서울고등법원-2014-누-67101 (2015.09.18)

조심2013-중-3555(2013.11.06)

연구개발용역의 횟수가 2회에 불과하면 별개의 독립된 사업으로 볼 수 없음

연구개발이 면세대상인 인적용역에 해당되나 그 횟수가 2회에 불과하고, 이와 관련하여 원고가 주된 사업과는 독립된 별개의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 이를 수행하였다고 볼 자료가 없으므로, 주된 사업과는 독립된 별개의 사업이라고 볼 수 없으며 따라서 주된사업에 부수된 용역으로 보아 과세로 보아야 함

부가가치세법 제16조세금계산서

대법원2015두53978 부가가치세부과처분취소

주식회사AA

00세무서장

서울고등법원 2015.09.18.선고 2014누67101 판결

2016.03.10

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 부가가치세법 법률 제 (2013. 6. 7. 11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제12조 제1항제14호는 부가가치세가 면제되는 용역의 공급 중 하나로 '저술가・작곡가나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 직업상 제공하는 인적 용역'을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조는 '법 제12조 제1항 제14호에 규정하는 인적 용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다.'고 규정하면서, 그 제2호 (라)목에서 법인이 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 인적 용역 중 '기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역'을 들고 있다.

따라서 법인이 일정한 기술연구용역을 공급하더라도 이를 독립된 사업으로 영위하면서 과세사업에 부수되지 아니하는 인적 용역을 공급하는 경우라야 부가가치세가 면제된다(대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결 등 참조). 여기서 독립된 사업으로 영위하는 경우라고 함은 다른 과세사업에 부수되지 않고 부가가치를 창출할 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고, 해당 용역을 계속적, 반복적인 의사로 공급하는 경우를 말한다. 해당 용역을 제공하기 위한 인적・물적 설비 등 사업형태를 갖추었다면, 다른 과세사업을 함께 영위하여 그 인적・물적 설비가 다른 과세사업과 공통된다는 사정이 있거나, 해당 용역을 실제로 공급한 횟수가 많지 않더라도 공급기간, 규모, 태양 및 상대방 등에 비추어 계속적, 반복적인 의사로 공급한 것으로 볼 수 있다면 독립된 사업으로 영위하는 경우에 해당한다고 보아야 한다.

2. 가. 원심 판결이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

1) 원고는 2007. 8. 13.부터 수질오염방지기계 제조업 등을 영위하는 법인으로 수질오염방지설비기계 등의 제조와 환경오염방지연구개발 등을 사업 종목으로 하여 사업자등록을 하였다.

2) 원고는 2011. 9. 14. bb대학교 산학협력단과 총 협약기간을 2011. 9. 23.부터2014. 9. 22.까지로, 총 연구개발비를 190,000,000원으로 정하여 「하수처리수 간접재이용시스템의 Test-bed 제작 및 수처리공정 최적화」과제에 대한 참여기업 연구개발계약을 체결하였다.

3) 원고는 2012. 5.경에는 cc공사와 총 협약기간을 2011. 8. 1.부터 2016.4. 30.까지로, 총 연구개발비를 329,500,000원으로 정하여 「UF/NF 분리막 공정 기반의 전기분해/오존 조합에 의한 에너지 절약형 재이용수 공정기술 개발」과제에 대한사업단 과제계약(이하 위 계약과 통틀어 '이 사건 각 계약'이라고 한다)을 체결하였다.

4) 이 사건 각 계약에 의하면, 원고가 이 사건 연구개발을 수행하는 과정에서 집행하는 예산의 증빙서류를 제출하거나 연구개발비를 별도의 계정으로 관리하여야 하고,연구개발의 결과를 bb대학교 산학협력단과 cc공사에게 보고하여야 하며, 연구개발사업의 무형적 결과물의 전부 또는 정부출연 연구개발비 지분에 상당하는 부분은 bb대학교 산학협력단 또는 cc공사의 소유로 하기로 정하였다.

5) 원고는 이 사건 각 계약에 따라 연구개발을 수행하였고, 그 과정에서 관련원・부자재를 씨제이엠테크 주식회사로부터 매입하면서 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 수취하였다.

6) 원고는 2012년 제2기 부가가치세를 신고하면서 이 사건 세금계산서의 매입세액30,902,085원을 공제하는 한편, 이 사건 연구개발로 받는 대가에 관한 매출세액은 신고하지 아니하였으나, 피고는 2013. 6. 1. 위 매입세액이 면세사업인 이 사건 연구개발용역에 관련되는 것이라는 이유로 이를 불공제하는 등 원고에게 2012년 제2기분 부가가치세 37,289,700원을 경정・고지하는 이 사건 처분을 하였다.

나. 이러한 사실관계에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 수질오염방지기계의 제조・판매와는 별도로 bb대학교 산학협력단 및 cc공사와 이 사건 각 계약을 체결하여 이 사건 연구개발을 수행하고 그 대가를 수령한 점, ② 이 사건 연구개발의 수행기간이 3년 내지 5년의 장기간이고, 그 대가도 적지 않은 금액인점, ③ 환경오염방지연구개발이 원고의 사업 종목 중 하나로 되어 있고, 원고가 수질오염방지기계를 공급하면서 그에 수반하여 이 사건 연구개발용역을 제공한 것도 아닌 점등을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고는 독립된 사업으로 수질오염방지기계 제조업에 부수되지 아니하는 이 사건 연구개발 용역을 공급하였다고 봄이 타당하므로, 이 사건 연구개발은 부가가치세가 면제되는 용역의 공급에 해당한다고 할 것이다.

그럼에도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 원고가 과세사업인 수질오염방지기계제조업과 별개의 독립된 면세사업으로 이 사건 연구개발 용역을 공급한 경우에 해당하지 아니한다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 면세사업인 인적 용역에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다.이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리 판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.