대전지방법원-2013-구합100742(2014.07.23)

각 거래처별로 사실과 다른 세금계산서 여부와 선의무과실 여부를 판단하여야 함

실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 함

부가가치세법 제16조 세금계산서

대전고등법원2014누111364

원고, 피소인

XXX

OO세무서장

대전지방법원2013구합100742

2015.06.11

2015.07.23

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

(1) AA공업 주식회사(이하 'AA'이라 한다)는 2006. 7. 4.부터 충남 OO군 OO면 OO리 OO에서 비철금속 제조업을 영위하던 중 2012. 1. 17. OO지방법원 20OO회합OO호로 회생절차개시결정 및 대표이사 최BB에 대한 관리인 선임결정이 이루어져 2012. 1. 26. 최BB이 관리인으로 등기되었다.

(2) 원고는 2005년부터 2011년까지 AA 주식의 5%를 소유하고 있었고, 위 기간 동안 AA 주식의 보유현황은 다음과 같다.

나. AA에 대한 과세

(1) AA은 2011년 1기분 부가가치세 과세기간 중 아래 표 기재 각 매입거래처(이하 '이 사건 각 거래처'라 한다)로부터 폐동 등을 매입하면서 각 매입내역에 해당하는 세금계산서(이하 '이 사건 각 세금계산서'라 한다)를 교부받고, 2011년 1기분 부가가치세에 관하여 이 사건 각 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 피고에게 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

(2) 피고는 2012. 3. 6. AA에 대하여, 이 사건 각 거래처가 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 위장사업자[이른바 '자료상(資料商)']에 해당하므로 AA이 위 각 거래처로부터 교부받은 세금계산서도 사실과 다른 내용의 세금계산서라는 이유로 해당 매입세액 공제를 부인하고, 2011년 1기분 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 1차 처분'이라 한다).

다. 제2차 납세의무자 지정 및 원고에 대한 과세

AA이 이 사건 1차 처분에 따른 부가가치세를 체납하자, 피고는 원고가 위 부가가치세 납세의무 성립일인 20OO. OO. OO.을 기준으로 AA의 과점주주에 해당한다는 이유로 구 국세기본법(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호에 근거하여 20OO. O. OO. 원고를 제2차 납세의무자로 지정하고, 원고의 지분율에 따라 AA의 2011년 1기분 부가가치세 체납액 OOO원 중 OOO원에 관하여 제2차 납세의무자 납부통지를 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 20OO. O. OO. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20OO. O. OO. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2, 10, 11호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 이 사건 1차 처분의 위법

AA은 이 사건 각 세금계산서 기재와 같이 이 사건 각 거래처로부터 실제로 폐동 등을 공급받고 그 대금을 정상적으로 지급하였으므로 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

설령 이 사건 각 거래처가 이른바 자료상에 해당되어 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 하더라도, AA은 거래 당시 이러한 사실을 알지 못하였고, 거래를 시작할 때 각 거래처 사무실을 직접 방문하여 확인하였으며, 각 거래처 명의 계좌로 대금을 지급하였고, 거래 시마다 계량일자, 차량번호, 품명, 중량, 인수량 등이 구체적으로 적힌 계량확인서를 작성하고 그 확인서에 운전자의 서명과 전화번호를 적어둔 점 등에 비추어 보면 AA이 이를 알지 못한 데에 과실이 없으므로, AA은 선의・무과실의 거래자이다.

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설령 AA의 선의・무과실이 인정되지 않는다고 하더라도 AA이 부당한 방법으로 부가가치세 과세표준을 과소신고한 경우에 해당하지 아니하므로 이 사건 1차 처분 중 부당과소신고가산세 부분은 위법하다. 따라서 이 사건 1차 처분은 위법하고, 이를 전제로 하는 이 사건 처분도 위법하므로 취소되어야 한다.

(2) 이 사건 처분의 위법

설령 이 사건 1차 처분이 적법하다 하더라도, 원고 명의의 AA 주식 2,000주는 원고가 1995. 5. 27.경 최BB으로부터 명의수탁받은 것으로 실질소유자는 최BB이므로, 원고가 위 주식의 실질소유자임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 1차 처분이 위법한지 여부

(1) 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

(가) 관련 법리

부가가치세법 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등).

(나) 인정사실

갑 제6호증, 을 제3호증의 1, 을 제4 내지 6호증, 을 제7호증의 1, 2, 을 제8호증의 1, 을 제15호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 사실이 인정된다.

① 이 사건 각 거래처는 모두 부가가치세를 신고・납부하지 않은 채 폐업하였다.

② 주식회사 CC(이하 'CC'이라 한다)의 대표이사로 등기된 강OO은 이전에 고철 관련 사업에 종사한 경력이 없었음에도 CC은 20OO. O. OO. 사업자등록을 한 후 20OO. O. OO. 폐업하기까지 매출 OO원, 매입 OO0원 규모의 거래를 한 것으로 신고하였고, 세무조사 결과 CC이 매입처라 주장하는 OO고철과 OO자원 역시 실체가 없는 자료상으로 확정되었다.

③ 송성호(DD금속)는 2008년경 자동차 정비업체에서 일한 적이 있으나 고철 관련 업종에 종사한 경력이 확인되지 아니함에도(다만, 송OO는 20OO. O.경 세무조사를 받으면서 "20OO년경부터 미등록으로 고철사업을 하였다."라는 취지로 진술하였다) 20OO. O. OO. 사업자등록을 한 후 20OO. O. O. 폐업하기까지 매출 OOO원, 매입 OOO원 규모의 거래를 한 것으로 신고하였고, 세무조사 과정에서 매출세금계산서에 상응하는 매입자료를 제출하지 못하였으며(송OO 이를 밝힐 수 없다고 하였다), 매출대금이 송성호 본인의 계좌로 입금되면 대부분 당일 현금으로 출금되었다.

④ 송OO(EE)은 간이음식점과 피씨방을 운영한 경력 이외에 폐동 매입과 관련한 일에 종사한 경력이 확인되지 아니함에도 20OO. O. OO. 사업자등록을 한 후 20OO.O. O. 폐업하기까지 매출 OO원, 매입OO원 규모의 거래를 한 것으로 신고하였고, 세무조사 과정에서 FF비철금속으로부터 매입한 내역 외에 매출세금계산서에 상응하는 매입자료를 제출하지 못하였으며, 위 FF비철금속 마저도 자료상으로 고발된 업체이었다.

⑤ 조OO(GG자원)은 폐동 유통업에 종사한 경력이 확인되지 아니함에도 20OO. O. O. 사업자등록 후 OOO원을 체납한 상태로 20OO. O. OO. 폐업신고를 하였는바, 위 사업기간 중 매출 OOO0원 규모의 거래를 한 것으로 신고하였으나, 세무조사 과정에서 매출세금계산서에 상응하는 매입자료를 제출하지 못하였다.

⑥ 이OO(HH상사)은 폐동 도소매업에 종사한 경력이 확인되지 아니하고 신용불량 상태이었음에도 20OO. OO. OO. 사업자등록 후 20OO. OO. OO. 폐업신고를 할 때까지 매출 OO원, 매입 OO원 규모의 거래를 한 것으로 신고하였고, 세무조사 과정에서 매출신고액에 상응하는 매입내역을 밝히지 못하였으며, 사업개시자금과 관련하여 수억 원을 친인척이나 사채업자로부터 마련하였다고 진술하면서도 이와 관련한 금융자료나 차용증 등을 제출하지 못하였고, 매출대금이 이경식 본인의 계좌로 입금되면 즉시 수개의 본인 명의 계좌로 이체된 후 다시 전액 현금으로 인출되었다.

⑦ AA과 이 사건 각 거래처의 거래기간, 횟수, 거래규모 등은 아래 표와

같다.

(다) 판단

위 인정사실에 나타난 제반 사정을 모두 종합해 보면, 이 사건 각 거래처는 정상적으로 폐동 등을 매입하여 이를 다시 매도하는 업체가 아닌 '자료상'이고, 이 사건 각 세금계산서 기재 거래와 관련하여 AA에게 실제로 폐동 등을 공급한 것은 이 사건 각 거래처가 아닌 다른 제3자라고 봄이 상당하므로, AA이 수취한 폐동 등의 공급자가 이 사건 각 거래처 명의로 기재된 이 사건 각 세금계산서는 공급자가 허위로 기재된 세금계산서, 즉 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아야 할 것이다.

(2) AA의 선의・무과실 인정 여부

(가) 관련 법리

실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277판결 등).

다만, 폐동과 같은 폐자원의 경우, 그 유통구조 및 거래의 특성상 해당 물품을 공급받는 자에게 상대방이 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무까지 있다고 볼 수는 없으므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계에 비추어 상대방을 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한 데에 과실이 있다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 30. 선고 97누7660 판결 등).

(나) 인정사실

앞서 채택한 증거 및 갑 제10 내지 30, 34 내지 54, 58 내지 61, 63 내지 80, 83 내지 121, 127 내지 131호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 사실이 인정된다.

① AA은 이 사건 각 거래처로부터 납품제안을 받고 거래를 시작하기 전에 사업자등록증, 통장사본, 신분증 사본, 대표자의 명함 등을 요구하여 교부받아 이를 확인하였다. 또한 AA의 신OO 이사 또는 최BB 대표는 거래를 개시하기 전에 이 사건 각 거래처의 업체 현장을 직접 방문하여 확인하고, 대표자 등을 면담하고, 현장에서 간판 등의 사진을 찍어 보관하였다.

② 이 사건 각 거래처 중 CC은 2011. 1. 21. AA과 처음 거래할 당시 불과 11일 전인 2011. 1. 10. 개업한 업체이었을 뿐만 아니라 그 대표자인 강OO은 그 이전에 폐동 유통업 등에 종사한 경력이 없었음에도, AA은 CC과 거래를 개시하였다. 또한 이 사건 각 거래처 중 조OO(GG자원)은 2011. 1. 10. AA과 처음 거래할 당시 불과 7일 전인 2011. 1. 3. 개업한 업체이었을 뿐만 아니라 그 대표자인 조OO이 그 이전에 폐동 유통업 등에 종사한 경력이 확인되지도 아니하는 상태이었음에도, AA은 조OO과 거래를 개시하였다.

③ 한편, 이 사건 각 거래처 중 송OO(DD금속), 송OO(EE), 이OO(HH상사)은 모두 AA과 처음 거래할 당시 약 3개월 내지 6개월 전에 개업한 업체이었다{한편, 세무조사 과정에서 송OO(DD금속)는 2008년경부터 미등록 고철사업을 하였다고 진술하였고, 이OO(HH상사)은 고철 분야에서 수년간 직원으로 근무하였다고 진술하였다}.

④ AA은 이 사건 각 거래처로부터 폐동 등을 공급받을 때마다 계근장에서 폐동 등을 종류별로 구분하여 실중량을 확인한 후 인수량을 확정하는 절차를 거쳐 공급가액을 확정하여 계량확인서를 작성하였고, 계량일자, 차량번호, 업체명, 중이 기재된 계량표 및 차량의 출입내역이 기재된 경비일지와 입고된 폐동의 등급과 중량이 기재된 스크랩검수일지를 작성해 두었다.

⑤ AA은 계량을 통해 산정된 공급가액을 비교적 세금계산서 발행일과

근접한 날짜에 이 사건 각 거래처 명의의 통장으로 송금하였다.

(다) 판단

1) 송OO(DD금속), 송OO(EE), 이OO(HH상사)과의 거래 부분[AA금속의 선의・무과실이 인정되는 부분]

가) 위 인정사실에 나타난 아래와 같은 사정 즉, ① AA이 위 거래처들과 거래를 시작하기 전에 위 거래처들이 실제로 폐동 등의 매매업을 영위하고 있는지를 확인하기 위하여 일정한 노력을 기울였던 점, ② AA이 위 거래처들로부터 폐동 등을 공급받는 과정에서도 실제 물건이 위 거래처들로부터 운송된 것인지 확인하기 위하여 노력하였던 점, ③ AA이 위 거래처들 명의의 통장으로 정상적으로 대금을 송금하였던 점, ④ AA이 위 거래처들로부터 공급받은 폐동 등의 단가가 일반적인 거래시세보다 현저히 저렴하다는 등 비정상적인 거래이었음을 추단할 만한 자료가 없는 점 등을 종합하여 보면, AA은 이 사건 각 세금계산서의 공급자 명의가 실제 공급자와 다르다는 사실을 알지 못하였고, 그와 같은 사실을 알지 못한 데에 과실이 없었다고 봄이 상당하다.

나) 피고는, "폐동은 고가의 폐자원으로서 공급이 부족한 상태인데, 풍한금속은 상당 기간 폐동 거래를 해왔으므로 이와 같은 폐동의 공급구조, 유통경로, 거래 형태, 자료상의 거래실태 및 위험성에 대하여 잘 알고 있었을 것이라는 점, 위 거래처이 모두 AA과 거래를 개시하기 불과 몇 개월 전에 사업자등록을 한 신생업체들이고, 비교적 단기간에 거액의 거래가 이루어진 점, 송OO(EE)의 경우 제출한 임대차계약서와는 달리 임대차계약을 실제로 체결한 적이 없는 점 등에 비추어 보면 AA의 이사 신OO 등이 위 거래처들의 현장을 제대로 방문・조사한 것인지 의심스럽다"는 등의 사유를 들어 AA이 거래상의 주의의무를 다하지 않았다고 다툰다.

그러나 ㉠ 이 사건 거래대상인 폐동과 같은 폐자원의 경우 소규모 고철상들이 수집한 물건들을 중간상이 사들여 AA과 같은 금속 제조업체에 매도하는 방식으로 거래가 이루어지므로, AA의 경우 자신과 직접 거래하는 중간상이 정상적인 업체인지를 확인하는 것에서 더 나아가 그 중간상이 폐동 등을 매입한 매입처(소규모 고철상들)를 일일이 확인하여 이른바 피고가 주장하는 '폐동 매입경로'를 확인하는 것은 현실적으로 어렵고, 거래처들의 영업비밀로서 이를 공개하지 않을 가능성이 높은 점, ㉡ 또한 폐동의 거래는 운송비의 절감과 거래의 편의상 중간도매상들이 각지에서 폐동을 수집하여 이를 자기의 사업장에 상・하차하지 않고 직접 폐동을 싣고 가서 AA과 같은 납품처에서 계근과 대금 수령 및 세금계산서의 교부 등을 동시에 하는 경우가 적지 않으므로 야적장이나 계근대가 없다고 하여 폐동의 공급자가 될 수 없다고 단정할 것은 아닌 점, ㉢ 폐동의 거래시장은 수요에 비해 공급이 부족한 공급자 우위의 시장인 점, ㉣ 달리 AA이 위 거래처들의 거래적격자 해당 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계에 비추어 위 거래처들이 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있었다고 볼 자료가 없는 점 등을 고려해 볼 때, AA이 앞서 취한 조치들 외에 추가적으로 위 거래처 업주들의 이전 경력이나 폐동의 이동경로를 구체적으로 조사・확인을 하지 않았다는 사정만을 이유로 거래상 과실이 있었다고 단정할 것은 아니라고 판단되므로, 피고가 주장하는 위 사유들은 AA의 선의・무과실을 인정하는 데에 방해가 되지 아니한다.

다) 따라서 이 사건 1차 처분 중 AA이 송OO(DD금속), 송OO(OO금속), 이OO(HH상사)으로부터 수취한 각 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 부인하여 과세한 부분은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2) CC, 조OO(GG자원)과의 거래 부분[AA의 선의・무과실이 인정되지 않는 부분]위 인정사실에서 알 수 있는 바와 같이, AA이 위 거래처들과 거래를 하면서 계량일자, 차량번호, 차량의 출입내역 등을 작성하고 폐동 대금에 해당하는 금원을 위 거래처들의 계좌로 송금한 점 등에 비추어 보면, AA이 실제로 대금을 지급하고 세금계산서에 기재된 폐동 등을 공급받은 사실은 인정된다. 그러나 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① AA은 19OO. O. OO. 사업자등록을 하여 구리제련 임가공업을 하였고, 20OO. O. O.부터는 충남 OO군 OO면 OO리 O에 제련공장을 설치하여 비철금속제련업을 지속하였으며, 대표자인 최BB은 AA을 설립하여 지속적으로 AA을 운영하여 왔으므로 해당 업계의 일반적인 거래 형태와 방식, 위 업계에 널리 퍼진 자료상 거래의 실태와 위험성을 충분히 알고 있었을 것으로 보이는 점, ② AA에 2011. 1. 19. 납품의향서를 제출한 CC은 2011. 1. 10. 개업한 업체로서 그 대표이사인 강OO이 이전에 폐동 관련 사업을 한 경험이 없고, AA에 2011. 1. 5. 납품의향서를 제출한 조OO(GG자원)도 2011. 1. 3. 개업한 업체로서 그 이전에는 폐동 관련 사업을 한 경험이 없었던 것으로 보이는 점, ③ AA의 구매담당 이사인 신OO은 위 거래처들의 대표자 등을 만나 폐동 유통업에 종사한 기간, 폐동의 종류 등 사업자가 알아야 할 내용 등에 대하여 질의하고 폐동 사업자가 이에 대하여 대답을 잘하지 못하거나 대답을 회피하여 조금이라도 의심이 가는 상황이 있으면 처음부터 거래를 개시하지 않았다는 것인데, 신OO이 위 거래처들의 대표자를 제대로 면담하고 사업자등록증 등을 제대로 확인하였다면 위 거래처들의 경우 그 대표자나 운영자가 폐동 유통과 관련하여서는 전혀 경험이 없다는 사실을 확인할 수 있었을 것으로 보이고, 그러한 사람들이 사업자등록을 한 후 수일 밖에 지나지 않은 상태에서 단기간에 많은 양의 폐동 등을 공급하겠다고 하는 경우 이들을 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어 보이므로, AA으로서는 폐동 등의 매입처, 근무하는 직원이 있는지 여부, 사무실의 운영현황 등에 대하여 추가로 확인하여 위 거래처들이 위장사업자가 아닌지 검토하였어야 할 것으로 보이는 데, 이를 제대로 확인하지 아니한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, AA은 CC, 조OO(GG자원)이 거래적격자에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계에 비추어 위 업체들을 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있었다고 봄이 상당하고, 그밖에 원고가 제출한 증거만으로는 AA이 위 거래처들로부터 세금계산서를 교부받을 당시 위 거래처들이 실제로 폐동 등을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못하였다거나 이를 알지 못한 데에 과실이 없었다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

따라서 이 사건 1차 처분 중 AA이 CC, 조OO(GG자원)로부터 수취한 각 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 부인하여 과세한 부분은 뒤에서 보는 바와 같이 부당과소신고가산세 부분을 제외하고는 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 이 사건 1차 처분 중 부당과소신고가산세 부분의 적법 여부

(가) 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제47조의3 제2항 제1호 등 관련 규정의 문언 및 체계 등에 비추어 보면, 납세자가 거짓증명을 수취하여 과세표준을 과소신고하였다고 하더라도 수취한 증명이 거짓임을 알지 못하였을 때에는 '부당한 방법으로 과세표준을 과소신고한 경우'에 해당한다고 볼 수 없고, 납세자가 중대한 과실로 거짓임을 알지 못하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 그리고 납세자가 그 세금계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 적힌 '사실과 다른 세금계산서'를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호가 규정한 '부당한 방법으로 과세표준을 과소신고한 경우'에 해당하기 위하여는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및

납부세액을 신고・납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한

후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결).

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, AA은 일응 이 사건 각 세금계산서에 기재된 시기에 기재된 공급량과 가격으로 폐동을 실제로 납품받았던 것으로 보이고, 이후 해당 매입대금 및 그에 대한 부가가치세 전액을 이 사건 각 거래처의 계좌를 통하여 지급한 점 등에 비추어 보면, 비록 AA이 이 사건 각 거래처로부터 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제를 받았다고 하더라도, 피고가 제출한 증거만으로는, AA에게 "이 사건 각 세금계산서가 사실과 다르다는 점" 및 "이 사건 각 거래처가 위 각 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 위 각 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 위 각 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 AA이 위 각 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점"에 관한 인식이 있었다고 보기 어렵다.

따라서 AA에 대하여는 구 국세기본법 제47조의3 제2항의 부당과소신고가산세가 아닌 같은 조 제1항의 일반과소신고가산세가 부과되어야 할 것이므로, 이 사건 1차 처분의 가산세 부분 중 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세가 부과되었을 경우의 금액을 초과하는 부분은 위법하다[이 사건 1차 처분 중 (DD금속), (EE), (HH상사)으로부터 수취한 세금계산서 관련 부분은 앞에서 이미 판단한 바와 같이 그 전부가 위법하므로, 이 부분 판단은 이 사건 1차 처분 중 CC, 조OO(GG자원)로부터 수취한 세금계산서 관련 부분에서 실질적인 의미를 갖는다].

(4) 이 사건 1차 처분에 관한 정당한 부가가치세액의 산정

앞서 살펴본 바와 같이, 이 사건 1차 처분 중 ① AA이 (DD금속), 송OO(EE), 이OO(HH상사)으로부터 수취한 각 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 부인하여 과세한 부분과 ② AA이 CC, 조OO(GG자원)로부터 수취한 각 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 부인하여 과세한 부분 중 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세가 부과되었을 경우의 금액을 초과하는 부분은 위법하고, 이 사건 1차 처분 중 적법한 부분{AA이 CC, 조OO(GG자원)로부터 수취한 각 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 부인하여 과세한 부분의 본세, 납부불성실가산세, 세금계산서불성실가산세, 일반과소신고가산세}에 해당하는 정당한 세액은 아래 표 기재와 같이 OOO원(국세징수사무처리규정 제10조에 따라 10원 미만은 버림, 이하 같다)이 된다.

(5) 소결

따라서 이 사건 1차 처분 중 정당한 세액 909,550,200원을 초과하는 부분은 위법하므로, 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

라. 원고 명의의 AA 주식이 명의신탁된 것인지 여부

(1) 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 AA의 주식 5%를 보유하고 있다는 사실은 제1항에서 본 것과 같으므로 원고가 명의신탁 사실을 입증하여야 하는데, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제132호증의 각 기재만으로는 원고가 아닌 최BB이 실질적으로 원고 명의의 AA 주식 5%를 보유한 주주임을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(3) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마. 이 사건 처분에 관한 정당한 세액의 산정 및 취소의 범위

(1) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 처분은 AA이 이 사건 1차 처분에 따른 부가가치세를 체납하였음을 이유로 과점주주로서 제2차 납세의무자인 원고에게 부과된 것인데, 앞서 살펴본 바와 같이 AA에 대한 이 사건 1차 처분 중 정당한 세액 OOO원을 초과하는 부분은 위법하므로, 원고에 대한 이 사건 처분은 이 사건 1차 처분 중 정당한 세액을 전제로 하는 부분에 한하여 적법하다고 할 것인바,

(3) 따라서 이 사건 처분 중 정당한 세액 OOO원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.