조심-2014-서-3751 (2015.06.09)

법인세 신고시 삭제되지 않았던 통칙을 믿고 신고하였다고 하여도 가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유가 있다고 할 수 없음

법인세법 기본통칙은 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니며 관련 통칙이 삭제되지 않았다는 사정만으로는 원고에게 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없음

국세기본법 제48조 가산세의 감면 등

2015구합72825 가산세부과처분취소

학교법인 ○○학원

○○세무서장

2015. 12. 18.

2016. 1. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 1. 10. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 귀속 법인세 중 가산세 △△△원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 사립학교법에 의한 학교법인으로서 수익사업으로 □□자동차학원, ○○자동차학원을 운영하였으며, 원고의 사업연도는 전년도 3. 1.부터 그 해 2. 28.까지이다.

나. 원고는 1998. 3. 26. □□자동차학원을 ○○○원에 매각하고, 1999. 1. 5. ○○자동차학원을 ○○○원에 매각하였으며, 1999 사업연도 법인세 신고시 위 각 자동차학원 매각대금 합계 ○○○원과 장부가액의 차이인 ○○○억 원 상당액을 유형자산처분이익으로 계상함과 동시에 ○○○억 원을 고유목적사업준비금으로 설정하고 영업외비용으로 계상하여 손금에 산입하였다.

다. 원고는 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 1999 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 않은 ○○○원을 2004 사업연도 법인세 신고시 영업외수익으로 계상하여 익금에 산입함과 동시에 ○○○원을 다시 고유목적사업준비금으로 설정하고 영업외비용으로 계상하여 손금에 산입하였다.

라. 원고는 다시 2004 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 않은 ○○○원을 2009 사업연도 법인세 신고시 영업외수익으로 계상하여 익금에 산입함과 동시에 ○○○원을 다시 고유목적사업준비금으로 설정하고 영업외비용으로 계상하여 손금에 산입하였다(별지 1 참조).

마. ○○지방국세청장은 20XX. 6. 19.부터 20XX. 8. 3.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여 5년 이내 미사용한 고유목적사업준비금의 익금환입액은 준비금 설정대상 소득에서 제외되는 것임에도 원고가 이를 준비금으로 설정하여 손금산입하였다는 이유로 원고가 2009 사업연도에 고유목적사업준비금으로 전입하여 영업외비용으로계상한 ○○○원을 손금부인할 것을 피고에게 통보하였고, 피고는 이에 따라 2014. 1. 10. 원고에게 2009 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세 ○○○원 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 법인세 부과처분'이라 한다).

바. 원고는 위 법인세 부과처분 중 가산세 부과처분(이하 '이 사건 가산세 부과처분'이라 한다)에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2015. 6. 9. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 원고는 법인세법 기본통칙 29-56…2(이하 '이 사건 통칙'이라 한다)에 따라 2009사업연도 법인세를 신고하였고, 위 통칙은 2009. 11. 10.에야 비로소 삭제되었는바, 원고가 법인세법 및 시행령에 저촉됨이 없고 2009 사업연도 법인세 신고 당시 유효한 이 사건 통칙 및 관련 예규(법인46012-3783, 이하 '이 사건 예규'라 한다)에 따라 미사용 고유목적사업준비금 환입금액을 2009년 수익사업소득금액에 포함하여 고유목적사업준비금을 설정한 것은 적법하다고 할 것이므로 피고의 이 사건 법인세 부과처분 자체가 위법하고, 따라서 이 사건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다(이하 '제1 주장'이라 한다).

나. 원고가 2009 사업연도 법인세 신고를 이행하기까지 고유목적사업준비금과 관련한 법인세법 및 시행령, 이 사건 통칙 및 관련 예규에 변동이 없었고, 법령 문언체계상 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이 사건 가산세 부과처분은 위법하다(이하 '제2 주장'이라 한다).

3. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

4. 판단

가. 제1 주장에 대한 판단

1) 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제29조 제1항은 "비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 '고유목적사업등'이라고 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다."고 하면서 제1 내지 3호에서 이자소득금액과 배당소득금액을 규정하고, 제4호에서 '제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액'을 규정하고 있다.

한편, 같은 조 제3항은 "제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다."라고 규정하고, 익금에 산입하여야 할 사유 중의 하나로 같은 항 제4호에서 "고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)"를 들고 있다. 또한, 위 제29조 제7항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시행령'이라 한다) 제56조 제3항에서는 "법 제29조 제1항 제4호에서 수익사업에서 발생한 소득 이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액에서 결손금과 기부금을 차감한 금액을 말한다"고 규정하고 있다.

위와 같은 규정을 종합하여 보면, 구 법인세법은 비영리내국법인에 있어서 이자소득 및 배당소득과 더불어 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액과 같이 법인세의 과세대상이 되는 수입이 있다고 하더라도, 당해 법인이 이를 고유목적사업준비금으로 계상하여 5년 이내에 고유목적사업에 사용하려고 하는 경우 이를 손금에 산입할 수 있도록 하여 그에 관한 법인세를 면제하되, 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금을 5년 내에 고유목적사업에 사용하지 아니하는 경우 그에 관한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과하도록 규정하고 있음을 알 수 있고, 이는 법인의 수입이 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사업과 직접적으로 관련되지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되기보다는, 고유목적사업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는 데에 그 입법 취지가 있다고 할 것이다.

2) 이 사건에 관하여 보건대, 변론 전체의 취지에 의하면, 법인세법 기본통칙 29-56…2에서는 고유목적사업준비금의 손금산입대상 소득의 범위에 관하여 '법인세법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 '수익사업에서 발생한 소득'에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 당해 준비금을 동법 동조 제3항 제4호에서 정한 기한내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니함으로써 익금에 산입한 금액을 포함한다"고 규정하고 있다가 2009. 11. 10. 삭제되었고, 국세청 질의회신(법인 46012-3783, 1998. 12. 5.)에서도 법인세법 시행령 제17조 제1항에서 규정하는 '수익사업에서 발생한 소득'의 범위에 관하여 '비영리법인이 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 후 5년 이내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니한 잔액으로서 같은 법 제12조의2 제2항의 규정에 따라 소득금액계산상 익금에 산입한 금액을 포함한다'는 취지의 회신을 한 사실은 인정된다.

그러나, 법인세법 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 할 것이고, 오랫동안 시행되어 왔다는 사정만으로 법규적 효력을 인정할 수도 없으며(대법원 2007. 6. 14. 선고 2005두12718 판결, 대법원 1992. 12. 22. 선고 92누7580 판결 등 참조), 국세청의 질의회신 또한 그것이 예규로서 대외적으로 공표되었다고 하더라도 이는 불특정의 납세자를 상대로 일반적으로 공표한 세법 해석에 관한 견해 표명에 불과하여 법규적 효력이 있다고 할 수 없다. 따라서 위와 같이 법규성이 없는 기본통칙 및 예규에 따라 신고・납부를 하였다고 하여 그러한 행위가 반드시 적법하다고 할 수는 없고, 그 적법 여부는 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 할 것이다.

구 시행령 제56조 제3항에서 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에서 규정한 수익사업에서 발생한 소득 을 '당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액'으로 한정하고 있음은 앞서 본 바와 같고, 구 법인세법 제3조 제3항 제1호 내지 제6호 및 구 시행령 제2조에서는 비영리내국법인의 수익사업의 범위를 규정하고 있는데, 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 당해 준비금을 5년 이내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니함으로써 이를 익금에 산입한 경우, 이는 위 구 법인세법 및 구 시행령에서 규정하고 있는 '수익사업'의 범위에 포함되지 않는 점, 해당 금액을 '수익사업에서 발생한 소득'에 포함된다고 보아 이를 다시 구 법인세법 제29조 제1항에 따라 고유목적사업준비금으로 설정함으로써 손금에 산입할 수 있다고 볼 경우 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금이 일정한 사용기한 내에 조속히 사용되도록 하고자 하는 위 규정의 입법 취지를 달성할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 미사용된 고유목적사업준비금의 익금 환입액은 고유목적사업준비금 설정시 손금 산입 대상이 되는 '당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액'에 해당한다고 할 수 없다(원고는 이에 대하여, 이와 같이 고유목적사업준비금 환입액이 수익사업소득이 아니라고 볼 경우 애당초 법인세 과세대상 소득이 될 수 없다는 취지의 주장도 하고 있으나, 구 법인세법 제3조 제1항, 제14조, 제29조 제3항 제4호의 규정을 종합하면, 5년 이내에 미사용된 고유목적사업준비금은 익금에 산입되어 해당 사업연도의 소득에 포함되고, 이에 따라 법인세의 과세대상이 된다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다).

따라서 이와 달리 미사용된 고유목적사업준비금의 익금 환입액이 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 '수익사업에서 발생한 소득'에 포함된다고 본 이 사건 통칙 및 예규는 구 법인세법 제29조 및 구 시행령 제56조에 대한 해석으로서는 온당하다고 할 수 없으므로, 피고가 구 법인세법 및 구 시행령에 따라 5년 이내에 미사용한 고유목적사업준비금의 익금환입액은 준비금 설정대상 소득에서 제외되는 것으로 보고 원고가 2009 사업연도에 고유목적사업준비금으로 전입하여 손금산입한 ○○○원을 손금부인하여 이 사건 법인세 부과처분을 한 것은 적법하다고 할 것이다.

3) 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 제2 주장에 대한 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지・착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두4689 판결, 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 변론 전체의 취지에 의하면 원고의 2009 사업연도 법인세 신고 당시 이 사건 통칙 및 이 사건 예규가 삭제되지 않은 상태였던 사실은 인정된다. 그러나, 을 제9 내지 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정, 즉 ① 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 및 구 시행령에서는 고유목적사업준비금 설정시 손금 산입 대상이 되는 수익사업에서 발생한 소득 을 '당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액'으로 한정하면서 수익사업의 범위를 명확히 규정하고 있으므로, 원고의 주장과 같이 법인세법 및 시행령의 문언과 체계상 당연히 미사용 고유목적사업준비금 환입액을 포함하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 것으로 이해된다고 볼 수 없는 점, ② 구 시행령 제56조 제9항에서는 '법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다'고 규정하였고, 이에 따라 법인세법 시행규칙은 제82조 제1항에서 '법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각호와 같다'고 하면서 제27호에서 '영 제56조 제9항의 규정에 의한 별지 제27호 서식의 고유목적사업준비금조정명세서'를 규정하고 있는데, 2007. 3. 30. 개정 전의 별지 제27호 서식에서는 5년이 경과한 고유목적사업준비금을 '당기 익금산입액'으로서 '수익사업소득금액'에 포함되도록 함으로써 이를 포함하여 손금산입한도액을 계산하였으나, 2007. 3. 30. 개정된 별지 제27호 서식(이하 '개정서식'이라 한다)에서는 위와 같이 5년이 경과한 고유목적사업준비금을 '수익사업소득금액'에 포함시키는 부분이 삭제된 점, ③ 재정경제부장관은 2007. 2. 6. 위 2007. 3. 30.자 개정내용에 대한 법인세법 시행규칙 일부개정령(안) 입법예고를 하면서 위 개정사항에 대하여 '5년 이내 미사용한 고유목적사업준비금의 익금환입액은 준비금 설정대상 소득에서 제외됨을 명확화함'이라고 그 취지를 설명한 점, ④ 피고는 2008년 및 2009년 서울지방국세청의 '공익법인 신고관리계획 시달' 공문에 따라 원고를 포함한 관내 공익법인에게 개정 서식에 관한 안내책자가 원용되어 있는 신고안내문을 송부하였고, 세무서에서 배부한 공익법인 세무안내책자에서는 개정 서식에 관하여 '고유목적사업준비금 미사용으로 인한 익금환입액의 경우 이 사건 통칙에 의하여 고유목적사업준비금 설정대상 소득에 포함되었으나, 2007. 3. 30. 고유목적사업준비금 조정명세서 서식 개정을 통하여 고유목적사업준비금 설정대상 소득에서 제외하고 동 개정내용을 2007. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용함'이라고 설명하고 있는 점, ⑤ 위와 같은 개정 서식에 관한 내용은 2007년 및 2008년 민간에서 발간된 실무 안내 책자에도 반영되어 있는 것으로 보이는 점, ⑥ 원고는 2009 사업연도 법인세 신고시 법인세 세무조정 등을 전문으로 하는 ○○회계법인의 세무조정을 거친 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 원고에게 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

3) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.