1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 2. 29. 분할 전 인천 서구 B 공장용지 4,113㎡ 중 4,113분의 2,046.5 지분 및 위 토지상 지하 1층, 지상 3층 건물 5,389.41㎡ 중 5,389.41분의 2,681.6016 지분을 매수하여 취득한 다음, 2008. 3. 17. 그에 관한 소유권이전등기를 하였고(이후 위 토지는 2008. 6. 17.경 2,066㎡ 부분이 C으로 분할됨에 따라 그 면적이 2,047㎡로 되고, 위 건물은 2008. 10. 9.경 2,375.92㎡ 부분이 분할되고 일부 부분이 멸실됨에 따라 그 면적이 합계 2,459.55㎡로 되었다), 2008. 10. 17. 위 건물 중 지상 1~3층 부분에 합계 1,013.45㎡를 증축하여 취득한 다음, 2008. 10. 28. 그 증축에 의한 표시변경등기를 하였다

(이하 원고가 취득한 위 각 부동산을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다). 나.

원고는 2008. 3. 17. 및 2008. 10. 27. 피고에게 이 사건 부동산의 취득에 대한 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 지방교육세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)를 신고하면서 이 사건 부동산이 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조 본문의 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 그 취득세 등을 면제하여 줄 것을 신청하여 피고로부터 그 취득세 등을 면제받았다.

다. 원고는 2006. 6. 8. 사단법인 D(이하 ‘D’이라 한다)에게 인천 남구 E을 소재지로 하는 기업부설연구소 설립신고를 하여 2006. 7. 6. 구 기술개발촉진법(2009. 1. 30. 법률 제9369호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제2호, 구 기술개발촉진법 시행령(2009. 6. 30. 대통령령 제21590호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항, 제28조 제1항에 따른 기업부설연구소 인정을 받았고, 2009. 3. 18. 이 사건 부동산 중 건물 3층 319.78㎡ 부분에 관하여 소재지 변경에 따른 기업부설연구소...