일반과세자가 간이과세자로 유형전환시 부과된 재고납부세액의 적법 여부

원고는 1996. 7. 1.부터 1995년도 공급대가가 1억5천만원에 미달하여 간이과세자에 관한 규정을 적용받게 된다 할 것이므로, 일반과세자로서 기환급받은 매입세액에 대해 재고납부세액을 부과한 처분은 적법함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

1. 부과처분의 경위

아래 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2,3호증을 제1호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

가. 원고는 1994. 6. 25. 관할 세무서장인 피고에게 부동산임대업을 하는 일반과세자로 사업자등록을 한 뒤 같은 해 9. 20. ○○시 ○○동 78의 1 지상에 건물을 완공하여 그 무렵 신규로 사업을 개시하였는데, 위 건물의 신축과 관련하여 금49,076,430원을 매입세액으로 인정받아 이를 공제받고 1994년 2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 1994년도 공급대가를 금2,640,000원(과세표준 금2,400,000원, 납부세액 금240,000원)으로 신고한 뒤 1995. 3. 31. 관할 세무서장에게 과세특례포기신고서를 제출하였으며, 그 후 1995년도 공급대가는 금39,347,995원에 달하였다.

나. 그런데 피고는, 원고가 부가가치세법(이하 법이라고만 한다) 부칙 제3조 제1항에 의하여 1996. 7. 1. 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환되었음에도 1996년도 제1기 부가가치세 확정신고시에 재고납부세액을 납부세액에 가산하여 신고하지 아니하였다는 이유로 원고가 이미 공제받은 매입세액 중 법 제26조의 2 및 법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15195호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 74조의 4 제3항 제3호 (가)목의 규정에 따라 산출한 1996년도 제2기 부가가치세 금11,778,340원 [=금49,076,460원(공제받은 매입세액) x {1 - 10/100 x 4(경과된 과세기간 수)} x {1 - 20/100(법 제26조 제3항 제2호에 규정하는 공제율)} x 1/2]을 1997. 2. 1.자로 원고에게 부과하였다(이하 이 사건 부과처분이라 한다).

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고가 이 사건 부과처분은 위 처분사유와 관계법령에 따라 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 첫째 원고가 구 부가가치세법(1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되기 전의 것) 제30조의 규정에 따라 이미 과세특례포기신고를 하여 일반과세자가 되었으므로 1998. 6. 30.까지는 현행법에 의하여 간이과세자로서 부가가치세를 부과할 수 없고, 둘째, 가사 현행법에 의하여 과세유형이 전환된다 하더라도 1995년도 공급대가가 금48,000,000원에 미달하여 과세특례자에 해당하며, 셋째, 가사 간이과세자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있다 하더라도 법 제26조 제3항 각 호에 규정하는 공제율은 법 부칙 제4조 제2항의 규정에 따라 100분의 30이 되므로 이를 토대로 원고의 재고납부세액을 계산하면, 금10,306,050원 [=금49,076,460원(공제받은 매입세액) x {1 - 10/100 x 4(경과된 과세기간 수)} x {1 - 30/100(법 제26조 제3항 제2호에 규정하는 공제율)} x 1/2]이 되므로 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

법 제25조 제1항은, 다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장(제7장)의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 사업을 제외한다고 규정하고, 그 제1호에서, 직전 1역년의 재화와 용역에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 공급대가 라 한다)가 1억 5천만원에 미달하는 개인사업자로서 제2호의 규정에 해당하지 아니하는 자(이하 간이과세자 라 한다)를, 그 제2호에서, 직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 과세특례자 라 한다)를 규정하고 있고, 법시행령 제74조 제1항은, 대리,중개,주선,위탁매매 및 도급 이외의 개인사업자가 당해 공급대가의 합계액이 4,800만원에 미달하는 때에는 과세특례자로 한다는 취지로 규정하고, 법 제26조의2는, 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다고 규정하고, 법 제30조 제1항은, 간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 제25조 제1항의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정을 적용받을 수 있다. 이 경우 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 법시행령 제74조의 4 제1항은, 일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한한다)을 그 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 간이과세 또는 과세특례전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고, 그 제4호에서, 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득, 건설 또는 신축후 5년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작후 2년 이내의 것에 한한다)을 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은, 일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 재고납부세액 이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다고 규정하고, 그 제3호에서, 제1항 제4호에 규정된 자산으로서, 사업자가 직접 제작, 건설 또는 신축한 자산 중 건물 또는 구축물 재고납부세액은 [당해 자산의 건물 또는 신축과 관련하여 공제받은 매입세액 x (1- 10/100 x 경과된 과세기간의 수) x (1- 법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율)]의 산식에 의하도록 규정하고 법 제26조 제2항 제1호는, 간이과세자의 납부세액은 [당해 과세기간의 공급대가 x 직전 3년간 신고된 업종별 평균 부가가치율 등을 감하여 100분의 10에서 100분의 50의 범위내에서 대통령령이 정하는 당해업종의 부가가치율 x 100분의 10]의 산식에 의하여 계산한 금액으로 규정하고, 법시행령 제74조의 3 제4항 제9호는, 부동산임대업의 부가가치율을 100분의 43으로 규정하고 있으며, 법시행령 부칙 제5조는, 제74조의 3의 규정을 적용함에 있어서 1과세기간의 과세표준이 5천만원 미만인 사업자에 대하여는 제73조의 3의 개정규정에 불구하고 1996년도 부가가치율의 상한을 35퍼센트로 한다고 규정하고, 법 제26조 제3항 제2호는, 제2항 제1호의 규정에 의한 당해 업종의 부가가치율이 100분의 20을 초과하는 간이과세자에 대하여는 당해 예정신고기간 또는 과세기간에 교부받은 세금계산서 등에 기재된 매입세액의 100분의 20에 상당하는 금액으로 규정하고 있는 반면, 법 부칙 제4조 제2항은, 제26조 제3항의 개정규정을 적용함에 있어서 동조 제2항에서 규정하는 당해 업종별 부가가치율이 100분의 40 이상인 업종으로서 1과세기간 과세표준이 5천만원 미만인 사업자에 대하여는 동조 제3항의 개정규정에 불구하고 1996년도 공급분에 대하여는 세금계산서 등에 기재된 매입세액의 100분의 30을, 1997년도 공급분에 대하여는 100분의 25를 각 예정신고기간 또는 과세기간에 대한 납부세액에서 공제한다고 규정하고 있으며, 법 부칙 제3조 제1항은, 1995. 1. 1.부터 12. 31.까지의 재화 또는 용역의 공급대가(1995년 중간에 신규로 사업을 개시한 자의 경우에는 제25조 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액)가 제25조 제1항 제1호의 개정규정에 의한 금액에 미달하는 개인일반과세자에 대하여는 1996. 7. 1.부터 간이과세자에 관한 규정을 적용한다.

다만, 당해 사업자가

일반과세자로 적용받고자 사업장 관할 세무서장에게 1996. 6. 20.까지 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고, 법시행령 부칙 제4조 제3항은, 이 영 시행전에 종전의 제78조 제1항의 규정에 의하여 과세특례포기신고서를 제출한 자로서 1996. 7. 1.자로 간이과세자에 관한 규정을 적용받을 수 있게 된 자가 1996년도 제2기 과세기간부터 일반과세자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 1996. 7. 25.까지 관할 세무서장에게 일반과세적용을 신고하여야 한다고 규정하고, 법시행령 부칙 제6조는, 이 영 시행으로 인하여 1996. 7. 1.자로 일반과세자로부터 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 자(이하 과세특례전환자등 이라 한다)가 1996. 6. 30. 현재 보유하던 재고품 및 감가상각자산(간이과세자로 변경되는 경우에는 건물 및 구축물을 제외한다 에 대하여는 제74조 제4항의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으며, 한편 구 부가가치세법(1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항, 제30조, 구 부가가치세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14863호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호는, 직전 1역년의 공급대가가 금36,000,000원에 미달하는 개인 부동산임대사업자는 과세특례자에 해당하는데, 과세특례자에 해당하는 개인사업자가 일반과세자의 규정을 적용받기 위하여 과세특례포기신고를 한 때에는 그 적용받고자 하는 달의 1일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 과세특례에 관한 규정의 적용을 받지 못한다는 취지로 규정하고 있다.

다. 판단

먼저 원고의 첫째 주장에 관하여 보건대, 원고가 구 부가가치세법의 규정에 따라 이미 과세특례포기신고를 하여 일반과세자가 되었다 하더라도 1995년도 공급대가가 1억 5천만원에 미달하는 이상, 법 부칙 3조 제1항의 규정에 의하여 1996. 7. 1.부터는 간이과세자에 관한 규정을 적용받게 된다 할 것이므로 원고의 첫째 주장은 이유 없고, 다음 원고의 둘째 주장에 관하여 보건대, 갑 제1호증의2, 갑 제4호증의1의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1995. 3. 31.자 과세특례포기신고에 의하여 1995. 7. 1.부터 일반과세자에 관한 규정을 적용받게 된 사실을 인정할 수 있고 반증 없으므로 원고는 법에 특별한 경과규정이 없는 이상, 구 부가가치세법의 규정에 의하여 위 적용일로부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간인 1998. 6. 30.까지는 과세특례에 관한 규정을 적용받을 수 없다 할 것이어서 원고의 둘째 주장도 이유 없으며, 마지막으로 셋째 주장에 관하여 보건대, 원고는 1과세기간의 과세표준이 5천만원 미만인 부동산임대사업자로서 법시행령 부칙 제5조의 규정에 의하여 1996년도 부가가치율의 상한이 35퍼센트에 해당하므로 법 부칙 제4조 제2항의 적용이 없고, 따라서 원고의 납부세액을 산정함에 있어 적용하여야 할 공제율은 법 제26조 제3항 제2호에서 규정하는 100분의 20이 된다 할 것이어서 이와 반대의 견해를 전제로 한 원고의 셋째 주장 역시 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 부과처분은 적법하다 할 것으로서 이의 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.