용역을 제공하고 수령한 정부출연금은 과세표준에 포함됨

연구 과제를 부여받고 연구개발계약에서 정한 정부출연금을 받아서 연구개발을 수행하는 것은 용역의 공급과 직접 관련하여 지급되는 것으로 봄이 타당하며, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제14호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제2호 등 규정에 해당한 경우 면세 대상인 인적 용역에 해당함

2014구합50645부가가치세부과처분취소

주식회사 OOO

OO 세무서장

2014. 8. 20.

2014. 10. 8.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 6. 10. 원고에 대하여 한 2012년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 8. 13.부터 OO시 OO구 OO로 89 OO창업지원센터에서 수질오염방지기계 제조업 등을 영위하는 법인이다.

나. 1) 원고는 2011. 9. 14. OO대학교 산학협력단과 「하수처리수의 농업용수 간접재이용시스템 개발과 적용」의 「하수처리수 간접재이용시스템의 Test-bed 제작 및 수처리공정 최적화」 과제에 대하여 참여기업 연구개발계약을 체결하였는데, 총 협약기간을 20OO. 9. 23.부터 20OO. 9. 22.까지로, 2차년도(20OO. 9. 23. ~ 20OO. 9. 22.)총 연구개발비를 OOO원(정부출연금 OOO원)으로 정하였다.

2) 원고는 2012. 5.경 OO농어촌공사와 「하・폐수 방류수질 고품질화 및 재이용수 생산을 위한 시스템 구축」분야의 「UF/NF 분리막 공정 기반의 전기분해/오존 조합에 의한 에너지 절약형 재이용수 공정기술 개발」 과제에 대하여 사업단과제계약을 체결하였는데, 총 협약기간을 20OO. 8. 1.부터 20OO. 4. 30.까지로, 2차년도(20OO. 5. 1.부터 20OO. 4. 30.) 총 연구개발비를 OOO원(정부출연금 OOO원)으로 정하였다(이하 나.항 기재 연구개발을 통틀어 '이 사건 연구개발'이라 한다).

다. 원고는 피고에게 2012년도 제2기 부가가치세를 아래 표와 같이 신고하였다.

라. 피고는 2013. 2. 27.부터 2013. 3. 12.까지 원고에 대한 2012년 제2기 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하였고, 그 결과 피고는, 원고가 OO대학교 산학협력단, OO농어촌공사와 계약체결 후 공동으로 수행한 연구개발용역을 부가가치세가 면제되는 용역으로 보아 위 연구용역 수행과정에서 AA 주식회사로부터 수취한 세금계산서의 매입세액 OOO원을 불공제하고, 나머지 매입세액 OOO원은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제4항 제1호에 따라 매입세액 불공제액을 계산하여 2013. 6. 1. 원고에게 2012년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 8. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2013. 11. 6. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제9호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 이 사건 연구개발에 투입한 재화와 용역은 이 사건 연구개발 종료 후 원고에게 귀속되어 과세사업에 사용할 것이므로, 연구개발과 관련된 매입세액은 과세사업 수행에 필연적으로 부수되는 것으로 공제되어야 한다.

2) 원고가 받은 연구보조금은 단순히 자금을 지원받은 것으로 대가관계가 없는 것이어서 부가가치세 과세거래가 아닐 뿐 아니라 면세거래도 아니므로, 면세 용역의 공급으로 본 피고 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(납부세액)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 제2항은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(제6호)은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 규정에 따르면 매입세액 공제를 받을 수 있는 매입세액은 과세사업에 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 매입세액이어야 한다.

살피건대, 원고는 이 사건 연구개발에 투입한 재화와 용역은 연구개발 종료 후 원고에게 귀속되어 과세사업에 사용할 것이라고 주장하나, 원고가 AAA 주식회사로부터 매입한 것은 이 사건 연구개발을 수행하기 위하여 매입한 것으로 보이고, 향후 원고의 과세사업에 사용될 것이라는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로(원고가 주장하는 바와 같은 과세사업을 원고가 실제로 할 것인지가 불명확하다), 위 주장은 받아들이기 어렵다.

2) 구 부가가치세법 제13조, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제10항에 의하면재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 과세표준에 포함하지 아니한다고 규정하고 있는데, 이 사건 연구개발은 원고가 연구 과제를 부여받고 연구개발계약에서 정한 정부출연금을 받아서 연구개발을 수행하는 것이므로, 위 정부출연금은 원고의 용역의 공급과 직접 관련하여 지급되는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 원고가 이 사건 연구개발계약에 따라 지급받은 정부출연금은 과세표준에는 포함되고, 다만 구 부가가치세법 제12조 제1항 제14호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제2호 등 규정에 의하여 면세 대상인 인적 용역에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.

더구나 구 부가가치세법 제17조 제2항은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업뿐 아니라 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액도 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있어, 비과세 사업에 관련된 매입세액은 공제할 수 없는 것이므로, 설령 원고의 주장과 같이이 사건 연구개발이 면세 용역 대상이 아니고 부가가치세 과세거래가 아니라 하더라도, 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.