 귀속 법인세부터 적용되는 개정된 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정된 것. 이하 '개정 법인세법 시행령'이라 한다) 제92조의2 제4항은 '주택에 부수되는 토지'에 관하여 '건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적'과 '주택의 연면적' 중 넓은 면적을 인정해주도록 규정하고 있다. 따라서 원고가 개정 법인세법 시행령 92조의2 제4항에 따라 '주택의 연면적'과 '건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적' 중 넓은 면적에 해당하는 '주택의 연면적'을 이 사건 주택부수토지로 보고, 이를 기준으로 2006~2009사업연도 이 사건 임시특별세액감면액을 산정한 것은 정당하다. 그럼에도 피고는 폐지되어 이미 실효된 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항에 근거하여 원고가 신고한 이 사건 주택부수토지 중 '건물정착면적에 5배를 곱하여 산정한 면적'을 초과하는 부분을 인정하지 않았는바, 이는 위법하다.

나) 이 사건 제2쟁점 관련

피고는 이 사건 감면대상과세표준에 '본사 이전 후 신규로 개시한 업종에서 발생된 소득'은 포함되지 않는다고 주장하나, 법 규정에는 위와 같이 수입이 발생한 당해 업종의 개시 시점에 따라 감면을 제한하는 문언이 전혀 없으므로, 피고의 주장은 조세 법령의 문언해석의 범위를 넘어선 자의적인 축소해석에 불과하다. 따라서 피고가 법령의 근거 없이 본사 이전 후 신규로 개시한 업종에서 발생한 수입을 이 사건 감면대상 과세표준에서 제외한 것은 위법하다.

다) 이 사건 제3쟁점 관련

① 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항은 '소득'에 대하여 세액을 감면한다고 규정하고 있는 점, ② 법인세의 세액감면에 관한 규정인 법인세법 제59조 역시 일관되게 세액감면의 기준을 '소득'으로 규정하고 있는 점, ③ 법인세법 제59조 제2항은 감면되는 세액에 관하여 "감면되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액"이라고 규정하고 있는데, 과세표준을 기준으로 이 사건 감면대상과세표준을 산정할 경우, 이에 1보다 클 수 없는 일정한 비율을 곱하여 산정되는, 법인세법 제59조 제2항상 '감면되는 소득'이 과세표준의 100분의 100을 초과하는 경우가 발생하지 않게 되므로, 위 괄호 부분 규정이 무의미해지는 점, ④ 소득금액에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액 등이 공제된 과세표준을 기준으로 이 사건 임시특별세액감면액을 산정할 경우, 복수의 세액 감면제도 사이에 조세감면효과가 부당하게 상쇄되는 점, ⑤ '공장을 이전한 경우'에 관한 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제1호에서는 '소득'을 기준으로 감면대상과세표준을 산정하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목 소정의 '과세표준'은 오기에 불과하고, '과세표준'이 아닌 '소득금액'을 기준으로 이 사건 감면대상과세표준이 산정되어야 한다. 그럼에도 피고가 '소득금액'을 기준으로 정당하게 산정된 이 사건 감면대상과세표준을 '과세표준'을 상한으로 절삭하여 이 사건 감면대상 과세표준을 산정한 것은 위법하다.

2) 예비적 주장 - 이 사건 제1쟁점과 관련한 가산세의 위법

설령 이 사건 부과처분 중 제1쟁점과 관련한 본세 부분이 적법하다고 하더라도, 이 사건 제1쟁점과 관련한 부분은 세법 규정에 대한 해석이 불분명하여, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 데 정당한 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있는 경우라 할 것이므로, 적어도 이 사건 제1쟁점과 관련한 가산세 부분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 주위적 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

나) 이 사건 제1쟁점 관련 주장에 대하여

(1) 구 조세특례제한법 제63조의2 제1항 단서는 이 사건 임시특별세액감면 대상에서 제외되는 법인에 관하여 "대통령령이 정하는 부동산업과 소비성서비스업을 영위하는 법인"이라고 규정하고 있었다. 한편 이 사건 임시특별세액감면의 범위를 결정하는 이 사건 감면대상과세표준의 산정에 관하여 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목은 "당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익(주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다)을 차감한 금액"이라고 규정하고 있었고, 이와 관련된 시행령 규정인 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항 제1호는 "법 제63조의2 제2항 제2호 가목에서 '대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지'라 함은 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다"라고 규정하고 있었다. 그에 따라 법인은 원칙적으로 주택 및 주택에 부수되는 토지의 양도차익에 관하여 이 사건 임시특별세액감면을 받을 수 없으나, 주택 및 주택부수토지의 양도를 업으로 하는 주택신축판매법인의 경우에는 예외적으로 주택 및 '당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적 이내의 토지'에 관한 양도차익을 이 사건 감면대상과세표준에 산입하여 이 사건 임시특별세액감면을 받을 수 있었다.

그런데 개정 조세특례제한법 제63조의2 제1항 단서 규정에 이 사건 임시특별세액감면 제외대상으로 건설업이 포함되고, 감면 제외대상을 구체적으로 규정하는 개정 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제1항에도 제5호로 "건설업(소득세법 시행령 제32조의 규정에 의한 주택신축판매업을 포함한다)"이 추가되면서, 주택신축판매법인은 더 이상 이 사건 임시특별세액감면을 받을 수 없게 되었다. 이와 같이 주택신축판매법인이 이 사건 임시특별세액감면 대상에서 제외됨에 따라, 주택신축판매법인의 이 사건 임시특별세액감면에 관하여 규정하고 있던 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호의 괄호 부분과 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항 역시 각 삭제되었다. 다만 개정 조세특례제한법은 그 부칙 제38조 제2항에 "이 법 시행 당시 종전의 제63조의2의 규정에 의한 감면요건을 충족하여 세제혜택을 받고 있는 법인에 대하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다"는 경과규정을 둠으로써, 이 사건 임시특별세액감면을 받고 있던 기존 주택신축판매법인은 여전히 감면 혜택을 받을 수 있도록 하였고, 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득 중 일부도 법령 개정 이전과 같이 이 사건 감면대상과세표준에 포함시킬 수 있게끔 하였는데, 이와 관련하여 개정 조세특례제한법 시행령은 삭제된 구 시행령 제60조의2 제5항에 관한 별도의 명시적인 경과규정을 마련하지는 아니하였다.

(2) 살피건대, ① 법률이 그 법률의 위임에 따라 구체적인 사항을 정하는 시행령과 일체가 되어 하나의 법률효과를 발생시키는 구조하에서, 법률과 시행령이 동시에 개정되고, 개정된 법률이 기득권을 유지하는 경과규정을 두는 경우, 개정된 시행령에도 반드시 별도의 경과규정을 두어야 한다는 입법기술상의 원칙이 확립되어 있다고 볼 근거가 없는 점, ② 특히 이 사건에서와 같이 기존 시행령 규정이 아예 삭제되는 형태로 개정이 이루어지는 경우, 기존의 시행령과 개정된 시행령 간에 어떠한 시행령을 적용해야 하는지 여부에 관한 법령 해석상의 별다른 오인가능성이 없으므로, 개정된 시행령에 별도의 경과규정이 불필요하다고 볼 여지가 있는 점, ③ 개정 조세특례제한법 부칙 제38조 제2항의 '종전의 규정'에는 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2도 포함된다고 새기는 것이 충분히 가능할 뿐더러 또한 자연스러운 해석이라 할 것이고, 이와 같이 새기지 않을 경우에는 법률의 경과규정에 따라 세액감면의 법률상 근거가 잔존함에도 이를 구체화하는 시행령의 규정이 삭제되어 법률에 의한 세액감면을 받을 수 없는 불합리한 상황이 발생하는 점, ④ 원고가 준용할 수 있다고 주장하는 법인세법 시행령 제92조의2 제4항은 "법 제55조의2 제4항 제3호에서 '대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득'이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다"라고 규정하고 있는바, 법령의 문언상 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2와는 명백히 위임의 근거가 다른 점, ⑤ 또한 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호는 주택신축판매법인 일반에 적용되는 반면에 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2는 주택신축판매법인 중 '수도권 외 지역 이전 법인'에 한정되어 적용되는 등 규율 대상에 있어서도 차이를 보이는 점 등의 여러 사정을 앞서 본 관련 법리와 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제62조의2 제2항 제2호 가목에 규정된 「"대통령령"이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지」에 있어 "대통령령"은 2003. 12. 30. 개정 이후에도 여전히 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항을 의미하는 것으로 해석함이 상당하다고 할 것이다. 따라서 피고가, 원고가 신고한 이 사건 주택부수토지 중 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항 제1호에 따라 '건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적'만을 인정하고, 이를 초과하는 면적에 관한 양도차익을 이 사건 감면대상 과세표준에서 제외한 것은 정당하다. 이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 이 사건 제2쟁점 관련 주장에 대하여

구 조세특례제한법 제63조의2 제1항 본문은 "다음 각 호의 요건을 갖춘 법인은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다"라고 규정하면서, 제1호에서 "수도권 과밀억제권역 안에 5년 이상 계속하여 본사를 둔 법인일 것"이라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제2항은 "법 제63조의2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 1에 의한다"라고 규정하면서, 제2호에서 "본사를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 5년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역 안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것"이라고 규정하고 있다.

살피건대, ① 위 법령을 비롯한 이 사건 임시특별세액감면 관련 법령의 문언 어디에도 이 사건 감면대상과세표준의 대상이 되는 수입을 본사 이전 전부터 영위한 업종과 동일한 업종에서 발생한 것으로 한정하고 있다고 볼 근거가 없는 점, ② 피고는 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제2항 제2호를 그 주장의 근거로 내세우고 있으나, 위 규정은 '기간계산'에 관한 규정이면서, 한편으로 수도권에서 실질적으로 사업을 영위한 바 없음에도 이 사건 임시특별세액감면 혜택을 노리고 본사를 이전하는 형식만을 갖추는 경우를 규제하기 위한 규정일 뿐, 이를 '업종제한'에 관한 규정이라고 보기는 어려운 점, ③ 이 사건 임시특별세액감면의 취지는, 법인의 수도권 외 지역으로의 이전을 장려함으로써 수도권 외 지역의 고용 창출 및 경제 활성화를 도모하기 위함에 있다 할 것인데, 수도권 외 지역으로 본사를 이전한 법인이 이전 후에 새로운 영업을 개시하여 사업을 확장하고 추가적인 수입을 거두는 것이 이 사건 임시특별세액감면의 취지에 반하다고 보기는 어려운 점 등의 사정을 앞서 본 관련 법리와 종합하여 보면, 원고가 본사 이전 후 설립한 자회사에 건설원자재를 수출하여 발생한 대금수입도 이 사건 감면대상과세표준의 대상이 된다고 보아야 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

다) 이 사건 제3쟁점 관련 주장에 대하여

구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목은 이 사건 감면대상과세표준에 관하여 '당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익(주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다)을 차감한 금액'으로 규정하고 있다. 한편 법인세법 제13조는 과세표준이라는 표제 하에 "내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다"라고 규정하면서, 제1호에서 "각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액"을 규정하고 있다.

살피건대, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목은 이 사건 감면대상과세표준의 기준에 관하여 '당해 과세연도의 과세표준'으로 규정하고 있으므로, 앞서 본 관련 법리에 비추어 이 사건 감면대상과세표준은 특별한 사정이 없는 한 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목에 규정된 바와 같이 '당해 과세연도의 과세표준'을 기준으로 산정되어야 할 것이고, 여기서 '당해 과세연도의 과세표준'은 법인세법 제13조의 '과세표준'을 의미하는 외에 달리 해석할 여지가 없다고 할 것이다.

이에 대하여 원고는 여러 가지 사정을 들어 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목 소정의 '과세표준'은 단순한 오기에 불과하다고 주장하나, ① 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 및 법인세법 제59조의 규정 취지에 비추어 볼 때, 각 규정의 '소득'을 일률적으로 법인세법 제14조 제1항의 '각 사업연도 소득'을 의미하는 것이라 단정할 수는 없고, 이는 각 개별법령에서 규정하는 바에 따라 해석하여야 할 것인 점, ② 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항은 감면의 대상이 되는 '소득'에 관하여 "다음 각 호의 소득"이라고 규정하면서, 제2호에서 별도로 '소득'을 산정하는 방법을 규정하고 있으므로, 결과적으로 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항의 '소득'은 법인세법 제14조 제1항의 '각 사업연도 소득'과는 전혀 다른 개념인 것으로 보이는 점, ③ 법인세법 제14조의 '각 사업연도 소득'에는 '결손금', '비과세소득', '소득공제액' 등 비과세되는 항목들이 포함되어 있으므로, 이러한 '소득'을 기초로 이 사건 감면대상과세표준을 산정할 경우 과세 대상이 되지도 않은 항목까지 세액감면에 포함되는 결과가 발생하여 부당한 측면이 있는 점, ④ 납세자가 복수의 세액감면제도를 동시에 이용할 경우, 각각 개별적으로 세액감면을 받는 경우에 비하여 세액감면의 효과가 상쇄될 가능성이 있다고 하더라도, 여러 정책적 목적을 달성하기 위하여 복수의 세액감면제도를 어떻게 마련할 것인지 여부는 어디까지나 입법자에게 광범위한 입법형성권이 인정되는 영역이라 할 것이므로, 복수의 세액감면제도 사이에 상쇄효과가 발생한다 하여 이를 반드시 부당한 것이라고 보기 어려운 점, ⑤ '당해 과세연도의 과세표준'을 기초로 이 사건 감면대상과세표준을 산정할 경우, 법인세법 제59조 제2항이 적용되는 감면대상소득은 '당해 과세연도의 과세표준'을 초과할 수 없으므로, 결과적으로 법인세법 제59조 제2항에서 상정하고 있는 "100분의 100을 초과하는 경우"가 발생할 수 없음은 원고가 지적하는 바와 같으나, 법인세법 제59조 제2항은 이 사건 임시특별세액감면만을 염두에 둔 규정이 아닌 일반적인 법인세 감면세액 결정에 관한 규정인 점, ⑥ 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제1호의 '공장을 이전하는 경우'에는 '당해 과세연도의 과세표준'이 아닌 '소득'을 기준으로 하고 있기는 하나, '본사'를 이전한 경우와 '공장'을 이전한 경우는 이전의 형태 및 소득의 귀속 방식 등에 차이가 있으므로, 위 각 규정상의 차이를 합리적 이유 없는 차별이라고 단정하기도 곤란한 점 등에 비추어 보면, 원고가 들고 있는 사정만으로는 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목의 '당해 과세연도의 과세표준'을 두고 이를 '소득'의 오기라고 볼 수는 없다.

그러므로 원고가 법문과 달리 '당해 과세연도의 과세표준'에 피합병법인의 결손금이 포함된 금액을 기초로 이 사건 감면대상과세표준을 산정한 것은 잘못이라 할 것이고, 피고가 이와 같이 잘못 산정된 이 사건 감면대상과세표준을 '당해 과세연도의 과세표준'을 상한으로 절삭한 것은 나름의 합리적인 조치라고 할 것인바, 이러한 피고의 조치를 탓하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 예비적 주장에 관한 판단 - 이 사건 제1쟁점과 관련한 가산세 부분

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 이때 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 제1쟁점에 관하여 이미 살펴본 바에 비추어 보면, 원고가 이 사건 주택부수토지를 산정함에 있어 구 조세특례제한법 제60조의2 제5항을 적용하지 않고 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호를 적용한 것은 관련 경과규정에 관한 법률적 부지나 오해에 기인한 것이라고 봄이 상당한바, 이는 원고가 관련 가산세 납부를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 소결론

이상에서 살핀 것처럼, 원고의 주위적 주장 중 이 사건 제2쟁점에 관한 부분은 이유 있고, 원고의 나머지 주위적 및 예비적 주장은 이유 없는바, 그에 따라 제2쟁점과 관련한 원고의 주장을 받아들여 2006사업연도부터 2009사업연도까지 이 사건 임시특별세액감면액을 산정하면 아래 <표3>의 기재와 같은바(2009사업연도의 경우 이 사건 제2쟁점과 관련한 수입금액이 존재하나, 해당 금액을 이 사건 감면대상과세표준에 합산한다 하더라도 이는 피고가 상한으로 설정한 '당해 연도의 과세표준'에 미치지 못하므로, 결론적으로 이 사건 제2쟁점의 당부는 2009사업연도 이 사건 임시특별세액 감면액에는 영향을 미치지 아니한다), 이를 기초로 원고에 대한 2006~2009사업연도의 정당한 법인세액을 산정한 결과는 아래 <표4>의 기재와 같다.

<표3 : 2006~2009사업연도 정당한 임시특별감면세액 산정 내역>

- 판결문 15쪽 참조

산 참고 사항

<표4 : 2006~2009사업연도 정당한 법인세액 산정 내역> - 판결문 16쪽 참조

결국 피고가 2010. 8. 5. 이 사건 부과처분을 통하여 원고에게 고지한 2006사업연도 법인세 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2007사업연도 법인세 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2008사업연도 법인세 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

따라서 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.