서울특별시에 소재하는 신축주택은 양도소득세 과세특례대상에서 제외됨

조세특례제한법 제99조의3 개정법률은 부칙 제29조 제1항에서 종전의 제99조의 3 제 1항의 규정에 따라 주택의 양도시 감면규정을 적용하도록 정하고 있을 뿐 신축주택을 거주자의 소유주택에서 제외하여야 할 것인지에 대하여는 경과규정이 없음.

조세특례제한법제99조의3신축주택의취득자에대한양도소득세의과세특례

조세특례제한법시행령제99조의3신축주택의취득자에대한양도소득세의과세특례

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2005. 7. 21. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 양도소득세 67,455,260원에 대한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○○○연립 재건축조합(이하 '이 사건 주택조합'이라 한다.)의 조합원으로 2001. 7. 28. ○○ ○○구 ○○○동 000번지 ○○○○○ 101동 107(전용면적 84.9234㎡. 이하 '이 사건 신축주택'이라 한다.)를 조합원 공급분으로 공급받는 계약을 체결하여 대금을 납부하고, 2003. 10. 24. 이 사건 신축주택에 대한 사용승인을 받았다.

나. 그런데 원고는 2003. 12. 30. 그 소유인 ○○ ○○구 ○○동 000 ○○아파트 107동 701호(이하 '이 사건 양도주택'이라 한다.)를 양도하고 2004. 2. 16. 그에 따른 양도소득세로 67,455,260원을 신고 .납부하였다.

다. 그러나 그 후 원고는 2005. 6. 2. 피고에게 이 사건 신축주택에 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것. 이하 '구법'이라 한다.) 제99조의3제1항 제1호, 제2항의 양도소득세 과세특례가 적용되어 이 사건 신축주택은 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것. 이하 같다.) 제89조 제3호의 규정에 따른 1세대 1주택의 비과세 판정시 거주자의 소유주택에서 제외되므로, 이 사건 양도주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 위 1세대1주택의 비과세 규정을 적용하여야 한다는 이유로 이미 신고 . 납부한 양도소득세 67,455,260원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 이에 피고는 이 사건 신축주택이 구법 제99조의3 제1항 제2호 소정의 자기가 건설한 신축주택에 해당하여 신축주택취득기간(2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지)내에 당해 신축주택의 사용승인 또는 사용검사를 받는 경우에만 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는 것인데, 이 사건 신축주택의 경우 신축주택취득기간 경과 후인 2003. 10. 24. 사용승인을 받았으므로 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없다는 이유로 2005. 7. 21. 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 한편, 이 사건 주택조합과 시공사인 주식회사 ○○○○건설은 신축주택취득기간내인 2001. 11. 29.경 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택을 조합원 이외의 일반인에게 공급하는 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1내지 7호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고는, 비록 이 사건 신축주택이 신축주택취득 기간 경과 후 사용승인을 받아 구법 제99조의3 제1항 제2호에 규정된 양도소득세 과세특례의 적용대상은 아닐지라도, 이 사건 주택조합이 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택에 대하여 신축주택취득기간내에 비조합원과 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받은 이상, 이 사건 신축주택도 구법 제99조의3 제1항 제1호, 조세특례제한법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것. 이하 '구시행령'이라 한다.) 제99조의3 제3항 제2호에서 정한 양도소득세 과세특례의 적용대상인 주택으로는 보아야 할 것이고, 그렇다면 구법 제99조의3 제2항에 따라 이 사건 신축주택은 소득세법 제89조 제3호에 따른 1세대 1주택의 비과세 판정시 거주자의 소유주택에서 제외되어야 하므로, 이 사건 양도주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 위 1세대 1주택의 비과세 규정이 적용되어 양도소득세 감면대상인데도 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고는, 이 사건 신축주택은 구법 제99조의3 제1항 제2호에서 정한 자기가 건설한 신축주택에 해당하고, 이 경우에는 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 양도소득세 과세특례가 적용되는데, 이 사건 신축주택은 신축주택취득기간 경과 후인 2004. 10. 24. 사용승인을 받아 양도소득세 과세특례의 적용대상이 아닐 뿐만 아니라, 이 사건에는 구법이 아니라 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법이 적용되어 서울특별시에 있는 이 사건 신축주택에는 양도소득세 과세특례가 적용될 여지가 없으므로, 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

나. 관계법령

소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

제89조 (비과세양도소득) 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발행하는 소득

구법

제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

부칙 <제6762호, 2002. 12. 11>

제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치)

① 이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

구시행령

제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택9이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 하다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

조세특례제한법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정된 것)

제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 법 제99조의3제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

부칙 <제17829호, 2002.12.30>

제1조 (시행일) 이 영은 2003년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

다. 판단

위 관계법령에서 보는 바와 같이 구법 및 구시행령이 2002. 12. 11. 법률 제6762호 및 2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 각 개정되면서 서울특별시에 있는 신축주택은 2003. 1. 1.부터 조세특례제한법 제99조의3이 정하는 양도소득세 과세특례 대상에서 제외되었는데, 앞서 인정한 대로 이 사건 신축주택은 서울특별시에 있고 이 사건 양도주택은 2003. 12. 30. 양도되었으므로, 원고의 이 사건 청구를 받아들이려면 우선 이 사건에 구법이 적용되어야 한다.

그런데 위 개정법률은 부칙 제29조 제1항에서 같은 법 시행 전에 종전의 제99조의3 제1항의 규정에 따라 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택을 같은 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 정하고 있을 뿐, 이 사건과 같이 신축주택이 아닌 다른 소유 주택을 양도함으로써 소득세법 제89조 제3호의 규정에 따른 1세대 1주택의 비과세 판정시 신축주택을 거주자의 소유주택에서 제외하여야 할 것인지 여부, 즉 조세특례제한법 제99조의3 제2항이 정하는 과세특례를 적용할 것인지 여부가 문제되는 경우에 대하여는 아무런 경과규정을 두고 있지 않다.

사정이 그러한 이상, 위 개정법률의 부칙 제29조 제1항을 근거로 이 사건에 구법이 적용된다고 볼 수는 없고, 달리 이 사건에 구법을 적용할 근거도 없으므로, 이 사건 신축주택이 구법 및 구시행령의 해석상 양도소득세 과세특례의 적용 대상에 해당한다고 보더라도, 구법의 적용을 전제로 하는 원고의 이 사건 청구는 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[대법원2007두15124 (2008.06.12)]

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이류를 판단한다.

구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 '구법'이라 한다) 제99조의 3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1호)과 자기가 건설한 신축주택(제2호)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하였다가 2002. 12. 11. 법률 제6762호(이하 '신법'이라 한다)로 개정하면서 그 양도소득세 감면대상을 '전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 신축주택'으로 제한하고, 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제 17829호로 개정된 것) 제99조의 3 제1항은 '법 제99조의 3 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 지역이라 함은 서울특별시 등을 말한다'고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3 제2항(이하 '1세대 1주택 예외규정'이라한다)은 '소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다'고 규정하고 있다. 한편, 신법의 시행과 관련하여 신법 부칙 제1조, 제2조 제2항은 '양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2003. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용'하고, 그 제29조 제1항은 '이 법 시행 전에 종전의 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다'고 각 규정하고 있다.

양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 점(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조)과 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것은 아닌 점(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누825 판결 등 참조) 및 위 각 규정의 내용 등에 비추어 볼 때, 신법 부칙 제29조 제1항이 구법 제99조의 3 제1항 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택이 아닌 다른 주택을 신법 시행 이후 양도하는 경우까지 포함하는 것으로 보기는 어렵다.

같은 취지에서 원심이, 원심 판시 이 사건 신축주택이 구법 제99조의 3 제1항 소정의 신축주택에 해당한다 하더라도 이 사건 신축주택이 아닌 원고 소유의 다른 주택인 원심 판시 이 사건 양도주택을 신법 시행 이후 양도한 이 사건에 있어서는 구법 제99조의 3 제1항을 적용할 수 없어 서울특별시에 소재한 이 사건 신축주택은 1세대 1주택 예외규정 소정의 보유주택 수에서 제외되는 신축주택에 해당하지 않아 이 사건 양도가 양도소득세 비과세대상이 아니라고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 양도소득세 감면 및 신법 부칙에 관한 법리 오해 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.