사업의 포괄적 양수인이 종전사업자가 공제받은 매입세액의 범위 내에서 재고매입세액을 납부할 의무가 있는지 여부

재고매입세액을 가산하여 납부하여야 하는 경우로서 매입세액의 공제를 받은 경우라 함은, 매입세액으로 공제받은 후 간이과세자로 과세유형이 전환된 경우로 제한적으로 해석해야 하고, 전 사업자가 공제받은 매입세액에 대해서까지 재고매입세액을 가산하여 납부하여야 하는 것은 아님

법인세법 제66조 결정 및 경정

피고의 항소를 기각한다.

항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2004. 9. 6. 원고에 대하여 한 2003년도 2기분 부가가치세 32,529,650원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

가. ○○○, ○○○(이하 '○○○ 등'이라 한다)은 2002. 1.경 충주시 ○○동 ○○번지 대지 349.3㎡ 지상에 철근 콘크리트조 콘크리트평슬래브지붕 5층 건물을 신축하여 2002. 1. 30. 피고에게 숙박업 사업자등록을 마친 후 위 건물에서 '○○○○ 모텔'(이하 '이 사건 모텔'이라 한다)을 운영하면서 일반과세자로 과세유형을 적용받아 2002년도 1기분 부가가치세 예정신고 당시 건물 신축비용 45,454,545원을 고정자산 매입금액으로 신고하여 매입세액 4,545,455원 상당액을 환급받은 바 있는데, 2002. 2. 28. ○○○에게 이 사건 모텔의 대지 및 건물을 매도한 후 같은 날 폐업신고를 하고, 같은 날 ○○○과의 사이에 이 사건 모텔의 대지 및 건물에 관한 매매계약과는 별도로 숙박업에 관한 사업 포괄양도양수계약을 체결하였다.

나. 한편 ○○○은 2002. 2. 28. 피고에게 숙박업 사업자등록을 마친 후 일반과세자로서 과세유형의 적용을 받아 이 사건 건물에서 모텔을 운영하면서 2002년도 1기분 부가가치세 예정신고 당시 이 사건 건물에 필요한 비품 등의 매입비용 17,272,727원을 고정자산 매입금액으로 신고하여 매출세액을 초과한 1,397,001원을 환급받았다.

다. 그 후 ○○○은 2002. 11. 2. 당시 그가 운영하던 이 사건 모텔에서 일하고 있던 원고의 중개로 ○○○, ○○○ 부부와의 사이에 매수인을 ○○○로 하고 이 사건 모텔의 대지 및 건물을 12억 원에 매도하되, 계약금을 3억 원으로 하고, 중도금 6억 5천만원으로 하되 위 금액 상당의 기존 대출금을 원고가 인수하며, 잔금은 2억 5천만 원으로 하고, 특약사항으로 "잔금 지불시에 등기서류 일체를 매수인에게 교부하고 매도인은 매수인에게 모든 권한을 인수·인계한다. 살림살이만 매도인이 갖고 나머지 예속된 일체는 현장에 두기로 한다"는 내용의 매매계약(을 제8호증)을 체결하였다.

라. 그런데, 그 후 위 ○○○ 부부가 위 매매계약의 이행이 여의치 않게 되자, ○○○은 위 ○○○ 부부 및 원고와 협의한 후, 다시 위 ○○○ 부부와의 매매계약과 같은 조건으로 원고와 매매계약을 체결하면서, 원고와의 사이에 실제의 매매조건을 기재한 매매계약서를 작성하지 않은 채 법무사 사무실에서 이 사건 모텔의 대지 및 건물의 소유권이전에 필요한 부동산매매계약서(갑 제1호증)만 원고를 매수인으로 하여 작성하였고, 그 대신 ○○○은 2002. 11. 4. 이 사건 모텔의 대지 및 건물에 대한 매매대금조로 12억 원 전액을 원고로부터 영수했다는 취지가 기재된 영수증(갑 제6호증)을 원고에게 교부한 다음 2002. 11. 5. 폐업신고를 하였고, 이에 원고는 2002. 11. 5. 피고에게 숙박업으로 사업자등록을 하고 이 사건 모텔을 운영하여 오다가 2003. 12. 11. ○○○에게 이 사건 모텔의 대지 및 건물을 매도하고 같은 날 폐업신고를 하였다.

마. 그런데 피고는 원고가 이 사건 모텔을 운영하던 중 2003. 7. 1.을 기준으로 과세 유형이 일반과세자에서 간이과세자로 전환되었음에도 불구하고 2003년도 2기분 부가가치세 확정신고 당시 이 사건 모텔 건물과 기타 감가상각재산에 대한 재고납부세액을 납부세액에 가산하여 납부하지 않자, 2004. 9. 6. 부가가치세법(이하 '법'이라 한다) 제26조의2, 법 시행령 제74조의4에 따라 이 사건 모텔 건물과 기타 감가상각자산에 대한 재고매입세액으로서 ○○○ 등이 매입세액 공제를 받은 이 사건 모텔 건물에 대한 27,625,000원{=5억 원X(1-5/100X3과세기간)X10/100X(1-35/100)}, ○○○이 매입세액 공제를 받은 기타 감가상각자산에 대한 280,681원{=17,272,727X(1-25/100X3과세기간)X10/100X(1-35/100)}의 합계 27,905,681원을 원고의 매출세액에 산입하고 가산세 4,623,971원을 부가하여 2003년도 2기분 부가가치세를 32,529,650원으로 증액하는 내용의 경정처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

바. 이에 원고가 2004. 9. 9. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 위 청구는 2004. 11. 26. 기각되었다.

[인정증거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 5, 8, 9호증(위 각 증거에 가지번호 있을 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 을 제10호증의 일부 기재, 변론 전체의 취지.

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는, ○○○이 ○○○ 등으로부터 이 사건 모텔의 대지 및 건물과 함께 사업을 포괄적으로 양도받아 일반과세자로서 숙박업을 운영하다가 원고에게 이를 그대로 양도하였고 원고는 이 사건 모텔을 운영하면서 일반과세자로서 ○○○과 동일한 업종인 숙박업을 운영하여 사업의 포괄적 양수인에 해당하므로 종전 사업자가 공제받은 매입세액의 법위 내에서 이 사건 모텔 건물과 기타 감가상각자산에 대한 재고매입세액을 납부할 의무를 부담하는 것이어서 이 사건 처분은 관계법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, ○○○으로부터 이 사건 모텔의 대지 및 건물을 양도받았을 뿐 사업의 포괄적 양수인이 아닐 뿐 아니라 일반과세자가 간이과세자로 과세유형이 전환되어 재고매입세액을 납부하여야 하는 것은 법 제17조에 따라 자신이 직접 매입세액을 공제받은 경우에 한하므로 종전 소유자가 공제받은 재고매입세액을 납부하여야 할 의무가 없고, 따라서 피고의 이 사건 처분은 납세의무가 없는 자에 대한 처분으로서 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 먼저 사업의 양수인이 재고매입세액의 납부의무를 부담하는지 여부에 관하여 보건대, 법 제26조의2는 일반과세자가 간이과세자로 변경되는 경우 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 간이과세자의 납부세액에 가산하도록 하면서, 납부세액에 가산하여야 할 대상인 재고품 및 감가상각자산은 일반과세자가 간이과세자로 변경되는 날 현재의 재고품 및 감가상각자산으로서 법 제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 매입세액공제를 받은 것에 한 한다고 규정하고 있을 뿐이므로, 일반과세자로부터 다른 일반과세자에게 사업이 양도된 후 과세유형이 일반과세자에게 간이과세자로 전환된 경우, 사업의 양수인인 과세유형 전환 당시의 사업자가 사업의 양도인인 전 사업자가 공제받은 재고품 및 감가상각자산의 매입세액에 대하여 매입세액공제를 받은 것으로 보아 재고매입세액을 납부하여야 하는 것으로 해석할 수 있는지 여부가 문제된다.

(2) 살피건대, ① 조세법의 해석에 있어서도 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 크게 해치지 않는 범위 내에서 입법의 동기, 취지 및 목적과 사회통념에 따른 목적론적 해석은 어느 정도 허용되어야 하겠지만, 한편 조세법령은 납세의무의 한계를 설정하는 것이므로 그 내용은 명확하여야 하고, 그 해석에 있어서도 행정편의적인 확장해석을 하는 것은 허용되지 아니하며, 과세요건 및 비과세요건이나 감·면세요건에 관하여 법문 그대로 엄격하게 해석될 것이 요구되는 점(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결), ② 간이과세자로의 과세유형 전환에 있어 재고매입세액을 공제하도록 하는 것은 일반과세자가 간이과세자로 전환되는 경우에 과세표준과 세액, 신고와 납부, 경정·징수와 환급 등에 관하여 특례를 적용받게 되는데, 이미 재고품 등에 대하여 일반과세자로서 매입세액을 공제받은 상태이므로 다른 간이과세자보다 유리하게 되는 불합리를 해소하기 위한 제도이고, 한편 사업의 양도를 재화의 공급으로 보지 아니하는 것은 특정 재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세의 공급의 본질적 성격에 맞지 아니할 뿐 아니라 일반적으로 그 거래금액과 나아가 그에 관한 부가가치세액이 커서 양수자는 거의 예외 없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되어 이와 같은 거래에 대하여도 매출세액을 징수하도록 하는 것은 사업양수자에게 불필요한 자금압박을 주게 되어 이를 피하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 배려에 연유하는 것이므로(대법원 1983. 6. 28. 선고 82누86 판결 등), 양자는 별개의 제도로서 그 취지를 달리하는 점, ③ 간이과세제도는 세제에 대한 인식이나 장부기장능력이 미숙하여 법이 요구하는 각종 의무의 이행을 기대하기 어려운 영세사업자를 보호하고, 이들의 납세편의를 도모함과 동시에 납세비용을 감소시키기 위함에 그 취지가 있는데 {헌법재판소 2001. 4. 26. 선고 99헌바108, 2000헌바3, 2001헌바1(병합) 결정}, 사업이 양도된 후 양수인이 일반과세자로서 사업을 운영하다 사업소득이 줄어들어 간이과세자로 전환된 경우, 양도 전 사업자들이 공제받은 매입세액을 가산하여 납부하여야 하는 것으로 해석한다면 양수인으로서는 간이과세 특례의 적용을 받는 이익보다 전 사업자들이 공제받은 매입세액을 가산하여 납부하여야 하는 부담이 훨씬 큰 경우도 있을 수 있어 소규모 영세사업자에게 세제에 대한 특례를 인정하여 보호하고자 하는 간이과세제도의 취지에 반할 뿐 아니라, 재고매입세액의 가산은 간이과세자간의 공평을 도모하는 외에 간이과세자로서 공제받을 수 없는 매입세액을 미리 공제하여 준 경우에 매입세액 상당액을 징수하는 의미도 있는데 사업의 양수인의 입장에서 볼 때 자신이 직접 공제받지 않은 세액에 대하여 징수받게 되어 불합리한 점, ④ 법 제26조의2는 재고매입세액가산의 대상으로 제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한하는 것으로 규정하고 있는데, 이는 그 법문상 사업자 자신이 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전화된 경우에 그가 일반과세자였을 당시 사업자 자신이 직접 매입세액을 공제받은 경우 그 감가상각자산 등에 대하여 위 시행령의 규정에 따라 계산한 금액을 가산하여 납부하여야 한다는 의미로 풀이되고, ⑤ 나아가 법 시행령 제74조의4 제3항은 재고매입세액을 계산하는 방법에 관하여 건물 또는 구축물 등을 다른 사람으로부터 매입한 경우와 사업자가 직접 제작·건설 또는 신축한 경우를 다르게 규정하고 있는데, 사업양도의 양수인이 사업의 물적 시설을 양도인인 전 사업자로부터 매입한 경우, 전 사업자들이 어느 유형에 따라 매입세액공제를 받았는지에 따라 재고매입세액의 산출방법이 달라지는 결과 만일 전 사업자가 건물을 신축하여 매입세액을 공제받았다면 사업의 양수인이 건물을 직접 신축하지 않았음에도 건물을 신축하여 매입세액을 공제받은 사업자가 되어 법상 사업자 개념에 혼란을 초래하는 점 등을 종합하면, 재고매입세액을 가산하여 납부하여야 하는 경우로서 매입세액의 공제를 받은 경우라 함은 사업자가 일반과세자로서 건물이나 구축물 및 기타 감가상각자산 등에 관하여 직접 매입세액으로 공제받은 후 간이과세자로 과세유형이 전환된 경우로 제한적으로 해석함이 상당하고, 만일 양수인이 양도인인 전 사업자가 공제받은 매입세액에 대해서까지 재고매입세액을 가산하여 납부하여야 하는 것으로 해석한다면, 이는 법 제26조의2가 규정하는 매입세액의 공제를 받은 것에 한한다는 의미의 외연을 벗어난 지나친 확장해석으로서, 조세법률주의에 의해 요청되는 엄격해석의 원칙에도 반하는 것으로 허용될 수 없다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(3) 따라서, 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 살필 필요도 없이 피고의 이 사건 처분은 납세의무가 없는 자에 대한 처분으로서 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결을 이와 결론을 같이 하여 정당하고, 이에 대한 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.