신축주택취득기간내 사용승인을 받지 못한 조합원취득주택의 과세특례 적용 여부

주택조합의 조합원인 원고가 조합원 분양분으로 취득한 신축주택은 자기가 건설한 신축주택에 해당하므로 사용승인일에 따라 감면대상 여부를 정하여야 하는 것임.

조세특례제한법 제99조의 3신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

청 구 취 지

피고가 2005. 7. 21. 원고에 대하여 한 2003. 귀속 양도소득세 67,455,260원에 대한 양도소득세경정청구거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○○○○○재건축조합(이하 '이 사건 주택조합'이라 한다)의 조합원으로서 2001. 7. 28 서울 ○○구 ○○○동 000 ○○○○○ 000동 000호(전용면적 ○○.○○○○㎡, 이하 '이 사건 신축주택'이라 한다)을 조합원 공급분으로 분양받기로 하는 계약을 맺고 분양대금을 납부하였고, 그 후 2003. 10. 24. 이 사건 신축주택에 대한 사용승인을 받았다.

나. 그런데, 원고는 2003. 12. 30. 그 소유인 서울 ○○구 ○○동 000 ○○아파트 000동 000호(이하 '이 사건 양도주택'이라 한다)를 양도하고 2004. 2. 16. 그에 따른 양도소득세로 67,455,260원을 자진 납부하였다.

다. 그러나 그 후 원고는 2005. 6. 2. 피고에게 이 사건 신축주택에 대하여 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 조세특례제한법을 '조세특례제한법'이라 한다) 제99조의3 제1항, 제1호, 제2항의 양도소득세 감면규정이 적용되어 이 사건 신축주택은 1세대 1주택의 비과세 판정시 거주자의 소유주택에서 제외되므로, 이 사건 양도주택은 소득세법 제89조 제1항 제3호 규정에 의한 1세대 1주택의 비과세 규정을 적용하여야 한다는 사유로 기 납부한 위 양도소득세 67,455,260원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 이에 피고는 이 사건 신축주택은 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항 제2호 소정의 자기가 건설한 신축주택에 해당하므로 신축주택취득기간(2001.5.23~2003.6.30)중에 당해 신축주택의 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 양도소득세 과세특례를 받을 수 있는 것이나, 이 사건 신축주택의 경우 신축주택취득기간 경과후인 2003. 10. 24. 사용승인 받았으므로 양도소득세 과세특례규정을 적용받을 수 없다는 이유로 2005. 7. 21. 원고의 위 청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 한편, 이 사건 주택조합과 시공사인 주식회사 ○○○○○○은 조합원들에게 공급하고 남은 잔여세대에 대하여 조합원 이외의 일반인에게 일반분양을 하였는데 일반분양자들은 신축주택취득기간 내인 2001. 11. 29. 각자 분양받은 아파트에 대하여 이 사건 주택조합 등과 분양계약을 체결하고 분양 계약금을 납부하였다.

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑1 내지 7호증, 을1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 주장

(1) 원고는, 비록 이 사건 신축주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호에 정한 신축주택취득기간(2001. 5. 23.~2003. 6. 30.)경과 이후에 사용 승인되어 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호의 감면대상은 아니라고 하더라도, 이 사건 주택조합이 일반분양분에 대하여 비조합원과 신축주택취득기간 내인 2001. 11. 29. 조합원에 공급하고 남은 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부 받은 이상, 이 사건 신축주택도 서울에 있던 관계없이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호, 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제3항 제2호에서 정한 감면대상에 해당하는 주택으로는 보아야 할 것이고, 그렇다면 조세특례제한법 제99조의3 제2항에 의하여 이 사건 신축주택은 소득세법 제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 규정을 해석함에 있어 거주자의 소유주택에서 제외되어야 하므로, 이 사건 양도주택의 양도는 소득세법 제89조 제1항 제3호 1세대 1주택 비과세 규정이 적용되어 양도소득세 감면대상인데도 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고는, 이 사건 신축주택은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호에서 정한 자기가 건설한 신축주택에 해당하므로 신축주택 취득기간(2001. 5. 23.~2003. 6. 30.) 내 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인도 포함)를 받아야 양도소득세 과세특례가 적용되는데, 이 사건 신축주택은 신축주택취득기간 이후인 2003. 10. 24. 사용 승인되어 양도소득세 과세특례대상이 아닐 뿐 아니라, 이 사건 신축주택은 서울에 소재하고 있는 관계로 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문, 조세특례제한법시행령 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정인 조세특례제한법 제99조의3 제1항의 적용을 받지 않는다고 할 것이므로, 결국 이 사건 처분은 어느모로 보나 적법하다.

나. 관련 법령

조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 법률)

제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국 소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 주택건설사업자로부터 취득하는 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다.) 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용 검사를 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5연간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령18207호로 개정되기 전의 것)

제99조의 3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경저입법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다.

다. 이 사건의 쟁점 및 판단

(1) 이 사건의 쟁점은 이 사건 주택조합이 조세특례제한법 상 신축주택취득기간 내에 비조합원과 사이에 조합원 분양분을 제외한 잔여주택에 대하여 일반분양계약을 체결하고 계약금의 납부를 받은 경우에 원고와 같이 이 사건 주택조합으로부터 조합원 자격으로 조합원 분양분으로 취득한 이 사건 신축주택에 대하여도 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호, 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 제2호가 적용되어 이사건 신축주택을 소득세법 제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 규정을 적용함에 있어 당해 거주자의 소유주택에서 제외하여야 할 것인가와 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정1)되 전의 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호가 이 사건 신축주택 취득에 대하여 적용되어 서울 지역에 소재하는 이 사건 신축주택에 대하여는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 규정의 적용이 배제 되는가이다.

(2) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 비과세요건 또는 감면요건 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

(3) 돌아와 이 사건에 관하여 보건대, 조세특례제한법 제99조의 3의 입법형식 및 문언상 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호는 조합원이 주택조합 등을 통하여 취득한 신축주택을 포함한 "자기가 건설한 신축주택"을 취득하는 경우(즉 조합원이 조합원 분양분으로 신축주택을 취득하는 경우)에 주택의 사용승인 또는 사용검사 일에 따라 적용되는 감면 규정임에는 틀림이 없다. 그런데 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호는 주택건설사업자로부터 취득하는 신축주택으로서 신축주택취득기간(2001. 5. 23~2003. 6. 30.) 내에 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령이 정하는 주택을 포함한다) 양도소득세를 감면하여 주도록 하되 감면적용을 받는 주택의 범위를 시행령에 위임하고 있고, 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항은 감면적용을 받는 주택인 "대통령령이 정하는 주택"의 범위를 ① 주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합이 그 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택(즉 일반분양분 주택)으로서 신축주택취득기간 내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(제1호)과, ② 주택조합 등이 조합원 이외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한하여 "조합원"이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택(제2호)으로 규정하고 있는바, 이러한 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호의 위임을 받아 그 감면적용 대상 주택의 범위에 대하여 규정한 것이므로 위임법률인 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호의 위임범위를 벗어 날 수 없다 할 것이므로 원고가 이 사건 신축주택에도 적용된다고 주장하는 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항에서 규정하는 주택은 모법인 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호에서 정하는 주택의 범위로 한정하여야 할 것인 점, 그런데 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호는 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택이라고 명시하고 있고, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 규정이 조합원이 조합원 분양분으로 취득하는 신축주택 즉 자기가 건설하는 신축주택에 대하여 규정하고 있으므로, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호에서 감면대상 신축주택으로 규정하고 있는 것은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호에서 정하는 계약금 납부가 있을 수 없는 자기가 건설한 주택인 조합원분을 제외한 "일반분양분 주택" 만을 가리키는 것으로 보아야 할 것인 점, 조합원 분양분을 단지 일반분양자들의 매매계약 체결과 최초 계약금 납부일이 신축주택 취득기간 내에 있다는 이유만으로 감면대상에 포함한다면 이는 일반분양분 주택이 없이 조합원 분양분 주택만 있는 주택조합의 신축주택을 취득한 조합원과 비교하여 형평에 맞지 않는 결과를 초래하며 나아가 침체된 부동산 경기의 부양이라는 특정 목적을 달성하기 위한 특혜적인 감면규정인 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호의 입법취지가 몰각 되고 그에 대한 지나친 확대해석이 된다는 점 등을 고려하면, 당초 조합원에게 공급한 주택 즉 자기가 건설할 주택인 이 사건 신축주택의 경우에는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호가 될 뿐이지 원고주장과 같이 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 조세특례제한법 시행령 99조의3 제3항 제2호도 적용 가능하다고 할 수 없다.

(4) 따라서, 이 사건 주택조합의 조합원인 원고가 조합원 분양분으로 취득한 이 사건 신축주택은 자기가 건설한 신축주택으로서 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의하여 주택의 사용승인일에 따라 감면대상 여부를 정하여야 하는 것이지, 주택건설사업자 등으로부터 조합원 또는 비조합원이 일반분양분 신축주택을 취득하는 경우 적용되는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 및 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 적용대상이 되는 주택에 해당되지 않는다고 할 것이므로, 결국 이와 같은 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 법률 적용 여부2) 에 대하여 판단할 필요 없이 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 성○○

* 주석 *

1) 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 대하여 "대통령령이 정하는 지역(서울, 분당, 일산, 평촌, 산본, 중동 신도시 지역)"에 소재하는 신축주택을 과세 특례에서 제외하는 규정을 신설하였다.

* 주석 *

2) 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 이후의 조세특례제한법이 적용된다면 이 사건 신축주택이 서울 지역에 소재하므로 조세특례제한법 제99조의3 제1항의 적용여지가 없게 된다.