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주문
1. 피고가 2014. 11. 10. 원고에게 한 취득세 200,138,320원(가산세 포함), 농어촌특별세 17,290,850원,...
이유
1. 처분의 경위
가. 취득세 등 부과처분 1) 원고는 2009. 1. 20. 서울 서초구 B 외 2필지 지상에 지하 5층, 지상 25층, 연면적 124,036.93㎡ 규모의 건물(이하 ‘서초캠퍼스’라 한다
)을 신축하였다. 2) 원고는 2009. 2. 12. 서초캠퍼스 중 123,729.06㎡(지하 1층 매점 307.87㎡를 제외)를 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제228조에서 정한 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’으로 신고하여 취득세, 농어촌특별세, 등록세 및 지방교육세를 면제받았다.
3) 원고는 2009년 4월경 별지 2 [표 1] 기재와 같이 C협회장(이하 ‘협회장’이라 한다
)으로부터 서초캠퍼스 전체에 관하여 기업부설연구소 인정을 받았다. 4) 서초캠퍼스 18, 19층 3,775.74㎡는 2012. 4. 23.까지 기업부설연구소(명칭: ‘D연구소’)로 인정되어 있다가, 원고의 취소 신청으로 2012. 4. 24. ‘연구활동 중단(자진 취소)’을 이유로 기업부설연구소 인정이 취소되었다.
그 후 서초캠퍼스 18, 19층은 2013. 3. 22. 협회장으로부터 기업부설연구소(명칭: ‘E연구소’)로 다시 인정받았다
(서초캠퍼스 18, 19층에 관하여 기업부설연구소 인정이 없었던 기간은 2012. 4. 24.부터 2013. 3. 21.까지이다). 5) 피고는 원고가 서초캠퍼스 18, 19층에 관하여 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하였다는 이유로, 2014. 11. 10. 구 지방세법 제282조 단서에 따라 원고에게 면제된 취득세 200,138,320원(가산세 포함), 농어촌특별세 17,290,850원, 등록세 80,055,330원(가산세 포함), 지방교육세 14,921,860원을 부과하였다(이하 모두 합하여 ‘이 사건 취득세 등 부과처분’이라...