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제목
매입세액 불공제 대상으로 규정하고 있는 토지관련 매입세액의 의미
요지
토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 부가가치세가 면제되지 아니하는 사업에 관련된 경우에도 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이고, 그러한 매입세액은 토지의 취득원가에 산입되었다가 양도시 양도차액을 산정하는 과정에서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되어야 할 것임
주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
청구 취지
피고가 2006. 9. 22. 원고에 대하여 한 경정청구기각결정을 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 ○○시 ○○면 ○○리 산 ○○에서 골프장을 운영하는 회사로서, 2003년 1,2기분 부가가치세를 법정기한 내에 신고·납부하였다.
나. 원고는 2006. 7. 25. 피고에게 위 각 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 불공제한 토지 관련 매입세액 합계 259,779,442원(2003년 제1기 245,567,017원, 2003년 제2기 14,212,425원, 이하 '이 사건 매입세액'이라 한다)의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 같은 해 9. 22. 이를 기각하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
(1) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단에서 매입세액 불공제 대상으로 규정하고 있는 '토지 관련 매입세액'이란 부가가치세가 면제되는 사업과 관련된 토지 과련 매입세액을 말하는 것인데, 골프장 사업은 부가가치세의 면제대상이 아니어서 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 함에도 불구하고 이와 다른 전제에서 행한 이 사건 처분은 위법하다.
(2) 이 사건 처분의 근거가 된 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단의 '대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액' 부분 및 같은 법 시행령 제60조 제6항(이하 '이 사건 각 규정'이라 한다)은 전단계세액공제법이라는 부가가치세법의 기본원리와 과세요건명확주의(조세법률주의), 평등의 원칙 및 재산권 보장의 원리 등에 반하는 위헌·무효의 규정이므로, 이에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계법령
별지 관계법령 기재와 같다.
다. 판단
(1) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단의 '토지 관련 매입세액'의 의미
부가가치세법 제12조 제1항 제12호에 의하면, 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 되어 있고, 같은 법 제17조 제2항 제4호는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제6항은 위 토지 관련 매입세액이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등에 해당하는 매입세액을 말한다고 규정하고 있다.
위와 같은 부가가치세법령의 관계규정에 비추어 보면, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 그것이 부가가치세가 면제되지 아니하는 사업에 관련된 경우에도 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이고, 그러한 매입세액은 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차액을 산정하는 과정에서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되어야 할 것이므로, 토지 관련 매입세액 불공제가 면세사업과 관련하여 토지를 매입하는 경우로 한정되어야 한다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(2) 이 사건 각 규정이 헌법에 위반되는지 여부
토지는 자본, 노동과 함께 부가가치의 창출요소이고, 상품 등 다른 재화와 같이 사용으로 인해 소모되거나 소멸하지 않으므로 토지의 공급을 소비세인 부가가치세의 부과대상으로 삼는 것이 반드시 적절하다고 할 수는 없는바, 부가가치세법 제12조 제1항 제12호가 위와 같은 토지의 특성을 참작하여 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하고 있는 점, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 정하는 토지 관련 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라고 하면서 그 각 호에 이에 해당하는 경우를 열거하고 있고, 법인세법 시행령 제31조 제2항, 소득세법 시행령 제67조 제2항 등 관련 규정에서 자본적 지출에 관하여 구체적으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 매입세액 불공제 대상을 규정하고 있는 이 사건 각 규정이 부가가치세의 기본원리에 반한다고 할 수 없고, 그 내용이 불명확하여 과세요건명확주의에 반하다고 할 수도 없으며, 조세평등주의에 반한다거나, 합리적 이유 없이 재산권에 중대한 제한을 가한다고 할 수도 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 결 론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
관 계 법 령
제18조 (면세)
① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
12. 토지
제17조 (납부세액)
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액
제60조 (매입세액의 법위)
⑥ 법 제17조제2항제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액