1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1957. 2. 18. 개업한 이래 건설업을 영위하는 법인으로, 2002년경부터 2007년경까지 특수관계자인 세경산업 주식회사로부터 원주구곡 임대아파트, 익산2차 임대아파트, 춘천거두 임대아파트, 밀양삼문2차 임대아파트의 신축공사(이하 위 공사를 통틀어 ‘이 사건 공사’라 한다)를 도급받아 이를 완공하였다.

나. 대전지방국세청장은 2010. 12. 19.부터 2011. 2. 24.까지 원고에 대한 법인사업자 통합세무조사 결과, 원고가 2005년 내지 2009년 사업연도에 특수관계자인 세경산업 주식회사로부터 이 사건 공사의 공사대금 중 미수금을 회수할 수 있었음에도 불구하고 별다른 합리적인 이유 없이 평균 채권회수기일인 92일을 초과하여 미회수한 것(이하 미회수한 공사대금을 ‘이 사건 미수금’이라 한다)으로 보아 ① 이를 법인세법상의 부당행위계산 부인의 대상으로 보고, 각 사업연도에 이 사건 미수금에 대한 인정이자(2005년 사업연도 605,547,895원, 2006년 사업연도 1,118,735,876원, 2007년 사업연도 1,464,989,249원, 2008년 사업 연도 794,841,570원, 2009년 사업연도 366,658,226원)를 익금에 산입하고, ② 이 사건 미수금을 법인세법상의 업무무관가지급금으로 인정하여 각 사업연도 차입금에 대한 지급이자(2005년 사업연도 238,042,044원, 2006년 사업연도 434,425,232원, 2007년 사업연도 629,610,134원, 2008년 사업연도 357,445,992원, 2009년 사업연도 151,387,970원)를 손금에 불산입하는 내용의 자료를, 그 무렵 피고에게 통보하였다.

이에 피고는 2011. 3. 2. 원고에게 2005년 사업연도 법인세 339,043,580원, 2006년 사업연도 법인세 556,049,170원, 2007년 사업연도 법인세 752,600,170원, 2008년 사업연도 법인세 331,925,000원, 2009년 사업연도 법인세 203,012,310원을 각...