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직전소송사건번호
서울행정법원-2012-구합-28209 (2013.09.27)
전심사건번호
조심*2011-부산청-2582 (2012.05.25)
제목
부가가치세를 납부하여야 하는 자
요지
부가가치세를 납부하여야 하는 자는 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 실제로 거래행위를 한 자임
관련법령
사건
2013누29225 부가가치세부과처분취소
원고, 항소인
AA종합건설
피고, 피항소인
BBBB국세청장 외 1명
제1심 판결
서울행정법원 2013.09.27 판결 2012구합28209
변론종결
2014.10.28
판결선고
2014.11.18
주문
1. 제1심 판결 중 다음에서 취소를 명하는 원고 패소 부분을 취소한다.
피고 CC세무서장이 2011. 4. 4. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 본세 86,023,794원의 부과처분 중 40,181,818원을 초과하는 부분, 2008년 제2기 부가가치세 본세 36,674,839원의 부과처분 중 710,758원을 초과하는 부분 및 2013. 3. 7. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 가산세 332,864,766원의 부과처분 중 2,746,784원을 초과하는 부분, 2008년 제2기 부가가치세 가산세 64,694,856원의 부 과처분 중 596,186원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 피고 BBBB국세청장에 대한 항소 및 피고 CC세무서장에 대한 나머지 항소를 각 기각한다.
3. 원고와 피고 BBBB국세청장 사이의 항소비용은 원고가 부담하고, 원고와 피고 CC세무서장 사이의 소송총비용은 이를 10분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고 CC세무서장이 각 부담한다.
청구취지 및 항소취지
제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소하고, ① 피고 CC세무서장이 2011. 4. 4. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 본세 86,023,789원의, 2008년 제2기 부가가치세 본세 36,674,840원의 각 부과처분, ② 피고 CC세무서장이 2013. 3. 7. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 가산세 332,864,760원의，2008년 제2기 부가가치세 가산 세 64,694,850원의 각 부과처분, ③ 피고 BBBB국세청장이 2011. 4. 4. 원고에 대하여 한 소득자 DDD, 소득종류 상여, 소득금액 2006년 귀속 988,810,032원, 2007년 귀 속 542,000,000원，2008년 귀속 153,632,000원의 각 소득금액변동통지 처분을 각 취소 한다라는 판결(처분 금액 중 일부가 주문의 기재와 약간 차이가 있으나 이는 사소한 계산방법상 차이에 기인한 것으로서 주문 기재와 같이 청구하는 것으로 볼 것이고, 원고는 피고 CC세무서장이 2011. 4. 4. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 가산세 73,077,211원의 부과처분에 관하여도 그 취소를 구하는 청구를 하였고 제1심 법원이 이를 인용하였으나 피고 CC세무서장이 이에 대하여 항소하지 아니하여 이 부분은 당심의 심판범위에서 제외되었다).
이유
1. 제1심 판결의 인용
이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문 중 처분의 경위 부분인 1항과 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법여부에 관한 판단 부분인 2.의 다. (2)항 및 가산세 처분의 적법여부에 관한 판단 부분인 2.의 다. (3)항을 아래와 같이 고쳐쓰는 외에는 제1심 판결 이유의 각 해당 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 고쳐쓰는 부분
가. [1. 항 부분]
1. 처분의 경위
가. 원고는 종합건설업을 영위하는 법인으로서 2006년경부터 EE메디컬센터 신축공사를, 2007년경부터 FF동 LLL마을 신축공사，GG시 F로 2-88호선 도로개설공사, GG컨벤션센터 연계시설 HHHH 7 호텔 시설공사 등을 수행하였다.
나. 피고 BBBB국세청장은 원고에 대하여 2005 ~ 2009 사업연도 법인통합조사를 실시한 후 피고 CC세무서장에게 다음과 같은 내용이 포함된 과세자료를 통보하였다.
(1) 원고가 2006 사업연도에 한 EE메디컬센터 신축공사와 관련하여, 당초 공사가액 179,901,342원 + 부가가치세 12,730,658원)을 다시 회수하면서 회수시점에 이를 장부상 주임종 단기대여금이 회수된 것으로 회계처리하였다.
"(4) 주식회사 II와 JJ(이하 'II와 JJ'이라고 한다)은 2007 ~ 2008 사업연도에 GG컨벤션센타 시설공사를 시행함에 있어서 거래처 주식회사 KK 외 42개 업체(이하KK 등'이라 한다)와 직접 거래하였음에도 원고가 위 KK 등으로부터 재화 또는 용역을 제공받아 이를 다시 II와 JJ에게 제공하는 것처럼 세금계산서를 수수하여 거래관계를 위장하였다.", "다. 피고 CC세무서장은 피고 BBBB국세청장으로부터 위와 같이 통보받은 과세자료에 따라 과세표준을 변경하고 기납부세액을 공제한 후 2011.4.4. 원고에 대하여 2006 사업연도 법인세 9,042,120원，2007 사업연도 법인세 407,986,180원, 2006년 제2기 부가가치세 12,335,370원, 2007년 제1기 부가가치세 17,315,450원, 2007년 제2기 부가가치세 159,101,000원(LLL마을 신축공사 관련 본세 40,181,818원, GG컨벤션센터 시설공사 관련 본세 45,841,975원을 합한 본세 86,023,794원과 가산세 73,077,211원 을 합한 금액에서 10원 미만을 버린 금액)，2008년 제1기 부가가치세 217,188,590원(가산세 332,864,766원 포함, GG 중로 도로개설공사 관련 본세 13,733,920원 및 가산세 2,746,784원을 더한 후 GG컨벤션센터 시설공사와 관련하여 본세 129,410,090원을 공제하고 가산세 330,117,982원을 합한 금액에서 10원 미만을 버린 금액), 2008년 제2기 부가가치세 101,369,690원(가산세 64,694,856원 포함，GG 중로 도로개설공사 관련 본세 710,758원 및 가산세 596,186원과 GG컨벤션센터 시설공사 관련 본세 35,964,081원과 가산세 64,098,670원을 합한 금액에서 10원 미만을 버린 금액), 2009년 제2기 부가가치세 9,890,050원을 각 부과하였다(위 부과처분 중 2007년 제2기 부가 가치세 159,101'000원' 2008년 제1기 부가가치세 217,188,590원' 2008년 제2기 부가가치세 101,369,690원의 부과처분을이 사건 부가가치세 부과처분'이라 하되, 이들에 각 포함되어 있는 가산세 부분 중 아래와 같이 2013.3.7. 부과된 것은 그에 의한다). 한편 피고 BBBB국세청장은 2011.4.4. 법인소득금액 계산상 익금산입한 2006 사업연도분 988,810,032원을, 2007 사업연도분 542,000,000원, 2008 사업연도분 153,632,000원 등 합계 1,684,442,032원을 대표자상여로 소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하이 사건 소득금액변동통지처분'이라고 한다. 이 사건 부가가치세 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지 처분을 합하여 '이 사건 처분'이라 한다).",라. 원고는 이에 불복하여 2011. 7. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나，조세심판 원은 2012. 5. 25. 원고의 심판청구를 기각하였다.
마. 피고는 이 사건 제1심 소송이 계속 중인 2013. 3. 7. 이 사건 부가가치세 부과처분 중 가산세 부분의 고지절차상의 하자를 이유로 2008년 제1기분 가산세 332,864,760원，2008년 제2기분 가산세 64,694,850원의 부과처분을 직권으로 취소하고, 같은 날 가산세의 종류 및 산출근거 등을 명시하여 동일한 세액의 가산세를 다시 부과하였다.
[인정근게 다툼 없는 사실，갑 제1 내지 3, 갑 제24호증, 을 제1, 27호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재，변론 전체의 취지
나. [2. 의 다. (2)항 및 (3)항 부분]
(2) 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부
(가) 이 사건 호텔 시설공사를 제외한 공사 관련 부과처분의 적법 여부
살피건대, 원고가 EE메디컬센터 신축공사, LLL마을 신축공사 및 GG 중 로 도로개설공사와 관련하여 거래처들로부터 수취한 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서라는 점은 앞서 살핀 바와 같고，이러한 허위의 세금계산서는 매입세액 불 공제 대상이므로, 피고의 이 부분 부가가치세 부과처분은 정당한 반면 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
이하에서는 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 호텔 시설공사 관련 부분에 한정하여 살피기로 한다.
(나) 인정사실
1) II와 JJ, PP도시와 원고의 운영자들 사이의 관계
II와 JJ의 대표이사 MMM은 사실상 PP도시도 운영하고 있고, 원고의 대표이사 DDD은 MMM의 동생이다.
2) 원고와 II와 JJ 사이의 공사 도급계약 체결 경위
"가) II와 JJ은 이 사건 호텔 공사의 시행자로서，OO건설 주식회사(이하OO건설'이라 한다)에 이 사건 호텔 공사 전체를 도급하는 한편, 2007. 3. 31. PP도시와 사이에 건설사업관리(CM) 용역계약서를 작성하였는데, 그 주요 내용은 이 사건 호텔 공사 중 내부 시설공사에 관하여 PP도시를 건설사업관리인으로 선임하여 PP도시로부터 공정 및 원가 관리, 시공사 감독에 의한 품질관리 등의 용역을 제공받아 (계약서 제4조) 효과적인 품질・공정・원가 관리로 이 사건 호텔 시설공사에 관하여 II와 JJ의 사업수익을 극대화하는 것(계약서 제1조)이었고，이에 따라 PP도시는 OO건설이 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 하수급업체를 선정하는 업무에 관여하였다.",나) 그런데 II와 JJ은 이 사건 호텔의 시설공사와 관련하여 시설 수준 및 비용 등을 둘러싸고 OO건설과 사이에 다툼이 발생하자 이 사건 호텔 시설공사 부 분만을 제3자에게 도급하고자 하였고，2007.12.10. 원고와 사이에 이 사건 호텔 시설 공사와 관련하여 도급인을 II와 JJ으로, 수급인을 원고로, 공사기간을 2007.12.15.부터 2008.4.30.까지로, 공사대금을 부가가치세를 포함하여 11,830,000,000원으로 하되 정확한 공사대금은 추후 공사에 소요되는 실비용을 발주자, 건설업체, 건설사업관 리인 3자 입회하에 확인・청산하는 실비정산방식으로 확정하기로 하는 건설공사 도급 계약(이하 '이 사건 도급계약'이라 한다)을 체결하였다.
3) 원고와 하수급업체 사이의 계약체결 및 공사대금 지급 방식
가) II와 JJ의 건설사업관리자인 PP도시는 이 사건 호텔 시설공사의 시공자가 OO건설에서 원고로 변경된 이후에도 하수급업체의 선정 및 관리에 관여 하였고，원고는 2007. 12.경부터 2008. 6.경까지 사이에 PP도시 및 II와 JJ이 제시 한 KK를 비롯한 총 43개의 하수급업체(위생기구 납품업체, 사우나 설비업체, 호텔 조경업체 등)와 자신의 명의로 공사계약을 체결하였다.
나) II와 JJ은 공사비용의 총괄적 관리를 위하여 원고 명의의 통장을 직접 보관하였는데, 원고가 하수급업체의 기성고를 확인한 후 PP도시에 하수급업체에 지급할 공사대금을 알려주면서 원고의 법인인감증명서를 송부하면，II와 JJ은 원고의 하수급업체에 해당 공사대금을 위 통장에서 이체해 주었다(세무조사 과정에서 작성된 DDD에 대한 문답서 기재 중에는 원고 명의의 통장 뿐 아니라 인감도장도 II와 JJ에게 맡겨 두었다는 취지의 기재가 있으나，이는 원고 경영지원본부 이사 QQQ의 진술 및 DDD의 나머지 진술과 상반되어 그대로 믿기 어렵다).
다) 한편 공사대금을 받지 못한 하수급업체들은 원고에게 직접 하수급 공사 대금의 지급을 요구하기도 하였는데，주식회사 RRR, 주식회사 SSS，주식회사 TTT 등은 원고에게 수차례에 걸쳐 공사대금의 납입 최고를 하 였고，주식회사 UUU, 주식회사 VVV는 원고에 대한 공사대금채권을 피보전 채권으로 하여 원고의 채권을 가압류 또는 압류하였으며，주식회사 WWW은 원고에게 공사대금 청구의 소를 제기하기도 하였다.
4) 원고와 II와 JJ 사이의 실비정산 및 공사대금의 지급
가) 원고는 2008.1.10.과 2008.3.12. 두 차례에 걸쳐 II와 JJ에게 공 사기성금을 청구하였고, II와 JJ은 경남은행으로부터 시설자금대출을 받아 원고 명의의 계좌에 공사대금을 송금하였다
나) 원고와 II와 JJ은 2008.4.30.，2008.5.29.，2008.6.29. 총 3차례에 걸쳐 공사기간을 연장하기로 하는 등 이 사건 도급계약의 내용을 조금씩 변경해 오다가, 이 사건 호텔 시설공사가 완료되자 2008.8.31. 실비정산방식에 따라 최종적인 공사대금을 산출하여 당초의 공사대금 11,830,000,000원을 9,748,300,000원으로 감액하기로 하였다.
5) 이 사건 호텔 시설공사 관련 원고가 수행한 업무
가) 원고는 2007.12.15.경 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 고용보험과 산업재해보상보험에 가입하고 2008.3.31.경 각 보험료를 납입하였다.
나) 원고는 하도급계약을 체결한 43개 업체 중 일부 업체로부터 이행(계약) 보증보험 증권이나 이행(하자)보증보험 증권을 교부받았다.
다) 원고는 XXX 주식회사，YYY 주식회사, ZZZ 주식회사， 주식회사 ABB, 주식회사 BAA, CAA, DAA 주식회사，주식회사 EAA, 주식회사 FAA，주식회사 GAA의 공사 진행상황을 확인하고，현장에서 업무협의，감독 등의 업무를 수행하였다.
마) 한편 원고는 이 사건 호텔 시설공사를 위하여 공사 현장으로부터 66m 떨어진 지점인 GG시 HA동 370-1 에 현장사무소를 설치하였고, 원고의 대표이사 DDD, 관리이사 IAA, 그 외의 직원 JAA，KAA이 위 현장사무소에 상주하면서 이 사건 호텔 시설공사에 관한 업무를 처리하였다.
바) 원고는 현장에서 상주하는 직원들의 직원숙소를 마련하기 위하여 GG 시 LA동 38 MA정공사원아파트 제13동 207호를 전세로 빌리고 그에 관하여 전세권 을 설정받았다.
6) 원고의 세금계산서 수수
"원고는 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 II와 JJ에게 공급가액 9,748,300,000원(2008년 제1기 8,900,000,000원 + 2008년 제2기 848,300,000원) 및 부가가치세 974,830,000원의 세금계산서를 교부하였고，KK 등으로부터 공급가액 9,272,259,667원(2007년 제2기 458,419,750원 + 2008년 제1기 7,605,899,100원 + 2008년 제2기 1,207,940,817원) 및 부가가치세 927,225,967원의 세금계산서를 교부받았다(이하이 사건 세금계산서'라 한다).",[인정근게 다툼 없는 사실，갑 제10, 22, 26 내지 30, 32, 33, 37 내지 41호증，을 제1, 6, 8, 32 내지 43호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
(다) 판단
1) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바，이 경우에 사실과 다르다는 의미는 '과세의 대상이 되는 소득，수익, 재산，행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어，세금계산서의 필요적 기재 사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결 등 참조), 부가가치세 납세의무자가 매입세액 공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 점에 관하여는 일차적으로 과세관청에게 증명책임이 있다(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결의 취지 참조). 한편 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003.1.10. 선고 2002도4520 판결 등 참조).
2) 살피건대，앞서 인정한 사실들과 앞서 본 증거들에 의하여 인정되는 사실 들에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 이 사건 도급계약의 체결 경 위，PP도시가 원고의 하수급업체 선정에 개입하게 된 경위, 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 원고가 수행한 업무, 관련 하수급업체들의 인식 등의 사정들을 종합하여 보 면，피고가 주장하는 사정이나 제출한 증거들만으로는 원고가 II와 JJ에게 단순히 명의만 빌려준 것이라고 보기 어렵고，달리 이 사건 세금계산서가 허위라고 인정할 증거가 없다.
①II와 JJ은 당초 이 사건 호텔 신축공사 전체를 OO건설에게 맡기려다 이 사건 호텔의 내부 시설공사를 둘러싸고 그 시설 수준 및 비용에 대해 상호 다툼이 생기자 여러 가지 사정을 고려한 끝에 원고에게 이 사건 호텔 시설공사를 실비정산 방식으로 별도로 발주하게 되었다.
② 한편 II와 JJ은 원고와 이 사건 도급계약을 체결하기 이전에 이미 PP도시와 건설산업관리 용역계약을 체결하여 이 사건 호텔 시설공사의 시공사가 누구인지 여부와 관계없이 하수급업체 선정 및 시공관리 등에 PP도시가 주도적으로 관여할 것이 예정되어 있었고, 실제로 원고가 II와 JJ과 이 사건 도급계약을 체결하기 이전부터 PP도시는 위 용역계약에 따라 시장조사를 하여 이미 상당수의 하수급업체들을 사실상 선정한 상태였다.
③ II와 JJ은 이 사건 호텔 시설공사의 비용을 절감하기 위해 원고에게 공사대금 관리 전부를 맡기는 것보다는 실비정산방식으로 공사대금을 정하는 방식을 채택하여 이 사건 도급계약을 체결한 것이므로，II와 JJ이 원고 명의의 통장을 관리하면서 원고의 하수급업체에 직접 공사대금을 이체하였다고 하더라도 이는 실비정산 을 위한 것으로 볼 여지가 있고 원고와 하수급업체 사이의 하도급계약이 형식에 불과 하다고 보기는 어렵다.
④ 원고는 이 사건 호텔 시설공사 중 조경공사의 일부인 이식공사와 부대 토목공사를 직접 시공하였는데, 그 외의 나머지 부분은 완제품의 납품 또는 설치만이 필요한 경우가 대다수여서 원고가 직접 시공할 필요는 없었고, 이를 시공할 하수급업체 를 관리하는 역할을 수행하는 것으로 충분했다. 실제로 하수급업체들이 위 공사의 대 부분을 수행하였고, 원고는 이 사건 호텔 시설공사를 위하여 인근에 컨테이너를 설치 한 후 현장사무실로 이용하면서 실비정산방식으로 체결된 이 사건 도급계약의 정산을 위해 하수급업체가 공사를 완료하면 그 정산을 위해 계약금액과 투입금액을 비교한 문서를 작성하는 업무 등을 수행한 것으로 보인다.
⑤ 원고의 대표이사 DDD은 세무조사 과정에서 전체 공사비용 중 XXX 주식회사 등 10개 업체에 하도급을 준 약 40억 원만이 원고가 직접 투입한 공사원가 이고, 이를 제외한 나머지 33개 업체는 II와 JJ이 하수급업체를 선정하면 계약서에 날인하였을 뿐이며，위 33개 업체로부터 실제로 납품을 받지 않았다고 진술한 것으로 되어 있으나, 세무조사 과정에서 이루어진 DDD의 진술기재는 원고에게 인감도장 을 맡겨둔 것인지 여부나 도급금액 감액 경위 등에 관하여 진술이 상호 모순되는 부분 이 있어 그 신빙성에 의문이 있는 점，위와 같이 10개 업체와 33개 업체를 구분하는 구체적인 경위, 근거 등에 관한 진술이나 자료가 부족한 점，위와 같은 진술은 II와 JJ과 PP도시가 원고의 하수급업체 선정을 주도하고 하수급업체에게 공사대금을 지급하였음을 설명하는 과정에서 나왔을 수 있는 점 등에 비추어 하면, 위와 같은 DDD의 진술기재를 그대로 받아들일 수 없고, 오히려 앞서 살핀 사정들과 뒤에서 살필 사정들에 의하면 원고는 43개의 하수급업체 전체와 직접 하도급계약을 체결하였다고 인식한 것으로 볼 여지가 상당하다. 나아가 하수급업체 중 일부는 원고를 하도급업체 로 인식하여 원고를 상대로 자신의 공사대금을 보전하기 위한 조치를 취하였고, 위 공 사대금채권 보전과정에서 원고는 명의만 빌려준 자이고 실제 도급을 준 업체는 II와 JJ이라고 주장한 적도 없다.
한편 일부 하수급업체 대표들은 세무조사 과정에서 PP도시 또는 II와 JJ 와 사람과 계약하는 줄 알았는데 계약 당시 PP도시 측의 요구에 따라 원고와 계약을 하였고 원고의 대표이사나 직원을 전혀 모르며 만난 적도 없다는 취지의 확인서를 제 출한바 있으나, 확인서 작성자 중 1인인 주식회사 OA인터내셔날 대표이사 PAA은 DDD에 대한 형사사건(GG지방법원 QA지원 2011고합66 사건)에서 확인서는 국세청 직원들이 불러주는 대로 써준 것이고 일부 사실과 다른 부분이 있다고 증언한 점, 확인서 작성자 중 1인인 XXX 주식회사의 대표이사 RAA은 세무조사 당시 당초 자신의 조카를 통해 DDD을 소개받아 입찰에 참가하였다고 진술하였고，위 형사사건 에서는 이 사건 호텔 시설공사 현장에서 DDD을 자주 만났으며 원고 직원이 몇 명 있었고 그들이 나무 검수와 흙 넣어 주는 일 등을 하였다고 증언한 점, 확인서 작성자 중 1인인 주식회사 BAA의 대표이사 SAA은 위 형사사건에서 현장 객토를 원고가 했다는 이야기를 직원으로부터 들었다고 증언한 점, 확인서 작성자 중 1인인 주식회사 YYY의 대표이사 QAA은 위 형사사건에서 위 YYY의 담당 직원이 현장에서 일을 하면서 원고 직원들과 업무협의를 한 것으로 보고받았으며, 납품 이후 원고의 경리부 에 전화해서 기성청구를 하였다고 증언한 점，확인서 작성자 중 1인인 주식회사 TAA 대표이사 UAA도 위 형사사건에서 원고에 공사대금을 직접 청구하였다고 증언한 점 등에 비추어 보면，위 각 확인서의 기재는 그대로 믿기 어려워 그것만으로 는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서라고 보기 곤란하고，오히려 위 각 확인서의 기재에 의하더라도 해당 하수급업체 대표자들은 적어도 원고가 계약상 대방임을 알고서 계약서를 작성하였다고 볼 여지가 있다.
⑥ 원고는 II와 JJ과 이 사건 하도급계약을 체결하게 됨으로써 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 산업재해관리나 채무불이행 책임의 부담 등 거래주체로서의 위험을 실질적으로 부담하게 되었다. 나아가 원고는 종합건설면허가 있고 다른 토목공 사나 건축공사 등을 시공한 경험이 다수 있어 이 사건 호텔 시설공사를 시행할 자격이 나 능력을 가지고 있었으며，실제로 원고는 이 사건 호텔 시설공사 중 일부를 직접 수 행하기도 하였고, 위 공사의 도급금액을 실비정산에 따라 변경하는 것에 적극적으로 관여하였다. 비록 원고의 대표이사이자 실질적인 운영자가 II와 JJ의 대표이사 MMM의 동생이어서 원고와 II와 JJ 사이에 특수관계가 인정되는 것은 사실이나 원고는 설립시부터 II와 JJ과는 독립적으로 운영되어 온 것으로 보이고，원고는 II와 JJ이 실비정산방식으로 이 사건 호텔 시설공사를 수급할 거래상대방을 찾지 못 하자 원고와 II와 JJ의 특수관계，시공사로서 원고의 능력 등을 고려하여 이를 수급한 것으로 보일 뿐, 자료상으로서 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 통해 부가가치세를 면탈하려는 의도가 있었던 것으로 보이지 않는다.
3) 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 전제에서 매입 세액 공제를 배제한 채 이루어진 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다고 할 것이 므로, 원고가 취소를 구하는 범위에서 이 사건 호텔 시설공사 관련 2007년 제2기분 45,841,975원, 2008년 제2기분 35,964,081원 부분은 취소하여야 할 것이다.
(3) 이 사건 가산세 부과처분의 적법 여부
가) 절차적 위법의 존부
하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고，또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액 과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처 분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우 에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 판결 참조).
이 사건의 경우 피고 CC세무서장이 2013.3.7. 2008년 저1기 부가가치세 가산세 332,864,760원 및 2008년 제2기 부가가치세 가산세 64,694,850원의 부과처분을 직권으로 취소하고, 같은 날 가산세의 종류 및 산출근거 등을 명시하여 동일한 세액의 가산세를 다시 부과하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세 가산세 부과처분에는 절차상의 위법사유가 존재하지 않는다.
나) 실체적 위법의 존부
앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 호텔 시설공사 관련 부가가치세 본세의 부과처분이 위법한 이상, 이에 바탕을 둔 이 사건 호텔 시설공사 관련 부가가치세 가산세 부분 역시 위법하다고 할 것이므로, 이 부분 역시 취소하여야 할 것이다.
3. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위에서 이유 있으므로 이를 일부 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 일부 취소 하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.