서울행정법원-2015-구합-72825(2016.01.22)

법인세법 시행령 제11조 제7호 '손금에 산입한 금액 중 환입된 금액'에서 '손금'은 적법하게 산입된 것임을 전제로 함

2009 사업연도에 익금으로 산입한 환입액이 2004년 사업연도에 손금으로 산입되지 말았어야 할 손금, 즉 2004년 사업연도의 부적법한 손금산입을 환입한 경우에는 익금에 해당한다고 볼 수 없음.

법인세법 시행령 제11조 수익의 범위

2016누35412 가산세부과처분취소

학교법인 ○○학원

○○○세무서장

2016. 11. 4.

2016. 12. 2.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2014. 1. 10. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 귀속 법인세 중 가산세 ○○○원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 사립학교법에 의한 학교법인으로서 수익사업으로 ○○○자동차학원, ○○자동차학원을 운영했었는데, 원고의 사업연도는 전년도 3. 1.부터 그 해 2. 28.까지이다.

나. 원고는 1998. 3. 26. ○○○자동차학원을 ○○○원에, 1999. 1. 5. ○○자동차학원을 ○○○원에 각 매각한 후, 1999 사업연도 법인세 신고시 위 매각대금 합계 ○○○원과 장부가액의 차이인 ○○○억 원 상당액을 유형자산처분이익으로 계상함과 동시에 그 중 ○○○억 원을 고유목적사업준비금으로 설정하고 영업외비용으로 계상하여 손금에 산입하였다.

다. 그 후 원고는 2004 사업연도 법인세 신고를 하면서, 위와 같이 손금에 산입한 고유목적사업준비금 중 1999 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 않은 ○○○원을 2004 사업연도의 영업외수익으로 계상하여 익금에 산입함과 동시에 다시 ○○○원을 고유목적사업준비금으로 설정하고 영업외비용으로 계상하여 손금에 산입하였다.

라. 그리고 원고는 또다시 2009 사업년도 법인세를 신고하면서, 위와 같이 2004 사업연도에 설정하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금 중 2004 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 않은 ■■■원을 2009 사업연도의 영업외수익으로 계상하여 익금에 산입함과 동시에 △△△원을 재차 고유목적사업준비금으로 설정하고 영업외비용으로 계상하여 손금에 산입하였다(별지 1 참조).

마. 이에 대하여 서울지방국세청장은 20XX. 6. 19.부터 같은 해 8. 3.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여 5년 이내 미사용한 고유목적사업준비금의 익금환입액은 준비금 설정대상 소득에서 제외되는 것임에도 원고가 이를 준비금으로 설정하여 손금산입하였다는 이유로 원고가 2009 사업연도에 고유목적사업준비금으로 전입하여 영업외비용으로 계상한 △△△원을 손금부인할 것을 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 2014. 1. 10. 원고에게 2009 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세 ○○○원 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 법인세 부과처분'이라 한다).

바. 원고는 위 법인세 부과처분 중 가산세 부과처분(이하 '이 사건 가산세 부과처분'이라 한다)에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 20XX. 6. 9. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

한번 고유목적사업준비금으로 설정되었다가 사용되지 않는 잔액은 그 설정일로부터 5년이 경과하는 날이 속하는 사업연도에 반드시 과세되어야 하므로, 이 사건의 경우 원고가 1999 사업연도의 법인세 신고시 고유목적사업준비금으로 설정하였다가 2004 사업연도 종료일까지 사용하지 않은 ○○○원은 전액 영업외수익으로 익금산입되어 최종 과세되었어야 하고 더 이상 손금에 산입될 여지가 없었다. 그럼에도 불구하고 원고가 2004년도 사업연도의 법인세 신고시 그 중 ○○○원을 다시 고유목적사업준비금으로 설정하고 영업외비용으로 계상하여 손금산입한 것은 부적법하므로, 피고는 마땅히 부과제척기간이 도과되기 전에 2004 사업연도의 손금산입을 부인하고 법인세를 경정・고지하는 부과처분을 했어야 한다. 따라서 원고가 위 2004 사업연도의 손금산입이 적법한 것을 전제로 또다시 그 중 고유목적사업에 미사용한 ■■■원을 2009 사업연도의 영업외수익으로 계상하였다한들 그것이 2009 사업연도의 익금이 될 수가 없으므로, 원고가 그와 같이 존재하지 않는 익금을 전제로 재차 고유목적사업준비금 설정 및 손금산입한 것이 부인된다고 하더라도 그만큼 익금이 증가할 수가 없어 이 사건 법인세 부과처분은 그 자체가 위법하다.

가사 그렇지 않다고 하더라도 원고가 1999 사업연도 법인세 신고 이래, 고유목적사업준비금의 설정 및 환입과 관련된 법인세법 및 시행령, 관련 통칙 및 예규 등에 근거하여 2009 사업연도에도 위와 같이 적법하게 고유목적사업준비금 설정 및 손금산입을 할 수 있는 것으로 믿고 그와 같이 한 것이어서, 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 이 사건 가산세 부과처분은 위법하다.

3. 관계법령

별지 2 기재와 같다.

4. 판단

가. 2004 사업연도 손금산입의 적법 및 부과제척기간 도과 여부

1) 2004 사업연도 고유목적사업준비금 설정 및 손금산입의 적법 여부

구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제29조 제1항은 "비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 '고유목적사업등'이라고 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다"고 하면서 제1 내지 3호에서 이자소득금액과 배당소득금액을 규정하고, 제4호에서 '제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립・운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액'을 규정하고 있다. 한편, 같은 조 제3항은 "제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다."라고 규정하고, 익금에 산입하여야 할 사유 중의 하나로 같은 항 제4호에서 "고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)"를 들고 있다. 또한, 위 제29조 제7항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시행령'이라 한다) 제56조 제3항에서는 "법 제29조 제1항 제4호에서 수익사업에서 발생한 소득 이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다"고 규정하고 있다. 그리고 원고가 영등포자동차학원 및 북부자동차학원을 매각한 매각대금과 장부가액의 차액 중 547억 원을 처음으로 고유목적사업준비금으로 설정하고 손금에 산입한 1999년 사업연도 당시에 시행되던 구 법인세법 및 그 시행령도 위와 거의 동일한 취지의 규정을 두고 있었다.

위와 같은 규정들을 종합하여 보면, 구 법인세법은 비영리내국법인에 있어서 이자소득 및 배당소득과 더불어 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액과 같이 법인세의 과세대상이 되는 수입이 있다고 하더라도, 당해 법인이 이를 고유목적사업준비금으로 계상하여 5년 이내에 고유목적사업에 사용하려고 하는 경우 이를 손금에 산입할 수 있도록 하여 그에 관한 법인세를 면제하되, 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금을 5년 내에 고유목적사업에 사용하지 아니하는 경우 그에 관한 법인세 면제를 철회하고 다시 법인세를 부과하도록 규정하고 있음을 알 수 있고, 이는 법인의 수입이 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사업과 직접적으로 관련되지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되기보다는, 고유목적사업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는 데에 그 입법 취지가 있다고 할 것이다.

그리고 비영리내국법인의 수익사업의 범위에 관한 구 법인세법 제3조 제2항 제1호내지 제6호 및 구 법인세법 시행령 제2조 등의 규정 내용 및 구 법인세법 시행령 제56조 제3항이 구 법인세법 제29조 제1항 제4호의 수익사업에서 발생한 소득 을 '당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액'으로 명백히 한정하고 있는 점과 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금이 일정한 사용기한 내에 조속히 사용되도록 하고자 하는 위 규정들의 입법 취지 등을 종합하여 보면, 한번 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 당해 준비금을 5년 이내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니하고 남은 잔액이 있어 5년 후에 이를 영업외수익으로 계상하는 경우 이를 5년 후 '당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득'에 포함된다고 보아 다시 구 법인세법 제29조 제1항에 따라 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입할 수는 없다고 할 것이다.

따라서 원고가 2004 사업연도에 환입했던 1999년도 고유목적사업준비금의 잔액 중 ○○○원은 확정적으로 2004 사업연도의 익금에 전액 산입될 뿐 재손금 산입의 대상이 될 수 없는 것이었으므로, 원고가 2004 법인세 신고를 하면서 그 중 ○○○원을 위와 같이 손금 산입한 것은 피고에 의하여 마땅히 손금부인되었어야 했다.

2) 2004 사업연도 법인세에 대한 부과제척기간 도과 여부

한편, 법인세와 같은 신고납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 때에 조세채무가 확정되고, 신고가 없거나 신고내용에 오류, 탈루가 있는 경우에는 과세관청의 결정 또는 경정에 의하여 조세채무가 확정된다. 한편, 구 국세기본법(2005. 1. 5. 법률 제7329호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항에 의하면, 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고(제3호), 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받는 경우에는 10년(제1호), 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년(제2호)이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(2005. 5. 31. 제18849호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날부터 기산한다고 규정하고 있는바, 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결 등 참조).

이 사건에 돌아와 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 2004. 5. 법인세 신고를 하면서 ○○○원을 위와 같이 고유목적사업준비금으로 설정하여 다시 손금 산입한 것은 피고에 의하여 마땅히 손금부인되었어야 할 것이나, 법인세의 부과제척기간을 최장기간으로 보더라도 법정신고기한(사업연도종료일에 속하는 달로부터 3개월이내, 이 사건의 경우 2004. 5. 31.)이 경과한 날로부터 10년이 지난 이 사건 변론종결일에 이르기까지 피고가 2004 사업연도 법인세에 대하여 경정처분을 한 사실이 없는 것으로 보이므로, 2004 사업연도 법인세는 원고가 신고한대로 확정되었고 피고는 더 이상 위 금원을 손금부인하여 그에 해당하는 법인세를 부과할 수 없게 되었다.

나. 2009 사업연도 익금산입이 적법한 것인지 여부

그런데 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고 역시 2009 사업연도 법인세 신고를 하면서 2004 사업연도의 위 ○○○원의 손금산입이 적법한 것이었음을 전제로 그 중 5년간 고유목적사업에 사용하지 않은 ■■■원을 다시 2009 사업연도의 영업외수익으로 계상하여 익금으로 산입하였으므로, 이를 법인세법상 새로운 익금으로 볼 수 있는지 여부에 관하여 살피건대, 구 법인세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제15조와 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제11조는 익금의 범위에 대하여 '당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 모든 수입'을 의미하는 순자산증가설에 입각하여 여러 가지 예시적 규정을 하고 있다. 그 중 특히 위 구 법인세법 시행령 제11조 제7호는 '손금에 산입한 금액 중 환입된 금액'을 익금으로 보고 있으나, 어디까지나 여기에서 말하는 '손금'은 적법하게 산입된 것임을 전제로 한다고 할 것이므로, 원고의 위 2009 사업연도의 고유목적사업준비금 환입과 같이 2004년 사업연도에 손금으로 산입되지 말았어야 할 손금, 즉 2004년 사업연도의 부적법한 손금산입을 환입한 경우에는 위 조항의 익금에 해당한다고 볼 수 없다. 그리고 그밖에 달리 2004 사업연도의 익금으로 과세되었어야 할 금액이 잘못 이연된 결과로 인하여 원고에게 발생한 위 환입금에 관하여 이를 2009 사업연도에 대한 법인세법상의 익금에 해당한다고 해석할 수 있는 아무런 법령상의 근거가 없는바, 결국 이러한 결과는 원고의 2004 사업연도의 법인세에 대한 부과제척기간이 경과한 당연한 귀결이라고 할 것이다.

다. 소결론

따라서 원고가 2009 사업연도에 익금으로 산입한 ■■■원은 법인세법상 2009 사업연도의 익금에 해당한다고 볼 수 없으므로, 위 금원이 익금에 해당함을 전제로 하여 그 중 △△△원에 관하여 한 원고의 손금산입 및 이에 대한 손금부인을 이유로 한 피고의 이 사건 부과처분은 모두 위법하다.

5. 결 론

그렇다면, 이 사건 가산세 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.