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제목
연구용역비 지출이 부당행위계산의 부인에 해당하는지 여부
요지
연구비에 관한 경상개발비와 연구개발비의 감가상각액을 손금부인한 처분은 적법하며 연구비를 법인의 특수관계자에게 지급한 행위는 자금의 무상대여로서 부당행위계산의 부인 대상임
관련법령
법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)
법인세법 제28조 (지급이자의 손금불산입)
주문
1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
청구취지
1. 피고 ○○세무서장이 2004.7.15. 원고에 대하여 한 1999사업연도 귀속 법인세 77,950,960원, 2000사업연도 귀속 법인세 347,779,130원, 2001사업연도 귀속 법인세 527,301,050원 및 2002사업연도 귀속 법인세 774,365,890원의 각 부과처분을 취소한다.
2. 피고 ○○지방국세청장이 2004.7.12. 원고에 대하여 한 1999사업연도 귀속 소득금액 5,004,638원, 2000사업연도 귀속 소득금액 171,640,449원, 2001사업연도 귀속 소득금액 380,867,251원, 2002사업연도 귀속 소득금액 486,313,961원 및 2003사업연도 귀속 소득금액 294,790,194원의 각 변동통지처분을 취소한다.
(단, 원고 제출의 2007.10.22.자 청구취지 정정신청서의 청구취지 제2항 중 2001사업연도 소득금액 '308,867,251원'은 '380,867,251원'의 오기임이 기록 명백하다. 갑 제2호증의 3참조)
이유
1. 처분의 경위
다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1 내지 6, 갑 제2호증의 1 내지 5, 갑 제3호증의 1,2, 갑 제4호증의 2,3,39,63, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 1,2,3, 을 제2호증, 을 제3호증의 1 내지 5, 을 제4호증의 1 내지 7, 을 제5호증의 1 내지 20, 을 제6,7,9호증, 을 제14호증의 1 내지 5, 을 제15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
가. 여○○은 ○○대학교 농업생명과학대학 동물공학과 교수로서 인간 두뇌의 성장과 기능에 중추적인 역할을 하는 물질인 DHA를 젖소의 체내에서 합성하게 하는 효소자극제(상품명 : ○○첨가제, 이하 '○○첨가제'라 한다.)를 제조하는 기술과 젖소에게 DHA를 모유수준으로 함유한 우유를 생산하는 기술(이하 위 두 기술을 '쟁점기술'이라 한다.)을 개발하였는데, 극미량의 경대첨가제를 젖소사료에 섞어서 젖소에게 먹이면 다량의 DHA가 함유된 우유를 생산할 수 있다.
나. 여○○은 1999.5.28. 이○○과 함께 쟁점기술을 이용하여 DHA 함유 우유 생산용 젖소사료의 제조·판매업을 목적으로 하는 주식회사인 원고를 설립하여 원고 발행주식 중 60%를 소유하고, 그 나머지 40%는 이○○이 소유하게 되었는데, 원고의 설립 및 증자 자본금 합계 5억원은 이○○이 혼자 납입하였고, 여○○은 1999.10.24. 원고의 대표이사로 취임하여 재직하다가 2003.10.6. 사임하였다.
다. 원고는 ○○대학교 산업기술연구소(이하 '○○산업연구소'라 한다.) 및 ○○대학교 디지털연구소(이하 '○○디지털연구소'라 한다.)와의 사이에 아래 연구용역계약내역표의 기재와 같이 4건의 연구용역계약(이하 위 각 연구용역계약을 개별적으로 지칭할 경우에는 위 표의 순번에 따라 '제1연구용역계약', '제2연구용역계약' 등이라 하고 이를 통칭할 경우에는 '이 사건 각 연구용역계약'이라 한다.)을 체결하였는데, 그 각 연구용역비의 합계액은 132억 7,000만원이고, 이 사건 각 연구용역계약 당시 여○○은 원고의 대주주이자 ○○산업연구소의 책임연구원이었다.
연구용역계약내역표
(이하 각 표의 금액 단위 : 원)
순번
계약일자
계약
상대방
연구과제
계약종료일
연구비
약정금액
연구비
지급금액
1
1999.9.1
○○산업연구소
N-3지방산이 인체에 미치는 영향 외 4건
2004.9.1
4,270,000,000
4,270,000,000
2
2002.1.3
○○디지털연구소
생명과학기술을 이용한 천연 생리활성 물질 및 고급영양소 탐색연구
2007.12.31
5,000,000,000
355,000,000
3
2005.5.1
○○산업연구소
지질생물공학기술개발을 통한 인체건강증진에 관한 연구
2005.12.31
2,000,000,000
1,944,000,000
4
2002.10.10
○○산업연구소
지질생물공학기술개발을 통한 인체건강증진에 관한 연구
2005.12.31
2,000,000,000
0
합계
13,270,000,000
6,569,000,000
라. 원고는 이 사건 각 연구용역계약에 기한 연구용역비로 연구용역계약내역표의 기재와 같이 ○○산업연구소에 62억 1,400만원, ○○디지털연구소에 3억 5,500만원 합계 65억 6,900만원(이하 '쟁점연구비'라 한다.)을 지급하였는데, 그 각 사업연도별지급 및 회계처리 내역은 아래 연구용역비 지급 및 처리 내역표의 기재와 같다.
연구용역비 지급 및 처리 내역표
사업연도
1999사업연도
2000사업연도
2001사업연도
2002사업연도
2003사업연도
경상개발비
(당기손금)
200,000,000
501,600,000
0
873,013,717
157,400,000
연구개발비
(이연자산)
382,800,000
1,393,631,200
1,875,300,000
116,668,800
0
선급비용
0
0
0
1,069,117,483
0
합 계
580,800,000
1,895,231,200
1,875,300,000
2,058,800,000
157,400,000
마. 원고는 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액에 관한 확정신고 및 그 수정신고를 신고함에 있어 쟁점연구비 65억 6,900만원 중 각 사업연도별 경상개발비는 전액 각 당해사업연도의 손금에 산입하고, 각 사업연도별 연구개발비는 아래의 무형자산감가상각내역표의 기재와 같이 그 각 감가상각액 상당을 당해사업연도의 손금에 산입하였는데, 원고의 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액에 관한 각 확정신고 및 수정신고 내역은 별지 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 세액계산서의 각 신고란 및 수정신고란의 각 기재와 같다.
무형자산감가상각내역표
구분
1999사업연도
2000사업연도
2001사업연도
2002사업연도
합계
연구개발비상각
1999년분
25,520,000
76,560,000
76,560,000
75,560,000
255,200,000
2000년분
278,726,240
278,726,240
278,726,240
836,178,720
2001년분
375,060,000
375,060,000
750,120,000
2002년분
23,333,760
23,333,760
합계
25,520,000
355,286,240
730,346,240
753,680,000
1,864,832,480
바. 그런데 원고는 2003.6.18.과 그 달 30. ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소와의 사이에 이 사건 각 연구용역계약을 해지하고, 그 무렵 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소는 원고에게 연구용역비 합계 6,672,278,058원을 반환하였다.
사. 원고는 2003사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액을 신고함에 있어 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소로부터 반환받은 연구용역비 합계 6,672,278,058원을 익금에 산입하였는데, 원고의 2003사업연도의 법인세 과세표준 및 그 세액 신고내역은 별지 2003사업연도의 세액계산서의 신고란의 기재와 같다.
아. 피고 ○○세무서장(이하 '피고 서장'이라 한다.)은 2003.12.10. 원고가 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액에 관한 확정신고 및 그 수정신고를 신고함에 있어 각 사업연도별 경상개발비를 부당하게 손금에 산입하고, 연구개발비의 감가상각액과 창업비 감가상각액의 손금산입을 누락하였다는 이유로 아래 소득금액 조정표의 기재와 같이 각 사업연도별 경상개발비의 손금산입을 부인가고, 연구개발비의 감가상각액과 창업비 감가상각액을 손금에 산입한 다음 별지 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 세액계산서의 1차경정란의 기재와 같이 원고의 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준과 그 각 세액을 산출한 다음, 원고에게 1999사업연도 귀속 법인세 198,130,240원, 2000사업연도 귀속 법인세 401,940,430원, 2001사업연도 귀속 법인세 143,037,580원 및 2002사업연도 귀속 법인세 90,633,490원(위 각 세액은 원고의 신고납부세액을 공제한 금액임)을 부과하는 처분(이하 '당초과세처분'이라 한다.)을 하였다.
소득금액 조정표
사업연도
1999년
2000년
2001년
2002년
합계
연구개발비감가
상각액손금산입
-91,040,000
-140,320,000
-419,046,240
-157,208,200
-807,614,440
경상개발비
손금불산입
200,000,000
501,600,000
1,100,269,850
1,801,869,850
창업비감가상각액
손금산입
-,64,000
-64,000
소득금액증가액
108,896,000
361,280,000
681,223,610
-157,208,200
994,191,410
자. 그런데 피고 ○○지방국세청장(이하 '피고 청장'이라 한다.)은 이○○ 등의 탈세신고로 2003.10.경부터 2004.7.경까지 사이에 원고와 여○○근을 상대로 쟁점연구비에 관한 세무조사를 한 결과, 원고가 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소와의 사이에 이 사건 각 연구용역계약을 형식적으로 체결한 다음 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소를 경유하는 우회적인 방법으로 원고의 대주주이자 대표이사로서 원고와 특수관계에 있는 여○○에게 연구용역비로 가장하여 업무와 무관하게 쟁점 연구비 65억 6,900만원을 지급하였다고 인정한 다음, 그 무렵 피고 서장에게 과세자료를 통보하였다.
차. 한편 피고 청장은 2004.7.12. 전항의 세무조사결과를 토대로 하여 쟁점연구비 65억 6,99만원은 업무무관 가지급금으로서 원고가 특수관계에 있는 여○○에게 부당하게 무상으로 이를 대여한 결과가 되므로, 원고의 여○○에 대한 쟁점연구비 65억 6,900만원의 지급행위가 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 부당행위에 해당한다는 이유로 이를 부인한 다음, 아래 인정이자내역표의 기재 각 사업연도별 쟁점연구비에 대한 인정이자 상당액을 원고의 대표이사인 여○○의 상여금으로 귀속시키는 내용의 소득처분을 함과 아울러 원고에 대하여 그 각 금액 상당의 소득금액변동통지처분(이하 '이 사건 소득금액변동통지처분'이라 한다.)을 하였다.
인정이자내역표
사업연도
1999사업연도
2000사업연도
2001사업연도
2002사업연도
2003사업연도
인정이자
5,004,638
171,640,449
380,867,251
486,313,961
294,790,194
카. 피고 서장은 2004.7.15. 원고의 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액을 계산함에 있어 피고 청장의 과세자료에 따라 쟁점연구비 65억 6,900만원이 업무무관 가지급금으로서 원고가 여○○에게 무상으로 대여한 것이라는 이유로 쟁점연구비에 관한 경상개발비 전액과 연구개발비의 감가상각액 및 지급이자의 손금산입을 부인함과 아울러 쟁점연구비에 관한 인정이자 상당액을 익금에 산입하여 별지 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 세액계산서의 2차경정란의 기재와 같이 원고의 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준과 그 각 세액을 산출한 다음, 원고에게 1999사업연도 귀속 법인세 77,950,960원, 2000사업연도 귀속 법인세 347,779,130원, 2001사업연도 귀속 법인세 527,301,050원 및 2002사업연도 귀속 법인세 774,365,890원(위 각 세액은 원고의 신고납부세액 및 원고가 당초과세처분에 따라 납부한 세액을 공제한 금액임)을 부과하는 처분(이하 '이 사건 과세처분'이라 한다.)을 하였다.
타. 한편 피고 서장은 원고의 2003사업연도의 법인세의 과세표준 및 그 세액을 산출함에 있어 원고가 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소로부터 반환받은 쟁점연구비 6,672,278,058원 중 3,960,990,317원에 관하여 전기오류수정이익으로서 익금산입을 부인하고 별지 2003사업연도 세액계산서의 2차경정란의 기재와 같이 원고의 2003사업연도 법인세 과세표준과 그 세액을 3,524,723,879원과 714,665,196원으로 산출한 다음, 원고의 2003사업연도 법인세를 1,269,370,767원에서 714,665,196원으로 감액하는 경정처분을 하였다.
2. 이 사건 소득금액변동통지처분 및 과세처분의 적법 여부
피고들은 이 사건 소득금액변동통지처분 및 이 사건 과세처분이 관련 법령에 따른 처분으로서 적법하다고 주장한다.
이에 대하여 원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 소득금액변동통지처분 및 이 사건 과세처분이 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.
가. 쟁점 연구비에 관한 경상개발비 전액 및 연구개발비의 감가상각액의 손금산입
나. 갑 제4호증의 3 내지 43, 62, 63, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 1, 2, 3, 갑 제9호증, 을 제4호증의 1 내지 7, 을 제5호증의 1 내지 20, 을 제6, 7, 9호증, 을 제10호증의 1, 55, 57, 58, 59, 갑 제6호증의 1, 2, 을 제8, 12, 13호증의 각 일부 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 다음 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 갑 제4호증의 51, 52의 각 기재 및 갑 제4호증의 2, 48, 53, 54, 55, 57, 58, 59, 갑 제6호증의 1, 2, 을 제8, 12, 13호증의 각 다른 일부 기재는 이를 선뜻 믿기 어려우며, 갑 제4호증의 44, 45, 46, 47, 49, 50, 56, 60, 61, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제10, 11호증의 각 1, 2, 갑 제12호증, 갑 제13호증의 1, 2, 3, 갑 제14호증의 1 내지 5의 각 기재와 증인 최○○의 증언만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하고, 그 밖에 달리 반증이 없다.
(가) 원고는 1999.9.1.부터 2002.10.10.까지 사이에 앞서 본 바와 같이 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소와의 사이에 쟁점기술에 관한 연구용역비의 합계액 132억 7,000만원 상당의 이 사건 각 연구용역계약을 체결하였는데, 여○○은 ○○대학교 농업생명과학대학 동물공학과 교수 겸 ○○산업연구소의 책임연수원으로서 이 사건 각 연구용역계약 체결 무렵에는 원고 발행 주식 중 60%를 소유하면서 원고의 대주주 또는 대표이사로서 원고 회사를 실질적으로 경영하고 있었으며, ○○디지털연구소는 디지털 TV 및 소프트웨어 개발 등 디지털기술의 연구개발을 목적으로 하는 ○○대학교 공과대학 전자전기컴퓨터학부 산하 연구소로서 농업생명과학분야에 속하는 쟁점기술과는 직접적인 관련이 없다.
(나) 여○○은 1993년부터 1998년 사이에 주식회사 ○○○○에 쟁점기술과 관련한 국내외 특허 21건을 양도하였는데, 원고는 1999.5.28. 설립된 직후 주식회사 ○○○○로부터 쟁점기술과 관련한 국내외 특허 21건을 4,000만원에 양수하여 현재 이를 소유하고 있다.
(다) ○○산업연구소와 ○○디지털연구소는 2002.5.7. 원고에게 형식적인 연구결과보고서 1건을 제공한 것 이외에는 이 사건 각 연구용역계약에 기한 연구결과물을 제공한 실적이 전혀 없다.
(라) 여○○근은 원고가 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소에게 지급한 쟁점연구비 65억 6,900만원을 개인적으로 관리하면서 경매부동산취득자금, 주식투자자금 등의 사적 용도로서 사용하면서 그 금융소득에 대한 종합소득세까지 납부하였다.(을 제12호증 참조)
(마) 원고의 결산서상 당기순이익이 1999사업연도 932,782,846원, 2000사업연도 1,950,483,516원, 2001사업연도 1,413,220,979원, 2002사업연도 1,868,437,625원, 2003사업연도 716,793,516원이고, 2004사업연도 2,104,068,177원, 2005사업연도 3,525,566,493원이고, 원고의 위 각 사업연도의 결산서상 연평균 당기순이익이 약 17억 8,700만원인 반면, 이 사건 각 연구용역계약에 의하면 원고가 1999사업연도부터 2007사업연도 사이에 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소에 지급하여야 할 연평균 연구용역비가 14억 7,400만원(132억 7,000만원 ÷9)이다.
(바) 원고의 2004사업연도 및 2005사업연도의 각 결산서에 쟁점기술의 사용료 또는 그에 관한 자문료가 손금으로 계산되어 있지 않다.
(2) 처분의 경위 및 전항에서 각 인정한 사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 여○○은 ○○대학교 농업생명과학대학 동물공학과 교수 겸 ○○산업연구소의 책임연구원이자 원고의 대주주 겸 사실상 경영자 또는 대표이사로서 원고와 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소 사이에 이 사건 각 연구용역계약이 체결되기 훨씬 전에 이미 쟁점기술의 연구·개발을 완료하였던 점, ② 여○○근 쟁점연구비 65억 6,900만원을 개인적으로 관리하면서 사적 용도로 사용하다가 이○○ 등의 탈세신고로 쟁점연구비에 대한 세무조사를 받는 과정에 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소에게 반환하였고, ○○산업연구소와 ○○디지털연구소는 다시 원고에게 이를 반환한 점, ③ ○○디지털연구소는 디지털 TV 및 소프트웨어 개발 등 디지털기술의 연구개발을 목적으로 하는 ○○대학교 공과대학 전자전기컴퓨터학부 산하 연구소로서 농업생명과학분야에 속하는 쟁점기술과는 직접적인 관련이 없음에도 불구하고, 원고와의 사이에 연구용역비 50억원 상당의 제2연구용역계약을 체결한 점, ④ 이 사건 각 연구용역계약은 계약기간 및 연구과제가 서로 중복되는 점, ⑤ ○○산업연구소와 ○○디지털연구소는 2002.5.7. 원고에게 형식적으로 연구결과보고서 1건을 제공한 것 이외에는 이 사건 각 연구용역계약에 기한 연구결과물을 제공한 실적이 전혀 없는 점, ⑥ 원고가 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소에게 쟁점연구비 65억 6,900만원을 쟁점기술의 연구·개발 대가로 지급하지 아니한 점은 원고 스스로 인정하고 있는 점(을 제12호증 및 원고의 2006.12.18.자 준비서면, 2007.5.21.자 준비서면, 2007.6.1.자 준비서면, 2007.9.6.자 준비서면 등 참조) 등을 종합하여 보면, 원고가 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소와의 사이에 이 사건 각 연구용역계약을 형식적으로 체결한 다음 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소를 경유하는 우회적인 방법으로 원고의 대주주이자 대표이사로서 원고와 특수관계에 있는 여○○에게 연구용역비로 가장하여 업무와 무관하게 쟁점연구비 65억 6,900만원을 지급하였다고 봄이 상당하다.
(3) 이에 대하여 원고는, "원고는 앞서 본 바와 같이 여○○의 자문을 받아서 여○○쟁점기술을 사용하여 DHA 함유 우유생산용 젖소사료를 제조하여 ○○유업 주식회사에 독점 공급하고 있는데, ○○대학교에 생명과학연구소설립자금을 조성하려는 여○○근의 뜻에 따라 여○○의 쟁점기술의 사용 및 그에 관한 여○○의 자문의 대가로 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소에 쟁점연구비 65억 6,900만원을 지급하였으므로, 실질과세의 원칙상 원고의 각 사업연도 법인세의 과세표준 및 그 세액을 산출함에 있어 쟁점연구비 65억 6,900만원을 업무관련 지출비용으로서 손금에 산입하여야 한다."고 주장하고 있다.
그러므로 살피건대 원고의 위 주장에 부합하는 듯한 갑 제4호증의 51, 52의 각 기재 및 갑 제4호증의 2, 48, 53, 54, 55, 57, 58, 59, 갑 제6호증의 1, 2, 을 제8, 12, 13호증의 각 일부 기재는, 앞서 인정한 사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, ① 원고는 쟁점연구비 65억 6,900만원 중 연구개발비 37억 6,840만원을 무형자산(쟁점기술)의 취득비용으로 회계처리하여 그에 관한 일정한 비율의 감가상각액을 각 사업연도의 손금에 산입하였는데, 만일 쟁점기술의 사용료 또는 쟁점기술에 관한 자문료라면 연구개발비를 무형자산의 취득비용으로 회계처리할 이유가 전혀 없는 점, ② 이 사건 각 연구용역계약의 계약기간이 서로 중복되므로, 쟁점연구비가 쟁점기술의 사용료 또는 쟁점기술에 관한 자문료라면 계약기간이 서로 중복되는 기간에 대하여는 쟁점기술의 사용료 또는 쟁점기술에 관한 자문료를 중복 지급하는 셈이 되는데, 이는 상식적으로 선뜻 납득하기 어려운 점, ③ 원고의 1999사업연도 내지 2005사업연도 결산서상 연평균 당기순이익이 약 17억 8,700만원인 반면, 이 사건 각 연구용역계약에 의하면 원고가 1999사업연도부터 2007사업연도 사이에 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소에 지급하여야 할 연평균 연구용역비가 14억 7,400만원으로서 결산서상 연평균 당기순이익의 약 82.5%(14억 7,400만원÷17억 8,700만원X100)에 달하는 점, ④ 원고의 2004사업연도 및 2005사업연도의 각 결산서에도 쟁점기술의 사용료 또는 그에 관한 자문료가 손금으로 계상되어 있지 않는 점(을 제16호증의 17, 18 참조), ⑤ ○○산업연구소와 ○○디지털연구소가 원고로부터 쟁점기술의 사용료 또는 쟁점기술에 관한 자문료조로 쟁점연구비 65억 6,900만원을 정상적으로 수령하였다면, 국립대학교 산하의 연구기관인 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소가 원고에게 거액의 쟁점연구비를 반환하여야 할 이유도 없고 공공기관의 회계처리상 이를 쉽게 반환할 수 없었을 것임에도 불구하고, ○○산업연구소와 ○○디지털연구소가 원고에게 쟁점연구비 65억 6,900만원을 반환한 점, ⑥ 원고가 주식회사 ○○○○를 거쳐 여○○으로부터 쟁점기술과 관련한 국내외 특허 21건을 4,000만원에 양수하여 현재 이를 소유하고 있으므로, 원고로서는 여○○에게 쟁점기술에 관한 사용료를 지급할 이유가 없을 것으로 보이는 바, 이 점과 관련하여 원고는 핵심기술은 모방 등을 방지하기 위해서 특허등록을 하지 않았다고 주장하고 있으나 원고 주장의 핵심기술의 실체 또는 내용 및 그 실질적 가치가 객관적으로 확인되지 않는 점, ⑦ 원고는 쟁점연구비를 쟁점기술의 사용료 내지 그에 관한 자문료로 회계처리하지 않고, 경상개발비와 연구개발비로 회계처리한 점, ⑧ 여○○은 이○○과 함께 원고 회사를 설립하면서 그 설립자본금 및 증자자본금 합계 5억원을 이○○이 전액 납입하였음에도 불구하고 원고 발행 주식의 60%를 배정받아 이를 소유하고 있으므로, 원고 법인을 설립함에 있어 여○○은 쟁점기술을 투자하고, 이○○은 원고 법인의 설립자본금 및 증자자본금을 투자하였다고 볼 여지가 있을 뿐만 아니라 여○○은 1999사업연도부터 2003사업연도까지 사이에 국립대학교인 ○○대학교의 교수로 근무하고 있는 상태에서 원고의 대표이사로 겸직·근무하면서 원고로부터 합계 327,313,765원 연평균 약 65,000,000원(≒ 327,313,765원÷5)상당의 급료를 지급받았는데, 그 급료 속에는 쟁점기술에 관한 자문료가 포함되어 있는 것으로 볼 수 있고, 그렇다면 원고는 여○○에게 쟁점기술에 관한 사용료와 자문료를 별도로 지급할 이유가 없게 되는 점 등을 종합하여 볼 때 이를 선뜻 믿기 어렵고, 갑 제4호증의 44, 45, 46, 47, 49, 50, 56, 60, 61, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제10, 11호증의 각 1, 2, 갑 제12호증, 갑 제13호증의 1, 2, 3, 갑 제14호증의 1 내지 5의 각 기재와 증인 최○○의 증언만으로는 원고의 위 주장 사실을 인정하기에 부족하며, 그 밖에 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.
따라서 실질과세의 원칙상 원고의 각 사업연도 법인세의 과세표준 및 그 세액을 산출함에 있어 쟁점연구비 65억 6,900만원을 업무관련 지출비용으로서 손금에 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다.
(4) 그렇다면 원고가 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세 과세표준 및 그 각 세액을 신고함에 있어서 쟁점연구비에 관한 경상개발비 전액과 연구개발비의 감가상각액을 손금에 산입한 것은 업무와 무관하게 지급된 가공의 비용을 부당하게 손금에 산입한 결과가 되므로, 피고 서장이 이 사건 과세처분을 함에 있어 쟁점연구비에 관한 경상개발비 전액과 연구개발비의 감가상각액의 손금산입을 부인한 것은 적법하다.
나. 인정이자에 관한 부당행위부인 등
(1)원고의 주장
원고는, "원고는 앞서 본 바와 같이 여○○ 소유의 쟁점기술의 사용 및 그에 관한 여○○의 자문의 대가로 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소에 쟁점연구비 65억 6,900만원을 지급하였으므로, 쟁점연구비 65억 6,900만원은 업무와 관련하여 지출한 비용이다. 그럼에도 불구하고 피고들이 쟁점연구비 65억 6,900만원은 업무무관 가지급금으로서 원고가 특수관계에 있는 여○○에게 부당하게 무상으로 이를 대여한 결과가 되므로, 원고의 여○○에 대한 쟁점연구비 65억 6,900만원의 지급행위가 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 행위에 해당한다는 이유로 이를 부인한 다음, 원고의 각 사업연도의 법인세 과세표준 및 그 각 세액을 산출함에 있어 쟁점연구비 65억 6,900만원에 관한 인정이자 상당액을 익금에 산입하고 그에 관한 지출이자 상당액의 손금산입을 부인함과 아울러 그 인정이자 상당액을 원고의 대표이사인 여○○의 상여금으로 귀속시키는 내용의 소득처분을 한 후 원고에 대하여 그 각 금액 상당의 소득금액변동통지를 한 것은 위법하다."고 주장한다.
(2) 관계법령
별지와 같다.
(3) 판단
앞서 인정한 사실에 의하면, 원고가 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소와의 사이에 이 사건 각 연구용역계약을 형식적으로 체결한 다음 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소를 경유하는 우회적인 방법으로 원고의 대주주이자 대표이사로서 원고와 특수관계에 있는 여○○에게 연구용역비로 가장하여 업무와 무관하게 쟁점연구비 65억 6,900만원을 지급하였다고 봄이 상당하므로, 쟁점연구비 65억 6,900만원은 업무무관가지급금으로서 원고가 특수관계에 있는 여○○에게 부당하게 무상으로 이를 대여한 결과가 된다.
따라서 원고의 여○○에 대한 쟁점연구비 65억 6,900만원 상당의 무상대여행위는 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 부당행위에 해당하므로, 피고들이 원고의 각 사업연도의 법인세 과세표준 및 그 각 세액을 산출함에 있어 원고의 여○○근에 대한 쟁점연구비 65억 6,900만원 상당의 무상대여행위를 부당행위로서 부인하고 쟁점연구비 65억 6,900만원에 관한 인정이자 상당액을 익금에 산입하고 그에 관한 지출이자 상당액의 손금산입을 부인함과 아울러 그 인정이자 상당액을 원고의 대표이사인 여○○의 상여금으로 귀속시키는 내용의 소득처분을 한 후 원고에 대하여 그 각 금액 상당의 소득금액변동통지를 한 것은 적법하므로, 이에 반하는 원고의 위 주장은 이를 받아들일 수 없다.
다. 과세표준 및 세액 통지절차의 적법여부
(1) 원고의 주장
원고는, "피고 서장이 이 사건 과세처분을 함에 있어서 납세고지서에 각 사업연도별 법인세 과세표준 및 그 각 세액 계산명세서를 첨부하여 이를 송달하는 방법으로 이 사건 과세처분의 고지를 하여야 함에도 불구하고, 이 사건 과세처분의 고지를 함에 있어 각 사업연도별 법인세 과세표준 및 그 각 세액 계산명세서를 첨부하지 아니하였으므로, 피고 서장의 이 사건 과세처분은 그 과세표준 및 세액 통지절차에 흠(위법)이 있어 취소되어야 한다."고 주장하고 있다.
(2) 관계법령
별지와 같다.
(3) 판단
살피건대, 갑 제1호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 피고 서장이 이 사건 과세처분을 함에 있어 과세귀속연도 및 납부할 총 세액과 그 산출근거인 과세표준, 세율, 공제세액 등을 기재한 법정의 납세고지서에 의하여 이 사건 각 사업연도별 법인세를 부과·고지한 사실을 인정할 수 있는 바, 국세징수법 제9조 제1항, 법인세법 제70조, 그 시행령 제109조에 따른 산출근거나 세액의 계산명세는 위와 같이 기재한 정도로 충분하고 익금과 손금 등 세액산출의 실질적 근거나 경로, 경위, 근거법령 등을 기재하지 아니하였다고 하여 이 사건 과세처분이 위법하다고 볼 수 없으므로(대법원 2004.1.27. 선고 2001두11014 판결 참조), 피고 서장의 이 사건 과세처분은 그 과세표준 및 세액 통지절차에 흠(위법)이 있어 취소되어야 한다는 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다.
라. 소득처분의 존부
(1) 원고의 주장
원고는, "피고 청장이 원고에 대하여 쟁점연구비의 인정이자에 관한 이 사건 소득금액변동통지처분을 하면서 쟁점연구비의 인정이자에 관하여 원고의 대표이사인 여○○의 상여금으로 귀속시키는 내용의 소득처분을 하지 아니하였으므로, 피고 청장의 이 사건 소득금액변동통지처분은 그 전제가 되는 소득처분을 하지 아니한 위법이 있어 취소되어야 한다."고 주장하고 있다.
(2) 관계법령
별지와 같다.
(3) 판단
살피건대, 을 제14호증의 1 내지 5의 각 기재와 앞서 인정한 사실에 의하면, 피고 청장은 각 사업연도별 쟁점연구비에 대한 인정이자 상당액을 원고의 대표이사인 여○○의 상여금으로 귀속시키는 내용의 소득처분을 하고, 그 소득처분에 따라 원고에 대하여 그 각 금액 상당의 소득금액변동통지처분을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 피고 청장의 이 사건 소득금액변동통지처분은 그 전제가 되는 소득처분을 하지 아니하여 위법하므로 취소되어야 한다는 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다.
마. 소결
따라서, 이 사건 과세처분 및 이 사건 소득금액변동통지처분은 관계 법령의 규정에 따른 적법한 처분이다.
3. 결론
그렇다면 이 사건 과세처분 및 이 사건 소득금액변동통지처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 피고들에 대한 청구는 모두 이유가 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
각 사업연도별 세액계산서
1. 1999사업연도 (이하 근액 단위 : 원)
구분
신고
1차 경정
1차 경정
신고(경정일자)
2000.3.31
2003.12.10
2004.7.15
결산서상 당기순이익(A)
932,782,846
932,782,846
932,782,846
익금산입(B)
170,461,215
370,461,215
404,398,106
손금산입(C)
91,104,000
64,000
차감소득금액(D=A＋B-C)
1,103,244,061
1,212,140,061
1,337,116,952
과세표준(E=D)
1,103,244,061
1,121,140,061
1,337,116,952
세율(F)
28%
28%
28%
산출세액{G=(E-100,000,000)X F
+16,000,000
300,908,336
333,399,217
366,392,746
공제감면세액(H)
150,454,169
66,279,843
60,630,165
차감세액(I=G-H)
150,454,167
267,119,374
305,762,581
가산세액(J)
0
81,638,437
120,946,193
총결정세액(K=I+J)
150,454,167
348,757,811
426,708,774
기한내 납부세액(L)
150,454,167
150,627,569
150,627,569
당초결정고지세액(M)
0
0
198,130,242
차감고지세액(N=K-L-M)
0
198,130,242
77,950,963
(입증방법)
을 제16호증의 2
을 제16호증의 3
을 제14호증의 1
2. 2000사업연도
구분
신고
수정신고
1차 경정
1차 경정
신고(경정일자)
2001.3.31
2001.12.10
2003.12.10
2004.7.15
결산서상 당기순이익(A)
1,950,483,516
1,950,483,516
1,950,483,516
1,950,483,516
익금산입(B)
412,210,304
412,210,304
913,810,304
1,186,460,394
손금산입(C)
338,861,350
338,861,350
479,181,350
60,135,110
차감소득금액(D=A＋B-C)
2,023,832,470
2,023,832,470
2,385,112,470
3,076,808,800
과세표준(E=D)
2,023,832,470
2,023,832,470
2,385,112,470
3,076,808,800
세율(F)
28%
28%
28%
28%
산출세액{G=(E-100,000,000)
X F+16,000,000
554,673,092
554,673,091
655,831,491
849,506,464
공제감면세액(H)
277,336,546
270,082,792
108,502,666
112,695,603
차감세액(I=G-H)
277,336,546
284,590,299
547,328,825
736,810,861
가산세액(J)
0
921,226
140,123,132
298,420,228
총결정세액(K=I+J)
277,336,546
285,511,525
687,451,957
1,035,231,089
기한내 납부세액(L)
277,336,546
285,511,525
285,511,525
285,511,525
당초결정고지세액(M)
0
0
0
401,940,432
차감고지세액(N=K-L-M)
0
0
401,940,432
347,779,132
(입증방법)
을 제16호증의 4
을 제16호증의 6
을 제16호증의 7
을 제14호증의 2
3. 2001사업연도
구분
신고
수정신고
1차 경정
1차 경정
신고(경정일자)
2002.3.31
2001.12.10
2003.12.10
2004.7.15
결산서상 당기순이익(A)
1,413,220,979
1,413,220,979
1,413,220,979
1,413,220,979
익금산입(B)
693,964,603
1,794,234,453
1,794,234,453
2,255,156,379
손금산입(C)
390,196,205
668,922,445
809,242,445
15,136,205
차감소득금액(D=A＋B-C)
1,716,989,377
2,538,532,987
2,398,212,987
3,653,241,153
과세표준(E=D)
1,716,989,377
2,538,532,987
2,398,212,987
3,653,241,153
세율(F)
28%
28%
28%
28%
산출세액{G=(E-100,000,000)
X F+16,000,000
468,757,026
698,789,236
659,499,636
1,010,907,522
공제감면세액(H)
231,420,302
346,411,898
197,849,891
208,449,757
차감세액(I=G-H)
237,336,724
352,377,338
461,649,745
802,457,765
가산세액(J)
0
43,609,772
77,374,945
263,867,979
총결정세액(K=I+J)
237,336,724
395,987,110
539,024,690
1,066,325,744
기한내 납부세액(L)
237,336,724
395,987,110
395,987,110
395,987,110
당초결정고지세액(M)
0
0
0
143,037,580
차감고지세액(N=K-L-M)
0
0
143,037,580
527,301,054
(입증방법)
을 제16호증의 8
을 제16호증의 10
을 제16호증의 11
을 제14호증의 3
4. 2002사업연도
구분
신고
1차 경정
1차 경정
신고(경정일자)
2003.3.31
2003.12.10
2004.7.15
결산서상 당기순이익(A)
1,868,437,625
1,868,437,625
1,868,437,625
익금산입(B)
381,548,905
381,548,905
2,494,556,583
손금산입(C)
7,470,142
164,678,342
7,470,142
차감소득금액(D=A＋B-C)
2,242,516,388
2,085,308,188
4,355,524,066
과세표준(E=D)
2,242,516,388
2,085,308,188
4,355,524,066
세율(F)
27%
27%
27%
산출세액{G=(E-100,000,000)X F
+16,000,000
593,479,424
551,033,210
1,163,991,497
공제감면세액(H)
280,918,805
154,256,376
170,184,604
차감세액(I=G-H)
312,560,619
396,776,834
993,806,893
가산세액(J)
0
6,417,275
183,753,113
총결정세액(K=I+J)
312,560,619
403,194,109
1,177,560,006
기한내 납부세액(L)
312,560,619
312,560,619
312,560,619
당초결정고지세액(M)
0
0
90,633,490
차감고지세액(N=K-L-M)
0
90,633,490
774,365,897
(입증방법)
을 제16호증의 12
을 제16호증의 14
을 제14호증의 4
5. 2003사업연도
구분
신고
1차 경정
1차 경정
신고(경정일자)
2004.3.31
2004.6.1
2004.7.15
결산서상 당기순이익(A)
716,793,516
716,793,516
716,793,516
익금산입(B)
6,655,517,812
6,655,517,812
3,511,024,969
손금산입(C)
703,094,606
703,094,606
703,094,606
차감소득금액(D=A＋B-C)
6,669,216,722
6,669,216,722
3,524,723,879
과세표준(E=D)
6,669,216,722
6,669,216,722
3,524,723,879
세율(F)
27%
27%
27%
산출세액{G=(E-100,000,000)X F
+16,000,000
1,788,688,514
1,788,688,514
939,675,447
공제감면세액(H)
519,487,377
519,487,377
240,902,176
차감세액(I=G-H)
1,269,201,137
1,269,201,137
698,773,271
가산세액(J)
2,400
169,630
15,891,925
총결정세액(K=I+J)
1,269,203,537
1,269,370,767
714,665,196
기한내 납부세액(L)
1,269,203,537
1,269,203,537
1,269,370,767
당초결정고지세액(M)
0
0
차감고지세액(N=K-L-M)
0
167,230
-554,705,571
(입증방법)
을 제16호증의 15
을 제16호증의 16
을 제14호증의 5
관계법령
1. 실질과세의 원칙
제14조 (실질과세)
① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
제4조 (실질과세)
① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.
2. 부당행위계산의 부인
제52조 (부당행위계산의 부인)
① 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
제87조 (특수관계자의 범위)
① 법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」제401조의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자 및 당해 법인이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인
제88조부당행위계산의 유형 등
① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.
② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.
3. 지급이자손금불산입
제28조 (지급이자의 손금불산입)
① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것
제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입)
① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.
제28조 (가지급금 등에서 제외되는 금액의 범위)
① 영 제53조 제1항 단서에서 "재정경제부령이 정하는 금액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.
1. 제44조의 규정에 의하여 인정이자를 계산하지 아니하는 금액
2. 사용인에 대한 월정급여액의 범위 안에서의 일시적인 급료의 가불금
3. 사용인에 대한 경조사비의 대여액
4. 사용인(사용인의 자녀를 포함한다)에 대한 학자금의 대여액
4. 과세표준과 세액 통지
제70조 (과세표준과 세액의 통지) 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제53조 또는 제66조의 규정에 의하여 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 당해 내국법인에게 통지하여야 한다.
제103조 (결정 및 경정)
① 법 제66조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 납세지관할세무서장이 행한다. 다만, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것에 대하여는 납세지관할지방국세청장이 이를 결정 또는 경정할 수 있으며, 이 경우 납세지관할세무서장은 당해 과세표준을 결정 또는 경정하기 위하여 필요한 서류를 납세지관할지방국세청장에게 지체없이 송부하여야 한다.
제109조 (과세표준과 세액의 통지)
① 납세지관할세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다. 이 경우 제103조 제1항 단서의 규정에 의하여 과세표준이 결정된 것은 납세지관할지방국세청장이 조사ㆍ결정하였다는 뜻을 부기하여야 한다.
② 납세지관할세무서장은 제104조 제2항의 규정에 의하여 법인의 과세표준이 결정된 때에는 그 기준이 된 수입금액을 제1항의 규정에 의한 계산명세에 기재하여 통지하여야 한다.
5. 소득처분
제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.
제106조 (소득처분)
① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고,「조세특례제한법」제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여