서울행정법원2009구합18639 (2009.12.03)

조심2007서4167 (2009.02.13)

공동사업자 중 1인이 특정비용을 부담한 경우 필요경비 산입여부

공동사업자가 다른 공동사업자와 공동으로 부담할 필요경비를 1인 공동사업자가 부담하고 이에 대한 구상권을 행사할 수 없는 상태에 있었다면 공동사업자의 구상채권은 회수할 수 없는 채권으로서 공동사업자에게 귀속된 필요경비에 해당하나 이 사건의 경우 구상권을 행사할 수 없는 상태라고 볼 수 없음

결정 내용은 붙임과 같습니다.

겸 피항소인 지○○

역삼세무서장

강남세무서장

1. 원고 및 피고 ○○세무서장의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용 중 원고의 항소로 인한 부분은 원고가, 피고 ○○세무서장의 항소로 인한 부분은 피고 ○○세무서장이 각 부담한다.

1. 청구취지

피고들이 원고에 대하여 별지 과세처분 내역표 중 '과세처분 내역'란 기재와 같이 한 부과처분 중 같은 표 '청구취지(취소범위)'란 기재와 같은 부분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 피고들이 원고에 대하여 별지 과세처분 내역표 중 '과세처분 내역'란 기재와 같이 한 부과처분 중 같은 표 '청구취지(취소범위)' 란 기재와 같은 부분을 취소한다.

나. 피고 ○○세무서장

제1심 판결 중 피고 ○○세무서장 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 824-27 등을 사업장소재지로 하는 개인사업자이고, 서AA는 원고의 부인이며 지BB은 원고의 아들이고, 주식회사 △△벤처(이하 '소외 회사'라고 한다)는 원고와 서AA, 지BB 등 친족의 소유지분이 95%인 회사이다.

나. ○○지방국세청장은 2007. 2. 26.부터 2007. 5. 21.까지 원고의 2004, 2005사업연도에 대한 세무조사를 실시한 다음, 아래와 같은 내용이 포함된 세무조사결과를 피고들에게 통보하였다.

1) 원고가 2004. 8.부터 2005. 3.까지 사이에 소득세법상 특수관계자인 소외 회사에 ○○ ○○구 ○○동 837-36 대 2,831㎡(이하 '837-36 토지'라고 한다) 지상의 지하 8 층, 지상 23층, 옥탑 3층 규모의 건물(전체 연면적 47,857.55㎡ , 이하 '이 사건 건물'이라고 한다) 중 지하 1층 일부, 지하 2층 전부를 무상으로 임대한 것은 부당행위계산부인의 대상에 해당하는데, 부당행위계산부인 금액을 정함에 있어 원고와 소외 회사 사이에 약정한 월 임대료 6,760만 원에다가 임대보증금 6억 7,600만 원에 대한 연 5%의 비율에 의한 금원 중 1개월분을 더한 금원을 적정 월 임대료로 보면, 8개월간의 정당한 임대료는 563,002,432원이 되므로, 그 중 348,134,443원을 2004사업연도에, 214,867,989원을 2005사업연도에 각 소득세과세표준의 수입금액으로 산입하여야 한다 (이하 '무상 임대 관련 부분'이라고 한다).

2) 원고가 2004. 12.경 이 사건 건물에 대하여 수도권정비계획법에 따른 과밀부담금 3,059,323,280원 전부를 납부하였다는 이유로 위 금액 상당을 2004사업연도 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고하였으나, 원고가 납부한 과밀부담금 중 공동건축주인 지BB의 지분 비율인 2,831분의 120에 해당하는 129,678,132원은 원고에게 납부의 무가 있는 과밀부담금이 아니므로, 필요경비에 불산입하여야 한다(이하 '과밀부담금 관련 부분'이라고 한다).

3) 원고가 2003. 11. 1.부터 2006. 말경까지 소득세법상 특수관계인의 지위에 있는 서AA에게 ○○ ○○구 ○○동 824-27 대 462.8㎡(이하 '824-27 토지'라고 한다)를 임대보증금 없이 월 임대료 700만 원에 임대한 것은 부당행위계산부인의 대상에 해당하는데, 부당행위계산부인 금액을 정함에 있어 인근 토지에 대한 임대사례를 포착할 수 없어서 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이 하 같다) 제89조 제4항 제1호에서 정한 방식인 '당해 자산 시가의 100분의 50에 상당 하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액'을 적정 임대료로 보고 실제 임대료를 차감하되, 위 방식에서 말하는 !당해 자산 시가'는 원고가 824-27 토지를 1995. 5. 15.자로 취득할 때의 가격인 9,497,261,494원(이하 '1995년 거래가격'이라고 한다)으로 보고 계산하면, 과세기간(2003. 11. 1.부터 2006. 말경까지) 동안의 적정 임대료와 실제 임대료의 차액은 합계 322,882,252원이 되므로, 위 금원을 해당 과세기간의 부가가치세과세표준의 매출세액과 소득세과세표준의 수입금액에 각 산입하여야 한다(이하 '저가 임대 관련 부분'이라고 한다).

다. ○○지방국세청장의 과세자료 통보에 따라 원고의 사업지 관할 세무서장인 피고 ○○세무서장과 원고의 주소지 관할 세무서장인 피고 ○○세무서장은 별지 과세처분 내역표 중 '과세처분 내역' 난의 기재(2006년 귀속 종합소득세에 관하여는 경정 전의 것)와 같이 원고에 대하여 종합소득세와 부가가치세를 경정 ・ 고지하였다(이하 '당초 처분'이라고 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2007. 10. 11. 조세심판원에 조세심판청구를 하였고, 2009.

2. 13. 조세심판원은 '원고에 대하여 한 종합소득세와 부가가치세 부과처분은 원고가 소외 회사에 이 사건 건물 지하 1층 일부와 지하 2층 전부를 2004. 8.부터 2004. 12.까지 무상임대한 것으로 하여 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하라. 나머지 청구는 기각한다'고 결정하였다.

마. 위 조세심판원의 결정에 따라 피고 ○○세무서장은 원고에 대하여 당초 처분 중 2006년 귀속 종합소득세를 914,361,583원으로 재경정 ・ 고지하였다(이하 위와 같이 일부 감액변경된 당초 처분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전 체의 취지

2.주장 및 판단

가. 원고의 주장

1) 무상 임대 관련 부분에 관하여

원고가 이 사건 건물을 분양하면서 스포츠센터 회원권을 증정하기로 광고함에 따라 건물의 입주시기에 맞추어 스포츠센터를 유치할 필요성이 있었고, 당시의 경제상황상 임대기간 중 몇 달의 임대료를 무상으로 하여 임대할 필요성도 있었던 만큼, 원고가 소외 회사에 이 사건 건물 지하 1층 일부 및 지하 2층 전부를 임대하면서 5개월간의 임대료를 받지 아니한 것이 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라고 할 수는 없다.

2) 과밀부담금 관련 부분에 관하여

지BB은 단지 이 사건 건물 지상 1, 2층 전체, 지상 3층 307호를 분양받은 수분양자로서 이 사건 건축허가의 건축주 명의만 빌려준 명의상 건축주에 불과할 뿐이고, 원고가 이 사건 건물의 공사계약의 당사자이자 공사비를 전액 부담한 자로서 이 사건 건물의 단독 건축주이므로, 원고만이 이 사건 건물과 관련된 과밀부담금의 납부 의무가 있다고 할 것이고, 가사 지BB이 공동건축주로서 위 과밀부담금을 납부할 의무가 있다고 하더라도, 원고는 지BB과 연대하여 위 과밀부담금 전액을 납부할 의무가 있으므로, 원고가 위 과밀부담금을 전액 납부한 것은 연대납부의무자로서 이를 부담한 것이지 위 과밀부담금 중 지BB의 분담 부분을 대납한 것이 아니라고 할 것이어서, 이 사건 건물과 관련한 과밀부담금 전액이 원고의 2004년 종합소득에 대한 필요경비로 산입되어야 한다.

3) 저가 임대 부분과 관련하여

824-27 토지의 1995년 거래가격은 과세기간인 2003. 11. 1.부터 2006. 말경까지를 기준으로 할 때 약 10년 전의 가격으로 도저히 과세기간 당시의 시가로 볼 수 없는 것임에도, 피고가 위 가격을 기준으로 하여 산출한 임대료를 각 과세기간에 부가가치세과세표준의 매출세액과 소득세과세표준의 수입금액으로 산입한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 건물의 건축 경과 등(과밀부담금 관련 부분)

가) 원고와 지BB은 2000. 9. 9. ○○시장으로부터 원고와 지BB을 공동건축주 명의자로 하여 원고가 2,831분의 2,711 지분을, 지BB이 2,831분의 120 지분을 각 소유한 837-36 토지 위에 건축면적 1,333.38㎡(2001. 8. 25. 1,336.58㎡로 변경됨), 연면적 47,858.46㎡(2001. 8. 25. 47,857.55㎡로 변경됨) 규모(주용도 : 제2종 근린생활시설, 업무시설)의 건축물을 건축하는 내용으로 건축허가를 받았다.

나) 원고는 2001. 9. 17.경 두산건설 주식회사에 공사대금 390억 원에 위 건축허가에 따른 건축물의 공사를 도급하기로 약정하였고, 위 회사는 2004. 7.경 위 건축허가에 따라 이 사건 건물을 완성하였다.

다) 원고와 지BB은 2004. 7. 7. 공동건축주 명의자로서 ○○시장으로부터 이 사건 건물에 관한 사용승인을 받았고, 2004. 7. 23. 이 사건 건물의 지상 1, 2층 전체, 지상 3층 307호에 관하여는 지BB 명의로, 나머지 부분에 관하여는 원고 명의로 각 소유권보존등기를 마쳤다.

라) ○○시장은 구 수도권정비계획법(2004. 12. 31. 법률 제7308호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조, 제15조 등에 따라 인구집중유발시설인 이 사건 건물의 공동건축주라는 이유로 2004. 12.경 납부의무자를 원고와 지BB으로 정하여 과밀부담 금 3,059,323,280원을 부과하였고, 원고는 그 무렵 위 금원을 전부 납부하였다.

마) 한편, 지BB은 원고로부터 이 사건 건물의 지상 1, 2층 전체, 지상 3층 307호를 분양대금 3,011,317,375원에 분양받았는데, 지BB의 837-36 토지에 대한 지분을 인정하여 전유부분의 대지권가격은 0원으로 하고, 전유부분의 건물가격만으로 분양대금을 산정하였다. 위 지BB이 분양받은 이 사건 건물의 지상 1, 2층 전체, 지상 3층 307호의 건물가격만을 기준으로 한 ㎡당 분양단가는 같은 건물의 지상 5층에 대한 분양대금 중 대지권가격을 제외한 건물가격만을 기준으로 한 ㎡당 분양단가와 같다.

바) 지BB은 위 분양대금을 지상 1, 2층 전체 지상 3층 307호를 타인에 임대하고 받은 임대보증금으로 지급하였다.

2) 원고와 소외 회사 사이의 이 사건 건물의 지하 1, 2층에 관한 임대차계약체결 경위 등(무상 임대 관련 부분)

가) 원고는 이 사건 건물에 관한 건축허가를 받은 날인 2000. 9. 9.부터 그 소유권보존등기를 마친 날인 2004. 7.경까지 이 사건 건물의 수분양자를 모집하였는데, 그 과정에서 분양률을 높이기 위해 수분양자들에게 이 사건 건물 지하에서 운영하는 스포츠센터 회원권을 무상으로 지급한다는 내용의 분양광고를 하였다.

나) 원고와 지BB이 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 마친 2004. 7. 23.을 기준으로 한 각 층에 대한 미분양율은 지상 1 내지 23층이 16.52%, 지하 1층이 79.14%, 지하 2층이 100%로 나타났다.

다) 원고는 이 사건 건물에 관한 수분양자들의 입주시기가 임박한 무렵인 2004. 8.소외 회사와 사이에 원고가 소외 회사에 이 사건 건물의 지하 2층 전부, 지하 1층 8 내지 11호를 임대차기간 2년, 임대보증금 6억 7,600만 원, 월 임대료 6,760만 원으로 정하여 임대하되, 2004. 8.부터 2004. 12.까지는 임대료를 받지 아니하고, 소외 회사는 위 임대부분에서 스포츠센터를 운영하기로 약정하였다.

라) 소외 회사가 운영한 위 스포츠센터의 회원현황은 2004. 12. 31.을 기준으로 할 때 앞서 본 원고의 광고에 따라 원고로부터 스포츠센터 회원권을 지급받아서 별도의 보증금을 납부하지 않은 회원이 91명 정도이고, 그 외 일반회원이 35명 정도였다.

3) 원고와 서AA 사이의 824-27 토지의 임대차계약 경위 등(저가 임대 관련 부분)

가) 원고는 1995. 5. 15. 824-27 토지를 9,497,261,494원에 매수하여 이에 관한 소유권이전등기를 마친 다음, 1995. 6. 26. 위 토지에 관하여 채권최고액 240억 원의 1번 근저당권과 채권최고액 54억 원의 2번 근저당권을 설정하였다.

나) 원고는 2003년경 서AA에게 824-27 토지를 임대차기간 2003. 11. 1.부터 2004. 12. 31.까지로 하여 임대보증금 없이 월 임대료 700만 원에 임대하였고, 이후 임대보증금과 임대료를 변경하지 않고 임대차기간만 2006. 11.경까지로 연장하여 왔다.

다) 서AA는 2005. 5.경 위 824-27 토지 위에 지하 3층, 지상 10층, 옥탑 1층 규모의 근린생활시설을 건축하여 이에 관하여 소유권보존등기를 마친 다음, 이를 타인에 임대하여 왔는데, 2005. 9.경을 기준으로 한 위 건물에 관한 임대보증금의 합계는 9억 4,000만 원 정도이고, 월 임대료의 합계는 7,470만 원 정도였다.

라) 피고의 방식과 같이 계산한 과세기간인 2003. 11. 1.부터 2006. 말경까지의 824-27 토지의 적정 임대료와 실제 임대료의 차액은 합계 322,882,252원이고, 이를 토대로 계산한 적정 월 임대료는 2003년이 약 1,660만 원, 2004년이 약 1,540만 원, 2005년이 약 1,420만 원, 2006년이 약 1,660만 원이 된다.

마) 한편, 824-27 토지의 개별공시지가는 1995년 790만 원, 1996년 800만 원, 1997년 880만 원, 1998년 817만 원, 1999년 684만 원, 2000년 707만 원, 2001년 722 만 원, 2002년 750만 원, 2003년 873만 원, 2004년 980만 원, 2005년 1,050만 원, 2006년 1,190만 원,2007년 1,390만 원으로 변화하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 11, 17호증, 을 제2 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 제1심 증인 지BB의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단.

가) 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조의 부당행위계산부인 규정은, 거주자의 실제 행위 또는 계산이 법률상 유효・적법하고 회계상 정확한 계산이라 하더라도 그 행위나 계산이 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조 제1항 각 호에서 정한 특수관계자 간의 거래로서 객관적으로 같은 조 제2항 각 호에서 정한 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당하는 경우에는 세법상 이를 부인하여 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산함으로써 공평과세를 실현하고자 함에 그 취지가 있는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제 적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정 상적인지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2004. 10. 27. 선고 2003두9893 판결, 대법원 2009. 9. 24. 선고 2007두7505 판결 등 참조).

나) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고가 특수관계자인 소외 회사에 이 사건 건물 중 지하 1, 2층을 5개월간 무상으로 임대한 사실은 인정되나, 한편, 앞서 든 각 증거에 의하여 인정되거나 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 5개월간 임대료 무상이라는 이익을 제공하지 않은 채 정상적으로 지하 1, 2층을 임차할 자 또는 스포츠센터를 운영할 자를 찾아서 그에게 지하 1, 2층을 임대할 때까지 계속하여 기다렸다면, 당시의 거래 상황에 비추어 지하 1, 2층은 상당한 기간에 걸쳐 빈 사무실로 남아 있었을 가능성도 배제할 수 없을 뿐만 아니라 위 스포츠센터 회원권의 무상지급에 관한 광고를 믿은 수분양자들로부터 허위 ・ 과장광고를 하였다는 이유로 손해배상청구 등을 받을 법적 위험까지 있었던 것으로 보이 는 점, ② 2004년경에는 ○○시 일부 지역의 경우에 상가 건물 등의 공실률을 낮추기 위해 임대차기간이 장기이거나 임차인이 우량기업인 경우 등에는 입주 초기 몇 달간의 임대료를 받지 않고 임대하는 방식{소위 렌트 프리(rent free)}도 하나의 임대 방식으로 이용하는 사례가 어느 정도 있었던 것으로 보이는 점,③ 원고와 소외 회사 사이의 임대차계약의 임대차기간이 2년인데, 임대보증금이 6억 7,600만 원인데다가 월 임대료가 6,760만 원으로 상당한 금액이며, 소외 회사가 원고의 광고를 믿은 수분양자들로부터 보증금을 받지 않고 스포츠센터 회원권을 제공하게 되는 등의 손해를 감수하였던 점에 비추어 볼 때, 원고가 비록 5개월 동안의 임대료를 무상으로 한 것을 고려하더라도 소외 회사에 대한 임대로 인하여 적정수준의 이익을 얻지 못한 것으로 단정하기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고가 지하 1, 2층의 조속한 임대, 분양광고에 따른 의무이행 등의 목적으로 소외 회사에 2년간 지하 1, 2층을 임대하면서 5개월간의 임대료를 받지 아니한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라고 할 수 없어 부당행위계산부인의 대상이 아니라고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 구 수도권정비계획법 제12조 제l항은 과밀억제권역안의 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 안에서 인구집중유발시설 중 업무용 건축물 ・ 판매용 건축물 ・ 공공청사 기타 대통령령이 정하는 건축물을 건축(신축・증축 및 용도변경을 말한다)하고자 하는 자는 과밀부담금을 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에 의하여 준용된 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항은 공유물 ・ 공동사업 또는 당해 공동사업에 속하는 재산에 관계되는 국세 ・ 가산금과 체납처분비는 그 공유물(공유자의 오기로 보인다) 또는 공동사업자가 연대하여 납부할 의무를 진다고 규정하고 있으며, 구 국세기본법 제25조의2는 구 국세기본법에 의하여 국세 ・ 가산금과 체납처분비를 연대하여 납부할 의무에 관하여는 연대채무자 중 출재채무자의 구상권을 규정한 민법 제425조를 준용하도록 규정하고 있다.

한편, 과밀부담금에 대한 연대채무를 이행한 공동사업자는 다른 공동사업자에 대하여 그 부담 부분의 비율에 따라 그 납부금액에 대한 구상권을 취득하게 되는 것이므로, 그 연대채무의 이행으로 곧바로 그 납부금액에 상당한 필요경비가 발생하였다고 볼 수는 없다고 할 것이고, 다만, 공동사업자가 다른 공동사업자에 대하여 그 납부금액에 대한 구상권을 행사할 수 없는 상태에 있었다면 공동사업자의 위 구상채권은 회수할 수 없는 채권으로서 공동사업자에게 귀속된 필요경비의 금액으로 봄이 상당하다고 할 것이다(대법원 1988. 3. 22. 선고 87누737 판결, 대법원 2002. 9. 24. 선고 2001두 489 판결 등 참조).

나) 먼저, 지BB이 원고와 함께 이 사건 건물의 공동건축주로서 이 사건 건물에 대한 과밀부담금을 부담할 의무가 있는지 여부에 관하여 보건대, 앞서 든 각 증거에 의하여 인정되거나 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 토지의 공동소유자인 원고와 지BB이 이 사건 건물을 건축하기 위하여 공동건축주 명의자가 되어 건축허가를 받았고, 사용승인을 받을 때까지 공동건축주 명의를 그대로 유지하였으며, 지BB은 이 사건 건물의 지상 1, 2층 전체, 지상 3층 307호에 관하여 소유권보존등기를 경료하였던 점,② 지BB이 그 소유인 토지 지분을 이 사건 건물의 건축을 위해 제공하였고, 이로 인해 이 사건 건물의 건축이 가능하게 되었던 점,③ 지BB은 이 사건 건물의 완공 이후에는 837-36 토지에 관하여 당초의 토지 지분에 상응하는 대지권의 면적에 관한 소유권을 유지하면서도, 당초의 토지 지분에 비례한 건물면적을 초과함은 물론 다른 층에 비하여 거래현실상 임대수익률 등 사업성이 현저히 높을 것으로 예상되는 이 사건 건물의 지상 1, 2층 전체, 지상 3층 307호를 그 부분에 비하여 사업성이 현저하게 낮을 것으로 예상되는 지상 5층에 대한 건물가격(대지권가격 제외) 수준의 분양대금으로 분양받았던바, 이는 일반분양자가 아닌 공동사업자로서 얻을 수 있는 혜택으로 보이는 점,④ 지BB은 이 사건 건물의 지상 1, 2층 전체, 지상 3층 307호를 타인에게 임대하고 받은 임대보증금으로 원고에게 약 30억 원에 이르는 분양대금을 납입하였고, 이 사건 건물 중 지상 1, 2층 전체, 지상 3층 307호를 제외한 나머지 건물 부분에 대하여는 원고로부터 별도로 수익을 분배받지 않았던 것으로 보이는 점에 비추어 볼 때, 지BB은 임대보증금으로 조달한 분양대금 및 분배받지 않은 수익금을 통하여 실질적으로 이 사건 건물의 공사비 중 일부를 부담한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 지BB은 원고에게 건축주 명의만을 빌려준 명의상 건축주가 아니라 원고와 함께 이 사건 건물의 공동건축주로 볼 것이므로, 지BB은 다른 공동건축주인 원고와 연대하여 이 사건 건물에 대한 과밀부담금을 납부할 의무가 있다고 할 것이다.

나아가, 원고가 이 사건 건물에 대한 과밀부담금의 연대채무자로서 납부한 금액이 원고에게 귀속된 필요경비의 금액으로 볼 수 있는지 여부에 관하여 보건대, 앞서 인정 한 사실에 의하면, 원고는 ○○시장이 2004. 12.경 원고와 지BB을 납부의무자로 하여 부과한 과밀부담금 3,059,323,280원을 모두 납부하기는 하였으나, 연대채무를 이 행한 원고는 다른 공동사업자인 지BB에 대하여 그 부담 부분의 비율에 따라 그 납부 금액에 대한 구상권을 취득하게 되는 것이므로, 그 연대채무의 이행으로 곧바로 원고 에게 그 납부금액에 상당한 필요경비가 발생하였다고 볼 수는 없다고 할 것이고, 더욱 이 원고가 다른 공동사업자인 지BB에 대하여 그 납부금액에 대한 구상권을 행사할 수 없는 상태에 있음을 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로 원고의 부담 부분을 넘어 납부한 과밀부담금이 원고에게 귀속된 필요경비의 금액으로 볼 수 없다고 할 것이다.

다) 따라서, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대한 판단

가) 부가가치세법상 부동산임대용역의 과세표준과 소득세법상 부당행위부인대상액 산정에 관한 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제3호, 제5항, 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항 제1호, 제2호, 구 소득세법 제41조 제1항, 제2항, 구 소득세법 시행령 제98조 제2항 제2호, 제4항에 의하면, 특수관계에 있는 자에게 토지를 임대한 경우의 과세표준인 적정한 임대료 시가는 특수관계에 있지 아니한 자와의 정상적인 거래를 하는 경우에 형성되는 가격을 기준으로 하되, 그에 관한 사례가 없는 경우에는 보충적인 방법으로 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에서 정한 방식인 '당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액'으로 계산하여야 할 것이다.

나) 이 사건에 있어서, 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에서 정한 방식으로 계산함에 있어 당해 자산인 824-27 토지의 과세기간 당시의 시가를 1995년 거래가격으로 볼 수 있는지에 관하여 보건대, 앞서 든 각 증거에 의하여 인정되거나 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 1995년부터 2007년까지의 824-27 토지의 개별공시지가가 1999년부터 2002년까지의 기간을 제외하고는 1995년의 것에 비해 상승하는 추세에 있고, 특히 과세기간(2003년부터 2006년까지) 동안에는 1995년의 것을 현저히 상회하고 있으므로, 적어도 위 과세기간 동안의 824-27 토지 가격이 1995년 거래가격 아래로 하락하였을 것으로 보기는 어려운 점, ② 1995년 거래 가격으로 계산한 적정 임대료는 월 평균 약 1,600만 원 정도로서 824-27 토지의 취득 가격에 대한 자본수익률, 그 지상건물의 임대를 통해 서AA가 얻고 있는 임대수익 등과 비교해 보더라도 위 적정 임대료 아래로 824-27 토지의 임대료 시가가 형성되는 경우를 쉽게 상정하기 어려운 점,③ 원고가 유사토지의 거래사례로 제기하고 있는 824-25 토지에 관한 자료들은 824-25 토지매입에 필요한 투자유치를 위해 작성된 것 이거나 부동산 관리신탁계약 당시에 작성된 것으로서 824-25 토지에 관한 실제 거래 가격을 확인할 수 있는 자료로 보기 어렵고, 824-25 토지는 824-27 토지와 비교하여 그 위치, 면적, 형상, 현황 등에 다소의 차이가 있으며, 824-25 토지는 수년에 걸쳐 여러 필지의 토지가 합병 및 분할을 거쳐 형성된 토지로서 합병 및 분할 전의 각 토지별로 실제 거래가격을 확인하여야 비로소 824-27 토지와의 거래가격 비교가 가능할 것으로 보이는 점에 비추어 볼 때, 824-25 토지의 거래사례를 824-27 토지와 유사한 거래사례로 사용하기는 곤란한 것으로 보이는 점,④ 원고가 824-27 토지를 약 94억 9,700만 원에 매입한 이후 1995. 6. 26. 위 토지에 관하여 채권최고액 240억 원의 1번 근저당권과 채권최고액 54억 원의 2번 근저당권을 설정하였을 뿐만 아니라, 원고가 위 토지를 당시의 시가보다 특별히 고가로 매수하였다고 볼 만한 자료도 없으며, 824-27 토지에 대한 원고의 거래사례는 당해 자산에 대한 거래로서 이 사건 과세기간 당시의 824-27 토지 가격과 가장 유사한 상황의 거래로 보이는 점에 비추어 볼 때, 1995년 거래가격이 당시의 객관적인 거래가격에 비해 부당하게 고가인 것으로는 보이지 않는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 위 과세기간 동안의 824-27 토지의 시가를 1995년 거래가격으로 본 것이 객관성이나 합리성을 결하였다고 보이지 않으므로, 피고가 824-27 토지의 적정 임대료를 산정함에 있어서 보충적인 방법을 택하여 과세기간 동안의 824-27 토지의 시가를 1995년 거래가격으로 보고 계산한 것이 위법하다고 볼 수는 없다 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4) 소결론(정당한 세액에 관하여)

따라서, 피고의 무상 임대 관련 부분의 잘못을 바로잡고, 나머지 부분에 관하여는 지BB의 지분 비율에 상당하는 과밀부담금의 필요경비를 불산입하고, 1995년 거래 가격을 기준으로 계산한 824-27 토지에 대한 적정 임대료와 실제 임대료의 차액을 해당 과세연도의 종합소득세와 부가가치세의 과세표준에 산입하여 정당한 종합소득세와 부가가치세를 계산하면, 과세처분 내역표 '정당한 세액'란 기재와 같으므로(2006년 귀속 종합소득세의 세액의 구체적인 계산 내역은 별지 2006년 귀속 종합소득세 계산표 기재와 같다), 피고 ○○세무서장이 2007. 7. 20. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 종합소득세 부과처분 중 766,795,220원을 초과하는 부분은 위법하고, 피고 ○○세무서장의 나머지 부과처분 및 피고 ○○세무서장의 부과처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 피고 ○○세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 ○○세무서장에 대한 청구 및 피고 ○○세무서장에 대한 나머지 청구는 이유f없어 이를 각 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고 및 피고 ○○세무서장의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.