서울고등법원2009누6812 (2009.09.03)

조심2006서2547 (2006.12.13)

폭탄업체를 거친 금지금 수출업자의 매입세액은 신의성실원칙에 반하여 공제할 수 없음

금지금 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 거래한 경우에 수출업자가 매입세액의 공제ㆍ환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없다 할 것이므로 이는 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없음

국세기본법 제15조

2011누18061 부가가치세부과처분등취소

주식회사 AA금은

종로세무서장

서울행정법원 2009. 2. 10. 선고 2007구합10976 판결

2011. 9. 20.

2011. 10. 25.

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2005. 10. 10. 원고에 대하여 한,

(1) 2003년 제1기분 부가가치세 29,949,480원의 부과처분,

(2) 2003년 제2기분 부가가치세 2,376,349,204원의 부과처분 중 630,830,834원을 초과하는 부분,

(3) 2004년 제1기분 부가가치세 4,727,311,945원의 부과처분 중 2,379,151,619원을 초과하는 부분,

(4) 2004년 제2기분 부가가치세 343,612,111원의 부과처분 중 110,716,136원을 초과하는 부분을

각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송총비용 중 40%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2005. 10. 10. 원고에 대하여 한 부가가치세 2003년 제1기분 29,949,480원, 2003년 제2기분 2,376,349,204원, 2004년 제1기분 4,727,311,945원, 2004년 제2기분 343,612,111원의 부과처분과 2004년 제2기분 부가가치세 936,498,683원의 환급거부 처분을 모두 취소한다(원고는 당심에서 2004년 제2기분 부가가치세 환급거부처분을 제외한 나머지 부과처분에 관하여 피고의 감액경정처분에 따라 그 취소청구금액을 감축하는 것으로 변경하였다).

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 부과처분 등의 경위

가. 원고는 2003.6. 5. 지금ㆍ지은 제조 및 도소매업, 귀금속ㆍ장신구 제조 및 도소매업, 무역업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 원고는 2003년 제1기 내지 2004년 제271 부가가치세 신고를 하면서 [별지 1] 기 재 매입처(이하 '이 사건 거래처'라 한다)로부터 수취한 합계 71,063,508,950원 상당의 금지금(金地金) 매입세금계산서(이하 각 세금계산서를 '이 사건 세금계산서'라 하고, 위 각 거래를 '이 사건 거래'라 한다)에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

다. 한면 서울지방국세청장은 2004. 10. 8.부터 2005. 7. 15.까지 사이에 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 불공제하도록 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 서울지방국세청장의 통보에 따라 2005. 10. 10. 원고에 대하여, 부가가치 세 2003년 제1기분 36,312,720원, 2003년 제271분 2,813,567,550원, 2004년 제1기분 5,107,111,870원, 2004년 제2기분 459,681,580원을 부과하였다가 2008. 7. 1. 부가가치세 2003년 제1기분 35,394,834원, 2003년 제2기분 2,808,409,423원, 2004년 제1기분 5,104,752,146원, 2004년 제2기분 458,050,344원으로 각 감액ㆍ경정하고, 2004년 제2기 부가가치세 환급신청세액 936,498,683원의 환급을 거부하였다.

마. 그 후 피고는 2011. 6. 24. 위 각 부가가치세 부과처분 중 사실과 다른 세금계산서 발급을 이유로 한 세금계산서기재불성실 가산세 부분을 직권으로 취소하여 부가치 세액을, 2003년 제1기분 29,949,480원, 2003년 제2기분 2,376,349,204원, 2004년 제1기 분 4,727,311,945원, 2004년 제2기분 343,612,111원으로 각 감액ㆍ경정하였다(이하 당 초 부가가치세 부과처분 중 최종적으로 감액ㆍ경정되고 남은 부분과 위 환급거부처분 을 합하여 '이 사건 부과처분 등'이라 한다).

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 6, 갑 제2호증의 1 내지 4, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증의 l 내지 3, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2 호증의 1, 2, 을 제63호증의 1 내지 4, 을 제64호증의 1, 2, 을 제65호증의 7의 각 기 재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 부과처분 등의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

원고는 이 사건 거래처로부터 금지금을 실제로 매입하고 그 대금을 모두 지급하였으므로, 이 사건 세금계산서는 정상적인 거래에 의한 것이다. 그리고 원고는 이 사건 거래처로부터 금지금을 매입하여 홍콩에 있는 'SYH Gold Dealers Limited' (이하 '해외 법인'이라 한다)에게 수출을 한 것일 뿐, 부가가치세를 부정하게 환급받기 위하여 과세전환업체(이른바 폭탄업체, 이하 '폭탄업체'라 한다), 공급업체 또는 해외 법인 등과 공모한 것이 아니다.

따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 부과처분 등은 위법하다.

(2) 피고

이 사건 거래는 명목상의 거래일 뿐 부가가치세 부과대상이 되는 재화의 공급으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 원고가 이 사건 금지금을 해외로 반출한 것은 정상적인 재화의 수출이라기보다 수출업자에게 인정되는 영세율 제도와 매입세액 공제 제도를 악용하여 오로지 폭탄업체를 통해 면세금지금을 과세금으로 전환하는 방법에 의한 국가 조세수입의 부정취득을 목적으로 하는 형식적 위장수출에 불과하다.

따라서 이러한 영세율 제도의 남용행위에 대하여는 신의칙상 그 매입세액 공제의 혜택을 허용하여서는 아니되므로, 결국 이 사건 부과처분 등은 적법하다.

나. 관계법령

[별지 3] 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2003.6. 18.부터 2004.10. 5.까지 사이 에 [별지 1] 기재와 같이 이 사건 거래처로부터 132회에 걸쳐 금지금을 매입하여 총 95회에 걸쳐 해외 법인에게 금지금 상태 그대로 또는 24Kㆍ22K 목걸이 등의 제품으로 가공하여 수출하였다.

(2) 원고가 이 사건 거래에 관하여 각 거래처에 대금을 지불한 내역은 원고의 우리 은행 계좌(계좌번호 : 1005-300-000000), 조흥은행 계좌(계화번호 : 303-01-000000), 외환은행 계좌(계좌번호 : 022-22-00000-0)에 기재되어 있고, 수출거래와 관련된 외화 대금 입금내역은 우리은행 외화예금계좌(계좌번호 : 1081-300-000000), 조흥은행 계좌 (계좌번호 : 303-71-000000), 외환은행 외화예금계좌(계좌번호 : 022-JSD-000000-0)에 기재되어 있다.

(3) 이 사건 거래와 관련하여 금지금이 수입되어 수출되기까지의 일련의 전체거래 (이하 '이 사건 전체거래'라 한다)의 중간 단계에서 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금으로 공급하면서 세금계산서를 작성ㆍ교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 존재하고 있는 거래는 [별지 2] 기재와 같다.

(4) 그런데 이 사건 전체거래에 관한 운송장 등에 의하면, 금지금이 수입된 후 6 - 7단계의 거래과정을 거쳐 수입 당일 또는 2 - 3일 이내에 해외 법인으로 수출된 것으로 나타나 있고, 이 사건 거래 이전 거래에 있어서 상당한 거리에 떨어져 있는 업체 사이의 이동시간이 5 - 15분 정도로 매우 짧게 나타나 있는 경우가 다수 있었으며, 원고로부터 그 이전 거래처를 거쳐 수입업자에게로의 자금결제가 마쳐진 다음에 금지금이 이동되는 것으로 드러난 사례도 있었다.

(5) 이 사건 전체거래에서는 수출업자인 원고가 관세를 환급받기 위하여 필요한 '분 할증명서'가 교부되거나 관세를 환급받지 않았고, 대부분의 경우 금지금의 일련번호는 기재되지 않았으며, 동일한 금지금이 수입되었다가 수출되는 경우도 있었다.

(6) 원고는 95회의 수출 중에서 일부는 국제시세의 최저가나 당시 국내시세보다 낮은 가격에 수출을 한 적도 있었고, 4건의 거래에 있어서는 수출가격이 매입가격보다 낮았다.

(7) 원고가 2005년에 수출한 51건 중에서 37건에 해당하는 수출계약서상에는 수신 인이 'Mr. Kwon(해외 법인을 주선하여 준 권LL을 의미하는 것으로 보인다)'으로 잘못 기재되어 있고, 해외 법인은 원고에게 수출계약서에 기재된 대금의 금액보다 20 - 69달러 정도 적은 금액을 실제로 송금한 경우도 다수 있었다.

(8) 한편 서울지방국체청장이 NY금은에 대하여 실시한 세무조사결과 작성된 NY금은의 '가공매출세금계산서 교부명세(갑 118호증)'에 의하면, 가공매출처 내역 중에 원고는 포함되어 있지 않았다.

(9) NY금은은 2005. 12.경 서울중앙지방검찰청으로부터 특정범죄가중처벌 등에 관 한 법률 위반(조세포탈) 및 그 방조 혐의에 관하여 '혐의 없음' 처분을 받았다.

(10) 서울지방국세청장이 KJ금은에 대하여 2003. 1.부터 2007. 3.까지 사이의 거래내역에 관하여 세무조사를 한 후 작성된 '조사항목별 조사내용 등'에는 '조사항목 : 해당없음, 조사내용 : 조사항목 적출내역 없음'이라고 기재되어 있다.

(11) 원고의 대표이사인 신AA은 2008. 3. 6. 서울중앙지방검찰청으로부터 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 '기소유예' 처분을 받았다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제10호증 내지 갑 제109호증, 갑 제116호증의 1, 3, 갑 제118호증 내지 갑 제121호증, 을 제4호증 내지 을 제12호증, 을 제21호증 내지 을 제24호증, 을 제27호증 내지 을 제37호증, 을 제39호증 내지 을 제47호증, 을 제50호 증 내지 을 제52호증, 을 제59호증, 을 제62호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 제1심 법원의 관세청장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지]

라. 판단

(1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

부가가치세법(2006.12.30.법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다 고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항에서 정한 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판 결, 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래 당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조). 이 사건에 있어서 위 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 거래 에 관한 세금계산서, 거래명세표, 운송물품송부증, 통장의 거래내역 등에 의하면, 원고 는 2003. 6. 18.부터 2004. 10. 5.까지 사이에 이 사건 거래처로부터 금지금을 매입하고 매입 당일 금지금을 인도받은 다음 그 대금을 모두 지급하였으며, 이 사건 거래에 따른 세금계산서를 각 교부받은 점, ② 원고는 금지금을 매입한 후 금지금 상태 그대 로 또는 24K・22K 금목걸이로 가공하여 홍콩에 있는 해외 법인에게 수출하였는데, 그 수출 중 일부는 국제시세의 최저가나 당시 국내시세보다 낮은 가격에 수출을 한 적도 있었으나, 수출가격이 매입가격보다 낮은 경우는 4건에 불과하여 대부분 이득을 남긴 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 전체거래 중에서 폭탄업체가 개입된 거래는 일부에 불 과하였던 점, ④ 이 사건 거래처 중 NY금은의 가공매출 내역 중에 원고는 포함되어 있지 않았고, 달리 이 사건 거래가 가공의 매출임을 인정할 자료가 없는 점 등의 사정 및 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 전체거래가 모두 1 ~ 3일에 걸쳐 이루어 졌고, 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금으로 공급하면서 세금계산서를 작성ㆍ교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 폭탄업체가 일부 존재하고 있었으며, 원고의 대표이사가 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 '기소유예' 처분을 받았다는 점 등의 사정만으로는 이 사건 전체거래 중의 하나인 이 사건 거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기는 어렵다고 할 것이다(대 법원 2008.12. 11. 선고 2008두9218 판결, 2008.12. 24. 선고 2007두20379 판결 등 참조) 따라서 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 수수된 '가공세금계산서'로 보기 어려우므로, 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 있다.

(2) 신의성실의 원칙 적용 여부

(가) 관련 법리

국세기본법(2010.1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조는 "납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 쫓아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다"라고 규정함으로써 신의성실의 원칙이 조세법 분야에서도 기본적 지도이념이 되어야 함을 천명하고 있다. 기존의 법을 구체화하거나 이를 보충하고, 또 성문법의 경직성을 보완하는 등의 기능을 통해 법의 운용에 구체적 타당성을 확보할 수 있게 하는 이 신의성실의 원칙은 조세법 영역에서도 조세법률주의의 허점을 보정하는 역할을 하므로 비록 민사법 영역에 비하여 그 적용범위가 다소 제한적일 것이기는 하나, 조세법 규정을 개별 사안에 그대로 적용하면 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래됨으로써 오히려 건전한 법질서에 역행하는 것으로 볼 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의해 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있을 것이다. 이러한 원칙은 부가가치세에 관한 법률관계에도 적용될 수 있다. 부가가치세법(2010.1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제15조는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급가액에 관한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 정수하여야 한다고 규정하고, 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다고 규정함으로써 이른바 전단계세액공제 제도를 채택 하고 있다. 이는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제ㆍ환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자 에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다(대법원 1999.11. 12. 선고 99다33984 판결 등 참조). 이러한 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제ㆍ환급을 위한 재원이 되므로 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다. 따라서 만일 연속되는 일련의 거래에 있어 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래 (이하 '부정거래'라 한다)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제ㆍ환급받을 수 있는 사업자가 있다면 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없을 것인바, 이러한 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 미치게 된다 할 것이다. 물론 위와 같은 사유가 있다 하여도 부정거래의 존재를 전혀 알 수 없는 상황에서 거래를 한 수출업자라면 원칙적으로 부가가치세법이 정하는 바에 따라 매입세액을 공제ㆍ환급받을 수 있음을 부인하여서는 안 된다. 그러나 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고, 또한 그의 거래 이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며, 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면, 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제ㆍ환급제도를 악용하여 부당한 이득을 추구하는 행위라고 할 것이므로 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수입을 재원으로 삼아 매입세액을 공제ㆍ환급해 주는 것은 부정거래로부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 위에서 본 바와 같은 전반적인 조세 체계에 미치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다. 그러므로 이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제ㆍ환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없다 할 것이므로 이는 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다고 보아야 한다. 이러한 법리는 공명의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 즉 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 봄이 상당하고, 그 수출업자와 부정거래를 한 악의적 사업자와 간에 구체적인 공모 또는 공범관계가 있은 경우로 한정할 것은 아니다. 그리고 위와 같은 경우 악의적 사업자와 상호 의존관계에 있는 수출업자가 국가로부터 매입세액을 공제ㆍ환급받음으로써 국고의 유출이 현실화되므로 이러한 수출업자에 대한 제재로서 그에 대한 매입세액의 공제ㆍ환급을 부인한다고 해서 악의적 사업자의 부가가치세 포탈에 대한 책임을 합리적 이유 없이 수출업자에게 전가하는 것이라고 할 수도 없다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 등 참조).

(나) 판단

앞서 든 증거들 및 인정사실에 의하면, ① 원고는 2003.6. 5. 지금(地金), 지은(地銀) 제조 및 도소매업 등을 목적으로 하여 설립된 회사로서 자본금이 1억 원에 불과함에도 설립 첫해부터 수백억 원대의 이 사건 금지금을 매입하여 이를 수출하는 영업을 해온 사실, ② 이 사건 금지금 거래는 수입업체에 의하여 외국으로부터 수입되어 면세금으로 유통되던 중과세금으로 전환된 것으로서 대부분 수입 당일 또는 2 - 3일 후에 수입업체로부터 최종 수출업체인 원고에 이르기까지 6 - 7단계의 도매업체들을 거쳐 수출까지 이루어졌으며, 그 중 자신들이 매입한 금지금을 매입가액보다 낮은 공급가액에 매출한 후 임의로 폐업함으로써 부가가치세 납부의무를 이행하지 아니하는 악의적 사업자가 끼어 있었던 것으로 밝혀진 거래(이하 '이 사건 폭탄업체와의 거래'라 한다)가 56건이나 되는 사실, ③ 원고는 매일의 금지금 시세가 인터넷이나 전화 등으로 제공되고 있음에도 대부분 수출 당일의 국제시세보다 낮은 가격으로 수출하였고, 통상의 금지금 거래 관행과는 달리 수입상으로부터 아무런 담보도 확보하지 아니한 채 수출 2 - 3일 후에 수출대금을 송금받은 사실, ④ 이 사건 거래에 있어서 원고를 비롯한 거래당사자들은 수출업자가 금지금을 수출하면서 3%의 관세를 환급받기 위하여 필요한 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」이 정한 '분할증명서'를 수수하지 아니한 사실, ⑤ 원고는 2003년 제1기분 및 제2기분, 2004년 제1기분 및 제2기분 부가가치세를 신고하면서 이 사건 세금계산서에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제하였으나, 피고는 2005. 10. 10. 이 사건 세금계산서 전부의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정고지하고, 2004년 제2기분 부가가치세 환급을 거부하는 처분을 한 사실 등을 알 수 있다. 사실관계가 이와 같다면, 이 사건 거래 중 폭탄업체가 개입된 거래([별지 2] 폭탄업체가 개업된 거래내역 56건, 이하 '이 사건 쟁점거래'라 한다)에 관하여는, 원고가 매매차익을 누리면서 이 사건 금지금을 단기간 내에 매입ㆍ수출할 수 있었던 것은 중간 단계의 악의적 사업자가 이 사건 금지금을 저가로 공급하면서 매출세액을 포탈하는 부정거래를 하였기 때문이고, 그 거래의 구조에 비추어 원고가 거액의 이 사건 금지금 을 수출함으로써 그 판로를 확보해 주지 않고서는 악의적 사업자가 부정거래를 하는 것이 거의 불가능할 것이므로 결국 원고와 악의적 사업자는 필연적인 상호 의존관계에 있었다고 할 수 있다. 또한 종국적으로 원고가 매입세액을 공제ㆍ환급받을 수 없다면 그 세액의 부담이 매매차익을 초과하여 손해를 보게 되고 그로 인하여 거래가 불가능하게 되므로 이러한 상호 의존관계는 반드시 원고가 수출에 대한 영세율 적용에 의해 국가로부터 매입세액을 공제ㆍ환급받는 것을 전제로 한다. 그리고 이러한 일련의 거래는 워낙 짧은 기간 내에 이루어지므로 국가가 사전에 이를 차단하기도 어렵다. 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 수출업자인 원고가 이 사건 쟁점 거래를 함에 있어 그 전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제ㆍ환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였다고 봄이 상당하고, 따라서 이러한 지위에 있는 원고가 매입세액의 공제ㆍ환급 을 구하는 것은 악의적 사업자의 부정거래에 편승함으로써 매입세액 공제ㆍ환급제도를 악용하고 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것일 뿐만 아니라, 전단계세액공제 제도를 취하고 있는 부가가치세 제도 및 전반적 조세 정의의 근간을 훼손하는 것이 되므로 국세기본법 제15조가 규정하는 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다. 따라서 이 부분 피고의 주장은 이유 있다. 그러나 이 사건 거래 중 이 사건 쟁점 거래를 제외한 나머지 거래(이하 '이 사건 나머지 거래'라 한다)에 관하여는, 피고가 그 이전의 거래과정에서 부정거래를 하는 악 의적 사업자가 존재한다는 점에 관하여 입증하지 못하고 있는 이상 이 부분 원고의 매 입세액 공제ㆍ환급 주장이 신의칙에 반한다고 보기는 어려우므로, 이 부분 피고의 주장은 이유 없다. 따라서 이 부분에 관한 이 사건 부과처분 등은 위법하다.

(3) 소결론

따라서 이 사건 부과처분 등 중 이 사건 쟁점 거래에 관한 세금계산서 부분은 매입세액을 불공제하고, 이 사건 나머지 거래에 관한 세금계산서 부분은 매입세액을 공제하여 정당한 부가가치세액을 계산하면 [별지 4] 정당한 세액 계산표의 정당한 세액 란 기재와 같이 2003년 제1기분은 0원, 2003년 제271분은 630,830,834원, 2004년 제1 기분은 2,379,151,619원, 2004년 제2기분은 110,716,136원이 되므로, 이 사건 부과처분 등 중 2003년 제1기분 부가가치세 29,949,480원의 부과처분, 2003년 제2기분 부가가치세 2,376,349,204원의 부과처분 중 630,830,834원을 초과하는 부분, 2004년 제1기분 부가가치세 4,727,311,945원의 부과처분 중 2,379,151,619원을 초과하는 부분, 2004년 제 2기분 부가가치세 343,612,111원의 부과처분 중 110,716,136원을 초과하는 부분은 위법하여 각 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.