1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 경기도가 전액 출자하여 택지개발 등을 위한 토지취득개발공급과 주택의 건설판매 등을 사업목적으로 하는 지방공기업으로, 경기도, 용인시, 수원시(이하 ‘이 사건 지방자치단체들’이라 한다)와 함께 2005년경부터 수원시 매탄동, 이의동, 원천동, 하동, 우만동, 연무동 일원 및 용인시 상현동, 영덕동 일원 약 1,130만㎡(이하 ‘광교지구’라 한다)의 택지를 주택용지, 상업업무, 공공시설용지 등으로 개발하여 공급하는 택지개발사업(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다)을 공동으로 수행하고 있다.

나. 원고는 이 사건 개발사업을 수행하면서 광교지구 전체를 하나의 단위로 보아 분양시부터 사업준공일까지의 기간 동안 작업진행률(= 해당 사업연도말까지 발생한 총 공시비누적액 /총 공사예정비)을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하여 법인세를 신고납부하였다.

다. 원고는 2007년경 구 택지개발촉진법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의2, 같은 법 시행규칙(2008. 3. 14. 국토해양부령 제4호로 개전되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 및 공공택지 조성원가 산정기준 및 적용방법(건설교통부 고시 제2006-288호, 이하 ‘택지조성원가고시’라 한다)에 근거하여 택지조성원가를 산정하고 위 택지조성원가를 구성하는 개별 항목들 중 실제 공사의 진행정도와 비례하여 발생하는 비용 항목인 조성비와 기반시설 설치비(공사부담금 제외)를 합한 금액을 총 공사예정비로 추정하였다. 라.

중부지방국세청장은 2013. 3. 25.부터 2013. 8. 26.까지 원고의 2009 내지 2011 사업연도 소득에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 2013년 9월 이 사건...