수원지방법원-2017-구합-66061(2017.10.31)

부가가치세환급세액반환청구소송

매입자납부특례규정의 취지와 구체적 내용 등에 비추어 보면, 구리 스크랩등을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액이 과오납금에 해당하여 이를 환급하여야 할 사유가 발생한 경우, 이에 대한 환급청구권은 공급자(매출자)가 아니라 공급받은 자(매입자)에게 귀속된다고 보아야 한다.

조세특례제한법 제106조의9(스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례)

2017누84053 부가가치세환급세액반환청구소송

정AA

대한민국

수원지방법원 2017. 10. 31. 선고 2017구합66061 판결

2018. 05. 28.

2018. 07. 04.

1. 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 각한다.

2. 소송총비용은 원고가 부담한다.

1. 청구취지

피고는 원고에게 3,341,430,596원과 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달 다음날부터 다 갚는 날까지 연 15%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

2. 항소취지

제1항 기재와 같다.

1. 기초사실

가. 원고는 2015. 1. 14.부터 2016. 5. 31.까지 ○○시 ○○읍 ○○○길 126에서'BBBB'이라는 상호로 비철 도・소매업을 영위한 사람이다. 원고는 2015년 제1기부터2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 CCCCCC, 주식회사 DD, 주식회사 EEEE 등 여러 업체(이하 '이 사건 매입자들'이라 한다)를 상대로 매출세금계산서를 발급하고 이를 바탕으로 아래 [도표 1] 기재와 같이 부가가치세 신고를 하였다.

[도표 1] 원고의 부가가치세 신고내역 (단위 : 원)

나. 원고는 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제106조의9(이하 '이 사건 특례규정'이라 한다)1)제2항에 따라 이 사건 매입자들로부터위 [도표 1]의 매출세액을 거래징수하지 않았다. 대신 이 사건 매입자들이 이 사건 특례규정 제3항 제2호에 따라 위 [도표 1]의 '매입자납부특례 기납부세액' 상당액을 주식회사 신한은행에 개설된 원고 명의의 부가가치세 관리계좌에 입금하였다.

다. ○○지방국세청장은 위 [도표 1]의 매입거래 및 매출거래(이하 매입거래 및 매출거래를 통틀어 '이 사건 거래'라 한다)에 관한 세금계산서가 모두 가공거래에 의한 허위세금계산서에 해당한다는 사유로, 원고에 대하여 2015년 제1기부터 2016년 제1기까

지 부가가치세 과세기간 동안 각 매출세액과 각 매입세액을 모두 0원으로 경정하고, 기납부한 세액에서 세금계산서 미발급 등 가산세를 공제하여 아래 [도표 2] 기재와 같

은 세액 합계 3,238,061,269원(이하 '이 사건 쟁점 세액'이라고 한다)을 환급하는 경정

결의(이하 '이 사건 경정결의'라 한다)를 하고 이를 ○○○○세무서장에게 통보하였다.

[도표 2] 경정결의 내역

라. 원고는 ○○○○세무서장에게 2016. 10. 12. 및 2016. 10. 27. 이 사건 쟁점 세액

의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, ○○○○세무서장은 2016. 10. 13. 및

2016. 12. 22. 각 원고의 청구를 거부하는 통지를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 2호증의 1 내지 7, 갑 3호증의 1, 2, 3, 갑4호증의 1, 2, 갑 5호증의 1, 2, 3, 갑 6호증의 1, 2, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

원고가 이 사건 쟁점 세액 상당의 환급금과 그에 대한 환급가산금의 지급을 구함에 대하여, 피고는 "이 사건 소송은 당사자소송이 아니라 민사소송이므로, 이 사건 소송이당사자소송임을 전제로 소를 제기한 것은 부적법하다."는 취지로 주장한다.

살피건대 국가의 납세자에 대한 과오납금 지급의무는 개별세법에 의하여 발생하는 공법상 의무가 아니라 징수의 근거가 된 신고행위 또는 부과처분 등이 무효 또는 취소됨으로써 세금을 보유할 법률상 원인이 소멸하였다는 부당이득의 법리에 따른 의무이다.

이 사건의 경우, 원고는 이 사건 거래에 따른 세금계산서가 가공거래에 의한 허위세금계산서이고 이로 인해 이 사건 경정결의를 통해 해당 과세기간 동안의 부가가치세액이 경정되었음을 근거로 이 사건 쟁점 세액 상당의 환급금과 그에 대한 환급가산금의 지급을 구하고 있다. 사정이 이와 같다면, 이 사건 소송은 국세기본법 제51조의 규정에 따라 과오납 국세환급금의 반환을 구하는 것으로서 민사소송에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2013다212639 판결 참조).2)

한편 행정사건의 심리절차는 행정소송의 특수성을 감안하여 행정소송법이 정하고 있는 특칙이 적용될 수 있는 점을 제외하면 심리절차 면에서 민사소송 절차와 큰 차이가 없으므로, 특별한 사정이 없는 한 민사사건을 행정소송 절차로 진행한 것 자체가 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2018. 2. 13. 선고 2014두11328 판결 참조). 기록에 의하면, 원고는 이 사건 소송이 당사자소송임을 전제로 소를 제기하였고, 제1심법원도 이러한 점을 특별히 문제 삼지 아니한 채 심리를 진행한 다음 판결을 선고한 사실은 인정된다. 그런데 이와 같은 사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 소를 당사자소송으로 오인하여 잘못 제기하였다고 하더라도 그와 같은 사정만을 들어 이 사건소가 부적법하다고 볼 수는 없다. 피고의 본안전 항변은 받아들일 수 없다.

3. 본안에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 특례규정에 따른 매입자납부특례제도는 매출자의 부가가치세 납부방식을 변경한 것일 뿐이고 부가가치세 납세의무 자체를 변경하는 것이 아니다. 이 사건 특례규정 제8항에서도 "공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다."라고 규정하고 있다. 결국 이 사건 매입자들로부터 부가가치세 관리계좌에 부가가치세를 입금받은 후 원고가 이를 부가가치세로 납부하게 되는 것이므로, 부가가치세의 납세의무자와 납세자는 매출자인 원고로 보아야 한다. 한편 국세기본법 제51조는 납세의무자(납세자)에게 잘못 납부한 세액 등을 환급하도록 규정하고 있으므로, 피고는 부가가치세 납세의무자(납세자)인 원고에게 이 사건 쟁점 세액 상당의 환급금과 그에 대한 환급가산금을 지급할 의무가 있다3).

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 국세기본법 제51조 제1항 본문은 "세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다."라고 규정하고 있다.

한편 국세기본법 제51조 제6항, 제2조 제10호에 의하면, 피고는 과오납된 국세 중 충당 후 남은 금액을 납세자에게 지급할 의무가 있고, 납세자는 세법에 따라 국세를 납부할 의무가 있는 납세의무자와 세법에 따라 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자를 의미한다. 그런데 부가가치세의 경우에 원칙적인 납세의무자는 재화나 용역을 공급한 사업자이므로, 국세기본법 제51조에 따른 환급청구권자도 재화나 용역을 공급한 사업자가 되는 것이 원칙이라고 보아야 한다.

2) 그러나 아래와 같은 이 사건 특례규정의 취지와 구체적 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 특례규정이 적용되어 구리 스크랩등을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액이 과오납금에 해당하여 이를 환급하여야 할 사유가 발생한 경우, 이에 대한 환급청구권은 공급자(매출자)가 아니라 공급받은 자(매입자)에게 귀속된다고 보아야 한다. 이와 다른 전제에 서서 이 사건 쟁점 세액 상당의 환급금과 그에 대한 환급가산금의 지급을 구하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

①부가가치세는 생산 및 유통의 각 단계에서 생성되는 부가가치에 대하여 부과되는 조세로서 부가가치세법상 부가가치세의 납세의무를 부담하는 자는 재화나 용역을 공급하는 사업자이지만(부가가치세법 제3조 제1호, 제2조 제3호), 사업자는 재화나 용역을 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수 하여야 하고(부가가치세법 제31조), 이 때사업자가 납부하여야 할 납부세액은 매출세액에서 매입세액 등을 공제하여 계산함으로

써(부가가치세법 제37조, 전단계세액공제법) 결과적으로 부가가치세의 부담은 최종소비자에게 전가된다. 그런데 구리 스크랩등과 같은 특수한 재화의 경우 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하여 세금을 탈루하는 이른바 '폭탄사업자'가 광범위하게 나타나자, 2013. 5. 10. 법률 제11759호로 조세특례제한법이 개정되면서 부가가치세 매출세액 포탈을 방지하기 위하여 구리 스크랩등 거래에 있어서 매입자가 부가가치세를 납부하는 내용의 이 사건 특례규정이 신설되었고, 위 규정은 2014. 1. 1.부터 시행되었다. 이 사건 특례규정 제2, 3항 등에 따르면, 구리 스크랩등 사업자는 부가가치세법 제31조에도 불구하고 공급받는 자로부터 부가가치세를 징수하지 아니하여 거래징수의무가 면제되고, 구리 스크랩등 사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등 사업자로부터 공급받았을 때에는 구리 스크랩등 거래계좌를 사용하여 구리 스크랩등의 가액은공급한 사업자에게 입금하고, 부가가치세액은 국세청장이 지정한 자에게 입금하여야한다.

이와 같은 이 사건 특례규정의 도입 배경과 앞서 본 부가가치세의 성격, 과세방법 등에 비추어 보면, 이 사건 특례규정은 조세탈루방지와 조세징수편의 등의 목적을 달성하기 위하여 특정물품(구리 스크랩등)에 관하여는 공급자(매출자)가 공급받은 자(매입자)로부터 거래징수하여 부가가치세를 납부하는 대신 매입자에게 직접 부가가치세를 납부하도록 예외를 규정한 것으로 해석된다.

②이 사건 특례규정은 구리 스크랩등의 공급자로 하여금 거래징수를 통해 부가가치세액을 납부하도록 하는 대신, 재화의 공급으로 인한 부가가치세액을 매입자가 직접 납부하도록 규정하고 있다. 따라서 일반적인 부가가치세 납부의 경우와 달리 공급자는'형식적'인 납세의무자에 해당할 뿐 실제로는 부가가치세를 매입자로부터 '징수'할 의무도, 피고에게 이를 '납부'할 의무도 부담하지 않으며, 다만 매입자가 실제로 부가가치세를 납부함으로써 위 형식적 납세의무에 따른 조세채무(매출세액 납부의무)가 소멸하는 방식으로 간접적인 조세법률관계만을 형성하게 된다.

반면 매입자의 경우에는 이 사건 특례규정 제3항 제2호, 제10항에 따라 은행의 관리를 거쳐 피고에게 직접 부가가치세액을 납부할 '실질적'인 의무를 부담하고, 만일 이를 이행하지 않을 경우 해당 거래로 인한 부가가치세액을 매입세액으로 공제받지 못하는 한편(이 사건 특례규정 제5항), 구리 스크랩등을 공급받은 날의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 가산하여 징수당하는(이 사건 특례규정 제7항) 등의 불이익을 입게 된다. 그러므로 매입자가 부가가치세액을 납부하는 것은 이 사건 특례규정에 따라 매입자와 피고 사이에 형성된 조세법률관계에 따라 매입자 자신의 의무를 이행한 것으로 봄이 상당하

다. 이와 같이 이 사건 특례규정에 따라 부가가치세액을 납부한 매입자는 부가가치세액에 관한 단순한 담세자라기보다 국세기본법 제2조 제9호의 '납세의무자'로 볼 수 있다. 이 때 '납세의무'란 이 사건 특례규정에 따라 형성된 것으로서 공급자가 부담하는일반적인 경우의 매출세액 납부의무에 상응하는 부가가치세액 납부의무를 공급자 대신

부담한다는 의미에서의 '실질적인 납세의무'로 볼 수 있다.

③원고는 이 사건 특례규정 제8항을 근거로 공급자에게 환급청구권이 인정된다고 주장한다. 그러나 위 규정에서 말하는 '환급'이란 구리 스크랩등이 공급된 것을 전제로 해서 부가가치세의 납부세액을 계산하는 경우, 과세기간의 매입세액이 매출세액을 초과하는 때에 그 초과하는 금액을 환급세액으로 하여 납세의무자에게 되돌려 주는 '부가가치세의 환급'을 의미한다. 이는 구리 스크랩등의 공급이 없음을 이유로 납세의무자에게 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 국세 등을 되돌려 주는 '과오납 세액의 환급'과는 구별되는 것임이 분명하다. 따라서 위와 같은 규정을 근거로 공급자에게 환급청구권이 인정된다고 보기는 어렵다.

④앞서 본 바와 같이 매입자가 실질적인 납세의무자인 이상, 특정물품(구리 스크랩등)의 공급사실이 부인되어 부가가치세가 감액경정되었다면 해당 부가가치세를 직접 납부한 매입자의 세법상 의무가 소급적으로 소멸하는 것으로 보아야 하고, 따라서 매입자만이 해당 환급세액에 대하여 환급을 청구할 수 있는 지위에 있다고 보아야 한다.

⑤여러 단계로 이어지는 구리 스크랩등의 거래에 있어서는 최초 공급자가 폭탄사업자인 경우가 대부분이다(예컨대 갑이 을에게, 을이 병에게, 병이 정에게 순차매도하는 형태로 거래가 이루어지는 경우에, 최초 공급자인 갑이 폭탄사업자로서 매출거래를 발생시킨 다음 그에 상응하는 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하는 것이 전형적인 사례이다). 그런데 이 사건 특례규정에 따라 매입자가 실제로 납부한 부가가치세액을 공급자에게 환급하게 되면, 최초 공급자인 폭탄사업자가 실제로 납부하지도 아니한 부가가치세액을 환급받게 됨으로써 폭탄사업자의 세금탈루 방지를 위하여 마련된 이 사건 특례규정은 그 입법취지가 몰각되는 결과에 이르게 된다.

⑥2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되어 2018. 1. 1.부터 시행된 조세특례제한법(이하 '개정 법률'이라 한다)은 제106조의9 제11항에 "제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 국세기본법 제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다."라는 규정을 신설하였고, 부칙 제32조 제2항은 "제106조의9 제11항의 개정규정은 이 법 시행 전에 잘못 납부하거나초과하여 납부한 분에 대해서도 적용한다."라고 규정하고 있다. 앞서 본 사정들에 비추어 볼 때, 개정 법률 제106조의9 제11항은 매입자납부특례에 따라 구리 스크랩등을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 공급받은 자(매입자)에게 환급하도록 규정한 것으로서, 매입자납부특례에 따라 매입자가 납부한 과오납 세액에 대한 환급청구권은 매입자에게 귀속됨을 명확히 한 확인적 규정으로보아야 한다(원고는 "개정 법률 제106조의9 제11항은 헌법 제23조 제1항이 규정하고있는 국민의 재산권을 침해하고, 헌법 제13조 제2항이 규정하고 있는 소급입법금지의원칙을 위반한 것으로서 헌법에 위반된다."는 취지로 주장한다. 그러나 위 개정 법률제106조의9 제11항은 매입자납부특례에 따라 매입자가 납부한 과오납 세액에 대한 환급청구권은 매입자에게 귀속된다는 당연한 법리를 명확히 한 확인적 규정이므로, 그것이 헌법 제23조 제1항이 규정하고 있는 국민의 재산권을 침해한 것이라거나 헌법 제13조 제2항이 규정하고 있는 소급입법금지의 원칙을 위반한 것이라고 볼 수는 없다).

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결 중 피고 패소부분은 이와 결론을 달리하여 부당하다. 따라서 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 2015. 12. 15 법률 제13560호로 개정된 조세특례제한법은 그 부칙 제1조 본문에 따라 2016. 1. 1.부터 시행된다. 다만 위 법률에 따라 개정된 조항들 중 제106조의9는 법률 제13560호 부칙 제1조 단서에 따라 2016. 10. 1.부터 시행된다. 따라서 2016년 제1기분 부가가치세에 관하여도 위 개정 이전의 조세특례제한법 제106조의9가 적용된다.

2) 원고는 대법원 2011다95564 전원합의체 판결에 터 잡아 이 사건 소송이 당사자소송에 해당한다는 취지로 주장하고 있다. 그러나 위 대법원 2011다95564 전원합의체 판결은 매입세액이 매출세액을 초과하는 때에 그 초과하는 금액을 환급세액으로 하여 납세의무자에게 되돌려 주는 부가가치세의 환급에 관한 것으로서, 부가가치세법에서 정한 환급세액의 지급의무는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세 정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무에 해당하므로 당사자소송의 절차를 거쳐야 한다는 취지이다. 따라서 위 대법원 2011다95564 전원합의체 판결은 이 사건과 사안을 달리하는 것으로서 이 사건에 원용할 수 없다.

3) 원고는 "이 사건 경정결의는 이 사건 쟁점세액을 원고에게 환급하기로 하는 수익적 행정처분에 해당하므로, 피고는 이 사건 경정결의에 따라 이 사건 쟁점세액을 환급하여야 한다."는 취지로도 주장한다. 그러나 국세기본법 제51조 제1항, 제52조 등의 규정은 환급청구권이 확정된 국세환급금 및 가산금에 대한 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것일 뿐 그 규정에 의한 국세환급금(가산금 포함) 결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것이 아니므로, 국세환급결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정 등은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이라고 볼 수 없다(대법원 2010. 2. 25. 선고 2007두18284 판결참조). 따라서 이 사건 경정결의가 수익적 행정처분임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 판단할 것 없이 이유 없다.