지주회사 현물출자에 따른 과세이연 받은 주주에게 신고의무 전제로 신고불성실 가산세 부과할 수 있는지 여부

과세이연을 받은 주주는 조세특례제한법 제38조의2 제3항에서 정한 과세이연 중단사유가 발생한 경우 과세를 이연받은 양도소득세를 납부할 의무를 부담하나 그 양도소득세에 대한 신고의무까지 있다고 보기 어려우므로, 과세관청은 위 신고의무를 전제로 하여 신고불성실가산세를 부과할 수 없음.

조세특례제한법제38조의2(주식현물출자과세특례)

2017누71361 양도소득세부과처분취소

임○○

○○세무서장

서울행정법원 2017. 9. 8. 선고 2016구합75531 판결

2017. 12. 8.

2018. 01. 19.

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2015. 12. 2. 망 임**에게 한 2010년 귀속 양도소득세 0000원의 부과처분 중 0000원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고들의 나머지 청구를 모두 기각한다.

2. 소송총비용 중 80%는 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2015. 12. 2. 망 임**에게 한 2010년 귀속 양도소득세 00000원의 부과처분을 취소한다.

1. 제1심 판결 이유의 인용

이 판결 이유는 제1심 판결 이유 중 아래와 같은 내용을 고치는 외에는 제1심 판결의 이유 중 제1, 2항과 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 2면 11행의 "41,358주"를 "41,538주"로 고친다.

○ 4면 표의 산출세액란의 "2,308,821,658"을 "2,308,821,657"로, 신고불성실란의"461,764,332"를 "461,764,331"로, 납부불성실란의 "633,078,899"를 "633,078,898"로, 합계란의 "3,403,664,888"을 "3,403,664,886(다만 10원 미만은 절사하여 3,403,664,880원이 부과되었다)"으로 각 고친다.

○ 4면 표 아래 2행의 "2016. 1. 10."을 "2016. 11. 10."로 고친다.

○ 4면 표 아래 7행부터 6면 14행까지 부분을 아래와 같이 고친다.

"가. 개정 조세특례제한법 부칙 규정의 위헌 주장에 대하여

1) 원고들의 주장

구 조세특례제한법 제38조의2 제3항은 주식의 현물출자 또는 교환・이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례의 과세이연 중단사유를 정하면서, '제1항 또는 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다'고 규정하고 있었다. 그런데 2010.12. 27. 법률 제10406호로 개정된 조세특례제한법(시행일 2011. 11. 1. 이하 '개정 법률'이라 한다) 제38조의2 제3항은 '내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사는 현물출자 또는 자기주식교환으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다.'고 규정하여 과세이연 중단사유가 발생한 경우 납부의 주체가 '주주'에서 '지주회사'로 변경되었다. 그러나 개정 법률 부칙 제56호 제1항은 '이 법 시행 전에 이루어진 현물출자에 대하여는 제38조의2 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다'고 규정하고 있어, 개정 법률 시행 후에 과세이연을 받은 주주를 계속 납부 주체가 되도록 규정하고 있다.

이처럼 개정 법률 부칙 제56조 제1항은 개정 법률 시행 전에 과세이연을 받은 자와 개정 법률 시행 후에 과세이연을 받은 자를 합리적 이유 없이 차별적으로 취급하고 있다. 따라서 개정 법률 부칙 제56조 제1항은 평등의 원칙에 위반되는 위헌무효의 규정이어서 이 사건에 적용될 수 없으므로, 이를 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 판단

가) 구 조세특례제한법 제38조의2 제1항은 '내국법인의 주주가 2012년 12월 31일까지 주식의 현물출자등에 따라 지주회사를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자등으로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자 등으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다'고 규정하고 있고, 개정 법률 제38조의2 제1항은 '내국법인의 내국인 주주가 2012년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 지주회사를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다'고 규정하고 있다. 또한 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제1항은 '내국법인의 거주자등이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사에 현물출자하는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(주식과세이연금액)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사의 주식의 양도에 대하여는 지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.'고 규정하고 있고,개정 후 시행령 제35조의4 제1항은 '내국법인의 주주인 거주자등이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사에 현물출자하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(주식과세이연금액)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사의 주식의 양도에 대하여는 지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.'고 규정하고 있다.

나) 위와 같은 법률 및 시행령 규정에 비추어 보면, 개정 법률이 적용되는 경우에도 현물출자를 하고 과세이연을 받은 주주는 지주회사 주식에 대한 증여 등의 처분에 의해 양도차익이 발생한 경우 양도소득세를 납부할 의무가 있다고 봄이 타당하다. 따라서 개정 법률 부칙이 개정 법률 시행 전에 과세이연을 받은 주주와 개정 법률 시행 후에 과세이연을 받은 주주를 차별적으로 취급한다고 보기 어려우므로, 이와 다른 전제에 서 있는 원고들의 주장은 이유 없다."

○ 6면 19행의 "1,618,835주"를 "1,618,125주"로 고친다.

○ 12면 표 아래 5행의 "적법하다."를 "적법하고, 위 새로운 처분사유가 조세법률주의 원칙에 위배된다고 보기 어렵다."로 고친다.

○ 13면 4행부터 17면 12행까지 부분을 아래와 같이 고친다.

"가) 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 과세이연을 받은 주주는 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항에서 정한 과세이연 중단사유가 발생한 경우 과세를 이연받은 양도소득세를 납부할 의무를 부담하나 그 양도소득세에 대한 신고의무까지 있다고 보기 어려우므로, 과세관청은 위 신고의무를 전제로 하여 신고불성실가산세를 부과할 수 없다.

① 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이고(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 참조), 국세기본법 제47조의2 제1항은 '납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우 산출세액등의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다'고 규정하고 있다. 또한 헌법 제37조 제2항, 제38조, 제59조, 제75조에 비추어 보면, 국민에게 납세의 의무를 부과하기 위해서는 조세의 종목과 세율 등 납세의무에 관한 기본적, 본질적 사항은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로 규정하여야 하고, 법률의 위임 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등 납세의무에 관한 기본적, 본질적 사항을 규정하는 것은 헌법이 정한 조세법률주의 원칙에 위배된다. 특히 법인세, 종합소득세와 같이 납세의무자에게 조세의 납부의무 뿐만 아니라 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고하여야 하는 의무까지 부과하는 경우에는 신고의무 이행에 필요한 기본적인 사항과 신고의무불이행 시 납세의무자가 입게 될 불이익 등은 납세의무를 구성하는 기본적, 본질적 내용으로서 법률로 정하여야 한다(대법원 2015. 8. 20. 선고 2012두23808 전원합의체 판결 참조).

따라서 납세의무자에게 신고불성실가산세를 부과하기 위해서는 조세법률주의 원칙에 따라 법률에 명문으로 신고의무가 규정되어 있어야 한다.1)

② 그런데 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항은 '양도소득세의 과세를 이연받은 주주는 과세이연 중단사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다.'고, 제5항은 '제1항부터 제4항까지의 규정

1) 예컨대 지방세법 제20조 제3항의 경우 '이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과

세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세

표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여 한다'고

규정하여 비과세, 과세면제 또는 경감을 받은 후 추징 대상 등이 되었을 때의 신고의무를 명확히 하였다.

을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.'고 각 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제2항은 '거주자등은 법 제38조의2 제3항의 과세이연 중단사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액 중 해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 당시의 소득세법 제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다'고 규정하고 있다.

위와 같은 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항, 제5항은 그 문언상 과세이연 중단 사유가 발생한 경우 이연받은 양도소득세를 납부할 의무를 규정한 것일 뿐, 당연히 그 신고의무까지 포함된 것이라고 해석할 수 없고, 원고들과 같은 납세의무자의 입장에서볼 때 위 조항들에 따라 신고의무가 있다고 예상하기도 어렵다.

결국 위 시행령 규정은 모법의 위임에 따라 양도소득세 납부의무에 관하여 구체적인 추징세액 산정방법과 그 추징세액의 납부절차를 규정한 것이지 그 추징세액의 신고의무까지 규정한 것으로 볼 수는 없다. 만약 위 시행령 규정을 신고의무의 근거규정이라고 해석한다면 위 시행령 규정은 모법에서 규정하지 아니한 신고의무를 창설한 것으로 위임의 한계를 벗어나 과세요건법정주의 내지 포괄위임금지원칙에 반하게 된다.

③ 조세의 비과세, 감면, 이월과세 또는 과세이연과 같은 과세특례에 관하여 사후관리가 필요한 경우 해당 규정이 부과, 납부, 징수 또는 추징이라는 여러 표현을 쓰고 있지만 그 실질적인 성격은 '추징규정'에 해당한다고 봄이 상당하므로, 구 조세특례제한법 제38조의2 제3항이 '납부하여야 한다.'라는 표현을 사용하였다는 이유로 신고납부방식에 따른 조세채무의 확정을 전제로 하고 있다고 쉽게 단정해서는 안 된다.

④ 피고가 들고 있는 대법원 2014. 2. 13. 선고 2013두19066 판결은 구 조세특례제한법 제63조 제2항2)과 관련하여 과세당국의 법인세 수정신고 안내에 따라 납세자의 수정신고가 있었던 경우로서, 이 사건과는 법률 규정 및 사안이 달라 원용하기에 적절하지 않다.

나) 따라서 이 사건 처분 중 신고불성실가산세 0000원 부분은 위법하므로, 이 사건 처분 중 정당세액인 0000원(= 0000원 - 0000원)을 초과하는 부분은 취소되어야 한다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다."

2. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 원고들의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

2) 구 조세특례제한법 제63조(수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면) ② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.