2016구합75531 양도소득세부과처분취소

망 A의 소송수계인

1. B

2. C

3. D

마포세무서장

2017. 6. 23.

2017. 9. 8.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

피고가 2015. 12. 2. 망 A에게 한 2010년 귀속 양도소득세 3,403,664,880원 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. A는 2010. 10. 7. E 주식회사(이하 'E'이라 한다) 주식 123,514주를 그 지주회사로 설립하는 F 주식회사(이하 'F'라 한다)에 현물출자하고 F 주식 360,734주를 취득하였다. 한편 A는 이전부터 F 주식 41,358주를 별도로 보유하고 있었다.

나. F는 2011년 초 및 2012년 초에 주식발행초과금을 자본에 전입하면서 각 무상증자를 실시하였고, 2012. 5. 14.에는 주당 액면가액을 2,500원에서 500원으로 변경하는 액면분할을 실시하였다. 위 무상증자 및 액면분할에 따라 A가 보유한 F 주식의 증가내역은 아래 표와 같다.

다. A는 2012. 9.경 자녀인 원고들에게 F 주식 2,217,515주 중 1,825,815주를 증여하였다. A는 위 현물출자 당시 E 주식의 양도차익에 관한 양도소득세에 관하여 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조의2 제1항에 따라 과세이연을 받았는데, 피고는 위와 같은 증여로 인하여 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항 제2호에서 정한 과세이연 중단사유가 발생하였다고 보아, 2015. 12. 2. A에게 아래와 같이 산정한 2010년 귀속 양도소득세 3,403,664,880원을 결정 ·고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다). [별지 '피고 계산방법' 참조]

① E 주식의 현물출자로 인한 과세이연금액 12,867,832,706원(다툼 없음)

= 양도가액 13,401,269,000원(E 123,514주×108,500원) - 취득가액 533,436,294원

② 증여주식 중 추징대상 E 주식과 관련된 F 주식 1,618,125주

= 증여주식 1,825,815주 - 기존주식(무상주 증가분 제외) 207,690주

(무상주는 E 주식 123,514주의 현물출자로 받은 F 주식 360,734주와 별도로 취득하였다고 보아 고려하지 않고, 증여주식 1,825,815주 중 기존에 보유한 F 주식 207,690주가 먼저 증여된 것으로 보아 이를 차감하여 산정함)

③ 추징금액 11,544,108,289원

라. A는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 3. 8. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 2016. 6. 24. 기각결정을 받았다. A는 2016. 1. 10. 사망하였고, 그 자녀인 원고들이 소송을 수계하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 개정 조세특례제한법 부칙 규정의 위헌 주장에 대하여

1) 원고들의 주장

구 조세특례제한법 제38조의2 제3항은 주식의 현물출자에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례의 과세이연 중단사유를 정하면서, 제2호에서 '양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식 교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우'를 들고 있었다. 그런데 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정된 조세특례제한법(시행일 2011. 1. 1. 이하 '개정 법률'이라 한다) 제38조의2 제3항은 과세이연 중단사유에 관하여 제3호를 삭제하고 제4호로 '지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자 등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자 등으로 취득한 주식을 처분하는 경우'라고 규정하여 '처분'에서 '상속 또는 증여'를 제외함으로써 '양도소득세의 과세이연을 받은 주주가 현물출자로 취득한 지주회사 주식을 증여하는 경우'를 과세이연 중단사유에서 제외하였다. 그러나 개정 법률 부칙(2010. 10. 27. 법률 제10406호) 제56조 제1항은 '이 법 시행 전에 이루어진 현물출자에 대하여는 제38조의2 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다'고 규정하고 있다.

이처럼 개정 법률 부칙 제56조 제1항은 개정 법률 시행 후에 지주회사 주식을 증여한 경우에 개정 법률 시행 전에 현물출자를 하고 과세이연을 받은 자와 시행 후에 현물출자를 하고 과세이연을 받은 자를 합리적 근거 없이 차별취급하고 있다. 따라서 개정 법률 부칙 제56조 제1항은 평등의 원칙에 위반되는 위헌무효의 규정이어서 이 사건에 적용될 수 없으므로, 이를 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 판단

현물출자를 통해 얻은 양도차익은 양도소득세의 과세대상이 됨이 원칙이다(소득세법 제4조 제1항 제3호, 제88조 제1호). 구 조세특례제한법 제38조의2 제1항은 지주회사의 설립이나 전환 등을 위하여 지주회사 등에 주식을 현물출자 하는 경우 주식의 양도차익에 대하여 한시적, 예외적으로 과세이연 혜택을 부여함으로써 지주회사 중심의 단순한 지배구조를 유도하여 기업 지배구조의 투명성을 확보하고 기업구조조정을 활성화하려는 취지에서 마련되었다. 이 규정은 지주회사 등에 주식을 출자하더라도 지주회사 등을 통하여 출자한 주식을 간접적으로 소유 · 지배한다는 사정을 포착한 것으로서, 지주회사 등의 주식이 증여 또는 상속되는 경우에는 기업구조조정 촉진이라는 목적이 상실되었을 뿐만 아니라 현물출자된 주식에 대한 간접적 소유 · 지배가 더 이상 존재하지 않으므로, 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항은 원칙으로 돌아가 기존에 과세이연된 양도차익을 과세하도록 정하고 있다(대법원 2015. 8. 13. 선고 2015두40569 판결 참조).

그런데 거주자가 현물출자를 통하여 취득한 지주회사 주식을 증여한 경우나 양도한 경우는 지주회사에 대한 간접적 소유 · 지배관계가 소멸한다는 점에서 동일하므로, 지주회사 주식을 양도한 경우에는 과세이연을 중단시키고 증여한 경우에만 과세이연의 혜택을 유지시킬 필요가 없을 뿐만 아니라, 증여의 경우에만 양도소득세 과세이연이라는 헤택을 유지시키게 되면 주식의 현물출자에 대한 과세이연제도가 오히려 납세의무를 회피하기 위한 수단이 될 수 있다. 개정 법률이 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항 제2호를 삭제하고 제38조의2 제3항 제4호를 새로 규정한 것은 '주식의 처분'에 '주식의 양도'뿐만 아니라 '주식의 증여'도 포함된다고 본 것으로 이해되고, 이러한 개정이 '주식의 증여'에 대하여만 더 이상 과세이연 중단사유로 삼지 않고자 한 것으로 보이지는 않는다(헌법재판소 2016. 5. 26. 선고 2015헌바176 결정 참조).

따라서 '양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식 교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여한 경우'에는 그 현물출자의 시기가 개정 법률 전이든 후이든 상관없이 모두 과세이연 중단사유에 해당하므로, 양자 간에 차별적 취급이 존재함을 전제로 한 원고들의 주장은 받아들일 수 없다.

나. 세액 산정의 오류 주장에 대하여

1) 당사자들의 주장

가) 원고들의 주장

피고는 추징대상 E 주식과 관련된 F 주식 수를 산정하면서 무상증자로 증가된 주식 수를 고려하지 아니하여 그 주식 수를 1,618,835주로, 추징금액을 11,544,108,289원으로 보았다. 그러나 무상주는 A가 E 주식을 현물출자하고 받은 F 주식 360,734주에 기초하여 받은 것이므로, 아래와 같이 추징대상 E 주식과 관련된 F 주식은 1,596,835주로 보아야 하고, 이 경우 추징금액은 10,333,137,530원이 된다. 따라서 이 사건 처분 중 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다. [별지 '원고들 계산방법' 참조]

또한 피고는 처분사유를 추가 · 변경한다는 주장도 하고 있으나, 기본적 사실관계가 달라 처분의 동일성을 벗어나기 때문에 허용될 수 없다.

① E 주식의 현물출자로 인한 과세이연금액 12,867,832,706원(다툼 없음)

= 양도가액 13,401,269,000원(E 123,514주×108,500원) - 취득가액 533,436,294원

② 증여주식 중 추징대상 E 주식과 관련된 F 주식 1,596,835주

= 증여주식 1,825,815주 - 기존주식(무상주 증가분 제외) 228,980주

(무상주는 E 주식 123,514주의 현물출자로 받은 F 주식 360,734주에 기초한 것으로 보아 같이 취급하고, 증여주식 1,825,815주 중 기존에 보유한 F 주식 228,980주가 먼저 증여된 것으로 보아 이를 차감하여 산정함)

③ 추징금액 10,333,137,530원

나) 피고의 주장

과세이연은 이미 과세요건이 모두 성립되었음을 전제로 그 납부를 일정기간 연기하였다가 과세이연 중단사유 발생 시에 사후적으로 과세하는 것이므로, F가 2011년 및 2012년에 무상증자한 부분을 고려할 것이 아니다. 즉, 과세이연금액 12,867,832,706원은 E 주식 123,514주의 현물출자로 받은 360,734주에 대한 것이므로 당초 과세이연 주식은 360,734주(= 액면분할한 1,803,670주)로 특정되었고, 사후의 무상증자 여부에 따라 달라지지 않는다.

설령 무상증자한 부분을 고려하여야 한다고 하더라도, 다음과 같이 처분사유의 추가 · 변경을 한다. 즉, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조의4 제1항 괄호규정에는 '현물출자 등으로 인하여 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다'고 되어 있는데, 이에 따르면 증여주식 1,825,815주은 그 전부가 추징대상에 해당하므로, 그중 일부만을 추징대상으로 본 이 사건 처분은 정당세액의 범위 내에 있기 때문에 적법하다.

2) 판단

가) 거주자가 현물출자로 받은 지주회사 주식을 가지고 있다가 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주를 교부받은 경우, 구 조세특례제한법 제38조의2 제1항이 과세이연의 대상으로 삼은 주식은 지주회사 등에 현물출자한 주식으로서 그에 직접 관계되는 주식은 당초 현물출자로 교부받은 지주회사 주식이고, 그 무상주는 현물출자로 교부받은 지주회사 주식과는 취득시기, 취득원인이나 취득가격 등을 달리한다.

그러나 위 증여는 현물출자로 직접 교부받은 주식, 당초부터 보유하던 주식 및 그 각각에 기초한 무상주 중 그 일부를 특정하여 이루어진 것이 아닌 점, 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주가 발행되더라도 주주의 입장에서는 원칙적으로 그가 가진 주식의 수만 늘어날 뿐이고 그가 보유하는 총 주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치에 차이가 없는 점(대법원 2013. 7. 25. 선고 2011두22358 판결 등 참조), 추징대상 주식은 거주자가 최종적으로 보유하는 지주회사 주식보유 비율을 토대로 역산하여 지주회사 등에 현물출자한 주식을 특정하는 문제인 점 등을 종합하여 보면, 거주자가 현물출자로 받은 지주회사 주식과 현물출자와 무관하게 보유하던 지주회사 주식을 가지고 있다가 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주를 교부받고 그 전체주식 중 일부를 증여함으로써 과세이연 중단사유가 발생한 경우, 과세이연 중단사유가 발생한 추징대상 주식 수는 현물출자로 직접 교부받은 주식과 당초부터 보유하던 주식에 비례하여 교부된 무상주를 고려하여 산정하여야 하고, 그 추징대상금액은 현물출자한 주식의 양도차익에다가 현물출자로 직접 교부받은 지주회사 주식과 그에 기초한 무상주 중 증여주식이 차지하는 비율을 곱하여 산정하여야 한다.

그리고 구 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제1항은 '현물출자 등으로 인하여 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다'고 규정하고 있기는 하다. 구 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제1항은 현물출자 등으로 취득한 지주회사 주식 중 일부를 양도한 경우 그 양도주식의 취득가액을 지주회사 주식의 취득가액(즉 현물출자한 주식의 양도가액과 같다)에서 과세이연금액을 뺀 금액(즉 현물출자한 주식의 취득가액과 같다)으로 보아 과세이연금액까지 포함하여 양도소득세를 과세하도록 하고, 제2항은 그 과세이연 중단사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 지주회사 주식에 관하여도 이와 마찬가지로 과세이연금액에 대하여 과세하도록 규정하고 있는데, 이는 과세이연 중단사유로서 지주회사 주식의 '양도'가 있을 경우의 과세방법을 정한 것이고, 지주회사 주식의 '증여'가 있을 경우의 과세방법을 정한 것은 아니다. 다만 과세실무는 지주회사 주식 중 일부만을 증여하는 경우에는 증여한 지주회사 주식 부분에 관한 과세이연금액만을 과세대상으로 삼을 뿐이고, 증여하지 않고 그대로 보유한 지주회사 주식 부분에 관하여는 과세의 계기로 삼고 있지 않은 것으로 보인다.

그러나 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항은 기업구조조정 촉진이라는 목적이 상실되고 현물출자된 주식에 대한 간접적 소유 · 지배가 더 이상 존재하지 않게 된 경우 기존에 과세이연된 부분을 과세하고자 하는 규정으로서 과세이연 중단사유만을 규정할 뿐 과세이연 중단범위를 정하고 있지 않으며, 지주회사 주식의 '양도의 경우에는 과세이연 중단사유가 발생한 경우 그 범위를 묻지 않고 과세이연금액 전체에 관하여 과세이연 중단사유가 발생한 것으로 보고 있으므로, 지주회사 주식의 '증여'의 경우에 실제로 '증여'된 부분에 한하여만 과세의 계기로 삼도록 한다고 하더라도 과세이연 중단의 범위는 '양도'의 경우와 궤를 맞추어 과세이연된 부분을 빨리 해소하는 방향으로 해석할 필요가 있다. 따라서 거주자가 현물출자로 받은 지주회사 주식과 현물출자와 무관하게 보유하던 지주회사 주식을 가지고 있다가 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주를 교부받고 그 전체주식 중 일부를 증여함으로써 과세이연 중단사유가 발생한 경우, 증여주식에서 현물출자와 무관하게 보유하던 지주회사 주식 및 그에 기초한 무상주가 먼저 증여된 것으로 볼 것이 아니라, 현물출자로 취득한 주식과 그에 기초한 무상주가 먼저 증여된 것으로 보아야 할 것이다.

한편 과세처분 취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결 시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환 · 변경할 수 있고(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조), 양도소득세의 경우에는 납세자, 세목 및 과세기간 등으로 과세처분의 동일성이 특정되는 조세이므로, 교환 · 변경한 처분사유가 당초의 처분사유와 기본적 사실관계를 같이 하여야만 처분의 동일성이 인정되는 것은 아니고 동일한 납세자에 관하여 같은 과세기간 내에 부과할 양도소득세의 사실관계에 관한 것이라면 원칙적으로 처분의 동일성을 인정할 수 있다.

나) 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, A가 증여한 F 주식 1,825,815주는 현물출자로 취득한 부분이 먼저 증여된 것으로 보아야 하는데, 무상증자와 액면분할을 고려할 경우 이는 현물출자로 취득한 주식 및 그에 기초한 무상주 합계 1,988,535주의 범위 내에 있으므로, 증여주식 중 추징대상 E 주식과 관련된 F 주식은 1,825,815주로 보아야 한다. 이 경우 추징금액은 아래와 같이 11,814,869,727원이 되고, 이는 이 사건 처분이 추징금액으로 삼은 11,544,108,289원을 초과하므로, 이 사건 처분은 정당한 세액의 범위 내에 있다.

① E 주식의 현물출자로 인한 과세이연금액 12,867,832,706원(다툼 없음)

= 양도가액 13,401,269,000원(E 123,514주×108,500원) - 취득가액 533,436,294원

② 증여주식 중 추징대상 E 주식과 관련된 F 주식 1,825,815주

(무상주는 E 주식 123,514주의 현물출자로 받은 F 주식 360,734주에 기초한 것으로 보아 같이 취급하고, 증여주식 1,825,815주는 현물출자로 받은 부분이 먼저 증여된 것으로 보아 1,988,535주의 범위 내에 있는 그 전부로 산정함)

③ 추징금액 11,814,869,727원

그리고 피고가 이 사건 소송 도중 내세운 새로운 처분사유는 동일한 납세자에 관하여 같은 과세기간 내에 부과할 양도소득세의 사실관계에 관한 것이므로, 처분의 동일성이 인정되는 범위 내의 처분사유 추가 · 변경에 해당하여 적법하다.

따라서 원고들의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

다. 신고불성실가산세의 위법 주장에 대하여

1) 원고들의 주장

구 조세특례제한법 제38조의2 제3항은 '과세이연 중단사유가 발생한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다'고 규정함으로써, 납부의무만을 규정하고 있지 신고의무를 규정하고 있지 않다. 또한 구 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제2항이 '그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다'고 규정한 것은 납부기한을 정한 것이므로, 이를 법률에서 정하지 않은 신고의무의 근거규정으로 볼 수 없다. 구 조세특례제한법 제38조의2 제1항에 따른 과세이연은 양도소득세를 일단 '비과세'하는 것이고, 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항에 따른 과세이연 중단사유가 발생하여 징수하는 것은 '추징처분'으로 보아야 하므로, 과세관청은 당초 과세이연된 세액과 이자 상당액 및 납부불성실가산세만을 부과할 수 있을 뿐이고, 신고의무를 전제로 한 신고불성실가산세를 부과할 수는 없다. 따라서 이 사건 처분 중 신고불성실가산세 부분은 위법하다.

2) 판단

가) 구 조세특례제한법은 조세의 비과세, 감면, 이월과세 또는 과세이연과 같은 과세특례에 관하여 사후에 과세특례를 부여하는 취지에 어긋나는 후발적 사유가 발생한 경우 이를 거두기 위한 세 가지의 규정형식을 마련하고 있다. 즉, 첫째는 '감면받은 세액상당액을 추징한다'(제86조, 제86조의2, 제87조, 제91조의9, 제104조의19, 제105조의2, 제106조의7, 제120조, 제121조의5 제2항과 제3항, 제121조의12, 제121조의20 등), 둘째는 '감면받은 세액에 상당하는 금액을 납부하여야 한다'(제12조의2, 제26조, 제30조의4, 제46조의2, 제69조) 또는 '감면받은 세액상당액에 이자상당액을 가산하여 납부하여야 한다'(제30조의2, 제33조, 제33조의2, 제34조, 제38조의2, 제39조, 제46조, 제63조, 제63조의2, 제66조, 제67조, 제77조, 제85조의6, 제94조, 제104조의15, 제121조의5 등), 셋째는 '감면한 세액을 가산하여 징수한다'(제40조)의 형식이 바로 그것이다. 특히 구 조세특례제한법 제121조의5는 '외국인투자에 대한 감면세액의 추징'이라는 제목을 두고 외국인투자촉진법에 따라 등록이 말소된 경우와 같이 후발적 사유가 발생한 경우 제1항에서는 '소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다'고 규정하고, 제2항 및 제3항에서는 동일한 사유가 발생한 경우에도 '면제된 관세 · 개별소비세 및 부가가치세를 추징한다' 또는 '감면된 취득세 및 재산세를 추징한다'라고 각각 규정하고 있다.

지방세도 여러 가지 방법을 마련하고 있는데, 첫째는 비과세의 경우에는 부과[구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조용도구분에 의한 취득세 비과세 등] 또는 감면의 경우에는 추징, 둘째는 사후적 감면요건 불충족에 따른 부과(구 지방세법 제282조, 대법원 2013. 11. 28. 선고 2011두27551 판결 참조)1), 셋째는 '납부하여야 한다'(지방세특례제한법 제113조의2 등)는 형식으로 규정하고 있다. 아울러 지방세법 제20조 제3항(구 지방세법 제120조 제3항과 내용이 같다)은 '이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 되었을 때에는 그 사유발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에서 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다'고 규정하고 있다.

한편 대법원 2014. 2. 13. 선고 2013두19066 판결은 구 조세특례제한법 제63조 제2항2)과 관련하여 사후적 사유 발생에 따라 감면받은 세액을 납부하도록 한 규정은 추징규정에 해당하지만 수정신고에 의하여 세액이 확정되기 때문에 그 이행을 명하는 처분은 징수처분에 해당한다고 보았다.

조세의 비과세, 감면, 이월과세 또는 과세이연과 같은 과세특례에 관하여 사후관리가 필요한 경우 해당 규정이 부과, 납부, 징수 또는 추징이라는 표현을 쓰고 있지만 그 실질적인 성격은 모두 '추징규정'에 해당한다고 할 수 있다. 또한 해당 세목이 본래 신고납세 방식에 의하여 조세채무가 확정되는 경우라고 하더라도 사후관리 규정이 분명히 '추징한다'라고 규정하고 있으면 그것은 부과과세 방식인 '추징'에 의하여 조세채무가 확정된다고 보아야 한다. 그러나 해당 규정의 성격이 추징규정이라고 하더라도 반드시 그것이 부과과세 방식의 '추징처분'에 의하여서만 해당 조세가 확정되는 것으로 볼 수는 없다. 해당 규정이 '납부하여야 한다'고 규정하고 있더라도 납부는 구체적으로 확정된 조세채무의 만족을 위한 행위에 해당할 뿐이므로 이와는 별도로 조세채무의 확정이 있어야만 하는데, 납세자가 조세채무의 확정이 없는 상태에서 납부행위만을 할 수는 없으므로 위 규정은 과세관청의 추징을 기다리지 않고 신고와 함께 납부할 것을 요구하는 것으로 이해된다. 또한 구 조세특례제한법은 부과과세 방식의 '추징'이라는 별도의 표현을 사용한 규정을 마련하고 있으므로 '납부하여야 한다'라는 표현을 사용한 규정은 신고납부 방식에 따른 조세채무의 확정을 전제로 하고 있다고 보아야 한다. 만약 '납부하여야 한다'라는 표현을 사용한 규정이 부과과세 방식의 '추징'에 의하여 조세채무가 확정되는 것이라고 본다면 이에 관하여는 납세자의 '신고'에 의하여 조세채무가 확정될 수 없으므로, 위 대법원 2013두19066 판결이 수정신고의 대상이 될 수 있다고 본 것과 배치된다(국세의 경우에는 지방세법 제20조 제3항과 같이 추징대상의 경우 신고 · 납부할 수 있는 규정을 두고 있지 않다).

한편 구 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제2항은 '그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다'고 규정하고 있다. 과세이연금액과 그에 따른 양도소득세는 현물출자 당시의 과세기간에 귀속하고 과세이연금액 산출을 위한 법령도 현물출자 당시의 것을 적용하여야 하며 누진세율의 문제도 있으므로, 이 규정은 과세이연 중단사유가 발생한 과세기간의 양도소득 합산하여 하나의 양도소득세를 신고하라는 것이 아니라 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한 내에 현물출자 당시의 양도소득세와 과세이연 중단사유가 발생한 당시 양도소득세를 각각 별도의 신고서에 의하여 함께 신고할 것을 요구하는 규정으로 볼 수 있다. 토지거래허가구역 내에 있는 토지의 양도와 취득의 경우에도 법령적용의 기준시점과 귀속시기는 대금청산일 등이 되지만, 신고 · 납부는 토지거래계약허가가 이루어질 때부터 기산하도록 하고 있으므로(소득세법 제105조 제1항, 지방세법 제20조 제1항, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2012두16695 판결 참조), 귀속시기와 신고시기에 차이가 발생하는 것은 어색한 것이 아니다. 납세자가 현물출자 당시에 이미 적법하게 양도소득세 신고를 한 자라면 국세기본법 제45조에 따른 수정신고를 하면 되고, 양도소득세 신고를 하지 않은 자라면 구 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제2항에 따른 기한 내에 현물출자 당시의 과세기간에 관한 양도소득세와 과세이연 중단사유 발생일이 속하는 과세연도의 양도소득세를 각각 별도의 신고서에 의하여 함께 새로이 신고하면 된다.

이와 같이 구 조세특례제한법이 사후관리가 필요한 경우 '납부하여야 한다'는 규정 형식과 '추징한다'는 규정 형식을 각각 별도로 사용하고 있는 점, 세법의 규정체계가 '납부하여야 한다'는 규정은 자진신고를 전제한 것으로 보이고 구 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제2항도 그 신고기한을 정하고 있는 점, 위 대법원 2013두19066 판결도 '납부하여야 한다'라는 표현을 사용한 규정에 관하여 수정신고의 대상으로 본 점 등을 종합하여 보면, 과세이연 중단사유의 발생에 따른 세액의 납부에 관한 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항은 납부의무와 아울러 신고의무를 규정하고 있다고 보아야 하므로, 만약 납세자가 구 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제2항에서 정한 신고기한 내에 과세이연금액에 관한 양도소득세를 신고하지 않았다면 이는 신고불성실가산세의 적용대상이 된다고 할 것이다.

원고들이 들고 있는 대법원 2015. 8. 13. 선고 2015두40569 판결(정확히는 그 제1심 판결을 들고 있다)의 사안은, 구 조세특례제한법 제38조의2 제1항에 따라 양도소득세 과세이연을 받은 자가 공익법인에 지주회사 주식을 증여하였더라도 과세이연 중단사유에 해당한다고 판단한 것으로서, 신고불성실가산세의 부과 여부에 관하여 명시적으로 판단한 것이 아닐 뿐만 아니라 그 사실관계만으로는 신고불성실가산세를 부과하지 않은 것이 단순한 과세누락인지도 알 수 없으므로, 이 사건에서 원용하기에 적절하지 아니하다.

나) 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, A가 2010. 10. 7. E 주식을 지주회사로 설립하는 F에 현물출자하고 양도차익에 관한 과세이연을 받았다가 2012. 9.경 F 주식을 원고들에게 증여함으로써 과세이연 중단사유가 발생하였음에도 그 사유발생일이 속하는 2012년의 과세표준신고와 함께 2013. 5. 31.까지 신고 · 납부하지 아니하였으므로, 이는 신고불성실가산세의 적용대상이 된다.

따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없어 모두 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고들이 부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 하태흥

판사 박용근

판사 이정훈

1) 구 지방세법 제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다. 다만 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제228조(기업부설연구소) 법 제282조에서 '대통령령이 정하는 기업부설연구소'라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.

2) 구 조세특례제한법 제63조(수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면) ② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.