조심2008서3751 (2010.08.25)

학교법인이 고유목적사업준비금을 수익사업용 자산의 취득자금 등의 용도로 사용한 것으로 보고 법인세 과세한 처분은 위법함

학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다고 규정한 취지는 사실상 고유목적사업비로 사용할 것을 전제로 하여 전입하기만 하여도 그 전입시점에 고유목적사업 등에 지출한 것과 동일하게 보겠다는 의미이므로 전입시점에 전액 손금산입됨

2010구합39977 법인세부과처분취소

학교법인 □□□□□□

OOO세무서장

1. 피고가 2008. 9. 1. 원고에 대하여 한 2005. 3. 1.부터 2006. 2. 28.까지의 사업연도 법인세 3,368,259,140원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 BBB구 CC동 31에 소재한 학교법인으로서 2005. 3. 1.부터 2006. 2. 28.까지의 사업연도(이하 '2005 사업연도'라 한다) 법인회계 중 수익사업회계에 속하는 26,581,575,134원을 비영리사업회계에 전입하고, 당시 직전 사업연도의 고유목적사업 준비금이 없어 전입액과 대등액에서 상계할 고유목적사업준비금 잔액이 없었으므로, 위 전입액 전부를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 손금에 산입하는 것으로 회계처리를 하여 그 사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 피고는 2008. 3. 4.부터 2008. 3. 17.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 비영리사업회계에 전입하였다고 신고한 26,581,575,134원 중 20,671,550,290원을 그 후에 고유목적사업이 아닌 수익사업용 자산의 취득자금 등의 용도로 사용한 것으로 판단하였다.

다. 이에 따라 피고는 2008. 9. 1. 2005 사업연도의 익금에 수익사업용 자산의 취득 자금으로 사용한 11,025,339,738원, 고유목적사업준비금 한도초과액 9,646,210,552원, 고정자산처분이익 과소신고금액 1,233,376,624원을 각 산업하고, 한편 토지가액을 임의 평가하여 특별이익으로 계상한 10,349,280,000원을 익금불산입하는 것으로 각 조정하여 원고에게 2005 사업연도 귀속 법인세 3,368,259,140원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2008. 10. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2010. 8. 25. 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1 내지 3호증, 을 제3호증의 1 내지 9, 을 제10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 2005 사업연도에 학교법인의 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 금액은 고유목적사업준비금 한도 내에서 전입시점에 전액 손금에 산입되어야 하고, 나중에 수익사업용 부동산을 매수하는 데에 사용하였다는 이유로 손금에서 제외할 법적 근거가 없으므로, 원고가 손금에 산입한 금액 중 수익사업용 자산의 취득 자금으로 사용한 11,025,339,738원을 익금에 산입하는 것으로 조정하여 법인세를 부과 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 피고의 주장

원고가 수익사업회계에 속하는 금원을 비영리사업회계에 전입해 놓고 실제로는 그 금원의 대부분을 다시 수익사업에 사용한 이상 당초의 손금산입은 명목뿐인 것으로서 실체와 부합하지 아니하므로 부인되어야 한다.

다. 관계법령

별지 기재와 같다.

라. 인정사실

"1) 원고는 그 소유의 수원시 DD구 EEE1가 23 대 8,624.4㎡(이하당초자산'이라 한다)를 취득하여 수익사업으로 부동산임대업을 영위하다가 2005. 8. 29. 교육인적자원부장관으로부터 '대체 수익용기본재산(임대건물) 취득 : 238억 원' 등을 처분금의 용도 로 하여 수익용 기본재산인 당초자산의 처분허가를 받았다.",2) 원고는 2005. 11.경 당초자산을 FF건설 주식회사에 매매대금 26,035,196,382원에 매도한 후(매매계약일은 2003. 8. 21.이나 소유권이전등기는 2005. 11. 16.에 마쳐 짐) 위 대금을 수익사업용 계좌에 입금하여 관리하였다.

3) 원고는 2006. 1. 25. 당초자산의 임대사업을 더 이상 영위하지 않게 됨에 따라 관할관청에 폐업신고를 하였다.

4) 원고는 수익사업을 폐업함에 따라 2006. 2. 28. 2005 사업연도 회계결산시 수익 사업회계에 속하는 26,581,575,134원을 비영리사업회계에 전입 및 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

5) 그런데 원고의 이사회가 2006. 12. 18. 수익사업(부동산 임대업)의 재개를 목적으로 수익용 자산을 취득하기로 결의하자, 원고는 2006. 12. 22. 이GG으로부터 그 소 유의 서울 HH구 JJ동 797-20 대 994.2㎡와 같은 동 797-21 대 933.6㎡를 매매대 금 17,500,000,000원에 매수하였고, 2007. 3. 30. KK건설 주식회사와 사이에 위 토지상에 수익용 빌딩을 신축할 목적으로 공사대금을 8,547,000,000원으로 하는 내용의 도급계약을 체결하였다(위 토지와 합하여 이하 "대체자산"이라 한다).

[인정근거] 갑 제4호증, 을 제1, 5 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

마. 판단

1) 비영리사업회계에 전입한 금액의 손금산입 가능 여부

법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항은 비영리내국법인이 소득이 발생하는 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적 사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적 사업준비금 을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적 사업준비금으로부터 순차로 상계하되 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적 사업출비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적 사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다고 규정하고 있으며, 법인세법 시행규칙 제76조 제4 항 후문, 조세제한특례법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호는 사립학교법에 의한 학교법인에 대하여는 2006. 12. 31. 이전에 종료하는 사업연도까지 당해 학교법인의 수익사업에서 발생한 소득 전액을 고유목적 사업준비금으로 설정하여 손금에 산입할 수 있되, 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계 에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 살피건대, 원고가 그동안 영위하던 수익사업을 폐업하면서 2005 사업연도 회계결산시 수익사업회계에 속하는 26,581,575,134원을 비영리사업회계에 전입한 사실, 당시 직전 사업연도의 고유목적 사업준비금이 없어 전입액과 대등액에서 상계할 고유목적 사업준비금 잔액이 없었던 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 이상 고유목적사업 등에 실제 로 지출하지 않았다 하더라도 그 전입시점에 고유목적사업 등에 지출한 것으로 볼 수 있고, 당시 고유목적 사업준비금 잔액이 없었으므로, 결국 원고가 위 전입액 전부를 당해 사업연도에 계상할 고유목적 사업준비금에서 지출한 것으로 보아 손금에 산입한 것은 정당하다 할 것이다.

2) 비영리사업회계에 전입한 것이 명목뿐인 전입행위에 해당하는지 여부

법인세법 시행규칙 제76조 제4항에서 학교법인의 경우 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다고 규정한 취지는 사실상 고유목적사업비로 사용할 것을 전제로 하여 전입하기만 하여도 그 전입시점에 고유목적사업 등에 지출한 것과 동일하게 보겠다는 의미인바, 전입행위가 명목뿐인 경우로서 사실상 당해 자산을 계속하여 수익사업에 사용하는 경우에는 그 전입이 없는 것으로 보아야 할 것이다.

이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 의하면 원고는 그동안 영위하여 오던 당초자산의 임대사업을 더 이상 영위하지 않을 의도로 폐업하고, 수익사업회계에서 당초자산의 매각대금을 포함한 금원을 비영리사업회계에 전입하였고, 그 이후 대체자산을 취득하기 전까지 그 금원을 수익사업에 사용한 적이 없는 사실을 알 수 있는바, 원고가 손금 산입한 금액으로 뒤늦게 수익용 자산을 취득하였다는 사정만으로 비영리사업회계에 전입한 것을 당초부터 명목상에 불과한 것이라고 볼 수는 없다.

따라서 원고가 수익사업회계에 속하는 금원을 비영리사업회계에 전입한 행위를 단지 명목뿐이라는 전제하에 당초부터 손금산입 요건을 충족하지 않았다고 판단하여 손금산입한 당해 사업연도의 익금에 산입한 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다(다만, 이 사건에서와 같이 학교법인이 고유목적 사업준비금의 손금산입 규정에 근거하여 손금에 산입한 금원을 그 후 5년이 경과하기 전에 실질적으로 수익사업에 지출 ・ 전용하는 등 더 이상 고유목적사업에 지출하지 아니하겠다는 사정이 드러난 경우 위 금원을 환원하여 익금에 산입하여야 할 것인바, 그러한 경우에도 법인세법 제29조 제3항에서는 고유목적 사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때 등의 경우에는 손금에 산입한 고유목적 사업준비금 중 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 잔액을 위 환입사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다고 규정되어 있는 점, 조세부과처분은 그 부과의 근거가 된 사실이 발생한 날이 속하는 사업연도를 기준으로 소득금액을 계산하여야 하는 점 등을 종합하면, 수익사업에 지출 ・ 전용한 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여야 할 것이다).

3) 2005 사업연도 법인세 취소의 범위

피고가 2005 사업연도에 익금에 산입한 금원 중 수익사업용 자산의 취득자금으로 사용한 것으로 인정한 11,025,339,738원을 공제하여 산출한 정당한 세액은 별지기재 법인세 산출내역과 같은바, 이에 따르면 원고의 2005 사업연도 법인세액은 부(負)의 금액이 되므로 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.