과세특례자로 과세유형전환시 일반과세자일 때 공제하여준 매입세액의 추징 여부

일반과세자일때 매입세액 공제에 있어 과세특례자로 변경될 때까지 공급하지 아니한 재고재화의 경우에는 미리 공제하여 준 매입세액 상당액을 추징할 수 있는 것이라고 할 것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

대법원 1988. 11. 8. 선고 88누2878 판결

1. 피고가 1987.1.6. 원고에 대하여 한 1987년도 수시분 부가가치세 금13,129,410원중 금12,457,164원을 초과하는 부분은 이를 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 이를 3분하여 그 2는 원고의, 나머지는 피고의 부담으로 한다.

성립에 다툼이 없는 갑제1호증, 을제1,2호증의 각1,2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ의ㅇㅇ 지상에 건물을 신축하여 부동산임대업을 경영할 목적으로 1984.6.8. 피고로부터 위 건물 소재지를 사업장으로 한 부가가치세의 일반과세자의 사업자등록증을 교부받은 후 1985.1.25. 위 건물을 준공하여 같은해 3.8.부터 그 사업을 개시한 부동산임대사업자로서 위 건물신축과 관련하여 1984년 제2기분 매입세액 금9,705,548원 및 1985년 제1기분 매입세액 금7,384,347원 합계 금17,089,895원을 환급받은 사실. 그런데 피고는 원고가 그 최초의 과세기간(1985.3.8.부터 같은해 6.30.까지)인 1985년 제1기 부가가치세 확정신고시에 임대수입금액으로 신고한 금3,859,274원(공급가액)이 부가가치세가 포함된 공급대가로는 금4,245,201원(공급가액 금3,859,274원 + 매출세액 금385,927원)이 되므로 부가가치세법 제25조 , 같은법시행령 제74조 제3항 에 따라 이를 환산한 직전 1역년의 공급대가가 금12,735,603원(4,245,201/4 × 12)이 되어 금24,000,000원에 미달되고 원고가 같은법 제30조 , 같은법시행령 제78조 소정의 과세특례포기신고서를 제출한 바도 없다는 이유로 같은법시행령 제74조의 2 제1항 단서 에 의하여 1986년 제1기 과세기간부터는 과세특례자로 유형전환된 것으로 보고 원고에게 그 과세유형이 전환된 사실에 대한 통지나 과세특례자로 사업자등록증을 정정 교부함이 없이 원고의 1986년 제1기 부가가치세 과세표준신고내용에 오류가 있다하여 이를 경정하기로 하여 원고가 신고한 과세표준(공급가액)금10,920,169원에 같은법 제26조 제2항 에 의한 특례세를 1,000분의20을 적용한 매출세액 금218,403원을 산출하고(원고를 과세특례자로 보는 경우 정당한 과세표준은 위 공급가액 금10,920,169원에 매출세액 금1,092,016원을 보탠 금12,012,185원이 되고 여기에 특례세율 1000분의20을 적용하면 그 정당한 매출세액은 금240,243원이 된다) 여기에다 같은법시행규칙 제23조의 3 제1항 제4호, 제3항 제3호 에 의한 재고납부세액 금12,176,550원〔위 건물의 신축과 관련하여 공제받은 매입세액 금17,089,895원 × 같은법시행령 제63조 제2항 제2호 에 의한 자산의 보유기간별 체감율 100분의 75 × (1 - 5/100)〕 및 같은법 제22조 제3항 에 의한 미납부가산세 금1,826,482원 {이는 총미납재고납부세액 금12,176,550원을 예정신고시 미납부재고납부세액과 확정신고시 미납부재고납부세액으로 균분하고 예정신고 미납부가산세액을 금6,088,275원의 100분의20으로, 확정신고 미납부가산세액을 금6,088,275원의 100분의10으로 계산하여 합산한 금액이지만, 원고를 과세특례자로 보는 경우의 정당한 신고납부불성실 가산세액은 금1,132,477원〔(금240,243원 + 재고납부세액 금12,176,550원 - 신고납부세액 금1,092,016원) × 100분의10〕이며 피고는 착오로 이보다 많이 산출하였음}을 가산하고 여기에서 신고납부세액 금1,092,016원을 차감한 고지세액 금13,129,410원을 산출하여 〔원고를 과세특례자로 보는 경우 정당한 고지세액은 금12,457,164원(매출세액 금240,243원 + 재고납부세액 금12,176,550원 + 신고납부불성실가산세 금1,132,477원 - 신고납부세액 금1,092,106원)인데 착오로 이보다 많이 부과됨〕이를 1987.1.6. 원고에게 부과고지한 사실을 인정할 수 있고 반증없다.

원고는 부가가치세법시행령 제74조의 3 제3항 은 부가가치세법상 과세특례자로 변경되기 이전에 일반과세자로서 이미 적법하게 공제받았던 매입세액을 다시 납부하도록 하는 것으로서 그 공제매입세액을 추징하거나 그 공제매입세액의 납부의무를 새로이 부과하는 것에 다름아니므로 과세요건내지 그 부과징수에 관한 사항을 규정한 것이라고 할 것인데 부가가치세법상 위와같은 시행령에 위임한 근거규정이 없으므로 부가가치세법시행령 제74조의 3 제3항 은 모법인 부가가치세법의 위임근거가 없는 것이어서 무효라고 할 것이고 무효인 위 시행령의 규정을 적용하여 재고납부세액 및 그에 대한 신고납부불성실가산세를 가산하여 산출한 이건 과세처분은 위법하다고 주장하므로 살피건대 부가가치세법 제17조 제1항 은 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 매입세액이라 한다)을 공제한 금액으로 한다고 규정하여 일반과세자의 납부세액은 자기가 공급한 재화에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다는 것을 명시하고 있는바, 위 조항은 과세특례자에게는 적용되지 아니하고( 같은법 제25조 제1항 ) 일반과세자에게만 적용된다는 점과 재화 또는 용역의 공급 이 부가가치세의 과세대상이 된다는 부가가치세의 기본원칙( 같은법 제1조 )에 비추어 볼 때, 위 제17조 제1항 의 취지는 일반과세자의 납부세액은 그가 일반과세자의 지위에서 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다는 것으로 보아야 할 것이므로 위 조항에 의하여 매입세액을 공제할 수 있는것은 일반과세자로서 재화 또는 용역을 공급한 경우에 한하는 것이고 일반과세자로서 재화를 매입하였다 하더라도 그가 과세특례자로 변경될 때까지 이를 공급하지 아니하였거나 과세특례자로 변경된 후에 이를 공급한 경우에는 위 조항의 매입세액을 공제할 수 없는 것이라 할 것이다. 그러므로 부가가치세법이 각 과세기간중의 총매출세액에서 총매입세액을 공제하여 산출한 부가가치세액을 신고, 납부하는 제도를 취하므로 인하여( 같은법 제3조 , 제18조 , 제19조 ) 일반과세자가 특정과세기간내에 매입하고 아직 다른사람에게 공급하지 아니하고 있는 재화에 대하여 과세관청이 미리 그 매입세액을 공제하여 주었으나, 그가 과세특례자로 변경될 때까지 이를 다른사람에 공급하지 아니한 경우에는 부가가치세법 제17조 제1항 의 해석상 미리 공제하여 준 매입세액 상당액을 추징할 수 있는 것이라고 할 것이다.

부가가치세법시행령 제74조의 3 제3항 이 일반과세자가 과세특례자로 변경된 경우에는 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액을 공제받은 경우 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다고 규정한 것은 부가가치세법 제36조 의 위임에 의하여 같은법 제17조 제1항 의 취지에 따라 공제받을 수 없는 매입세액을 미리 공제하여 준 경우의 매입세액 상당액을 징수한다는 것을 규정한 것에 불과하고 모법의 위임근거없이 새로운 과세요건을 정한 것은 아니라 할 것이므로 같은법시행령 제74조의 3 제3항 의 규정이 같은법 제36조 의 이 법 시행에 관하여 필요한 사항 의 범위를 넘어서 새로운 법률사항을 규정함으로써 조세법률주의에 위배된 것이라고 할 수 없을 것이고 따라서 원고의 위 주장은 이유없다.

원고는 일반과세자로서 사업자등록증을 교부받아 제반신고를 적법하게 이행하여 원고가 일반과세자에게 과세특례자로 유형전환되게 되면 피고로서는 과세유형이 전환된 사실을 과세기간 개시 20일전까지 사업자인 원고에게 통지하고 사업자등록증을 정정교부하여야 함에도 이를 이행하지 아니하고 한 피고의 이건 과세처분은 위법하다고 주장하므로 살피건대 부가가치세법 제25조 의 규정이 적용되지 아니하는 일반과세자가 그 규정의 과세특례자로 되는 경우 그 규정의 적용시기에 관하여 부가가치세법시행령 제74조의 2 제3항 은 제1항에 규정한 시기에 법 제25조 의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조 의 규정을 적용한다고 규정함으로써 과세유형이 과세특례자로 전환되는 사업자의 경우는 부가가치세법시행령 제74조의 2 제2항 규정의 과세유형전환사실에 대한 통지에 관계없이 같은시행령 제74조의 2 제1항 에 규정한 시기에 과세특례에 관한 같은법 제25조 의 규정이 적용됨을 명시하고 있으므로 원고에 대하여는 같은시행령 제74조의 2 제2항 규정의 과세유형전환사실에 대한 통지에 관계없이 1986년 제1과세기간으로 부터 과세특례에 관한 같은법 제25조 의 규정을 적용하여 부가가치세를 부과징수하여야 할 것이고 이 경우 피고가 위 시행령 제74조의 2 제2항 규정에 의한 통지를 하지 않은 채 같은법 제25조 의 규정을 적용하여 부가가치세의 부과처분을 하였다하여 그것을 위법한 것이라고 할 수 없는 것이므로 원고의 위 주장도 이유없다.

다만 피고가 세액계산을 함에있어 앞서본 바와 같은 잘못이 있으므로 피고의 이건 부가가치세 금13,129,410원의 부과처분중 금12,457,164원을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이다.

그렇다면 원고의 청구는 부가가치세 금13,129,410원중 금12,457,164원을 초과하는 부분에 대한 취소를 구하는 범위내에서 이유있어 이를 인용하고 나머지는 이유없어 이를 기각하고 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제89조 , 제92조 를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

1990. 3. 2.