상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 관하여

가. 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제38조의2 제1항 및 제2항은 내국인이 주식을 현물출자하여 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(이하 ’지주회사‘라 한다)를 설립하거나 지주회사로 전환한 내국법인(이하 ’전환지주회사‘라 한다)에 주식을 현물출자하는 등의 경우 그 현물출자 등으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사(이하 ’지주회사 등‘이라 한다)의 주식의 가액 중 현물출자 등으로 인하여 발생한 주식의 양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 등에 대하여는 그 내국인이 지주회사 등의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있도록 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제2호(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)는 ‘양도소득세의 과세를 이연받은 거주자가 현물출자 등으로 인하여 취득한 지주회사 등의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우’에는 과세를 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다고 규정하고 있다.

나. 원심은 채택 증거를 종합하여, ① B그룹의 회장인 원고가 B그룹을 지주회사 체제로 전환하기 위해 2001. 7. 2. 지주회사인 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다)를 설립한 다음, D에 주식회사 E의 주식 3,827,262주, 주식회사 F의 주식 15,000주를 각 현물출자하고, D로부터 D의 주식 2,862,861주를 교부받은 사실, ② 원고는 구 조특법 제38조의2 제1항 및 제2항에 따라 위와 같은 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세의 과세를 이연받은 사실, ③ 그 후 원고는 2009. 5. 8. 자신이 이사장으로 있는 공익법인인 재단법인 G 이하 '이...