[1] 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 법인세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없다. [2] 매출누락액 추계의 근거가 된 매입누락액이 총매입액에서 차지하는 비율이 작다거나 단일한 과세연도의 매출누락액을 산정함에 있어 매입누락액을 포함한 총매입액에 법인이 신고한 매입액과 매출액을 기초로 산정한 매매총이익률을 적용하여 총매출액을 추계한 후 법인이 신고한 매출액을 공제하는 방법과 매입누락액에 동일한 매매총이익률을 적용하여 곧바로 매출누락액을 산정하는 방법의 산정결과가 동일하므로 그와 같은 방식의 혼합과세가 허용되어야 한다고 하는 주장은 받아들일 수 없다.

[1] 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것이 적법한지 여부(소극)

[2] 과세관청이 법인의 각 사업연도의 매출누락액에 관하여는 당해 사업연도의 매매총이익률을 적용하여 추계하고 신고 매출액에 관하여는 실지조사하여 법인세 과세표준을 산정한 것이 위법하다고 한 사례

[1] 법인세법 제66조 [2] 법인세법 제66조 , 부가가치세법 시행령 제69조

[1] 대법원 1990. 2. 27. 선고 88누6337 판결 (공1990, 807) 대법원 1992. 5. 12. 선고 90누3140 판결 (공1992, 1904) 대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결 (공2002상, 395)

원고 (소송대리인 법무법인 한별 담당변호사 김원중외 2인)

송파세무서장

서울고법 2005. 9. 30. 선고 2005누3587 판결

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 법인세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없다 ( 대법원 1992. 5. 12. 선고 90누3140 판결 , 대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결 등 참조).

원심이 적법하게 확정한 사실에 의하면, 피고가 1999 사업연도부터 2001 사업연도까지의 소외 주식회사의 법인세 과세표준 및 세액을 경정하면서, 소외 주식회사가 법인세 신고시 누락한 매입부분 합계 300,509,058원 상당의 수산물에 대응하는 각 사업연도의 매출누락액에 관하여는 당해 사업연도의 매매총이익률을 적용하여 추계하고 소외 주식회사가 신고한 각 사업연도의 매출액에 관하여는 실지조사하여 법인세의 과세표준을 산정한 후 위 매출누락에 따른 차액과 그에 대한 부가가치세 상당액을 소외 주식회사의 대표자인 원고에게 상여로 처분하여 이 사건 종합소득세 부과처분을 하였다는 것인바, 위와 같은 법인세 과세표준의 산정은 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합한 것이어서 허용될 수 없으므로 그에 터잡은 이 사건 과세처분은 위법하다고 할 것이다.

피고의 부과처분이 위법하다고 본 원심의 결론은 정당하므로, 원심판결에 실지조사와 추계조사의 혼합과세에 관한 법리오해나 채증법칙 위배 등의 위법이 없다.

이와 달리, 매출누락액 추계의 근거가 된 매입누락액이 총매입액에서 차지하는 비율이 작다거나 또는 단일한 과세연도의 매출누락액을 산정함에 있어 매입누락액을 포함한 총매입액에 법인이 신고한 매입액과 매출액을 기초로 산정한 매매총이익률을 적용하여 총매출액을 추계한 후 법인이 신고한 매출액을 공제하는 방법과 매입누락액에 동일한 매매총이익률을 적용하여 곧바로 매출누락액을 산정하는 방법의 산정결과가 동일하므로 그와 같은 방식의 혼합과세가 허용되어야 한다고 하는 주장은 받아들일 수 없다.

상고이유에서 원용하고 있는 대법원 판례는 이 사건과 사안을 달리하는 것이다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 양승태(재판장) 고현철 김지형 전수안(주심)