조심-2010-대전청-3272(2014.01.13)

본점을 지방 이전한 주택신축판매업 법인의 양도차익 과세문제

지방으로 본점을 이전한 주택신축판매업 영위 법인이 신축 판매한 건물의 정착 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적만을 인정하고 초과하는 면적에 관한 양도차익을 감면대상 과세표준에서 제외하여 과세한 처분은 정당

구 조세특례제한법 제63조의2

2014구합101506 법인세부과처분취소

×××

○○세무서장

2014. 10. 2.

2014. 11. 20.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2005사업연도 귀속분 법인세 ○○○원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2, 7, 9호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 면, 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1991. 5. 25. 설립된 회사로 서울에 본사를 두고 주택건설업 등을 영위하다가, 2001. 12. 20. 본사를 원주시로 이전하였다.

나. 원고는 2005사업연도 귀속분 법인세를 신고하면서, 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것. 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제63조의2에 의한 임시특별세액감면(이하 '이 사건 임시특별세액감면'이라 한다)을 신청하였는데(이하 '이 사건 신청'이라 한다), 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목 소정의 주택신축판매법인이 양도한 '주택에 부수되는 토지(이하 '이 사건 주택부수토지'라 한다)'를 「주택의 연면적」을 기준으로 산정하여 법인세를 감면받았다.

다. 지방국세청장은 2010. 1. 20.부터 2010. 4. 1.까지 원고에 대하여 법인세 조사를 실시한 후 그 조사 결과에 따라, 원고가 '주택의 연면적'을 기준으로 신고한 이 사건 주택부수토지를 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제60조의2 제5항 제1호에 따라 「건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적」으로 제한한 다음, 이를 초과하는 면적에 관한 양도차익을 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목 금액(이하 '이 사건 감면대상과세표준'이라 한다)에서 공제하고, 2010. 6. 1. 원고에게 가산세 ○○○원을 포함하여 2005사업연도 법인세 ○○○원을 경정・고지하였다(이하 그중 아래 제1의 마항에서 보는 바와 같이, 지급명세서 미제출 가산세 부분을 제외한 나머지 ○○○원에 관한 부과처분을 '이 사건 부과처분' 이라 한다).

라. 이에 불복하여 원고는 2010. 8. 31. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2014. 1. 13. 2005 사업연도 법인세 중 지급명세서 미제출 가산세 부분을 제외한 나머지 부분은 기각되었다.

마. 그 후 피고는 2014. 1. 28. 위 조세심판원의 심판결정에 따라 지급명세서 미제출 가산세 부분 ○○○원을 환급 결정하여, 이 사건 소 제기 당시 남은 고지세액은○○○원이다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 주위적 주장

㈎ 구 재정경제부는 2001. 2. 28.자 예규(재조예 46019-36)를 통하여, 구 조세특례제한법 (2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 '2002년 시행 전 조세특례제한법'이라 한다) 제63조의 2에 의한 임시특별세액감면에 관하여,「주택신축판매업을 영위하는 법인이 2002년 시행 전 조세특례제한법 제63조의2 규정에 의하여 법인 본사를 지방으로 이전하는 경우, 각 사업연도 소득에 대한 법인세 감면을 계산함에 있어서 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제100조 제1항 제5호의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 주택의 양도에 따른 소득은 2002년 시행 전 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목 규정 중 당해연도 과세표준에서 차감하는 '토지 및 건물의 양도차익' 범위에서 제외되는 것」이라는 유권해석을 하였다. 이는 구 법인세법상 특별부가세의 입법취지와 2002년 시행 전 조세특례제한법 제63조의 제2항 제2호 가목이 '토지 및 건물의 양도차익'을 감면대상 소득에서 배제하도록 한 취지가 동일하다고 본 것이다. 위와 같은 예규에 의하여, 원고와 같이 주된 영업이익이 토지 및 건물의 판매에 따른 소득인 경우에도 2002년 시행 전 조세특례제한법 규정에 따른 과세 혜택을 받을 수 있음이 확인되었다.

한편, 법인세법 및 법인세법 시행령이 2006. 2. 9. 개정되었는데, 그 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정된 것, 이하 '개정 법인세법 시행령'이라 한다) 제92조의2 제4항 제4호 가목은 '주택에 부수되는 토지'에 관하여 '건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적'과 '주택의 연면적' 중 넓은 면적을 인정해주도록 규정하고 있다. 이에 대하여 구 재정경제부는 2006. 7. 11.자 예규(재재산-813)를 통하여 위 개정 법인세법 시행령 규정이 과거의 특별부가세에도 소급하여 적용이 된다는 취지로 유권해석 하였다.

따라서 재정경제부의 2001. 2. 28.자 예규(재조예 46019-36)와 소급적용을 규정한 2006. 7. 11.자 예규(재재산-813)를 종합하여 해석할 때, 개정 법인세법 시행령은 구 조세특례제한법 상 '토지 및 건물의 양도차익'의 범위 해석과 관련하여서도 소급하여 그대로 적용된다고 보아야 하고, 이러한 취지가 재정경제부의 예규를 통하여 공적으로 표명된 것으로 보아야 한다. 원고는 이를 신뢰하여 '주택의 연면적'과 '건물 정착면적 중 넓은면적'을 기준으로 하여 이 사건 신청을 하였고, 이에 관한 아무런 귀책사유가 존재하지 않으므로, 이와 다르게 한 이 사건 부과처분은 신뢰보호의 원칙에 위반되는 위법한 처분이다.

㈏ 또한 개정 법인세법 시행령은 과거의 불합리한 기준을 시정한 것이어서, 이를 소급적용하도록 한 것인데, 이를 특별부가세에 대하여만 적용하고, 본사 이전에 대한 법인세의 감면배제 기준에는 적용하지 않는 것은 공평의 원칙에 반하는 것이다.

⑵ 예비적 주장 - 가산세 부분

가사 이 사건 부과처분의 본세 부분이 적법하다고 하더라도, 이 사건 경우, 세법해석상 견해 대립이 생길 수 있는 경우인데, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목은 법인세 감면배제 대상 소득으로 '토지 및 건물의 양도차익'이라고만 규정하고 있을 뿐, 구체적인 범위에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 않으므로, 법인이 양도하는 토지 및건물에 관하여는 그 적용이 되지 않는 것으로 해석할 여지도 있는 점, 앞서 주장한 바와 같은 조세특례제한법 및 법인세법 해석에 관한 재정경제부 예규가 존재하는 점 등에 비추어볼 때, 원고가 자신에게 유리한 견해에 따라 법인세를 신고 납부한 것에 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 부과처분 중 적어도 가산세에 관한 부분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 「관계 법령」 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 주위적 주장에 대한 판단

㈎ 관련 법리

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

한편, 원고가 주장하는 신뢰보호의 원칙이라는 것은 신의칙 내지 금반언의 원칙이라고도 일컬어지는 법일반원칙으로서 이것이 본건과 같은 행정처분에 기하여 발생하는 조세법률관계에도 적용됨은 이론이 없다. 이러한 신의칙 내지 금반언의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것인바, 그 적용을 위하여는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, ②과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고, 그에 따라 행위를 하였을 것, ④ 과세관청이 위견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 등의 요건이 모두 충족되어야 한다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두9103 판결, 대법원1992. 4. 28. 선고 91누9848 판결 등 참조). 그리고 위 요건의 하나인 '과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였다'는 사실은, 납세자가 주장・입증하여야 한다(대법원 1992. 3. 31. 선고 91누9824 판결 참조).

㈏ 법인세법 및 법인세법 시행령이 준용되는지 여부

구 조세특례제한법 제63조의2 제1항 단서는 이 사건 임시특별세액감면 대상에서 제외되는 법인에 관하여 '대통령령이 정하는 부동산업과 소비성서비스업을 영위하는 법인'이라고 규정하고 있었다. 한편 이 사건 임시특별세액감면의 범위를 결정하는 이 사건 감면대상과세표준의 산정에 관하여 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목은 「당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익(주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다)을 차감한 금액」이라고 규정하고 있었고, 이와 관련된 시행령 규정인 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항 제1호는 「법 제63조의2 제2항 제2호 가목에서 '대통령령이정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지'라 함은 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다」라고 규정하고 있었다. 그에 따라 법인은 원칙적으로 주택 및 주택에 부수되는 토지의 양도차익에 관하여 이 사건 임시특별세액감면을 받을 수 없으나, 주택 및 주택부수토지의 양도를 업으로 하는 주택신축판매법인의 경우에는 예외적으로 주택 및 '당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적이내의 토지'에 관한 양도차익을 이 사건 감면대상과세표준에 산입하여 이 사건 임시특별세액감면을 받을 수 있었다(조세특례제한법이 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되면서 제62조의2 제2항 제2호 가목에서 감면배제 제외였던 '주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을제외한다'는 부분이 삭제되었으나, 부칙에 '종전 제63조의 2 규정에 의한 감면요건을 충족하여 세제혜택을 받고 있는 법인에 대하여는 종전을 규정을 적용한다'는 경과규정 을 두어 원고의 경우 구 조세특례제한법이 적용된다).

한편, ① 원고가 구 조세특례제한법 제63조의2에서 규정한 '대통령령'에 준용할 수 있다는 취지로 주장하는 개정 법인세법 시행령 제92조의2 제4항은 「법 제55조의2 제4항 제3호에서 '대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득'이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다」라고 규정하고 있는바, 법령의 문언상 「법 제63조의2 제2항 제2호 가목에서 '대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지'라 함은 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 다음 각호의 지역별 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다」고 규정한 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2와는 명백히 위임의 근거가 다르고, ② 위 개정 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 규정은 법인이 비사업용 주택과 그 부수토지를 양도하는 경우 양도소득의 일정 비율에 상당하는 금액을 법인세로 추가과세하되 주택을 신축하여 판매하는 법인이 양도하는 일정 면적한도 내의 주택 및 그 부수토지에 대하여는 법인세 추가과세 대상에서 제외한다는 법인의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례규정으로, 수도권 외 지역 이전 법인의 감면대상 과세표준에 대한 규정인 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항과 그 성격과 목적이 다르며, ③ 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호는 주택신축판매법인 일반에 적용되는 반면에 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2는 주택신축판매법인 중 수도권 외 지역 이전 법인에 한정되어 적용되어 규율 대상에 있어서도 차이가 있는 등 이 사건 대통령령에 법인세법 시행령 제92조의2 제4항을 준용하는 것은 적절하지 않고, 이와 같이 그 목적과 성격이 다른 두 특례규정이 적용범위 내지 대상을 다르게 규정하고 있다고 하여, 그것만으로 이를 공평에 원칙에 반하는 것이라 할 수도 없다.

㈐ 과세관청의 견해표명이 있었는지 여부

원고는 적어도 과세관청이 구 조세특례제한법 제62조의2를 해석함에 있어 '개정 법인세법 시행령을 준용하는 것'으로 견해표명을 하였다고 주장하므로 이에 관하여 본다. 살피건대, 갑 제4호증의 기재에 의하면, 재정경제부는 2001. 2. 28.자 예규(재조 예 46019-36)를 통하여 「주택신축판매업을 영위하는 법인이 2002년 시행 전 조세특례제한법 제63조의2 규정에 의하여 법인 본사를 지방으로 이전하는 경우, 각 사업연도 소득에 대한 법인세 감면을 계산함에 있어서 구 법인세법 제100조 제1항 제5호의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 주택의 양도에 따른 소득은 2002년 시행 전 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목 규정중 당해연도 과세표준에서 차감하는 '토지 및 건물의 양도차익' 범위에서 제외되는 것」이라는 유권해석을 한 사실은 인정된다. 그러나 이는 감면배제 대상인 '토지 및 건물의 양도차익'에 '주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다'는 규정을 둔 구 조세특례제한법이 개정되기 전의 해석론이다. 그런데, 그 후 2001. 12. 29. 조세특례제한법이 개정되면서 제63조의2 제2항 제2호 가목에 '주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다'는 문구가 추가되었고, 구 주택법 시행령은 위 구 조세특례제한법의 위임을 받아, 「법 제63조의2 제2항 제2호 가목에서 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지 라 함은 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 5배(도시계획구역내의 토지) 이내의 토지를 말한다」고 규정함으로써 그 의미를 명확히 하였는바, 위와 같이 명확한 규정이 존재하는 상황에서도 그 규정이 존재하기 전의 해석론이 우선하여 적용된다고 보기는 어렵다(게다가 당시 구 법인세법 시행령은 특별부가세 비과세 대상에 대하여 구 조세특례제한법 시행령과 마찬가지로 '건물이 정착된 면적'을 기준으로 하고 있었을 뿐이다). 이후 법인세법 및 법인세법 시행령이 개정되면서 특별부가세 비과세에 관한 재정경제부 예규가 존재하기는 하지만, 앞서 본 바와 같이 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호와 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2는 그 위임규정, 성격과 목적, 적용범위가 다른 규정으로 법인세법 상 특별부가세에 관한 예규가 조세특례제한법 해석에 적용될 근거가 없고, 이를 구 조세특례제한법이 시행되기 이전의 예규와 연관지어 해석할 수도 없다. 위와 같은 점을 고려할 때, 원고가 주장하는 바와 같이 법인세법 내지 시행령의 변경・해석이 구 조세특례제한법 해석에 적용된다는 과세관청의 견해표명이 있었다고 볼 수는 없다.

㈑ 소결

따라서 피고가, 원고가 신고한 이 사건 주택부수토지 중 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항 제1호에 따라 '건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적'만을 인정하고, 이를 초과하는 면적에 관한 양도차익을 이 사건 감면대상과세표준에서 제외한 것은 정당하다고 할 것이다. 이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑵ 예비적 주장에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 이때 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 살펴본 바에 비추어 보면, 원고가 이 사건 주택부수토지를 산정함에 있어 구 조세특례제한법 제60조의2 제5항을 적용하지 않고 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호를 적용한 것은 관련 경과규정에 관한 법률적 부지나 오해에 기인한 것이라고 봄이 상당한바, 이는 원고가 관련 가산세 납부를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.