원심판결

중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조 본문은 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다’고 규정하고, 그 위임을 받은 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제228조는 “법 제282조에서 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.”고 규정하였다.

한편 구 기술개발촉진법(2011. 3. 9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제2호의 위임에 따른 구 기술개발촉진법 시행령(2011. 3. 30. 대통령령 제22787호로 개정되기 전의 것) 제15조는 기업부설연구소를 ‘그 각 호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관’으로 정하였는데, 구 기술개발촉진법 시행규칙(2011. 11. 25. 지식경제부령 제214호로 폐지되기 전의 것) 제7조 제2항, 제3항은 ‘기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서를 한국산업기술진흥협회장(이하 ‘협회장’이라고 한다)에게 제출하여야 하고, 협회장은 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다‘고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따라 고시된 구 기업부설연구소...