주문
1. 피고가 원고에 대하여 한 2012. 2. 8.자 별지1 목록 기재 각 법인세 부과처분과 2011. 12. 30.자...
이유
1. 처분의 경위
가. A그룹 회장인 B와 파산자 주식회사 A(이하 ‘A’이라고 한다) 등의 대표이사, 전무이사, 감사 등 임직원은 2011. 5. 1. 특정경제가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄 등의 혐의로 공소 제기되었고, 그 중 2008, 2009 영업연도 중 특수목적법인(이하 ‘SPC’라고 한다), 차명차주에 대한 대출과 금융자문수수료 수취를 통하여 허위로 작성된 재무제표를 공시하였다는 내용의 범죄사실에 대하여 2012. 2. 21. 서울중앙지방법원에서 유죄 판결이 선고되었으며[서울중앙지방법원 2011고합403, 562, 624, 730, 1084, 1133, 1138, 1216, 1352, 1407(병합)], 이 부분 판단은 서울고등법원의 항소심 판결[서울고등법원 2012노832, 1240(병합)], 대법원의 파기환송 판결(대법원 2012도10629), 서울고등법원의 환송 후 항소심판결(서울고등법원 2013노424)을 거쳐, 2013. 9. 26. 대법원의 상고기각 판결(대법원 2013도6394)로 그대로 확정되었다
(다만, 분식회계의 규모에 대해서는 서울고등법원 2013노424 판결에서 일부 수정되었다). 나.
A은 2011. 9. 30., 같은 해 11. 25. 피고에게 2008, 2009 사업연도 법인세 신고시 수익으로 계상하였던 이자수익 100,572,321,142원(2008년 40,223,881,700원, 2009년 60,348,439,442원)과 금융자문수수료 143,664,224,298원(2008년 65,740,588,250원, 2009년 77,823,636,048원)에 대하여 익금불산입으로 세무조정하여 2008, 2009 사업연도 법인세 17,083,459,540원(2008년 12,344,449,496원, 2009년 4,739,010,050원) 및 2008년 제3기분 내지 2010년 제2기분 교육세 964,783,964원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
다. 부산지방국세청장은 A에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 그 결과를 피고에게 통보하였고, 위 통보에 따라 피고는 2011. 12. 30. A이 과다 계상하였다고 주장하는 이자수익은 정상적인 대출에 의한...