조심 2012전3077

쟁점법인이 중소기업에 해당하지 아니하며, 대주주 요건에 해당되어 양도소득세 과세대상에 해당됨

대주주 요건에 해당되어 양도소득세 과세대상이 된 건으로, 쟁점법인이 중소기업에 해당되지 아니하여 30% 세율로 양도소득세 과세함은 타당하다고 본 사례

2013구단180 양도소득세부과처분취소

이○○

서대전세무서장

2014. 1. 17.

2014. 2. 7.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2012. 4. 3. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 3,711,489,652원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008 사업연도 종료일 현재 주권상장법인인 주식회사 ▲▲소프트(이하

"'▲▲소프트'라 한다) 주식을 161,214주를 보유하고 있었는데, 2009년에 주식 43,465주를 추가로 매입하여 ▲▲소프트 주식 204,679주(이하이 사건 주식'이라 한다)를 보유 하게 되었고, 원고가 95%의 출자지분을 가지고 있는 주식회사 ◆◆거인(이하 '◆◆거인'이라 한다)은 2008 사업연도 종료일 현재 ▲▲소프트 124,331주를 보유하고 있었다.",나. 원고는 2009. 1. 1.부터 2009. 5. 13.경까지 이 사건 주식을 양도하였으나 양도소

득세 신고를 하지 않았다.

다. 피고는 2012. 4. 3. 이 사건 주식의 각 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연

도(2008년) 종료일 현재 원고와 ◆◆거인이 소유한 ▲▲소프트 주식 합계 285,545주

(161,214주 + 124,331주)의 시가총액이 15,019,667,000원{285,545주 × 52,600원(2008 년 최종 시세가액)}으로 100억 원을 초과함으로써 원고가 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법'이라 한다)상 대주주에 해당하여 양도소득세 과세대상이라고 보고, ▲▲소프트가 중소기업에 해당하지 아니함을 전제로 소득세법 제104조 제1항 제4호 가목의 세율(30%)을 적용하여 2009년 귀속 양도소득세 3,711,784,610원을 부과하였다.

라. 피고는 이 사건 소가 제기된 후 위와 같이 양도소득세를 부과함에 있어 후입선

출법 방식을 적용한 취득가액의 계산에 일부 오류가 있었음을 발견하였고, 이 사건 주

식의 취득가액을 당초 10,593,216,600원에서 10,594,092,900원으로 변경하여 양도소득세를 재산정함에 따라 원고에 대한 위 양도소득세 중 294,958원을 감액하는 경정결정 을 한 다음, 2013. 10. 23. 원고에게 이를 통지하였다(이하 위 2012. 4. 3.자 양도소득 세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 을 1 내지 5, 10 내지 12호증의 각 기재,

변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가. 원고의 주장

1) ▲▲소프트는 2005년까지 중소기업이었다가 2006년부터 중소기업 기준을 초과하였으므로 이 사건 주식의 각 양도일에 속하는 사업연도의 직전사업연도인 2008년에는 중소기업기본법 제2조 제3항에 정한 유예기간 중이어서 여전히 중소기업에 해당한다. 그럼에도 이와 달리 ▲▲소프트가 2008 사업연도 종료일 현재 중소기업에 해당하지 않음을 전제로 양도소득세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고로서는 원고와 특수관계인인 ◆◆거인의 소유하고 있는 주식의 시가총액 합계가 100억 원 이상이어서 이 사건 주식의 양도가 양도소득세 과세대상이라는 점을 알 수 없었으므로 원고에게 이러한 사정을 모두 파악하여 양도소득세를 신고.납부할 것

을 기대하는 것은 무리라고 할 것이다. 따라서 원고가 양도소득세 신고.납부를 해태

함에 정당한 사유가 있다고 보아야 하므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여

취소되어야 한다.

나. 관계 법뜹

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) ▲▲소프트가 중소기업에 해당하는지 여부

주식에 대한 양도소득세율 적용 시 중소기업인지 여부는 주식 양도일이 속하는

사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업

에 해당하는지 여부에 따라 결정되는데{구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제

22034호로 개정되기 전의 것) 제167조의8}, 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제

10952호로 개정되기 전의 것, 이하 '중소기업기본법'이라 한다) 제2조의 위임을 받은

구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 '중소기업기본법 시행령'이라 한다) 제3조 제1호는 중소기업은 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 [별표 1]의 기준에 맞을 것을 요건으로 규정하고, [별표 1]은 중소기업의 규모기준을 해당 업종별로 분류하여 규정하고 있다{위 해당 업종의 분류 및 분류부호는 통계법 제17조에 따라 통계청장이 고시(2000. 1. 7.)한 한국표준산업분류(이하 '8차 개정 분류'라고 한다)에 따른다고 규정하고 있다. 통계청장은 2007. 12. 28. 제2007-53호로 9차 개정 한국표준산업분류(이하 '9차 개정 분류'라 한다)를 확정・고시하였는데, 9차 개정 분류는 2008. 2. 1.부터 시행되었고, 이 사건 각 주식의 양도 당시 시행되고 있던 시행령은 8차 개정 분류를 따르도록 하고 있었다}.

이 사건의 경우, 을 6 내지 9, 13, 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 ▲▲소프트는 게임소프트웨어 제작 및 정보통신 관련 소프트웨어 개발 등을 주된 사업으로 하는 회사로서, 2000 사업연도부터 매출액이 300억원을 초과하고, 2001 사업연도부터 상시근로자수가 300명을 초과한 사실이 인정된다. 이러한 사실에 비추어 볼 때, ▲▲소프트는 8차 개정 분류 기준상 게임소프트웨어 제작업체로서 중소기업기본법 시행령 제3조 [별표 1]의 해당업종 중 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터 운영 관련업(72)에 해당하고, 위 [별표 1]은 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터운영 관

련업의 경우 상시 근로자 수 300명 미만 또는 매출액 300억 원 이하일 때 중소기업에

해당하는 것으로 규정하고 있으므로, 결국 ▲▲소프트는 2001년부터 이미 중소기업 요

건 기준을 초과하였고, 중소기업기본법 제2조 제3항 소정의 유예기간이 경과한 2005년

부터는 중소기업에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 주식의 각 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도(2008년) 종료일 현재 ▲▲소프트가 중소기업에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하므로 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 원고의 양도소득세 신고.납부 불이행에 정당한 사유가 있는지 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납

세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별

세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되

지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니

었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자

에게기대하는 것이 무리라고하는 사정이 있을 때 등 그의무해태를 탓할 수 없는 정

당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대

법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

이 사건 관계법령에 의하면, 주주와 친족 기타 특수관계에 있는 자의 범위 뿐 아

니라, 주식의 양도일이 속하는 직전사업연도 종료일 현재 주주 및 특수관계인이 소유

하고 있는 당해 법인의 주식의 시가총액이 100억 원 이상인 경우 주주 및 특수관계인

이 주식을 양도함으로 인하여 발생하는 소득은 양도소득세의 부과대상에 해당함을 명 백하게 규정하고 있는 점, 원고가 소유하고 있는 주식의 시가총액 및 원고와 ◆◆거인

의 관계 등에 비추어 원고가 이 사건 주식의 양도 당시 대주주에 해당하여 양도소득세

과세대상이라는 점을 알 수 없었다거나 원고에게 이러한 점을 파악하여 양도소득세를

납부할 것을 기대하는 것이 무리라고 보기는 어려운 점 등의 사정을 종합하면, 원고들

에게 이 사건 각 주식의 양도에 따른 양도소득세 신고.납부 의무의 해태를 탓할 수

없는 정당한 사유가 있었다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.