울산지방법원 2020.4.9.선고 2019구합112 판결

나. 부산지방국세청장은 2017. 6. 8.부터 2017. 9. 30.까지 원고에 대한 개인통합조사를 실시하였고, 그 결과 원고가 실제 거래가액이 아니라 지방세 시가표준액대로 거래가액을 기재한 중고차 매매계약서를 작성하여 이를 토대로 재활용폐자원 등 매입세액 공제신고서(이하 '매입세액공제신고서'라 한다)를 제출하였음을 확인한 다음, 원고의 사업장에 보관중이던 실제 거래가액을 기록한 수기장부를 확보하여 이를 기초로 수입금액 신고 누락액을 산정하였고, 이에 피고는 2017. 11. 10. 원고에 대하여 과소신고된 매입금액에 대하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액을 공제하지 않기로 하여 다음 표와 같이 2012년 제2기부터 2016년 제1기 까지의 부가가치세 합계 591,951,840원을 각 경정·고지하였다(이하 위 각 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라고 한다).

다. 원고는 2017. 12. 18. 이에 이의하여 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 10. 31. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 자동차관리법에 따라 중고자동차를 매매하는 자이므로, 구 조세특례제한 법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제108조 제1항 제1 호 및 동 시행령 제110조에 따라서 매출세액에서 매입세액을 공제하여야 하는바, 원고가 매입세액공제신고서에 기재한 중고자동차 취득가액은 고의로 부가가치세를 누락하고자 하는 의도로 사실과 다르게 기재한 것이 아니라 업계 관행에 따른 것이며, 피고가 수기장부에 근거하여 매출금액과 매입금액을 확정한 이상 재활용폐자원 등의 매입세액공제에 있어서도 그 확정된 매입금액을 기준으로 적용하여야 한다.

2) 원고와 유사한 중고자동차매매상사에 대한 세무조사에서 과세관청은 매입누락분에 대한 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액을 직권으로 공제한 사례가 있는바, 원고에 대하여만 매입세액공제를 인정하지 아니하는 것은 자기구속의 원칙 및 평등의 원칙에 반한다.

3) 조세특례제한법 기본통칙 108-110-4(공제하지 아니한 재활용폐자원 매입세액의 구제방법)에서 '부가가치세 신고시 공제하지 아니한 재활용폐자원 등의 매입세액은 다음 각 호와 같은 방법에 의해 공제받을 수 있다'고 규정하였고, 그 중 제4호에서는 '경정에 있어 발급받은 계산서 또는 영수증을 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우'를 구제방법의 하나로 들고 있는바, 동 기준을 적용하여서 매입세액을 공제하여야 한다.

4) 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제 신고는 협력 의무를 부과한 것에 불과하다.는 취지의 대법원의 판례가 있는바, 당초 적절한 신고를 하지 않았다는 이유로 실거래 가액이 확인됨에도 불구하고 매입세액공제를 불허하는 것은 부당하다.

5) 객관적으로 확인된 매입누락분에 대하여 매입세액공제를 허용하지 않는 것은 과잉금지원칙에 위배되며, 매입세액공제 특례제도의 입법취지 및 전 단계 매입세액을 공제하는 부가가치세 매입세액공제 제도의 기본원리에도 위배되므로 실거래가를 기준으로 매입세액공제를 허용하여야 한다.

나. 관련 법령

별지 2 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

나) 구 조세특례제한법 제108조 제1항은 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등으로부터 중고자동차를 2018. 12. 31.까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 중고자동차에 대하여는 취득가액에 109분의 9를 곱하여 계산한 금액을 각 부가가치세법 규정에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있도록 정하고 있고, 제3항은 위 제1항을 적용하는 경우 매입세액 공제방법을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 그리고 조세특례제한법 시행령 제110조 제5항에서는 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세 신고시 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 하는데, 이 경우 매입세액공제신고서에 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인의 경우에는 그의 성명), 취득가액이 기재되어야 하고, 위 사항이 기재되어 있지 아니하거나 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 않도록 규정하고 있다.

다) 위 구 조세특례제한법 제108조의 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제특례 제도는 사업자가 세금계산서를 발행할 수 없는 간이과세자 또는 일반인들로부터 재활용폐자원 등을 수집하여 판매하는 경우에 매입가액 중 일정액을 매입세액으로 공제하여 전단계 매입세액공제를 받지 못하는 것을 전부 또는 일부 보전해 주는 제도이다. 다만 중고자동차를 수집하는 사업을 영위한다고 해서 모든 경우 매입세액 공제특례제도를 적용받을 수 있는 것은 아니고, 일정한 요건을 갖추어야 하는데, 위 제도는 명백히 특혜규정이라 할 것이므로 요건을 엄격하게 해석함이 상당하다.

2) 구체적인 판단

앞서 든 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 매입세액공제신고서에 사실과 다른 취득가액을 기재하였는바 구 조세특례제한법 제108조에 의한 매입세액공제를 받기 위한 요건을 갖추었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다. 가) 원고는 2012년 제2기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 신고를 하면서, 실제 거래가액이 기재된 중고차 매매계약서는 대금 완납 후 폐기하고, 이와 별도로 지방세 시가표준액대로 거래가액을 기재한 계약서를 작성하여 이를 기초로 매입세액공제신고를 하였다. 따라서 원고가 제출한 매입세액공제신고서에 기재된 취득가액은 그 거래 내용이 사실과 다르다.

나) 피고가 수기장부에 근거하여 매출금액과 매입금액을 확정한 이상 매입세액공제에 있어서도 위와 같이 확정된 매입금액을 기준으로 적용하여야 한다는 주장에 관하여 살피건대, 원고가 피고로부터 이 사건 처분을 받는 과정에서 구 조세특례제한법 제108조의 매입세액공제 특례제도의 적용을 받지 못한 이유는 원고가 위 법령에서 규정하고 있는 매입세액공제의 요건을 갖추지 못하였기 때문이라 할 것이고, 피고가 매출금액은 수기장부에 근거하여 확정하였음에도 불구하고 매입금액에 관하여는 수기장부에 근거하지 않았기 때문이 아니므로, 원고의 이 부분 주장은 그 자체로 이유 없다. 나아가 살피건대, 부가가치세법 제37조 제1항은 '매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다'라고 규정하고 있고, 같은 법 제38조 제1항 제1호는 '매출세액에서 공제하는 매입세액은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 도는 용역에 대한 부가가치세액'이라고 규정하고 있으며, 같은 법 제39조 제1항 제1호는 '제38조에도 불구하고 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다'라고 규정하고 있는바, 부가가치세법에서도 매입세액의 공제를 위해서는 부가가치세법상 일정 요건을 충족하여야 함을 분명히 하고 있고, 매출금액과 매입금액이 확정되면 무조건 매출세액에서 매입세액을 공제하도록 규정하고 있다고 볼 수 없다.

다) 이 사건 처분이 자기구속의 원칙 및 평등의 원칙에 반한다는 주장에 관하여

살피건대, 행정의 자기구속의 원칙이란 행정청의 어떠한 처분이 되풀이 시행되어 행정관행이 이루어지게 된 경우 평등의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 따라 행정기관이 그 상대방에 대한 관계에서 그 규칙에 따라야 할 자기구속을 받게 되는 원칙을 말하고, 그 경우 특별한 사정이 없는 한 그러한 원칙을 위반하는 처분은 평등의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 위배되어 재량권을 일탈·남용한 위법한 처분이 된다고 할 것이나(대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두7967 판결 등 참조), 원고가 주장하는 바와 같은 사례가한 차례 있었다는 것만으로는, 그것이 되풀이된 관행이라거나 원고에게 신뢰를 부여한 것으로는 볼 수 없고, 동일한 사실관계에 대하여 달리 판단한 것으로 볼 수도 없으므로, 위 주장 역시 이유 없다.

라) 원고는 피고의 내부 준칙인 조세특례제한법 기본통칙 108-110-4(공제하지 아니한 재활용폐자원 매입세액의 구제방법)를 적용하여서 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 위 기준은 대외적 구속력이 없는 행정청의 내부 준칙에 불과할 뿐만 아니라 위 준칙은 부가가치세 신고시 공제하지 아니한 재활용폐자원 등의 매입세액을 공제받도록 하는 규정으로 봄이 상당하고, 당초 매입가액을 허위로 누락하거나 과소기재하여 매입세액을 일단 공제받은 후 그 매입가액이 허위임이 확인되자 다시 영수증 등을 제시하는 경우까지 매입세액을 그에 맞추어 재차 공제하도록 하는 규정으로 볼 수는 없는바, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

마) 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제 신고는 협력의무를 부과한 것에 불과하다는 취지의 대법원의 판례가 있는바, 당초 적절한 신고를 하지 않았다는 이유로 실거 래가액이 확인됨에도 불구하고 매입세액공제를 불허하는 것은 부당하다는 주장에 관하여 살피건대, 원고가 인용하는 대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 및 2003. 5. 16. 선고 2001두3006 판결은 이 사건과 달리 법인세 또는 소득세에 관한 사안으로 이 사건에 적용하기에 적절하지 않으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

바) 원고는 객관적으로 확인된 매입누락분에 대하여 매입세액공제를 허용하지 않는 것은 과잉금지원칙에 위배되며, 매입세액공제 특례제도의 입법취지 및 전 단계 매입세액을 공제하는 부가가치세 매입세액공제 제도의 기본원리에도 위배된다는 취지의 주장을 하므로 살피건대, 매입가액이 확인된다고 하여 무조건 매입세액공제를 적용해야 하는 것은 아니고 일정 요건을 갖춘 경우에만 매입세액공제를 적용하고 있는 것이 부가가치세법 및 조세특례제한법의 취지임은 앞서 살핀 바와 같은바, 당초 중고자동차 매입가액을 허위로 기재하여 매입세액 공제를 받은 후 조사로 인해 허위임이 확인되는 경우 매입세액공제의 특례를 적용하지 않는 것은 진실하게 신고하지 아니한 사업자에 대한 일종의 제재장치로 봄이 상당하고, 이는 사실과 다른 세금계산서를 제출한 경우 매입세액을 불공제하는 것에 비추어 보더라도 타당하며, 성실하게 당초부터 진실한 가액을 신고한 사업자들과의 형평 문제 등을 종합하여 보면 과잉금지원칙에 위배되거나, 매입세액공제 특례제도의 입법취지 및 부가가치세 매입세액공제 제도의 기본원리에도 반한다고 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.