대법원 2014.9.4.선고 2014두7275 판결 | 리걸엔진

1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조 본문은 '대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다'고 규정하고, 그 위임을 받은 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제228조는 "법 제282조에서 '대통령령이 정하는 기업부설연구소'라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기 술부장관의 인정을 받은 것을 말한다."고 규정하였다. 한편 구 기술개발촉진법(2011, 3. 9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제2호의 위임에 따른 구 기술개 발촉진법 시행령(2011. 3. 30. 대통령령 제22787호로 개정되기 전의 것) 제15조는 기업부설연구소를 '그 각 호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과 학기술부장관의 인정을 받은 기관'으로 정하였는데, 구 기술개발촉진법 시행규칙(2011. 11. 25, 지식경제부령 제214호로 폐지되기 전의 것) 제7조 제2항, 제3항은 '기업부설연 구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서를 한국산업기술진흥협회 장(이하 '협 회장'이라고 한다)에게 제출하여야 하고, 협회장은 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다'고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따라 고시된 구 기업부설연구소 법인의 신고요령(2009. 9. 23. 교육과학기술부고시 제2009-37호 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것, 이하 '기업부 설연구소 신고요령'이라 한다) 제8조는 '기업부설연구소를 신고한 자가 그 신고사항 중 변경사항이 있는 경우에는 변경된 날로부터 14일 이내에 별지 제6호 서식에 의한 변경신고서에 별지 제7호의 구비서류를 첨부하여 협회장에게 이를 신고하여야 한다'고 규정하였다. 또한 기업부설연구소 신고요령 제10조는 제1항에서 "협회장은 신고인이 제출하는 각종 신고서 및 구비서류 등이 미비한 때에는 그 기한을 명시하여 신고인에게 이를 시정 또는 보완하도록 요구할 수 있다."고 규정하는 한편, 제2항에서는 "제1항의 시정 또는 보완이 완료될 때까지 신고서 등의 접수를 유예할 수 있으며, 명시된 기한 내에 요구사항을 보완하지 않을 경우 제출된 서류를 반려할 수 있다."고 규정하고, 제11조 제3항 제1호는 '협회장은 주요 변경사항이 있는 경우에 신고인의 요청이 있는 때에는 관련 증빙자료를 확인한 후 기업부설연구소인정서를 재교부할 수 있다'고 규정하였다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, ① 자동차 수입 및 수출업 등을 목적으로 설립된 법인인 원고가 2006. 6. 27, 화성시 북양동 75-24 임야 4,463m(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하고, 같은 해 12. 28. 그 지상에 이 사건 건물 1,174.59m²를 신축한 사실, ② 원고는 2007. 3.경 이 사건 건물 중 861.2㎡와 이 사건 토지 중 3,272㎡는 구 지방세법 제282조에서 정한 '기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산'으로서 취득세 등의 면제대상이라고 보고 나머지 건물 및 토지 부분에 대하여만 취득세 등을 신고·납부한 사실, ③ 피고는 2011. 10, 28. 현지조사 후 원고가 취득세 등의 면제대상으로 본 건물과 토지 중 협회장으로부터 기업부설연구소로 인정받은 부분은 건물 143m²와 토지 544m에 불과하고, 나머지 건물 718.2㎡ 및 토지 2,728㎡(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)에 대하여는 그 취득일부터 4년 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못하였다는 이유로, 2012. 4. 9. 원고에게 취득세 38,365,900원 등을 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

이어 원심은, 비록 기업부설연구소인정서를 교부받지 못하였더라도 협회장으로부터 확정적으로 기업부설연구소로 인정받은 경우에는 구 지방세법 제282조에서 정한 취득세 등의 면제대상이 될 수 있다고 전제한 다음, ① 원고가 2009. 3. 30. 협회장에게 이 사건 건물의 연구공간 전용면적을 1,036.2m로 변경하는 신고를 하였고, 이에 대하여 협회장이 2009. 4. 10.부터 5차례에 걸쳐 보완요구를 하였는데, 2009. 5. 12. 원고에게 5번째 보완요구로서 이 사건 건물의 연구공간 전용면적을 800.76m²만 인정할 수 있으므로 연구공간 전용면적을 축소하여 신고하도록 요구한 점, ② 한국산업기술진흥협회의 직원이 2009. 5. 12. 협회장의 5번째 보완요구 직전에 이 사건 부동산을 직접 방문하여 원고에게 신고한 면적 중 103동을 제외한 나머지 면적인 800.76m에 대해 보완접수할 것을 안내하기도 한 점, ③ 협회장이 2012. 1. 13. 원고에게 "2009년의 변경신고 시점부터 원고의 연구소 사용면적은 800.76 이었음을 확인한다"는 내용의 '기술연구소 사용면적 확인'이라는 제목의 공문을 교부한 점 등을 종합하여 보면, 비록 협회장이 원고의 2009. 3. 30.자 변경신고에 대하여 인정서를 교부하지는 아니 하였지만, 2009. 5. 12.자 현지 확인과 보완요구 등의 과정을 통해 이 사건 건물 중 800.76m에 관한 한 기업부설연구소로 사용하고 있음을 확정적으로 인정하였다고 봄이 타당하고, 그렇다면 원고가 협회장으로부터 기업부설연구소로 인정을 받지 못한 부분은 이 사건 부동산 중 건물 60.44m( = 861.2m² - 800.76m2)와 그 부속 토지 229m(= 3,272㎡ / 861.2m2 x 60.44㎡)에 불과하다는 이유로, 이 사건 처분 중 위 건물 및 부속 토지에 관한 부분을 제외한 나머지 건물 657.76m²(= 718.2m - 60.44m) 및 토지 2,499m2(= 2,728m2 - 229 ㎡)에 관한 부분은 위법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 그대로 수긍하기 어렵다.

가. 적법하게 채택된 증거에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(1) 원고는 2006. 2. 21. 협회장으로부터 소재지를 '화성시 태안읍 기안리 333-1'로 하는 기업부설연구소를 인정받은 바 있는데, 그 소재지를 이 사건 토지인 '화성시 북양동 7524'로 이전하면서 2007. 3. 26. 협회장에게 연구공간 전용면적을 31.26m에서 143m2로 변경하는 내용의 변경신고서를 제출하였고, 협회장은 2007. 4. 12. 원고의 위 변경신고를 수리하면서 원고에게 기업부설연구소인정서를 재교부하였다.

(2) 그 후 원고는 2009. 3. 30. 협회장에게 이 사건 건물의 연구공간 전용면적을 143㎡에서 1,036.2m(101동 355.6m, 102동 435.2m, 103동 245.4m)로 변경하는 내용의 기업부설연구소 변경신고서를 제출하였다.

(3) 이에 한국산업기술진흥협회 A는 2009. 5. 12. 원고의 연구소를 현지확인한 다음, 원고에게 신고면적 중 103동은 제외하여 보완접수할 것을 안내하였고, 협회장은 2009. 5. 12. 원고에게 '기업부설연구소 변경신고 관련서류 보완요청'이라는 공문을 보내면서, 보완요청일로부터 30일이 경과하여도 적절한 보완조치가 이루어지지 않을 경우 원고가 제출한 변경신고서류가 반려된다고 통지하였다.

(4) 그러나 원고는 위와 같은 보완요청을 받고도 아무런 보완조치를 취하지 아니하였고, 협회장은 2009. 6. 12. 원고의 2009. 3. 30.자 변경신고서를 반려하였다. (5) 그 후 원고는 2011. 11. 9. 다시 협회장에게 이 사건 건물의 연구공간 전용면적을 143㎡에서 800.76m(101동 365.56㎡, 102동 435.2m)로 변경하는 내용의 기업부설 연구소 변경신고서를 제출하였다.

(6) 이에 한국산업기술진흥협회 B이 2011. 11. 17. 원고의 연구소를 현지확인한 다음, 협회장은 2011. 11. 22. 원고에게 2011. 11. 9.자 변경신고서가 수리되었음을 통보하였다.

나. 앞서 본 규정과 위와 같은 사실관계에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 협회장이 2009. 5. 12. 원고에게 한 보완요청은 기업부설연구소 신고요령 제10조의 규정에 따른 것으로서, '보완요청한 사항이 이행될 때까지는 변경신고서 등의 접수가 유예되며, 기한 내에 보완이 이루어지지 않을 경우에는 제출된 서류가 반려된다'는 취지의 통보로 보일 뿐이고, 한국산업기술진흥협회 A도 같은 취지에서 원고에게 보완접 수를 안내한 것으로 보이는 점, ② 보완요청일로부터 30일이 지나도록 원고가 아무런 보완조치를 취하지 아니하자 협회장이 2009. 6. 12. 원고에게 기업부설연구소 변경신고서를 반려한 점, ③ 원고는 2011. 11. 9. 변경신고서를 다시 제출하면서 비로소 101동과 102동의 연구공간 전용면적을 800.76m로 변경신고 하였고, 원고가 당초 변경신고한 면적 1,036.2² 중 위 101동, 102동의 연구공간 전용면적은 790.8m에 불과하였던 점 등을 종합하여 보면, 원고의 2009. 3. 30.자 변경신고에 대하여 협회장이 2009. 5. 12.경 현지 확인을 거쳐 연구공간 전용면적을 축소하여 신고하도록 보완요청을 하였다.는 사정만으로는 협회장이 그 무렵 이 사건 건물 중 보완요청에서 제외된 800.76㎡ 부분을 기업부설연구소로 확정적으로 인정하였다고 보기 어렵다.다. 그런데도 원심은 이와 달리, 협회장이 2009. 5. 12.경 이 사건 건물 중 800.76m² 부분을 기업부설연구소로 확정적으로 인정하였다고 보아 이 사건 처분 중 건물 657.76 m² 및 토지 2,499에 관한 부분이 위법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 구 지방세법 시행령 제228조가 규정한 기업부설연구소의 인정에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나 사실을 잘못 인정함으로써 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판 단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.