대구지방법원2005구합3754 (2007.12.26)

국심2004구3994 (2005.07.06)

연구용역비 지출이 업무와 관련없는 가지급금으로 볼 수 있는지 여부

연구비가 기술용역 제공에 대한 대가로 지급된 업무관련 지출비용인 이상 손금에 산입되어야 할 금액이고, 지급 형식을 연구용역비로 가장하여 실제와 다르게 처리한 회계상의 잘못이 있다 하더라도 그러한 사정만으로 쟁점연구비가 업무무관하게 지급된 것이라고 할 수 없음

결정 내용은 붙임과 같습니다.

법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)

법인세법 제28조 (지급이자의 손금불산입)

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고 경산세무서장이 2004.7.15. 원고에 대하여 한 1999사업연도 귀속 법인세 77,950,960원, 2000사업연도 귀속 법인세 347,779,130원, 2001사업연도 귀속 법인세 527,301,050원 및 2002사업연도 귀속 법인세 774,365,890원의 각 부과처분을 취소한다.

3. 피고 대구지방국세청장이 2004.7.12. 원고에 대하여 한 1999 사업연도 귀속 소득금액 5,004,638원, 2000사업연도 귀속 소득금액 171,640,449원, 2001사업연도 귀속 소득금액 380,867,251원, 2002사업연도 귀속 소득금액 486,313,961원 및 2003사업연도 귀속 소득금액 294,790,194원의 각 변동통지처분을 취소한다.

4. 소송총비용은 피고들이 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1 내지 6, 갑 제2호증의 1 내지 5, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 2, 3, 39, 63, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 1, 2, 3, 을 제2호증, 을 제3호증의 1 내지 5, 을 제4호증의 1 내지 7, 을 제5호증의 1 내지 20, 을 제6, 7, 9호증, 을 제14호증의 1 내지 5, 을 제15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있다.

가. 어○근은 ○○대학교 농업생명과학대학 동물공학과 교수로서 인간 두뇌의 성장과 기능에 충주적인 역할을 하는 물질인 DHA를 젖소의 체내에서 합성하게 하는 효소자극제(상품명: 경대첨가제, 이하 '경대첨가제'라 한다)를 제조하는 기술과 젖소에게 DHA를 먹여서 DHA 모유 수준으로 함유한 우유를 생산하는 기술(이하 위 두 기술을 '쟁점기술'이라 한다)을 개발하였는데, 극미량의 경대첨가제를 젖소사료에 섞어서 젖소에게 먹이면 다량의 DHA가 함유된 우유를 생산할 수 있다.

나. 어○근은 19995.28. 이○환과 함께 쟁점기술을 이용하여 DHA 함유 우유 생산용 젖소사료의 제조ㆍ판매업을 목적으로 하는 주식회사인 원고를 설립하여 원고 발생 주식 중 60%를 소유하고, 그 나머지 40%는 이○환이 소유하게 되었는데, 원고의 설립 및 증자 자본금 합계 5억 원은 이환은 혼자 납입하였고, 여근은 1999.10.24. 원고의 대표이사로 취임하여 재직하다가 2003.10.6. 사임하였다.

다. 원고는 ○○대학교 산업기술연구소(이하 ○○산업연구소라 한다) 및 ○○대학교 디지털연구소(이하 ○○디지털연구소라 한다)와의 사이에 아래 연구용역계약내역표의 기재와 같이 4건의 연구용역계약(이하 위 각 연구용역계약을 개별적으로 지창할 경우에는 아래 표의 순번에 따라 제1연구용역계약, 제2연구용역계약 등이라 하고 이를 통칭할 경우에는 이 사건 연구용역계약이라 한다)을 체결하였는데, 그 각 연구용역비의 합계액 132억 7,000만 원이고, 이 사건 각 연구용역계약 당시 여○근은 원고의 대주주이자 ○○산업연구소의 책임연구원이었다.

라. 원고는 이 사건 각 연구용역계약에 기한 연구용역비로 연구용역계약내역표의 기재와 같이 ○○산업연구소에 62억 1,400만 원, ○○디지털연구소에 3억 5,500만 원 합계 65억 6,900만 원(이하 쟁점연구비라 한다)을 지급하였는데, 그 각 사업연도별지급 및 회계처리 내역은 아래 연구용역비 지급 및 처리 내역표의 기재와 같다.

마. 원고는 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액에 관한 확정신고 및 그 수정신고를 함에 있어 쟁점연구비 65억 6,900만 원 중 각 사업연도별 경상개발비는 전액 각 당해사업연도의 손금에 산입하고, 각 사업연도별 연구개발비는 아래의 무형자산감가상각내역표의 기재와 같이 그 각 감가상각액 상당을 당해사업연도의 손금에 산입하였는데, 원고의 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액에 관한 각 확정신고 및 수정신고 내역은 별지 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 세액계산서의 각 신고란 및 수정신고란의 기재와 같다.

바. 그런데 원고는 2003.6.18.과 그 달 30. ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소와의 사이에 이 사건 각 연구용역계약을 해지하고, 그 무렵 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소는 원고에게 연구용역비 합계 6,672,278,058원을 반환하였다.

사. 원고는 2003사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액을 신고함에 있어 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소로부터 반환받은 연구용역비 합계 6,672,278,058원을 익금에 산입하였는데, 원고의 2003사업연도의 법인세의 과세표준 및 그 세액 신고내역은 별지 2003사업연도의 세액계산서의 신고란의 기재와 같다.

아. 피고 경산세무서장(이하 피고 서장이라 한다)은 2003.12.10. 원고가 1999 사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액에 관한 확정신고 및 그 수정신고를 함에 있어 각 사업연도별 경상개발비를 부당하게 손금에 산입하고, 연구개발비의 감가상각액과 창업비 감가상각액의 손금산입을 누락하였다는 이유로 아래 소득금액 조정표의 기재와 같이 각 사업연도별 경상개발비의 손금산입을 부인하고, 연구개발비의 감가상각액과 창업비 감가상각액을 손금에 산입한 다음 별지 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준과 그 각 세액을 산출한 다음, 원고에게 1999사업연도 귀속 법인세 198,130,240원, 2000사업연도 귀속 법인세 401,940,430원, 2001사업연도 귀속 법인세 143,037,580원 및 2002사업연도 귀속 법인세 90,633,490원 (위 각 세액은 원고의 신고납세액을 공제한 금액임)을 부과하는 처분(이하 당초과세처분이라 한다)을 하였다.

자. 그런데 피고 대구지방국세청장(이하 피고 청장이라 한다)은 이○환 등의 탈세 신고로 2003.10.경부터 2004.7.경까지 사이에 원고와 여○근을 상대로 쟁점연구비에 관한 세무조사를 한 결과, 원고가 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소와의 사이에 이 사건 각 연구용역계약을 형식적으로 체결한 다음 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소를 경유하는 우회적인 방법으로 원고의 대주주이자 대표이사로서 원고와 특수관계에 이는 여○근에게 연구용역비로 가장하여 업무와 무관하게 쟁점연구비 65억 6,900만 원을 지급하였다고 인정한 다음, 그 무렵 피고 서장에게 과세자료를 통보하였다.

차. 한편 피고 청장은 2004.7.12. 전항의 세무조사결과를 토대로 하여 쟁점연구비 65억 6,900만 원은 업무무관 가지급금으로서 원고가 특수관계에 있는 여○근에게 부당하게 무상으로 이를 대여한 결과가 되므로, 원고의 여○근에 대한 쟁점연구비 65억 6,900만 원의 지급행위가 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 부당행위에 해당하는 이유로 이를 부인한 다음, 아래 인정이자내역표 기재 각 사업연도별 쟁점연구비에 대한 인정이자 상당액을 원고의 대표이사인 여○근의 상여금으로 귀속시키는 내용의 소득처분을 함과 아울러 원고에 대하여 그 각 금액 상당의 소득금액변동통지처분(이하 이 사건 소득금액변동통지처분이라 한다)을 하였다.

카. 피고 서장은 2004.7.15. 원고의 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준 및 그 세액을 계산함에 있어 피고 청장의 과세자료에 따라 쟁점연구비 65억 6,900만 원이 업무무관 가지급금으로서 원고가 여○근에게 무상으로 대여한 것이라는 이유로 쟁점연구비에 관한 경상개발비 전액과 연구개발비의 감가상각액 및 지급이자의 손금산입을 부인함과 아울러 쟁점연구비에 관한 인정이자 상당액을 익금에 산입하여 별지 1999사업연도 내지 2002사업연도의 각 세액계산서의 2차 경정란의 기재와 같이 원고의 1999 사업연도 내지 2002사업연도의 각 법인세의 과세표준과 그 각 세액을 산출한 다음, 원고에게 1999사업연도 귀속 법인세 77,950,960원, 2000사업연도 귀속법인세 347,779,130원, 2001사업연도 귀속 법인세 527,301,050원 및 2002사업연도 귀속 법인세 774,365,890원(위 각 세액은 원고의 신고납부세액 및 원고가 당초과세처분에 따라 납부한 세액을 공제한 금액임)을 부과하는 처분(이하 이 사건 과세처분이라 하고, 이 사건 소득금액변동통지처분 및 과세처분을 이 사건 각 처분이라고 한다)을 하였다.

타. 한편 피고 서장은 원고의 2003사업연도의 법인세의 과세표준 및 그 세액을 산출함에 있어 원고가 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소로부터 반환받은 쟁점연구비 6,672,278,058원 중 3,960,990,317원에 관하여 전기오류수정이익으로서 익금산입을 부인하고 별지 2003사업연도 세액계산서의 2차경정란의 기재와 같이 원고의 2003사업연도 법인세 과세표준과 그 세액을 3,524,723,879원과 714,665,196원으로 산출한 다음, 원고의 2003사업연도 법인세를 1,269,370,767원에서 714,665,196원으로 감액하는 경정 처분을 하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고들은 이 사사건 각 처분이 관련 법령에 따른 처분으로서 적법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 원고는, 원고가 사업을 계속하기 위하여는 여○근의 계속적인 기술제공이 필요하고, 여○근에게 기술공제에 대한 대가를 지급하여야 하는데, 원고와 여○근의 합의에 따라 여○근에게 지급할 기술용역비를 ○○대학교 생명공학기술연구소 설립기금으로 출연하기로 한 후 그 기금 형성을 위한 방편으로 원고가 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소에 연구용역비라는 형식을 취하여 쟁점연구비를 지급한 것이므로 쟁점연구비는 원고의 업무관련 지출비용이고, 이는 마땅히 손금에 산입하여야 함에도 피고들은 쟁점연구비를 원고가 특수관계에 있는 여○근에게 업무와 무관하게 지급한 가지급금으로 보았으니, 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계법령

국세기본법 제14조 (실질과세)

법인세법 제4조 (실질과세)

다. 인정사실

다음의 사실은 갑 제4호증의 2, 39, 43, 60, 61, 63, 갑 제8호증의 1, 2, 갑 제9호증, 갑 제15, 16호증, 갑 제17호증의 1 내지 3, 갑 제20호증의 1 내지 6, 갑 제21호증의 1, 2, 갑 제22호증, 갑 제23호증의 1, 2, 갑 제25호증의 1, 2, 갑 제26, 28, 30호증, 갑 제31호증의 1 내지 6, 갑 제32호증, 갑 제46, 47호증의 각 1, 2, 을 제5호증의 1 내지 5, 7, 내지 9, 11, 13, 내지 16의 각 기재, 갑 제27호증의 일부 기재, 제1심 증인 최○국, 당심 증인 김○권의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

(1) 여○근은 ○○대학교 농업생명과학대학 동물공학과 교수 겸 ○○산업연구소의 책임연구원으로서 1989년경 쟁점기술의 연구ㆍ개발을 완료하였고, 여○근은 1993년부터 1998년 사이에 주식회사 ○○랜드에 쟁점기술과 관련한 국내외 특허 21건을 양도하였으며, 이○목은 쟁점기술을 산업화한 주식회사 ○○과학(이하 ○○과학이라 한다)을 설립하였다.

(2) 쟁점기술을 이용하여 젖소에게 DHA를 먹여서 DHA를 모유 수준으로 함유한 우유를 계속 생산하기 위해서는 젖소의 생육상태에 따라 사료의 배합비율을 조절하고 젖소의 상태를 계속 관찰하면서 이에 따른 관리를 계속해야 하는데, 이러한 기술을 특허만으로 실시할 수가 없고, 여○근의 계속적인 기술 제공이 있어야만 가능하고, 이것이 쟁점기술 산업화의 핵심요소였는데, 여○근은 이○목과 사이에 자신의 기술 제공으로 인한 ○○과학의 수익으로 생명공학기술연구소를 설립하기로 합의한 후 ○○과학에 기술용역을 제공하여 왔다.

(3) ○○과학의 대표이사인 이○목은 여○근과 한 합의에 따라 1994.11.25. 여○근이 책임연구원으로 있는 ○○산업연구소와 기술연구용역계약을 체결하고 여○근의 기술용역 제고\uf784\uf828\uf8d8에 대한 대가를 지급하여 왔다.

(4) 1999년경 ○○그룹 도산 때 ○○과학도 100억 원의 연대보증으로 인하여 함께 도산하게 되면서 여○근과 이○목의 아들인 이○환은 ○○과학을 대신하는 원고를 설립하기로 하고, 1999.5.28. 설립자본금 5천만 원으로 원고를 설립하였는데, 그 후 원고의 자본금은 1999.8.에 1억 원으로 2000.5.에 5억 원으로 각 증가되었다.

(5) 원고는 ○○과학으로부터, 1999.6.20. 쟁점기술과 관련한 특허 21건을 4천만원에, 1999.7.1. 단미사료 영업권과 원료, 기계장치 등을 2억 천만 원(그 중 원료 및 제품 가격을 제외한 기계장치의 가격은 41,183,288원임)에, 1997.7.31. 나머지 기계장치, 운반구, 공기구, 비품 등을 44,533,084원에, 1999.9.16. 차량 1대를 1,186,993원에 각 매수하여 결국 원고는 ○○과학으로부터 특허권과 시설 및 영업권을 126,903,365원에 양수하였다.

(6) 원고는 ○○과학과 계약 체결이 되어 있던 주식회사 ○○유업(이하 ○○유업이라 한다)과 1999.12.31. 사료공급계약을 체결하였고, ○○유업에 대한 사료공급이 우너고의 사업 전부였는데, 원고가 위 계약을 이행함에 있어서는 여○근의 계속적인 기술제공이 필수적이었기 때문에 여○근이 대표이사로 있는 원고 외에 별도로 DHA 함유 원유 생산자용 배합사료 개발자의 지위에서 여○근이 따로 위 계약의 당사자가 되어 계약기간 동안 원고에게 관련 핵심기술을 제공하고 품질을 보증하기로 하였고, 원고는 1999.12.31. 여○근과 사이에 원고의 DHA 사료와 관련된 제조기술 및 품질보증과 관련하여 일체의 권한과 관리는 여○근의 책임하에 두고, 여○근의 기술지원과 관련하여 발생하는 비용은 원고가 제공하기로 하는 내용으로 여○근이 원고에게 계속적으로 기술을 지원하기로 하는 기술지원협약을 체결하였다.

(7) 원고는 ○○과학의 대표이사인 이○목이 1994.11.25. ○○산업연구소와 체결한 기술연구용역계약을 이어받아 1999.9.1. ○○산업연구소와 ○○과학과의 위 계약에서 미지급한 기술용역비 4,270,000,000원을 원고가 지급하기로 하는 제1연구용역계약을 체결하고 위 금액을 지급하였고, 그 이후 위와 같은 취지에서 여○근에게 지급할 기술용역의 대가를 ○○대학교 산하 연구소에 지급하기로 하고, 앞서 본 바와 같이 1999.9.1.부터 2002.10.10.까지 사이에 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소와의 사이에 쟁점기술에 관한 연구용역비 합계 132억 7,000만 원 상당의 이 사건 각 연구용역계약을 체결하고, 쟁점연구비를 지급하였는데, 위 계약기간 동안 여○근이 ○○산업연구소의 시설을 이용하여 기술용역을 제공하는 외에 따로 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소가 원고에게 실질적인 연구와 관련한 용역을 제공한 것은 없고, 1999사업연도부터 2003사업연도까지 여○근은 원고의 대표이사로 연 평균 6,500만 원 정도의 급여를 지급받았다.

(8) 한편 ○○대학교는 쟁점기술의 제공으로 기금을 마련하여 ○○대학교 내에 생명고학기술연구소를 설립하자는 여○근의 제의를 받아들여 1999년경 당시 ○○대학교 총장이 추진위원장이 되고, ○○대학교 동물공학과장 임○균 교수 등이 추진위원이 되어 추진위원회가 구성되었고, ○○산업연구소장은 1999.10.15. 여○근과의 사이에 원고가 ○○산업연구소에 지급한 기술자문료 등을 여○근에게 지급하여 사용하게 하고, 여○근이 사용하고 남은 것을 ○○산업연구소와 ○디지털연구소는 원고로부터 쟁점연구비를 지급받아 이를 여○근에게 지급하였다.

(9) 여○근은 ○○산업연구소 및 ○○디지털연구소로부터 지급받은 쟁점연구비 65억원 6,900만 원을 개인적으로 관리하고, 경매부동산취득자금, 주식투자자금 등의 사적용도로 사용하면서 그 금융소득에 대한 종합소득세까지 납부하였다.

(10) 원고의 결산서상 당기순이익이 1999사업연도 932,782,846원, 2000사업연도 1,950,483,516원, 2001사업연도 1,413,220,979원, 2002사업연도 1,868,437,625원, 2003사업연도 716,793,516원, 2004사업연도 2,104,068,177원, 2005사업연도 3,525,566,493원 이어서, 원고의 위 각 사업연도의 결산서상 연평균 당기순이익이 약 17억 8,700만 원인 반면, 이 사건 각 연구용역계약에 의하여 원고가 1999사업연도부터 2007사업연도 사이에 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소에 지급하여야 할 연평균 연구용역비가 14억 7,400만 원(132억 7,000만 원÷9)이다.

(11) 여○근에게 대한 기술용역비를 제외한 원고의 사업비용은 연간 6500만 원 정도인 대표이사 급여와 2 내지 3명의 보통 인부에 대한 임금, 사료를 혼합하는 기계시설 유지비 정도에 불과하고, 여○근의 기술을 제외한 원고의 물적 설비나 자산은 원고의 수입에 비추어 그 금액은 미미하며, 원고가 ○○과학으로부터 매수한 특허 21개 중 3개는 원고가 주식회사 참여택에 4,950,000원에 양도하였고, 2개의 특허는 원고가 보유하고 있다가 이를 포기하였으며, 나머지는 기간 연장을 하지 않아 실효되었다.

(12) 여○근과 이○환 사이에 원고의 운영과 관련하여 갈등이 생기게 되면서 여○근의 기술제공 없이는 원고의 주식가치가 없게 될 처지에 이른 이○환은 2002.5.경 자신의 지분 40%를 원고에게 20억 원에 양도하였는데, 그 이후 이○환은 쟁점연구비와 관련하여 관계기관에 기소, 고발 진정을 계속하여 왔다.

(13) 이○환의 계속적인 고소, 고발과 원고가 기술용역비를 경상개발비나 연구개발비라는 실제와 다른 형식으로 회계처리한 사정, 원고의 대표이사가 여○근이어서 지급된 금원의 실제 성격이 밝혀지기 전까지는 특수관계에 따른 의심을 받을 수 있는 사정, 국립대학교인 ○○대학교가 연구용역계약의 형식을 빌어 기금출연을 받은 사정, 국립대학교인 ○○대학교가 연구용역계약의 형식을 빌어 기금출연을 받은 사정 등이 비난의 대상이 되는 등 말썽이 나자 여○근과 ○○대학교는 쟁점연구비를 원고에게 돌려주면 모든 시비가 종결될 것으로 생각하고 이를 원고에게 반환하기로 합의하고, 2003.6.경 ○○산업연구소와 ○○디지털연구소가 여○근으로부터 쟁점연구비를 돌려받아 이를 원고에게 반환하였다.

(14) 이○환은 위 반환 이후인 2003.7.14. 국세청에 쟁점연구비를 포함하여 원고에 대한 탈세고발을 하였고, 그 이후인 2003.10.경 원고가 이○환에게 20억 원을 지급하기로 하는 등 쟁점연구비와 관련하여 원고가 어려움을 겪게 되었고, 이○환이 2004.3.경 언론 및 감사원에 원고를 고발하고, 2004.5. 청와대 및 대구지방국세청에 고발하는 등 기술용역 제공의 대가 제공이 계속적으로 시비의 발단이 되자 원고는 2004사업연도 및 2005사업연도에 쟁점기술의 사용료 또는 그에 관한 자문료를 손금으로 계상하지 않았다.

(15) 이○환의 탈세고발사건을 조사한 대구지방국세청은 2003.10.21. 172,000,000원의 연구개발비 과다계상을 적출하여 그 손금을 부인하는 조사내용의 통지를 하였다가 2004.경 이○환의 고발이 이어지자 재조사가 이루어지게 되었고, 당시 이 사건 각 연구용역계약을 여○근의 용역 제공과 자문계약으로 여○근 1인의 기술료나 로얄티 수입으로 볼 수 있고, 위 계약이 내용이나 형식에 비추어 원고와 여○근 사이의 특수관계에 기초하여 일어난 비정상적인 거래로 보고 쟁점연구비의 지급이 업무와 관련 없이 지급된 가지급금으로 판단한 후 이를 전제로 이를 전제로 이 사건 각 처분에 이르렀다.

(16) 한편 여○근이 2002.5.경 이○환으로부터 20억 원에 매수한 원고의 주식을 삼○경 등 6인에게 명의신탁하였다는 이유로 해당 세무서장은 성○경 등 6인에게 위 주식의 가치를 과거 3년간 원고에게 발생된 순손익가치를 기준으로 하여 1주당 362,063,원으로 평가하여 65억 원 상당의 증여세를 부과하였고, 이에 성○경 등 6인이 이에 불복하여 심판청구를 하자 2004.7.6. 국세심판원은 원고의 순이익은 대부분 여○근이 보유한 쟁점기술에 기초하고 있고, 여○근이 보유한 기술은 일신전속적인 기술로 그 구체적인 내용이 대외적으로 알려져 있지 아니하므로 이를 원고의 자산으로 보거나 원고가 그 소유권을 주장할 수 있는 권리가 아니므로, 여○근의 기술에 기초한 원고의 순이익은 원고의 주식의 객관적 교환가치를 구성한다고 보기 어렵다는 이유로 1주당 5만 원으로 평가하여 증여세를 4억 원 상당으로 감액하는 결정을 하여 확정되었다.

라. 판단

(1) 쟁점연구비 지출의 업무관련 여부

① 원고가 1999.경 쟁점기술과 관련된 특허와 물적 설비 등을 ○○과학으로부터 양수받은 가액이 합계 1억 원이 조금 넘을 뿐이고, 원고의 설립자본금이나 증자자본금의 합계가 5억 원에 불과한 데 반하여 원고의 1999사업연도 내지 2005사업연도 결산서상 연평균 당기순이익이 약 17억 8,700만 원이 되는 것을 고려하면 원고 수익의 원천은 여○근의 기술용역의 제공에 있다고 보여지는 점, ② 원고로서는 위 당기순이익의 상당부분을 기술용역의 대가로 지급하더라도 이익을 창출할 수 있음에 반하여 여○근의 기술 제공이 되지 않는 경우 원고는 사업을 계속하기 어려운 상태이고, 이에 따라 원고와 여○근 사이에 1999.12.31. 체결된 기술지원협약의 내용에 따르더라도 여○근의 기술과 관련한 권한은 여○근에게 있고, 기술지원과 관련하여 발생하는 비용은 원고가 제공하기로 하였는데, 원고로서는 어떠한 형태로든 여○근의 기술용역제공의 대가를 지급하여야 할 것으로 보이는 점, ③ 여○근은 쟁점기술 개발 이후 ○○대학교 생명공학기술연구소를 설립할 의사로 ○○과학에 기술용역을 제공해 왔고, 이 사건 각 연구용역계약은 ○○과학이 ○○산업연구소에 기술용역 대가를 지급하던 것과 동일한 방식이고, 여○근이 쟁점연구비를 임의로 사용하게 된 것은 ○○대학교와 여○근 사이에 체결된 별도의 계약에 따른 것인데, ○○과학과 ○○산업연구소 사이의 계약을 이어받거나 그와 같은 취지로 체결된 이 사건 각 연구용역계약이나 ○○산업연구소와 여○근 사이의 계약이 모두 가장행위에 기초한 허위의 계약이라고 보기 어려운 점, ④ 이 사건 각 연구용역계약의 계약기간이 서로 중복되어 쟁점연구비를 기술용역비로 볼 경우 대가의 중복 지급으로 볼 수 있으나 이는 기술용역비를 연구용역계약을 이용하여 지급하는 형식을 취하면서 일부 기간의 중복이 생긴 것으로 보여져 그 사유만으로 부당한 지급이라고 단정하기는 어렵고, 일정 기간에 지급된 금액 전체를 따지어 기술용역 제공의 대가로 과다하지 않다면 그 금액 전부를 기술용역의 대가로 볼 수 있는 점, ⑤ 원고의 1999사업연도부터 2005사업연도까지의 연 평균 당기순이익이 약 17억 8,700만 원이고, 이 사건 각 연구용역계약에 의하여 원고가 ○○산업연구소 등에 지급하여야 할 연평균 연구용역비가 약 14억 7,400만 원으로 연 평균 당기순이익의 82.5%에 해당하나, 그러한 비용을 지급하더라도 자본금 5억 원인 원고가 연 평균 3억 원 이상의 순이익을 얻을 수 있고, 여○근의 기술용역 제공을 제외한 원고의 나머지 사업이익 부분은 미미한 사정을 고려하면, 쟁점연구비가 여○근의 기술용역 제공의 대가로서 과다하거나 경제적 합리성을 잃은 부당한 계약에 기한 것이라고는 볼 수 없는 점, ⑥ 여○근은 ○○과학에 기술용역을 제공할 때부터 자신의 기술용역 제공의 대가를 ○○대학교에 지급해 줄 것을 요청하여 ○○대학교에 생명공학기술연구소를 설립하려고 하였고, 원고 설립 즈음에 그러한 계획을 구체화하여 생명공학기술연구소 추진위원회까지 발족한 상황에서 여○근이 쟁점 기술을 빼고 나면 가치가 크지 않은 원고의 주식 60%를 소유하게 되었거나 원고의 대표이사로 연 평균 6,500만 원의 급여를 받게 된 사정만으로 더 이상 기술제공의 대가를 받지 않고 이를 포기한 채 원고에게 기술용역을 계속 제공하기로 하였다고는 보기 어려운 점, ⑦ 원고의 사업은 ○○유업에 사료를 제공하는 것이 전부이고, 사료를 만드는데 드는 비용 중 가장 큰 비중을 차지하는 것은 여○근의 기술제공의 대가에 해당한다고 할 것인데, 쟁점연구비 외에 여○근의 기술제공의 대가에 해당한다고 할 것인데, 쟁점연구비 외에 여○근의 기술제공의 대가로 손비로 처리된 것이 없는 점, ⑧ 여○근과 ○○산업연구소 등이 쟁점 연구비를 반환하기로 한 것은 계속되는 이○환의 고소ㆍ고발을 막고, 잘못된 회계처리 등으로 인한 시비를 없애려는 임시방편으로 보이고, 원고가 2004사업연도 및 2005사업연도에 쟁점기술의 사용료 또는 그에 관한 자문료를 손금으로 계상하지 않은 것도 쟁점연구비의 성격이 확정될 때까지 문제 발생을 줄이려는 임시방편으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점연구비는 원고가 여○근의 기술제공의 대가를 여○근과의 합의에 따라 ○○산업연구소 등에 지급한 것으로 원고의 업무관련 지출비용이라 할 것이다.

(2) 이 사건 각 처분의 적법 여부

쟁점연구비가 여○근의 기술용역 제공에 대한 대가로 지급된 업무관련 지출비용인 이상 실질과세의 원칙상 이는 마땅히 손금에 산입되어야 할 금액이고, 원고가 그 지급 형식을 연구용역비로 가장하여 실제와 다르게 처리한 회계상의 잘못이 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 쟁점연구비가 업무와 무관하게 지급된 것이라고 할 수 없음에도, 피고들은 쟁점연구비를 업무와 무관하게 특수관계에 있는 여○근에게 지급한 가지급금으로 보았으니, 이를 전체로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 각 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.