수원지방법원-2017-구합-62021(2017.10.17)

조심-2016-중-2592(2016.11.28)

매입자납부특례제도에서 기납부한 세금에 대한 환급금청구권자

매입자납부특례에 따라 구리 스크랩 등을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 공급받은 자에게 환급하도록 명확하게 규정하고 있으므로, 매입자납부특례에 따라 매입자가 납부한 과오납세액에 대한 환급청구권은 매입자에게 귀속됨

조세특례제한법 제106조의9

2017-누-80327 부가가치세경정거부처분취소

AAA

oo세무서장

2018.06.14.

2018.07.05.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 이 사건 소 중 2014년 2기분 부가가치세 및 2015년 1기분 부가가치세 중1,776,820,962원에 관한 경정청구 거부처분에 대한 취소청구 부분을 각하한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송 총비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

1. 청구취지

피고가 2016. 5. 31. 원고에 대하여 한 2014년 2기분 부가가치세 및 2015년 1기분

부가가치세에 관한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2014. 10. 10.부터 00시 00읍 에서 '00금속자원'이라는 상호로 고철 및 철스크랩 등의 도ㆍ소매업에 종사하고 있다. 원고는 위 사업장과 관련하여 아래와 같이 2014년 2기분 부가가치세와 2015년 1기분 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

나. **지방국세청장은 2015. 4.경부터 원고의 사업장에 대하여 세무조사를 실시한과, 원고가 2014년 2기, 2015년 1기의 과세기간 동안 실물 거래 없이 허위의 매출세금계산서를 발행하였음을 확인하였다. 피고는 이를 이유로 2014년 2기분 공급가액 전액, 2015년 1기분 공급가액 중 합계 17,768,209,620원을 감액하고, 2014년 2기분 매출세액 전액, 2015년 1기분 매출세액 중 1,776,820,962원을 감액하는 내용의 부가가치세경정결정(이하 '이 사건 감액경정결정'이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 2016. 3. 23. 피고에게 조세특례제한법 제106조의9 매입자납부특례 규정(이하 '이 사건 특례규정'이라 한다)에 의하여 납부된 2014년 2기분 부가가치세1,233,576,650원 및 2015년 1기분 부가가치세 2,125,021,830원 합계 3,358,598,480원(이하 '쟁점 세액'이라 한다)의 환급을 구하는 취지의 경청청구(이하 '이 사건 경정청구'라 한다)를 하였으나, 피고는 2016. 5. 31. 이를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 이에 대하여 원고는 2016. 7. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2016. 11. 30. 이 사건 특례규정에 의하여 납부한 부가가치세의 실제 납부자는원고가 아니라 원고의 매출처(매입자)라는 이유로 원고의 청구를 각하하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가공거래로 인하여 원고의 매출이 부인된다면 이 사건 특례규정에 의하여 매입자가부한 부가가치세는 매출자인 원고에게 환급되어야 하므로, 쟁점 세액을 실제로 납부한 자가 원고가 아니라 매입자라는 이유로 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은법하다.

3. 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 인용한다.

4. 본안 전 항변에 관한 판단

가. 본안 전 항변

1) 제1 항변

쟁점 세액의 실제 납부자는 원고가 아니라 매입자이므로, 원고는 이 사건 처분으로 인하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 자에 해당한다고 볼 수 없어 이 사건 처분의 취소를 구할 수 없다. 따라서 이 사건 소는 부적법하다.

2) 제2 항변

이 사건 경정청구는 이 사건 감액경정결정을 통하여 이미 감액된 부가가치세의 환급을 구하는 것에 지나지 않으므로, 환급을 거부한 이 사건 처분은 부가가치세 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소는 항고소송의 대상적격을 갖추지 못하여 부적법하다.

나. 제1 항변에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문 4면의 '나. 판단' 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 인용한다.

다. 제2 항변에 관한 판단

국세기본법 제51조 제1항, 제52조 등의 규정은 환급청구권이 확정된 국세환급금 및 가산금에 대한 내부적 사무처리 절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것일 뿐, 그 규정에 의한 국세환급금(가산금 포함) 결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는것은 아니므로, 국세환급금 결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정 등은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두8780 판결 등 참조).

이러한 법리에 비추어 보면, 이 사건 처분 중 이 사건 감액경정결정에 의하여 이미 감액된 부분에 대한 처분은 원고의 환급청구를 거부하는 환급거부결정의 통지에 불과하여 원고의 부가가치세 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미친다고 볼 수 없으므로, 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당하지 아니한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 소 중 이 부분에 대한 취소청구 부분은 부적법하다. 이를 지적하는 피고의 본안전 항변은 일부 이유 있다

5. 나머지 처분의 적법 여부에 관한 판단

아래와 같은 이 사건 특례규정의 연혁, 체계적 해석, 관련 규정 등을 살펴보면, 이 사건 특례규정이 적용되어 구리 스크랩 등을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액이 과오납금에 해당하여 이를 환급하여야 할 사유가 발생한 경우, 이에 대한 환급청구권은 매출자인 원고가 아니라 매입자에게 귀속된다고 봄이 타당하므로, 원고의 주장은 이유없다.

부가가치세는 생산 및 유통의 각 단계에서 생성되는 부가가치에 대하여 부과되는 조세로서 부가가치세법상 부가가치세의 납세의무를 부담하는 자는 재화나 용역을 공급하는 사업자이지만(부가가치세법 제3조 제1호, 제2조 제3호), 사업자는 재화나 용역을 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수 하여야 하고(부가가치세법 제31조), 이때 사업자가 납부하여야 할 납부세액은 매출세액에서 매입세액 등을 공제하여 계산되어(부가가치세법 제37조, 전단계세액공제법), 결국 부가가치세의 부담은 최종소비자에게 전가된다. 그런데 구리 스크랩 등과 같은 특수한 재화의 경우 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하여 세금을 탈루하는 일명 '폭탄사업자'가 광범위하게 나타나자, 2013. 5. 10. 법률 제11759호로 조세특례제한법이 개정되면서 부가가치세 매출세액포탈을 방지하기 위하여 구리 스크랩 등 거래에 있어서 매입자가 부가가치세를 납부하는 내용의 이 사건 특례규정이 신설되었고, 위 규정은 2014. 1. 1.부터 시행되었다.

이 사건 특례규정 제2, 3항 등에 따르면, 구리 스크랩 등 사업자는 부가가치세법 제31조에도 불구하고 부가가치세를 공급받는 자로부터 징수하지 아니하여 거래징수의무가 면제되고, 구리 스크랩 등 사업자가 구리 스크랩 등을 다른 구리 스크랩 등 사업자로부터 공급받았을 때에는 구리 스크랩 등 거래계좌를 사용하여 구리 스크랩 등의 가액은 공급한 사업자에게 입금하고, 부가가치세액은 국세청장이 지정한 자에게 입금하여야 한다.

이와 같은 이 사건 특례규정의 도입 배경과 앞서 본 부가가치세의 성격, 과세방법등에 비추어 보면, 이 사건 특례규정은 조세탈루방지와 조세징수편의 등의 목적을 달성하기 위하여 특정 과세대상(구리 스크랩 등)에 관하여는 공급자(매출자)가 매입자로부터 거래징수하여 부가가치세를 납부하는 대신 매입자에게 직접 부가가치세를 납부하도록 예외를 규정한 것으로 해석된다.

이 사건 특례규정은 구리 스크랩 등의 공급자로 하여금 거래징수를 통해 부가가치세액을 납부하도록 하는 대신, 재화의 공급으로 인한 부가가치세액을 매입자가 직접 납부하도록 규정하고 있으므로, 일반적인 부가가치세 납부의 경우와 달리 공급자인 원고는 형식적인 납세의무자에 해당할 뿐 실제로는 부가가치세를 매입자로부터 '징수'할 의무도, 피고에게 이를 '납부'할 의무도 부담하지 않고, 다만 피고와의 사이에서 매입자에 의해 부가가치세액이 납부됨으로써 원고의 피고에 대한 조세채무(매출세액 납부의무)가 소멸하는 방식으로 간접적인 조세법률관계만을 형성하게 된다.

반면 매입자의 경우 이 사건 특례규정 제3항 제2호, 제10항에 따라 은행의 관리를 거쳐 피고에게 직접 부가가치세액을 납부할 실질적인 의무를 부담하고, 만일 이를 이행하지 않을 경우 이 사건 특례규정 제5항에 따라 해당 거래로 인한 부가가치세액을 매입세액으로 공제받지 못하고 이 사건 특례규정 제7항에 따라 구리 스크랩 등을 공급받은 날의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수되는 등의 불이익을 받는바, 매입자가 부가가치세액을 납부하는 것은 이 사건 특례규정에 따라 매입자와 피고 사이에 형성된 조세법률관계에 따라 매입자 자신의 의무를 이행한 것으로 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 특례규정에 따라 부가가치세액을 납부한 매입자는 부가가치세액에 관한 단순한 담세자라기보다 국세기본법 제2조 제9호의 '납세의무자'로 볼 수 있는바, 이 때 '납세의무'란 이 사건 특례규정에 따라 형성된 것으로서 원고가 피고에 대하여 부담하는 일반적인 경우의 매출세액 납부의무에 상응하는 부가가치세액 납부의무를 원고 대신 이행하여야 할 의무를 부담한다는 의미에서의 '납세의무'로 볼 수 있다.

2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정된 조세특례제한법은 제106조의9 제11항에"제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 국세기본법 제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다."는 규정을 신설하였고, 부칙 제32조 제2항은 "제106조의9 제11항의 개정규정은 이 법시행 전에 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 분에 대해서도 적용한다."고 규정하고 있는바, 위 신설 규정의 취지는 매입자납부특례에 따라 구리 스크랩 등을 공급받은 자가입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 공급받은 자에게 환급하도록 명확하게 규정한 것으로서, 매입자납부특례에 따라 매입자가 납부한 과오납세액에 대한 환급청구권은 매입자에게 귀속됨을 명확히 한 확인적 규정으로 보인다.

6. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2014년 2기분 부가가치세 및 2015년 1기분 부가가치세 중1,776,820,962원에 관한 경정청구 거부처분에 대한 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 소 중 2014년 2기분 부가가치세 및 2015년 1기분 부가가치세 중 1,776,820,962원에 관한 경정청구 거부처분에 대한 취소청구 부분을 각하하고, 원고의 나머지 청구를 기각한다.