감심-2015-0657(2017.05.11)

정부출연연구기관의 기술료수입이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부

정부출연연구기관이 징수하는 기술료는 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역에 해당하지 않고, 실비로 공급하는 용역에도 해당하지 않음

부가가치세법시행령 45종교,자선,학술,구호 등의 공익목적단체가공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위

대전지방법원-2017-구합-104391(2018.11.01)

한국@@@@@@@

oo세무서장

2018.09.06.

2018.11.01.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 법인세 과세표준 경정처분과 별지2 목록 기

재 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률(이하 '과기출연기관법'이라 한다) 제8조 제1항에 따라 방송ㆍ통신, 미디어, SWㆍS콘텐츠, IT분야 등 과학기술분야의 연구를 주된 목적으로 설립된 정부출연연구기관이다.

나. 원고가 수행하는 사업은 연구개발비의 재원 등 사업의 성격에 따라 다음과 같이 구분되는데, 원고는 정부출연사업, 국가연구개발사업 및 수탁연구개발사업을 비수익사업으로, 기술료징수사업을 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업으로 구분하여 법인세를 신고하여 왔다.

다. 원고는 수익사업 및 비수익사업을 수행하면서 각 사업에서 발생하는 손익에 관하여 법인세법 제113조 제1항에 따른 구분경리를 하지 아니하였는데, 연구개발사업을 수행하는 과정에서 취득한 지식재산권 등의 출원ㆍ등록ㆍ유지ㆍ홍보 등에 관련된 비용(이하 '이 사건 비용'이라 한다)을 수익사업인 기술료징수사업에서 직접 발생하는 비용이라고 보아 수익사업의 개별손금으로 산입하여 2010년부터 2014년까지의 각 사업연도에 관한 법인세 과세표준을 신고하였다.

라. 또한 원고는 연구개발사업을 수행하는 과정에서 취득한 지식재산권 등을 연구개발사업 등의 참여기관 또는 제3자에게 실시하고(사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수출, 이하 '이 사건 실시용역'이라 한다) 그에 대한 대가로 참여기관 또는 제3자로부터 기술료를 징수하였고, 수탁연구개발사업으로 민간업체에 원고의 사업수행 범위 내에서 발생하는 검사, 시험, 장비사용, 기술지도 등 용역 및 기술지원업무를 제공하고(이하 '이 사건 기술지원용역'이라 하고, 이 사건 실시용역과 통칭하여 '이 사건 용역'이라 한다) 민간업체로부터 그에 대한 대가로 수수료를 징수하였는데(이하 위 기술료와 수수료를 '이 사건 기술료 등'이라 한다), 이 사건 기술료 등이 부가가치세 면제 대상이라고 보아 위 금액에 대하여 피고에게 매출ㆍ매입처별계산서합계표만을 제출하고, 2008년 제1기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세를 납부하지 아니하였다.

마. 그런데 대전지방국세청은 감사원으로부터 '관내 정부출연연구기관으로부터 기술을 이전하거나 사용하게 하고 그 대가로 받은 기술료 수입에 대하여 부가가치세법 제57조 제1항의 규정에 따라 부가가치세를 과세하는 방안을 마련하라'는 통보를 받고, 2015. 6. 9.부터 2015. 7. 23.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시한 후, 피고에게 ① 이 사건 기술료 등에 대하여 부가가치세를 과세하고, ② 이 사건 비용을 고유목적사업인 연구개발사업과 수익사업인 기술료징수사업에 공통으로 관련된 공통손금으로 보아 매출원가를 재계산하여 법인세 과세표준을 경정할 것'을 통보하였다.

바. 이에 따라 피고는 원고에 대하여 2015. 7. 24. 2010년 내지 2014년 귀속 법인세 과세표준을 '-52,268,752,299원'에서 '-11,486,749,737원'으로 경정하고(이하 이 사건 과세표준 경정처분'이라 한다), 2015. 7. 24. 및 2015. 8. 5. 별지2 목록 기재와 같이 2008년 제1기분부터 2014년 제2기분까지의 각 부가가치세(국세기본법상 무신고 및 납부불성실 가산세, 부가가치세법상 세금계산서 미발급 가산세 등 포함)를 부과하였다(이하 '이 사건 각 부가가치세 부과처분'이라 하고, 위 각 처분을 통칭하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

사. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2017. 4. 27. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거: 일부 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 18 내지 20호증(가지번호 있는 것은각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4, 7호증의 각 기재]

2. 원고의 주장 요지

가. 이 사건 과세표준 경정처분에 관하여

이 사건 비용은 연구개발성과를 실시하는 과정에서 직접적으로 소요되는 비용으로서 원고의 수익사업인 기술료징수사업에 귀속되는 개별손금에 해당한다. 따라서 공통손금에 해당한다는 전제에서 이루어진 위 처분은 위법하다.

나. 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 관하여

(1) 부가가치세 면제 주장

㈎ 이 사건 용역은 '학술(기술)연구단체가 학술(기술)연구와 관련하여 공급하는 용역'이므로 부가가치세법 제26조 제1항 제18호, 구 부가가치세법 시행령 제45조 제2호에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다.

㈏ 또한 이 사건 용역은 '주무관청의 허가를 받아 설립된 학술연구단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역'에 해당하므로 부가가치세법 제26조 제1항 제18호, 구 부가가치세법 시행령 제45조 제1호에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다.

(2) 신의성실 원칙 위배 주장

과세관청이 정부출연연구기관에게 '연구개발성과로 취득한 지식재산권 등을 이전ㆍ 대여하고 받는 기술료는 학술(기술)연구단체가 학술(기술)연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역에 해당하여 면제된다'는 공적 견해표명을 하였고, 원고가 설립된 이래 약 40년 간 이 사건 기술료 등에 관하여 문제 삼은 적이 없으므로 비과세관행에 의한 공적 견해표명도 있었다고 보아야 한다. 원고가 이를 신뢰한 데에 귀책사유도 없으므로, 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 신의성실 원칙에 위배되어 위법하다.

(3) 5년의 부과제척기간 경과 주장

원고는 부가가치세 면세사업자로서 과세표준신고서를 제출할 의무를 부담하지 않고, 매입처별ㆍ매출처별계산서합계표를 모두 제출함으로써 부가가치세법상 납세협력의무를 모두 이행하였으므로, 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호(부과제척기간 7년)가 아닌 같은 항 제3호(부과제척기간 5년)가 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 5년의 부과제척기간이 경과한 후에 이루어진 부분은 위법하다.

(4) 가산세 부과처분 부분의 위법 주장

㈎ 이 사건의 경우 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 경우로서 정당한 사유가 인정되므로 가산세가 면제되어야 한다.

㈏ 원고는 법정신고기한까지 부가가치세법에서 정한 과세표준신고를 하였으므로 무신고 가산세 부과처분 부분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지3 관계 법령의 기재와 같다.

4. 이 사건 과세표준 경정처분의 위법 여부에 대한 판단

가. 관련 법리

법인세법 제113조는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하도록 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 본문은 비영리법인이 법인세법 제113조 제1항에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 일정한 기준에 의하여 구분계산하도록 규정하고 있는바, 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금으로서 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업의 회계에 구분하여 경리하여야 하고, 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리의 필요 없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산하여야 한다. 그리고 이러한 법리는 비영리법인이 수익사업을 함에 있어서 위와 같은 회계원칙을 지키지 아니한 경우에도 동일하게 적용되어야 한다.

나. 판단

앞서 인정한 사실관계와 관련 규정의 문언ㆍ취지ㆍ체계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 비용은 수익사업과 비수익사업 중 어느 사업과 관련하여 발생된 비용인지가 불분명한 비용(공통손금)에 해당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 과학기술기본법 제11조의3 제1항과 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(이하 '국가연구개발사업관리규정'이라 한다) 제20조 제1항 및 제2항에 의하면 원칙적으로 국가연구개발사업의 수행과정에서 얻어지는 유형적 성과(연구기자재, 연구시설ㆍ장비, 시작품 및 연구노트 등)는 협약으로 정하는 바에 따라 주관연구기관의 소유로 하고, 무형적 성과(지식재산권, 연구보고서의 판권 등)는 협약에서 정하는 바에 따라 이를 개발한 연구기관의 단독 또는 공동 소유로 한다고 정하고 있다. 따라서 특별히 협약에서 달리 정하지 않는 한 원고가 주관연구기관으로서 수행한 국가연구개발사업에서 창출된 연구개발성과는 원고의 소유로 된다.

② 국가연구개발사업관리규정 제12조 제5항 [별표2]는 중앙행정기관의 장이 지급하는 연구개발비의 비목을 직접비와 간접비로 구분하면서, 각 비목별 계상기준을 정하고 있는데, '해당 연도에 연구기관에서 수행하는 국가연구개발사업과 관련된 지식재산권의 출원ㆍ등록ㆍ유지 등에 필요한 모든 경비'는 위 연구개발비의 간접비 중 '성과활용지원비'에 계상하여야 하는 것으로 규정하여, 연구개발사업에 지출되는 비용임을 전제로 규정하고 있다.

③ 연구개발사업을 수행하여 연구개발성과가 창출된 경우에만 지식재산권 등의 출원ㆍ등록과 유지ㆍ홍보 등의 관리가 이루어지므로, 이와 같이 출원ㆍ등록된 지식재산권은 연구개발사업의 결과물이라고 보아야 하고, 지식재산권 등의 출원ㆍ등록과 유지ㆍ홍보 등의 관리에 관한 이 사건 비용이 비수익사업인 연구개발사업과 무관한 것으로 볼 수는 없다.

다. 소결론

따라서 이 사건 과세표준 경정처분이 위법하다고 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

5. 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 위법 여부에 대한 판단

가. 부가가치세 면제 주장에 관하여

(1) 학술(기술)연구단체가 학술(기술)연구와 관련하여 공급하는 용역으로서 면제되는지 여부(구 부가가치세법 시행령 제45조 제2호)

㈎ 부가가치세법 제26조 제1항 제18호[이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 2008년 제1기부터 2013년 제1기 귀속분에 대하여는 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제18호가 적용되나, 현행 부가가치세법 제26조 제1항 제18호가 이와 동일한 내용을 규정하고 있으므로 현행 법률만을 표기한다]는 종교, 자선, 학술, 구호 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 규정하고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26071호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제2호는 '학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역'이 이에 해당한다고 규정하고 있다.

여기서 부가가치세가 면제되는 '학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역'의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정・보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두3913 판결 등 참조).

㈏ 먼저 이 사건 실시용역에 관하여 본다.

앞서 든 증거들 및 갑 제15, 21 내지 23, 29 내지 31의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 연구개발사업을 수행하여 연구개발성과가 창출된 경우 지식재산권 등을 출원ㆍ등록하고, 그 이후에 비로소 제3자와 지식재산권 등의 실시 및 기술료 징수에 관하여 '기술이전계약'을 별도로 체결하는 사실, 원고가 지식재산권 등을 실시하는 상대방은 연구개발사업의 참여기관인 경우도 있으나, 위 사업에 참여하지 아니한 제3자인 경우도 있는 사실을 인정할 수 있다.

앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고는 과학기술분야의 연구를 주된 목적으로 설립된 정부출연연구기관으로서 '학술연구단체나 기술연구단체'에는 해당한다고 할 것이나, 앞서 본 바와 같이 원고는 연구개발사업과 기술료징수사업을 구분하여 법인세 신고를하고 있고, 연구개발사업 종료 후 기술료 징수와 관련하여 별도의 기술이전계약을 체결하고 있으며, 연구개발사업 참여기관과 지식재산권 등의 실시권자가 반드시 일치하지는 아니하므로, 이 사건 실시용역은 '연구개발을 수행하고 성과를 창출하여 이를 실시'하는 일련의 과정 전부를 의미하는 것이 아니라 이미 창출된 연구개발성과를 참여기관 또는 제3자에게 실시하는 부분에 국한된다고 보아야 하고, 따라서 이 사건 실시용역은 연구개발사업으로 창출된 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 단순히 이용하여 공급하는 용역이라고 보아야 한다.

결국 이 사건 실시용역은 '학술연구단체나 기술연구단체'가 공급하는 용역이기는 하나, 그 내용이 기존의 학술연구 결과를 이용하는 용역 이외에 기존 학술연구의 타당성을 검토하고 수정ㆍ보완하기 위한 것으로 보기 어려우므로, 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 볼 수 없다.

㈐ 다음으로 이 사건 기술지원용역에 관하여 본다.

갑 제13, 27호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 기술지원용역에 관하여 적용되는 원고의 내부 규정인 '표준화 및 기타기술지원 요령'은 제34조에서 이 사건 기술지원용역의 종류로 기술지도 및 자문(제1호), 각종 검사, 시험, 검정, 인증 업무(제2호), 각종 장비, 시설 등 사용(제3호), 공정지원(제4호), 기구물의 설계, 제작 및 가공(제5호), 기타 기술지원업무(제6호)를 규정하고 있는 사실, 원고가 기술지원업무의 예시로 제출한 한국과학기술원의 공정지원 관련 기술지원신청서와 이에 대한 내부 승인서류에 의하면, 원고가 한국과학기술원이 요청한 공정을 완료하고 그 결과물을 인도하여 그 수수료를 받는 것을 내용으로 하는 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 기술지원용역은 원고가 새로운 학술 또는 기술을 개발하거나 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정・보완하고 그 결과를 보고하는 것이라기보다는 원고가 이미 보유한 인력, 기술 및 장비 등을 이용하여 용역의뢰기관이 필요로 하는 용역을 제공하는 것에 불과하므로, 부가가치세가 면제되는 '학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역에 해당하지 않는다.

㈑ 따라서 이 사건 용역이 부가가치세가 면제되는 '학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역에 해당한다는 원고의 주장은 이유없다.

(2) 주무관청의 허가를 받아 설립된 학술연구단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역에 해당하는지 여부(구 부가가치세법 시행령 제45조 제1호)

㈎ 부가가치세법 제26조 제1항 제18호의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제45조 제1호는 '주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역을 부가가치세 면제 대상으로 정하고 있다.

그리고 부가가치세법 시행규칙은 제34조에서 '기획재정부령으로 정하는 사업'이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다고 규정하고, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것) 제12조 제9호는 '법인세법 시행령 제36조 제 1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등이 운영하는 고유목적사업'을 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제1호 다목은 '정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체'를 규정하고 있다.

㈏ 살피건대, 갑 제24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 전신인 한국$$연구소, 한국@@연구소 및 한국!!연구소는 각 주무관청으로부터 재단법인 설립허가를 받아 설립된 기관인 사실, 구 전기통신기본법(1996. 12.30. 법률 제5219호로 개정되기 전의 것) 제15조의2에 의하여 위 각 연구소가 한국@@연구소로 통합된 후 구 전기통신기본법(1996. 12. 30. 법률 제5219호로 개정된 것)에 의하여 현재 원고의 명칭인 '한국@@연구원'으로 변경되었는데, 위와 같이 통합된 한국@@연구소 또한 민법 제32조의 규정에 따라 !!장관의 허가를 받아 설립된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고는 구 부가가치세법 시행령 제45조 제1호에서 정한 주무관청의 허가를 받아 설립된 학술연구단체에는 해당한다고 보아야 한다.

㈐ 그러나 앞서 인정한 사실관계와 앞서 든 증거들 및 갑 제9, 15, 21 내지 23, 29 내지 31호증, 을 제5호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 용역이 원고의 고유의 사업목적을 위하여 '실비'로 공급하는 용역에 해당 한다고 볼 수 없으므로, 결국 이 사건 용역은 구 부가가치세법 시행령 제45조 제1호에 따른 부가가치세 면제대상이 된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

① 원고의 내부규정인 구 연구관리요령(2008. 2. 20. 개정된 것, 갑 제30호증) 제86조에 의하면, 기술료의 총 규모는 해당기술 및 제품의 경제적 수명, 시장규모 등을 고려하여 결정하는 것을 원칙으로 하고(제1항), 제2항은 기술료 중 착수기본료는 별도로 정한 기준이 없으면 투입연구비의 범위 내에서 정하는 것을 원칙으로 하며(제2항), 매출정율사용료는 실시권자가 이전기술을 사용하여 제품을 생산 판매할 경우 매년 총매출액의 10% 범위 내에서 실시권자와 협의하여 결정한다고 정하고 있다(제3항). 그리고 원고의 기술료 산정기준(2013. 4. 16. 제정된 것, 갑 제31호증)은 기술료 산정방법을 '정액기술료 방식'(이전된 기술을 통한 매출에 관계없이 고정금액으로 기술료를 징 수하는 방식'과 '경상기술료 방식'(착수기본료 및 매출액의 일정 비율로 기술료를 징수하는 방식)으로 구분하고, 상용화 기술로서 빠른 시일 내에 제품화되어 매출발생이 예상되는 경우이거나 이전되는 기술로 인한 매출액 산정 및 확인이 용이한 기술 등의 경우에 경상기술료 방식이 적합하며, 경상기술료 방식으로 제안할 경우 정액기술료와 착수기본료 차액 이상의 매출정률사용료 징수가 기대되어야 하고, 정액기술료와 경상기술료의 등가관계에 관하여, 대기업의 경우 정액기술료방식은 투입연구비 기준 24%, 경상기술료방식은 '착수기본료(투입연구비 기준 10%) + 당해연도 매출 5%'로 규정하고 있으며, 이와 같은 기술료는 그 상대방 기업의 규모에 따라 달리 정하도록 정하고 있다.

그런데 ㉮ '실비'는 사전적으로 '실제로 드는 비용'을 의미하는데, 원고의 규정에 의하면 기술료의 총 규모는 해당기술 및 제품의 경제적 수명, 시장규모 등을 고려하여결정하는 것을 원칙으로 정하고 있을 뿐이어서, 기술료가 실제 투입되는 비용에 따라 산정되도록 정하고 있지 아니한 점, ㉯ 위와 같은 기술료 산정방식 중에서 경상기술료 (매출정률사용료)의 경우 매출액이 증가함에 따라 그에 상응하여 일정한 비율로 '실제 원고가 위 용역에 투입한 비용'이 증가한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 원고가 제시한 '정액기술료'와 '경상기술료'의 등가관계에 비추어 보면 정액기술료라고 하여 반드시 실제로 드는 비용을 반영한다고 볼 수도 없는 점 등을 종합하면, 원고가 징수하는 기술료가 실제 드는 비용이라고 보기 어렵다.

② 이 사건 용역은 연구개발사업으로 얻은 기존의 학술연구 또는 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역에 해당하므로, 연구개발용역 자체와는 그 내용이 구분된다.

이 사건 용역 중 이 사건 실시용역에 대한 기술료는 연구개발성과인 지식재산권 등을 상대방으로 하여금 일정기간 이용하게 하고 받은 대가일 뿐이고 그 지식재산권 등은 여전히 원고가 보유하므로 연구개발에 투입된 비용을 이 사건 용역에 실제 투입된 비용으로 볼 수 없고, 이러한 비용 중 기술료 수입에 직접 대응되는 부분을 특정할 수도 없다. 그리고 이 사건 기술지원용역에 대한 수수료의 경우에도 이 법원에 제출된 증거 만으로는 그 수수료가 재료비 등 실제 투입된 원가에 따라 산정된다고 보기도 어렵다.

③ 나아가 원고가 제출한 '기술료 징수ㆍ사용기준'(갑 제15호증) 제5조 제1항은 징수된 기술료 중 정부출연금 지분의 50% 이상을 연구자 및 발명자에게, 10% 이상을 기술이전 기여자에게 각각 보상금으로 지급하도록 정하고 있으므로, 이 점에 있어서도 기

술료가 원고가 투입한 비용의 수준에서 정해지는 것이라고 단정하기 어렵다.

나. 신의성실 원칙 위배 주장

(1) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2006. 5. 26. 선고 2003다18401 판결 등 참조).

그리고 국세기본법 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다. 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, !!지방국세청이 2012. 1. 27. 과기출연기관법에 따라 설립된 정부출연연구기관인 한국**연구원에 대하여 '정부출연연구기관이 연구성과로 취득한 지식재산권 등을 이전 또는 대여하고 받는 기술료는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역으로서 부가가치세 면제 대상에 해당한다'고 회신한 사실, 피고가 원고에 대하여 이 사건 각 부가가치세 부과처분 전까지 상당한 기간 이 사건 기술료 등에 관하여 부가가치세 과세를 하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제6호증의 기재에 의하여 인정된다.

그러나 한편 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 위와 같은 회신은 원고가 아닌 한국기계연구원에게 이루어진 것일 뿐만 아니라, 원고는 위 회신이 있기 이전부터 이 사건 기술료 등에 대한 부가가치세를 납부하지 아니하였던 점, ② 정부출연연구기관인 한국&&연구원은 2008년부터, 한국^^연구원은 2011년부터 기술료 수입에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부하였고, 이에 따라 &&연구원은 감사원 통보 대상에서도 제외된 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 과세관청의 공적인 견해표명이나 비과세관행이 있었다고 보기 어렵고, 설령 이를 공적 견해표명으로 보더라도, 원고가 이를 신뢰하여 부가가치세를 납부하지 않은 것이라고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 5년의 부과제척기간 경과 주장

(1) 국세기본법 제26조의2 제1항에 의하면, 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 부과제척기간은 7년이고(제2호), 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나(제1호) 부정행위로 일정한 요건에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우(제1호의2) 및 위 제2호에 해당하는 경우를 제외하고는 그 부과제척기간은 5년이 적용된다(제3호).

그리고 국세기본법 제2조 제14호는 과세표준이란 세법에 따라 직접적으로 세액산출의 기초가 되는 과세대상의 수량 또는 가액을 말한다고 규정하고, 제15호는 과세표준신고서란 국세의 과세표준과 국세의 납부 또는 환급에 필요한 사항을 적은 신고서를 말한다고 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 제48조, 제49조는 사업자는 예정신고기간 또는 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 그 예정신고기간 또는 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 정하고 있다. 또한 부가가치세법 제29조 제1항은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다고 규정하며, 같은 법 제37조는 과세표준을 기초로 납부세액 등을 계산하는 방법에 관하여 규정하고 있다.

(2) 원고가 피고에게 2008년 제1기부터 2014년 제2기에 대한 부가가치세 예정신고 또는 확정신고를 하지는 아니하였으나, 위 기간의 매출처ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 사실은 앞서 본 바와 같다.

그러나 국세기본법상 과세표준신고서는 과세표준뿐만 아니라 '국세의 납부 또는 환급에 필요한 사항'을 적은 신고서를 말하고, 부가가치세법 제48조, 제49조 및 부가가치세법 시행령 제90조, 제91조, 부가가치세법 시행규칙 제62조에 따른 예정신고와 확정신고는 각 과세기간에 대한 과세표준과 '납부세액 또는 환급세액'까지도 신고하여야 하는 것으로 규정하고 있으므로, 이와 같이 부가가치세 납부에 필요한 사항이 기재되지 아니한 매출처ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것만으로는 부가가치세법상 과세표준신고를 하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 가산세 부과처분 부분의 위법 주장

(1) 정당한 사유가 있는지 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고・납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지・착오 등도 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니

한다(대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두13002 판결).

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 나.(2)항에서 인정한 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 용역이 부가가치세 면제대상이라고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하고, 세법 해석상 견해의 대립으로 인하여 납세의무자의 의무이행을 기대할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(2) 과세표준신고를 하였는지 여부

앞서 본 바와 같이 원고가 매출처ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것만으로는 부가가치세법상 과세표준신고를 하였다고 볼 수 없으므로, 무신고 가산세 부분이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 소결론

따라서 이 사건 각 부가가치세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

6. 결론

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.