신축 및 증축건물의 취득가액을 산정할 경우 실지조사의 방법과 증축부분은 추계조사의 방법을 적용하여 취득가액을 산정할 수 있는지

이 사건 건물은 시기적으로 구분되어 신축 및 증축이 이루어지기는 하엿으나, 증축된 부분을 포함한 이 사건 건물 전체가 법률상 하나의 건물에 해당하고, 위 신축 및 증축 부분이 일괄하여 양도가 이루어진 이상 단일한 과세목적물에 해당한다고 할 것이므로 이 사건 건물의 취득가액을 산정시 실지조사와 추계조사의 방법으로 산정 할 수 없다

소득세법 제94조(양도소득의 범위) 동법 제96조(양도가액) 소득세법 시행령 제176조의2 (추계결정 및 경정)

2013구합10687 양도소득세부과처분취소

최AA

목포세무서장

2014. 10. 30.

2015. 1. 15.

1. 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 기초사실

가. 원고의 부동산 취득 및 양도

원고는 2005. 10. 20. 조BB으로부터 OO시 OO동 1123-10 대 377㎡(아래에서는 '이 사건 토지'라 한다)를 취득한 후, 2010. 12. 20. 그 지상에 2층 상가건물(1층 308.55㎡, 2층 186.14㎡)을 신축하고, 2011. 5. 2. 위 상가건물 2층에 83.87㎡의 건물을 증축하여 보유하다가(아래에서는 위 신축 및 증축 상가건물을 '이 사건 건물'이라 한다), 2011. 7. 5. 김CC과 나DD에게 이 사건 토지 및 건물을 매매대금 OOOO원에 양도하였다.

나. 원고의 양도소득세 신고납부

원고는 2011. 7. 11. 피고에게, 이 사건 토지 및 건물의 양도가액은 실지양도가액인 OOOO원으로 하고, 이 사건 토지와 건물의 취득가액은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 아래와 같이 기준시가에 따라 환산한 취득가액인 OOOO원으로 하여 계산한 양도소득세 OOOO원을 예정신고하고 납부하였다.

다. 피고의 양도소득세 증액경정처분

피고는 2013. 1. 2. 원고에 대하여, 이 사건 토지와 건물 중 신축 부분의 취득가액은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있으므로 실지취득가액인 OOOO원(이 사건 토지) 및 OOOO원(이 사건 건물 중 신축 부분)을 적용하고, 이 사건 건물 중 증축 부분의 취득가액은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산취득가액인 OOOO원을 적용하여 계산한 양도소득세에서 원고가 예정신고하고 납부한 위 세액을 공제한 다음 그 차액에 해당하는 양도소득세 OOOO원(가산세 포함)을 증액경정고지하였다(아래에서는 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 2. 4. 국세청에 심사청구를 하였으나, 2013. 6. 20. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 아래에서도 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 관계법령

가. 원고의 주장

피고가 이 사건 처분에 따라 부과된 양도소득세를 계산함에 있어서 다음과 같은 이 사건 토지 및 건물에 대한 취득가액 산정에 오류가 있으므로, 이를 기초로 하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

1) 이 사건 토지 관련

피고는 이 사건 토지의 취득가액을 실지취득가액으로 산정하면서 원고가 이 사건 토지를 취득하면서 인수한 금융채무 외에 원고가 이 사건 토지 취득의 대가로 지어주기로 한 건물의 신축공사비로 OOOO원만을 실지취득가액에 포함시켰고, 원고가 위 건물의 신축공사비로 공사업자인 조EE에게 추가로 지출한 OOOO원을 실지취득가액에 포함시키지 않았다.

2) 이 사건 건물 관련

피고는 이 사건 건물의 취득가액을 산정하면서 증축 부분은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 환산취득가액을 적용하고 신축 부분은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있다는 이유로 신축공사비용 OOOO원과 하수도 원인자부담금 OOOO원만을 실지 취득가액으로 포함시켜 취득가액을 산정하였다.

그러나 이 사건 건물은 하나의 건물로서 일괄하여 양도되었으므로 증축 부분의 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙자료가 없다면 이 사건 건물 전체의 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙자료가 없는 경우에 해당하므로, 환산취득가액을 적용하여 취득가액을 산정하여야 한다.

나아가 이 사건 건물 중 신축 부분의 취득가액 산정과 관련하여, 피고는 세금계산서 발행을 통하여 공사대금 지출이 인정되는 부분만 신축공사비용으로 인정하였으나, 원고는 세금계산서가 발행된 공사 부분 이외에도 정화조, 통신, 소방, 상수도 공사 등으로 인한 비용도 지출하였고, 그 부분 공사비를 확인할 수 있는 증빙자료가 없으므로 환산취득가액을 적용하여 취득가액을 산정하여야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 판단

가. 취득가액 산정이 적법한지

1) 필요경비 인정에 관한 세법상 처리

과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로, 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이지만, 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하므로, 필요경비의 존재가 분명한 경우 실지조사 또는 추계조사의 방법으로 산정이 가능한 범위 내에서는 과세관청이 과세처분취소소송의 사실심 변론종결시까지 그 금액을 입증하여야 하고, 다만 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에만 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아가는 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결 등 참조).

한편, 소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조).

2) 이 사건 토지의 취득가액 산정 관련

위와 같은 법리에 비추어 보건대, 앞에서 본 사실관계 및 증거들과 갑 제4호증, 을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, ① 원고는 조BB으로부터 이 사건 토지를 매수하면서 그 매매대금은 원고가 조BB과 그의 남편 김FF이 위 토지를 담보로 농협과 수협에 부담하고 있던 금융채무를 인수하고, OO시 OO동 1123-4 지상에 건물을 지어주는 것으로 그 지급을 갈음하기로 한 점, ② 원고가 위 1123-4 지상에 지어주기로 한 건물 신축을 위한 공사도급계약이 2005. 6. 27. 김FF(건축주)과 최GG(시공자) 사이에 체결되었는데, 그 공사 도급계약에서 정한 공사대금은 OOOO원인 점, ③ 최GG는 위 건물 신축공사와 관련하여 원고로부터 수령한 공사대금은 위 공사도급계약서에 정한 바와 같이 OOOO원이고, 그 공사대금에는 철공사, 판넬공사, 금속창호공사에 대한 공사대금이 포함되어 있다는 취지의 확인서를 작성하여 세무조사 공무원에게 제출한 점, ④ 원고의 주장에 의하면 원고가 위 건물 신축공사 과정에서 위 OOOO원 외에 공사업자 조EE에게 추가 공사비용으로 OOOO원을 지출하였다는 것이나, 조EE이 작성한 확인서에 의하면 조EE이 공사를 하였다는 부분은 판넬공사, 금속창호공사, 철골공사로서 최GG의 공사 내용과 중복되는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지를 취득하면서 매매대금의 지급에 갈음하여 지어주기로 한 위 건물 신축공사비용으로 위 OOOO원 외에 OOOO원을 추가로 지출하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이를 실지취득가액을 산정함에 있어 포함시킬 수는 없다.

한편 원고가 위 건물 신축공사비용으로 위 OOOO원 외에 추가로 공사비용을 지출한 사실 자체가 인정되지 않으므로, 그러한 비용 지출이 있음을 전제로 하여 그 비용의 확인을 위한 증빙자료 등이 없다는 이유로 한 추계조사의 방법이 적용될 여지는 없다.

따라서 이 사건 토지에 대한 취득가액 산정은 적법하다.

3) 이 사건 건물의 취득가액 산정 관련

가) 건물의 일부에 대해서만 추계조사의 방법으로 취득가액 산정이 가능한지

단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 소득세법 등 관련법령에서 인정하는 과세방식이 아니라고 할 것이므로 (2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결 등 참조), 양도소득세 과세표준을 결정함에 있어서 단일한 과세 목적물 중 일부에 대해서는 실지조사의 방법으로, 나머지에 대해서는 추계조사의 방법으로 취득가액 내지 양도가액을 산정할 수는 없다고 할 것이다.

(2) 앞에서 본 사실관계를 위와 같은 법리에 비추어 보건대, 이 사건 건물은 시기적으로 구분되어 신축 및 증축이 이루어지기는 하였으나, 증축된 부분을 포함한 이 사건 건물 전체가 법률상 하나의 건물에 해당하고, 위 신축 및 증축 부분이 일괄하여 양도가 이루어진 이상 단일한 과세목적물에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 건물의 취득가액 산정시 일부에 대해서는 실지조사의 방법으로 취득가액을 산정하고, 나머지에 대해서는 추계조사의 방법으로 취득가액을 산정할 수 없다고 할 것이다.

그런데 피고는 이 사건 건물 중 신축 부분은 실지조사의 방법을 적용하고, 증축 부분은 추계조사의 방법을 적용하여 취득가액을 산정하였으므로, 피고의 이 사건 건물에 대한 취득가액 산정은 그 자체로 위법하다.

나) 실지거래가액에 의하여 이 사건 건물의 취득가액을 산정하는 것이 가능한지

위와 같은 법리에 비추어 보건대, 앞에서 본 사실관계 및 증거들과 을 제7, 8호증의 각 기재, 이 법원의 감정인 주HH에 대한 감정촉탁결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉 ① 이 사건 건물은 단일한 과세 목적물에 해당하여 실지조사와 추계조사의 방법을 혼합하여 취득가액을 산정할 수 없음은 앞에서 본 바와 같은데 이 사건 건물 중 증축 부분의 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙자료가 전혀 존재하지 않은 점, ② 피고는 이 사건 건물 중 신축 부분에 대한 공사비와 관련하여 세금계산서의 발행을 통하여 공사비 지출이 확인되는 부분만 실지취득가액에 포함시켰으나, 원고가 직영으로 이 사건 건물 중 신축 부분의 공사를 시행하였으므로 인건비 등 세금계산서가 발행되지 않은 공사비의 지출도 있었을 것임은 쉽게 예상할 수 있고, 실제로 원고가 세금계산서 발행을 통하여 인정되는 공사 부분 외에도 정화조, 통신, 소방, 상수도 공사 등을 하였음에도 불구하고, 피고가 산정한 이 사건 건물 중 신축 부분에 대한 실지취득가액에는 위와 같이 세금계산서가 발행되지 않은 정화조 공사 등에 대한 공사비가 그에 대한 증빙자료가 없다는 이유로 전혀 반영되지 않은 점, ③ 감정인 주HH은 이 사건 건물 중 신축 부분의 신축공사비를 OOOO원으로 평가하였는데, 이는 피고가 이 사건 건물 중 신축 부분 공사비 로 인정한 금액과는 상당한 차이가 있어 원고는 이 사건 건물의 신축 부분의 공사비로 피고가 인정한 공사비를 훨씬 초과하는 공사비를 지출한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 건물의 취득가액은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙자료가 없거나 그 중요 부분이 미비하고 달리 과세관청이 이를 입증할 수 있는 방법이 없는 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로 추계조사의 방법으로 이 사건 건물 전체의 취득가액을 산정함이 타당하다고 할 것이다.

나. 취소의 범위

1) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

2) 앞에서 본 사실관계를 위와 같은 법리에 비추어 보건대, 피고가 이 사건 부동 산 양도로 인한 양도소득세를 계산함에 있어서 이 사건 토지의 취득가액 산정은 위법 하다고 할 수 없으나, 이 사건 건물의 취득가액 산정은 위법하다고 할 것이다. 그런데 이 사건 건물의 취득가액은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없어 추계조사의 방법으로 산정하여야 할 것인데, 이 경우 합리적이고 타당성 있는 추계조사의 방법을 선택 적용하여 이 사건 건물의 취득가액을 산정하는 것은 과세관청인 피고에게 맡겨진 영역으로서 이 법원이 관여할 바는 아니므로, 부득이 이 사건 처분을 취소하기로 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.